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Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. Repositório Alice
ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B..
Guzerat is a dual-purpose breed recognized for important traits to its adaptation to adverse tropical environments such as resistance to parasites, heat tolerance and ability to intake forage with low nutritional value. Once genetic variation responsible for this traits has so far not been well characterized, the aim of this study was to identity single nucleotide variants (SNVs) and insertion/deletions (Indels) in Guzerat cattle breed from whole genome re-sequencing in order to characterize loss-of-function variants which could be associated with complex traits in this cattle breed.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Single nucleotide variants; Bioinformatics; Cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067540
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Earthworm taxonomy, biology and ecology. An overview of recent advances (2013-2016) in Brazil. Repositório Alice
BROWN, G. G.; BARTZ, M.; JAMES, S.; CUNHA, L.; SILVA, E. da; FEIJOO, A.; ROSA, M.; SILVA, T.; STANTON, D.; KILLE, P.; BARETTA, D.; DECAENS, T.; LAVELLE, P.; SANTOS, A.; NADOLNY, H.; FERREIRA, T.; DEMETRIO, W.; CARDOSO, G.; TAHERI, S.; DUPONT, L.; GORTE, T.; BRAGA, L.; TSAI, S.; ZAGATTO, M.; FERREIRA, S.; PASINI, A.; STEFFEN, G.; STEFFEN, R.; ANTONIOLLI, Z.; DRUMOND, M. A.; SILVA, R. da; CARVALHO, M. R.; ESTEVES, E.; CHUBATSU, L.; HERNANDEZ, L.; ROUSSEAU, G.; SANTOS, B.; MARTINS, M.; SCHUHLI, G. S. e.
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brasil; Minhoca; Taxonomia; Ecologia; Biologia; Earthworms; Taxonomy; Ecology.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066624
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Qualidade físico-química e sensorial de abacaxi pérola cultivado sob diferentes doses de adubação. Repositório Alice
VIANA, E. de S.; REIS, R. C.; ROSA, R. C. C.; PADUA, T. R. P. de; CARVALHO, M. R.; M. R. CARVALHO.
O objetivo desse estudo foi avaliar a qualidade físico-química (cor, peso dos frutos, acidez titulável, pH, sólidos solúveis, ratio e vitamina C) e sensorial (aceitação e intenção de compra) de abacaxi Pérola cultivado sob cinco doses de adubo orgânico (T1 - 10 ton/ha; T2 - 20 ton/ha; T3 - 30 t/ha; T4 - 40 t/ e T5 ? 50 ton/ha). O uso de menores doses de adubo orgânico produziu frutos menores, menos ácidos e mais doces. As porcentagens de aprovação foram superiores a 80,70% para qualquer dose de adubação empregada. Entretanto, observou-se maior intenção de compra para os abacaxis cultivados com 20, 30 e 40 ton de adubo orgânico/ha. Recomenda-se para o abacaxi Pérola, o uso de 20 toneladas de adubo orgânico/ha, pois o uso dessa dose contribuiu para a...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Abacaxi orgânico; Adubação; Análise sensorial.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1065891
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/ deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Potential genomic markers; Important traits; Single nucleotide variations; Genetic variants.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072234
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B. da.
bitstream/item/180929/1/journal.pone.0173954.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Molecular mechanisms; Raças bovinas; Genomic markers; Sires.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069769
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Single nucleotide variants and InDels identified from whole-genome re-sequencing of Guzerat, Gyr, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; COLE, J. B.; SILVA, M. V. G. B..
Whole-genome re-sequencing, alignment and annotation analyses were undertaken for 12 sires representing four important cattle breeds in Brazil: Guzerat (multi-purpose), Gyr, Girolando and Holstein (dairy production). A total of approximately 4.3 billion reads from an Illumina HiSeq 2000 sequencer generated for each animal 10.7 to 16.4-fold genome coverage. A total of 27,441,279 single nucleotide variations (SNVs) and 3,828,041 insertions/deletions (InDels) were detected in the samples, of which 2,557,670 SNVs and 883,219 InDels were novel. The submission of these genetic variants to the dbSNP database significantly increased the number of known variants, particularly for the indicine genome. The concordance rate between genotypes obtained using the Bovine...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Single nucleotide variations; Important traits; Genetic variants; Gado; Variação genética; Genome; Single nucleotide polymorphism; Cattle breeds.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086824
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SNPs and INDELs in genes involved in lipid metabolism of mammary gland of Zebu breeds identified by whole genome sequencing. Repositório Alice
OLIVEIRA, G.; ROSSE, I.; ASSIS, J.; OLIVEIRA, F.; LEITE, L.; ARAÚJO, F.; SALIM, A.; ZERLOTINI, A.; LOPES, B.; ARBEX, W.; MACHADO, M. A.; PEIXOTO, M. G.; VERNEQUE, R.; MARTINS, M.; COIMBRA, R.; SILVA, M. V.; CARVALHO, M. R..
In this context, the objective of this study was to sequence and to map the genome of three Guzerá bulls and three Gir bulls in order to identify zebu-specific variations involved in the lipid metabolism of the mammary gland.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genoma; Single nucleotide polymorphism; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035258
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