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A new set of differentially expressed signaling genes is early expressed in coffee leaf rust race II incompatible interaction. Repositório Alice
DIOLA, V.; BRITO, G. G. de; CAIXETA, E. T.; PEREIRA, L. F. P.; LOUREIRO , M. E..
2013
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Host-specific resistance; R-genes; Transcript-derived fragments.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/982262
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Análise da diversidade genética de cafeeiros do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG utilizando marcadores RAPD. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; OLIVEIRA, A. C. B. de; RUFINO, R. J. N.; BRITO, G. G. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O conhecimento da diversidade genética do germoplasma utilizado em programas de melhoramento genético é importante para o planejamento de estratégias de trabalho. Técnicas de marcadores moleculares fornecem informações sobre distâncias genéticas entre acessos de Bancos de Germoplasma. Dessa forma, no presente trabalho, 92 acessos do Banco de Germoplasma da UFV/EPAMIG foram submetidos a uma análise de diversidade genética, utilizando-se 20 primers RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). As amplificações deram origem a um total de 42 bandas polimórficas. As distâncias genéticas entre os genótipos, baseadas no complemento de Jaccard, variaram de zero a 100%. No dendrograma obtido observou-se a formação de cinco grupos diferentes ao nível de 50% de distância...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diversidade genética; Marcadors RAPD; Café; Coffea.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909263
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Análise molecular do rDNA de Hemileia vastatrix. Repositório Alice
SANTANA, M. F.; ZAMBOLIM, E. M.; OLIVEIRA, L. O. de; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..
Os espaçadores transcritos internos (ITS1 e ITS2) e o gene 5,8S do rDNA nuclear de 15 populações de H. vastatrix foram amplificados por PCR com o objetivo de estudar a diversidade genética. Os fragmentos amplificados foram clonados, e dos clones resultantes, 4 a 7 foram seqüenciados. As 82 seqüências resultantes revelaram a existência de 68 haplótipos definidos por 63 substituições de base e cinco indels. Entre os 68 haplótipos, 64 foram exclusivos, isto é, cada um deles foi detectado em uma única lavoura, dois (1 e 2) foram compartilhados entre lavouras distintas e dois (19 e 29) foram exclusivos, mas detectados duas vezes na mesma lavoura. Os haplótipos geraram uma rede única mostrando que 65 deles são de origem mais recente e de distribuição restrita, e...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Haplótipos; ITS (Internal transcribed spacer); RDNA; Diversidade genética.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906053
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Artificial neural networks compared with Bayesian generalized linear regression for leaf rust resistance prediction in Arabica coffee. Repositório Alice
SILVA, G. N.; NASCIMENTO, M.; SANT'ANNA, I. de C.; CRUZ, C. D.; CAIXETA, E. T.; CARNEIRO, P. C. S.; ROSADO, R. D. S.; PESTANA, K. N.; ALMEIDA, D. P. de; OLIVEIRA, M. da S..
The objective of this work was to evaluate the use of artificial neural networks in comparison with Bayesian generalized linear regression to predict leaf rust resistance in Arabica coffee (Coffea arabica). This study used 245 individuals of a F2 population derived from the self-fertilization of the F1 H511-1 hybrid, resulting from a crossing between the susceptible cultivar Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) and the resistant parent Híbrido de Timor (UFV 443-03). The 245 individuals were genotyped with 137 markers. Artificial neural networks and Bayesian generalized linear regression analyses were performed. The artificial neural networks were able to identify four important markers belonging to linkage groups that have been recently mapped, while the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Inteligência artificial; Predição; Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Marcador molecular; Coffea arabica; Hemileia vastatrix; Artificial intelligence; Genetic markers; Prediction.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069618
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Aspectos gerais da biologia e da diversidade genética de Coffea canephora. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SAKIYAMA, N. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de.
