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CNVRanger: association analysis of CNVs with geneexpression and quantitative phenotypes. Repositório Alice
SILVA, V. da; RAMOS, M.; GROENEN, M.; CROOIJMANS, R.; JOHANSSON, A.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L.; ZIMMER, R.; WALDRON, L.; GEISTLINGER, L..
Copy number variation (CNV) is a major type of structural genomic variation that is increasingly studied acrossdifferent species for association with diseases and production traits. Established protocols for experimental detection andcomputational inference of CNVs from SNP array and next-generation sequencing data are available. We present theCNVRangerR/Bioconductor package which implements a comprehensive toolbox for structured downstream analysis ofCNVs. This includes functionality for summarizing individual CNV calls across a population, assessing overlap with func-tional genomic regions, and genome-wide association analysis with gene expression and quantitative phenotypes.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic hybridization; Structural genomic; Expressão gênica; Fenótipos quantitativos; Quantitative phenotypes.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1115536
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O milagre do São Francisco. Infoteca-e
COUTINHO, L..
2010
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Vale do São Francisco; Agricultura irrigada; Vinho; Vitivinicultura; Irrigação; Diversificação de cultivo; Agricultura tropical.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/861291
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The Bos taurus-Bos indicus balance in fertility and milk related genes. Repositório Alice
KASARAPU, P.; PORTO-NETO, L. R.; FORTES, M. R. S.; LEHNERT, S. A.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L.; REGITANO, L. C. de A.; GEORGE, A.; REVERTER, A..
Numerical approaches to high-density single nucleotide polymorphism (SNP) data are often employed independently to address individual questions. We linked independent approaches in a bioinformatics pipeline for further insight. The pipeline driven by heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) analyses was applied to characterize Bos taurus and Bos indicus ancestry. We infer a gene co-heterozygosity network that regulates bovine fertility, from data on 18,363 cattle with genotypes for 729,068 SNP. Hierarchical clustering separated populations according to Bos taurus and Bos indicus ancestry. The weights of the first principal component were subjected to Normal mixture modelling allowing the estimation of a gene's contribution to the Bos taurus-Bos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Hardy-Weinberg equilibrium; Bos taurus; Bos indicus; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086886
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