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16s rDNA-metagenomic sequencing of bone lesions caused by femoral head necrosis in broilers. Repositório Alice
ZANELLA, R.; CANTAO, M. E.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; PANDOLFI, J. R. C.; COUTINHO, L. L.; RHOADS, D. D.; AL-RUBAYE, A.; WIDEMAN, R. F.; LEDUR, M. C..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Galinha; Animal genetics; Chickens.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014240
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203
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A Genome-Wide Association Study of Meat Tenderness in Nelore Beef Cattle. Repositório Alice
TIZIOTO, P.; DECKER, J.; TAYLOR, J.; SCHNABEL, R.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; SONSTEGARD, T.; ROSA, A. do N.; ALENCAR, M. M. de; TULLIO, R. R.; MEDEIROS, S. R.; NASSU, R. T.; FEIJO, G. L. D.; SIQUEIRA, F.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genome map; Tagging; Characterization; Cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/989023
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A genômica na bovinocultura de corte. Repositório Alice
COUTINHO, L. L.; JORGE, E. C.; ROSÁRIO, M. F. do; REGITANO, L. C. de A..
Genômica: definição e conceito; Aplicações da genômica; Perspectivas das aplicações da genômica.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Melhoramento genético; DNA.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/862890
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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/969359
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A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness. Repositório Alice
SILVA, V. H.; GIACHETTO, P. F.; TIZIOTO, P. L.; GONÇALVES, T. M.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L..
This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Genoma; Beef cattle; Nellore; Genome.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988596
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A single nucleotide polymorphism in NEUROD1 is associated with production traits in nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. P. A.; TIZIOTO, P. C.; MALAGO JUNIOR, W.; NASCIMENTO, M. L. do; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. M. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; MOURAO, G. B.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Feed efficiency and carcass characteristics are late-measured traits. The detection of molecular markers associated with them can help breeding programs to select animals early in life, and to predict breeding values with high accuracy. The objective of this study was to identify polymorphisms in the functional and positional candidate gene NEUROD1 (neurogenic differentiation 1), and investigate their associations with production traits in reference families of Nelore cattle. A total of 585 steers were used, from 34 sires chosen to represent the variability of this breed. By sequencing 14 animals with extreme residual feed intake (RFI) values, seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) in NEUROD1 were identified. The investigation of marker effects on...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Candidate gene; Feed efficiency; Bos Indicus; Body composition.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053741
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Adiponectin receptor 2 gene associated with bone traits in broiler chickens. Repositório Alice
GODOY, T. F.; SILVA, V. H.; TESSMANN, A. L.; PANDOLFI, J. R. C.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L.; LEDUR, M. C..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Osso; Frango de corte; Genetica animal; Animal genetics; Broiler chickens; Bone formation.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014179
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Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/147026/1/Souza-et-al-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Gene expression; Genome.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035220
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Allele specific expression analysis in bovine muscle tissue. Repositório Alice
SOUZA, M. M.; MOKRY, F. C.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A.; CESAR, A. S. M.; MORÉ, D.; MOURÃO, G.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; ZERLOTINI, A.; REGITANO, L. C..
Imprinted genes have been target of many studies, mainly in human and mouse, and lately in bovines due to the interest of understanding the epigenetic mechanisms underlying important meat quality phenotypes and the possibility of applying it in animal breeding programs in the future. Genomic DNA from 146 steers was genotyped using the Illumina BovineHD BeadChip in order to identify heterozygous individuals with known allele origin.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Genoma; Bioinformatics; Genome; Gene expression.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035029
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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755
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Análise de genes candidatos para características de produção e qualidade da carcaça em aves. Repositório Alice
NINOV, K.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; COLDEBELLA, A.; BERTOL, T. M.; CAETANO, A. R.; BELICUAS, S. N. J.; PEIXOTO, J. de O.; COUTINHO, L. L..
2009
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Produção; Ave; Frango de corte.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/876763
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Análise de qualidade de RNA para estudo do perfil transcriptômico de animais extremos para eficiência alimentar da raça Nelore. Repositório Alice
SERRA, V.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA; Perfil transcriptômico; Raça Nelore.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/965648
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Análise preliminar da expressão gênica diferencial em músculo de vacas de descarte com diferentes fenótipos para maciez da carne. Repositório Alice
LIMA, T. P. C.; BONIN, M. N.; SOUZA, G. M.; FERRAZ, A. L. J.; SURITA, L. M. A.; FAUSTO, D. A.; DELGADO, E. F.; COUTINHO, L. L.; FEIJO, G. L. D..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brachiaria decumbens.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/971957
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Applied genomics: the brazilian experience. Repositório Alice
LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; NONES, K.; COUTINHO, L. L..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/938031
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Associação de polimorfismos de genes candidatos com características de crescimento em cruzamentos Bos taurus X Bos indicus. Repositório Alice
TAMBASCO, D. D.; PAZ, C. C. P.; TAMBASCO, M. D.; POZZI, A.; ALENCAR, M. M. de; FREITAS, A. R. de; COUTINHO, L. L.; PACKER, I. U.; REGITANO, L. C. de A..
2001
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Crescimento; Cruzamento; Polimorfismo; Bos taurus; Bos indicus.
Ano: 2001 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/46002
Registros recuperados: 180
Primeira ... 123456789 ... Última
 

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