O capítulo apresenta uma discussão que inclui a caracterização de genótipos da coleção ativa de germoplasma de café da Embrapa Rondônia.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Coffea canephora; Variabilidade genética; Café conilon.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040700
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Aspectos gerais da biologia e da diversidade genética de Coffea canephora. Repositório Alice
SOUZA, F. de F.; FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SAKIYAMA, N. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de.
s primeiros registros históricos sobre o café foram encontrados em um manuscrito no Iêmen, em 575. As primeiras descrições científicas da planta foram apresentadas em 1591 e 1592, pelo botânico veneziano Prospero Alpino, em suas obras De Medicina Aegyptiorum e De Plantis Aegypitii Liber. No entanto, coube a Antoine Jussieu, em sua obra Histoire Du Café, publicada em 1716, a primeira classificação botânica do cafeeiro como Jasminum arabicum. Posteriormente, em 1737, Carl Von Linné (Lineu) reclassificou a espécie, dando-lhe o nome de Coffea arabica (MARTINS, 2008). A nomenclatura da tribo Coffeeae foi originalmente proposta por De Candolle, em 1807. Em sua classificação, esta tribo era bastante abrangente e incluía um grande número de gêneros, muitos dos...
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Caracter morfologico; Café; Marcador molecular; Coffea canephora; Espécie; Coffea liberica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041502
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Aspectos gerais da biologia e da diversidade genética de Coffea canephora. Infoteca-e
SOUZA, F. de F.; FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SAKIYAMA, N. S.; PEREIRA, A. A.; OLIVEIRA, A. C. B. de.
O capítulo apresenta uma discussão que inclui a caracterização de genótipos da coleção ativa de germoplasma de café da Embrapa Rondônia.
Tipo: Capítulo em livro técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Variabilidade genética; Café conilon; Caracter morfologico; Café; Coffea Canephora; Coffea liberica.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1048385
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Assessment of est-ssr markers for genetic analysis on coffee. Repositório Alice
MISSIO, R. F.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOIM, E. M.; PENA, G. F.; RIBEIRO, A. P.; ZAMBOLIM, L.; PEREIRA, A. A.; SAKIYAMA, N. S..
2009
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA markers; Coffea sp; UPGMA; AMOVA; Microsatellite markers.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880408
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Avaliação da resistência de cultivares de café à raça II de Hemileia vastatrix Berk. et Br. Repositório Alice
CAPUCHO, A. S.; ZAMBOLIM, L.; ZAMBOLIM, E. M.; CAIXETA, E. T.; FRANCHINI, E. de A.; PEREIRA, A. A..
A ferrugem do cafeeiro, causada por Hemileia vastatrix, pode ser controlada eficientemente pela utilização de cultivares resistentes. A resistência vertical (qualitativa) é oligogênica, e é governada por poucos genes podendo segregar para suscetibilidade a raça II se controlada por poucos genes e, por isso, com resistência não durável anulada pelo surgimento de novas raças. Assim, o conhecimento da segregação para suscetibilidade à raça II torna-se importante em patossistemas em que o patógeno apresenta alta variabilidade como H. vastatrix. Como algumas variedades lançadas como resistentes já estão sendo atacadas pela ferrugem, este trabalho objetivou avaliar 25 cultivares de café lançados como resistentes quanto à segregação para a sucetibilidade à raça...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cultivar resistente; Resistência vertical; Resistência durável; Teste de resistência.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906080
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Breeding potential and genetic diversity of "híbrido do timor" coffee evaluated by molecular markers. Repositório Alice
SETOTAW, T. A.; CAIXETA, E. T.; PENA, G F.; ZAMBOLIM, E. M.; PEREIRA, A. A..
AFLP, RAPD and SSR molecular markers were used to study the genetic diversity and genetic structure of the Híbrido de Timor germplasm. The principal coordinate analysis, UPGMA cluster analysis based on genetic dissimilarity of Jaccard, Bayesian model-based cluster analysis, percentage of polymorphic loci, Shannon?s information index and Nei gene diversity were employed to assess the genetic diversity. The analyses demonstrated a high genetic diversity among Híbrido de Timor accessions. UPGMA and Bayesian cluster analyses grouped the accessions into three clusters. The genetic structure of Híbrido de Timor is reported. The management of Híbrido de Timor germplasm variability and its potential use in breedin programs are discussed.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coffee breeding; DNA markers; Rust resistance; Bayesian analysis; Principal coordinate analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880496
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Caracterização da resistência genética do híbrido de Timor UFV 427-15 à ferrugem do cafeeiro. Repositório Alice
CAIXETA, E. T.; RUFINO, R. J. N.; OLIVEIRA, A. C. B. de; SAKIYAMA, N. S.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L..
