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Análise da diversidade genética de cafeeiros do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG utilizando marcadores RAPD. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; RUFINO, R. J. N.; BRITO, G. G. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O conhecimento da diversidade genética do germoplasma utilizado em programas de melhoramento genético é importante para o planejamento de estratégias de trabalho. Técnicas de marcadores moleculares fornecem informações sobre distâncias genéticas entre acessos de Bancos de Germoplasma. Dessa forma, no presente trabalho, 92 acessos do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG foram submetidos a uma análise de diversidade genética, utilizando-se 20 primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). As amplificações deram origem a um total de 42 bandas polimórficas. As distâncias genéticas entre os genótipos, baseadas no complemento de Jaccard, variaram de zero a 100%. No dendrograma obtido observou-se a formação de cinco grupos diferentes ao nível de 50% de distância...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Marcadors RAPD; Café; Coffea.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909263
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Caracterização da resistência vertical e horizontal do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br) em acesso de híbrido de Timor. Repositório Alice
BARBOSA, J. C.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; CAPUCHO, A. S.; RUFINO, R. N.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Herança da resistência; Resistência vertical e horizontal; Melhoramento do cafeeiro.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909268
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Caracterização funcional e perfil de expressão in silico de quitinases do CAFEST. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O CafEST é a base de dados que armazena as 200 mil ESTs geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em trabalho anterior, sequências potencialmente associadas com a defesa do cafeeiro a doenças foram identificadas. Entre essas sequências, genes de quitinases. As proteínas codificadas por esses genes são enzimas que podem desempenhar funções como metabolismo de quitina, mecanismos de defesa contra patógenos e estresse abiótico, nutrição, parasitismo entre outras. Dada a importância desta enzima para a planta, o objetivo do presente trabalho foi analisar as ESTs de quitinase identificadas previamente. Para isso foi realizada uma caracterização funcional das sequências e construído um perfil de expressão in silico. Os resultados mostraram que essas...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Genoma; Bioinformática.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903963
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Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; In silico; Mineração de dados; ESTs; Classificação funcional; Doença de planta..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903148
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Differential expression of molecular rust resistance components have distinctive profiles in Coffea arabica - Hemileia vastatrix interactions. Repositório Alice
BARKA, G. D.; CAIXETA, E. T.; ALMEIDA, R. F. de; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L..
Countering the economic hurdle caused by coffee leaf rust disease is most appealing at this time as it has posed a major threat to coffee production around the world. Establishing differential expression profiles at different times following pathogen invasion in both innate and acquired immunities unlocks the molecular components of resistance and susceptibility. Suppression subtractive hybridization (SSH) was used to identify genes differentially over-expressed and repressed during incompatible and compatible interactions between Coffea arabica and Hemileia vastatrix. From 433 clones of expressed sequence tags (ESTs) sequenced, 352 were annotated and categorized of which the proportion of genes expressed during compatible interaction were relatively...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffee; Plant-pathogen interaction; Pest resistance; Café; Ferrugem; Patogeno; Gene expression; Rust disease.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082676
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Identificação de cromossomo artificial de bactéria contendo gene de resistência a doenças em cafeeiro. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; PINTO, G. B.; CAIXETA, E. T.; DIOLA, V.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O estudo e a caracterização de fatores genéticos de resistência são importantes para ampliar os conhecimentos da interação planta-patógeno. O marcador molecular CARF 005, identificado em trabalho anterior, é capaz de identificar um fragmento de gene de resistência a doenças presente em genótipos de cafeeiro resistentes a ferrugem, principal doença da cultura. Neste trabalho, o CARF 005 foi utilizado para fazer o screening de uma biblioteca BAC de Coffea arabica com 56.832 clones. Foram identificados dois clones contendo o fragmento do gene de resistência. Após o sequenciamento, esses poderão ser usados para estudo da estrutura do gene e, eventualmente, em obtenção de plantas transgênicas para auxiliar programas de melhoramento.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Genoma; Marcador molecular.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904212
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In silico identification of coffee genome expressed sequences potentially associated with resistance to diseases. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Sequences potentially associated with coffee resistance to diseases were identified by in silico analyses using the database of the Brazilian Coffee Genome Project (BCGP). Keywords corresponding to plant resistance mechanisms to pathogens identified in the literature were used as baits for data mining. Expressed sequence tags (ESTs) related to each of these keywords were identified with tools available in the BCGP bioinformatics platform. A total of 11,300 ESTs were mined. These ESTs were clustered and formed 979 EST-contigs with similarities to chitinases, kinases, cytochrome P450 and nucleotide binding site-leucine rich repeat (NBS-LRR) proteins, as well as with proteins related to disease resistance, pathogenesis, hypersensitivity response (HR) and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Data mining; ESTs; Genomics; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880494
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Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; MACIEL, B. H.; ZAMBOLIM, E. M.; XAVIER, K. V.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma café; Coffea; Oligonucleotídeos iniciadores específicos.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906349
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Marcadores microssatélites para o cafeeiro. Repositório Alice
RUFINO, R. J. N.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; PENA, G. F.; ALMEIDA, R. F. de; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O presente trabalho foi realizado com o objetivo de testar e adaptar marcadores microssatélites para serem rotineiramente utilizados nos trabalhos de genética e melhoramento do cafeeiro. Para isso, foram ajustadas as condições de amplificação de 24 primers microssatélites de café, disponibilizados na literatura. Estes primers, desenvolvidos para Coffea arabica, foram também testados em outras espécies de cafeeiro de importância para o melhoramento visando verificar sua utilidade como primer heterólogo. A adaptação das condições de reação e de amplificação permitiu o uso de 18 primers, sendo que a maioria deles amplificou as três espécies analisadas. O nível de polimorfismo desses microssatélites foi investigado pela amplificação de 60 genótipos, incluindo...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Microssatélite; SSR; Marcador molecular; Melhoramento do cafeeiro; Coffea sp..