2003
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Herança da resistência; Resistência a ferrugem do cafeeiro; Hemileia vastatrix.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908995
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Caracterização da resistência vertical e horizontal do cafeeiro à ferrugem (Hemileia vastatrix Berk. & Br) em acesso de híbrido de Timor. Repositório Alice
BARBOSA, J. C.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; CAPUCHO, A. S.; RUFINO, R. N.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
2005
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Herança da resistência; Resistência vertical e horizontal; Melhoramento do cafeeiro.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909268
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Caracterização de raças fisiológicas de Hemileia vastatrix. Repositório Alice
LELIS, T. de P.; ZAMBOLIM, E. M.; PAIXÃO, G. P. da; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..
Até o ano de 1983, eram conhecidas no Brasil as raças I, II, III, X, XV, XVII e XXIV de Hemileia vastatrix. Desde então, e apesar da suplantação da resistência de variedades de cafeeiros por novas raças do patógeno, nenhum outro estudo de caracterização foi realizado. Para conhecer as raças de H. vastatrix que ocorrem nas lavouras comerciais e experimentais de cafeeiros foram coletadas 150 amostras de ferrugem em genótipos susceptíveis e resistentes nos estados de Minas Gerais, Espírito Santo São Paulo e Paraná. Em nove, das 150 amostras que estão sendo caracterizadas, foram identificadas, neste trabalho, as raças I (v2,5) em amostra proveniente do Híbrido de Timor, e a II (v5) e III (v1,5) em derivados de C. arábica. A raça II prevaleceu sobre a I e III,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: H. vastatrix; Coffea spp.; Raça fisiológica.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903689
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Caracterização funcional e perfil de expressão in silico de quitinases do CAFEST. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O CafEST é a base de dados que armazena as 200 mil ESTs geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em trabalho anterior, sequências potencialmente associadas com a defesa do cafeeiro a doenças foram identificadas. Entre essas sequências, genes de quitinases. As proteínas codificadas por esses genes são enzimas que podem desempenhar funções como metabolismo de quitina, mecanismos de defesa contra patógenos e estresse abiótico, nutrição, parasitismo entre outras. Dada a importância desta enzima para a planta, o objetivo do presente trabalho foi analisar as ESTs de quitinase identificadas previamente. Para isso foi realizada uma caracterização funcional das sequências e construído um perfil de expressão in silico. Os resultados mostraram que essas...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea; Genoma; Bioinformática.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903963
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Caracterização molecular de cultivares de café resistentes à ferrugem. Repositório Alice
SOUSA, T. V.; CAIXETA, E. T.; ALKIMIM, E. R.; OLIVEIRA, A. C. B. de; PEREIRA, A. A.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
Os ganhos alcançados com o melhoramento genético do cafeeiro no Brasil resultaram na obtenção de cultivares com potencial produtivo muito superior ao das cultivares tradicionais. Atualmente, 123 cultivares de C. arabica estão registradas, destas oito são protegidas. Para que uma cultivar possa ser registrada e ou protegida é obrigatório que ela seja distinta, homogênea e estável (DHE). Na comprovação de DHE de uma cultivar são usados descritores mínimos, sendo que os marcadores morfológicos tem sido os mais utilizados. No entanto, as cultivares comerciais são cada vez mais próximas fenotipicamente, o que dificulta a discriminação precisa desses materiais por meio desses descritores. Assim sendo, uma alternativa que venha auxiliar nos testes de DHE é de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento do cafeeiro; Marcador SSR; Fingerprinting de cultivares.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975905
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Categorização funcional de sequências expressas envolvidas na defesa do cafeeiro a doenças. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; ZAMBOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
O entendimento dos mecanismos de defesa e da interação do cafeeiro com patógenos pode ser útil no desenvolvimento de novas alternativas para um controle eficiente das doenças. Tem sido demonstrado, em diferentes espécies de plantas, que genes R, responsáveis pelo reconhecimento dos patógenos, apresentam domínios conservados, como NBS (Nucleotide Binding Site) e LRR (Leucine Rich Repeat). Dessa forma, nesse trabalho, seqüências do Projeto Brasileiro do Genoma Café, previamente identificadas como contendo domínios NBS e LRR, foram funcionalmente categorizadas. A categorização foi realizada em 140 EST-contigs, sendo que 99 foram classificados em pelo menos uma das categorias funcionais do Gene Ontology. Essa categorização permitiu associar os produtos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma; In silico; Mineração de dados; ESTs; Classificação funcional; Doença de planta..
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903148
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Coeficiente de parentesco entre cultivares de café arábica. Repositório Alice
SETOTAW, T. A.; PEREIRA, A. A.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, E. M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; SAKIYAMA, N. S..
A diversidade genética em 44 cultivares de café arábica foi analisada com base no coeficiente de parentesco. O valor médio do coeficiente de parentesco foi alto, indicando a baixa diversidade genética das cultivares brasileiras de café. Por outro lado, a análise do coeficiente de parentesco ao longo de vários períodos indicou que, como resultado do trabalho dos programas de melhoramento, a diversidade genética das cultivares disponíveis aos produtores aumentou nas últimas duas décadas.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Coeficiente de parentesco; Diversidade genética.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903688
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Colletotrichum gloeosporioides E C. boninense associados à antracnose do café no Brasil. Repositório Alice
FREITAS, R. L.; ZAMBOLIM, E. M.; LELIS, D. T.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..
Colletotrichum gloeosporioides sempre esteve associado ao sintoma de antracnose do cafeeiro, embora não tenha sido possível provar a sua patogenicidade à planta. Em 2010, de amostras de Coffea spp. do Espírito Santo e Bahia, foi isolado, além de C. gloeosporioides, um Colletotrichum com características morfológicas diferentes (colônia branca a róseo-alaranjada, com halos concêntricos escuros). A identificação da espécie foi feita pela amplificação da região ITS (internal transcribed spacer) do rDNA com o primer universal ITS4 em combinação com os primers CaInt2, CgInt e Col1, específicos para C. acutatum, C. gloeosporioides e C. boninense, respectivamente. Os primers ITS4 e Col1 amplificaram um produto único de aproximadamente 500pb, esperado para C....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Patogenicidade; Antracnose; Coffea arabica; Colletotrichum gloeosporioides; C. boninense.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903981
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Comparative study of different molecular markers for classifying and establishing genetic relationshps in Coffea Canephora. Repositório Alice
FERRÃO, L. F. V.; CAIXETA, E. T.; SOUZA, F. de F.; ZAMBOLIM, E. M.; CRUZ, C. D.; ZABOLIM, L.; SAKIYAMA, N. S..
The genetic variability characterization of the accessions of the germplasm collection, using molecular markers, is being applied as a complementary strategy to the traditional approaches to redefine the plant genetic resources. In this study, we compared the informativeness and efficiency of the molecular markers RAPD, AFLP and SSR in the analysis of 94 accessions of Coffea canephora germplasm held by the breeding program of the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa), Rondonia State, Brazil. For this, we considered the marker?s discriminatory power and level of polymorphism detected and also the genetic relationships and clustering (dendrogram) analysis. The RAPD marker yielded low-quality data and problems in the discrimination of some...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: AFLP; SSR; RAPD; Genetic relationships; Robusta coffee; Café; Melhoramento genético; Coffee.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1088232
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Desenvolvimento de marcadores SCAR ligados à resistência do cafeeiro a ferrugem. Repositório Alice
MOREIRA, K. F.; SAKIYAMA, N. S.; ALMEIDA, D. P.; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L.; CRUZ, C. D..
O café é uma cultura de interesse agronômico de grande importância econômica e social, uma das espécies cafeeiras de maior importância econômica é Coffea arábica L em sua grande maioria suscetíveis a principal doença do cafeeiro a ferrugem (Hemileia vasfafrix Berk. & Br.), ocasionando muitos prejuízos à cafeicultura.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Coffea arabica; Ferrugem; Doença fungica; Coffea arabica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041492
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