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909272
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Marcadores moleculares derivados de sequências expressas do genoma café potencialmente envolvidas na resistência à ferrugem. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; HUFNAGEL, B.; THIEBAUT, F.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O objetivo deste trabalho foi identificar marcadores moleculares relacionados à resistência do cafeeiro (Coffea arabica) à ferrugem (Hemileia vastatrix). Foram identificadas sequências de DNA potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças, por meio de análise ?in silico?, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. A partir das sequências mineradas, foram desenhados 59 pares de iniciadores para amplificá‑las. Os 59 iniciadores foram testados em 12 cafeeiros resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. Vinte e sete iniciadores resultaram em bandas únicas e bem definidas, enquanto um deles amplificou fragmento de DNA em todos os cafeeiros resistentes, mas não nos suscetíveis. Esse marcador molecular...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Bioinformática; EST-PCR; Genes de resistência; Mineração de ados.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904175
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Obtenção de ESTs potencialmente relacionadas à resistência do cafeeiro à ferrugem por meio de análise in silico. Repositório Alice
ANDRADE, F. T.; CAIXETA, E. T.; MACIEL, B. H.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S..
A partir das informações geradas no Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) foram identificadas, por meio de análise in silico, seqüências potencialmente envolvidas na resistência a Hemileia vastatrix Berk. et Br. presentes nos cafeeiros. Foram usadas diferentes estratégias para minerar as seqüências de interesse. Inicialmente, palavras-chave que correspondem a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram obtidas da literatura e utilizadas como ?iscas? para mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, criaram-se projetos englobando as ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mineração de dados; Café; Bioinformática; Genômica.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906362
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Obtenção de marcador molecular potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro à ferrugem. Repositório Alice
MACIEL, B. H.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados contendo mais de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). Em trabalho preliminar, o banco foi minerado por meio de análise in silico e identificaram-se várias seqüências potencialmente associadas à resistência do cafeeiro a patógenos. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados oligonucleotídeos iniciadores (primers) que amplificaram as seqüências mineradas. Noventa pares de oligonucleotídeos iniciadores específicos foram desenhados utilizando o programa computacional Primer3. A estabilidade dos oligonucleotídeos foi verificada por meio do programa PrimerSelect®. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Coffea; ESTs; Genoma café.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906359
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Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST. Repositório Alice
GUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C..
Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Programação Script; Genoma café; ESTs.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904264
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Viabilidade de uredosporos da ferrugem do cafeeiro (Hemileia vastatrix Berk. et Br.) sob diferentes métodos de preservação in vitro. Repositório Alice
CAPUCHO, A. S.; SOUZA, A. F. de; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; RUFINO, R. J. N.; BARBOSA, J. C.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L..
Este trabalho teve por objetivo avaliar a viabilidade e infectividade de uredosporos de H. vastatrix por diferentes métodos de preservação. Os tratamentos consistiram no armazenamento dos uredosporos sob diferentes temperaturas: 1) 4 ºC com 50% de umidade relativa; 2) 4 ºC após liofilização; 3)?80 ºC; 4)?20 ºC; 5)?80 ºC após congelamento em nitrogênio líquido. Utilizou-se no experimento uredosporos da raça II de H. vastatrix. A viabilidade dos uredosporos foi avaliada, pela contagem do número de uredosporos germinados em meio ágar-água a 2%. Para isso, foi espalhada uma suspensão de uredosporos (2 mg/ml), correspondente a cada tratamento, em placas de Petri que foram incubadas por 20-24 horas, a 22 ºC, e na ausência de luz. Simultaneamente, cada suspensão...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Viabilidade de uredosporos; Métodos de preservação.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909243
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