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Análise do grau de conservação de resíduos em proteínas com estrutura 3D resolvida utilizando o SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
HSSP e entropia relativa. Módulos do SMS para análise de conservação. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise de conservação; Resíduos em proteínas; Sting Millennim Suite; SMS; Homology Derived Secondary Structure of proteins; HSSP.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8641
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Apresentação gráfica de parâmetros protéicos utilizando o Java Protein Dossier. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FALCÃO, P. K.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Parâmetros apresentados pelo JPD. Sequência de resíduos. Contatos. Contatos internos. Contatos na interface. Estrutura secundária. Dupla ocupância. Fator de temperatura. Entropia relativa. Confiabilidade. Acessibilidade de resíduos. Ângulos de torsão. Potencial eletrostático. Curvatura na superfície. Hidrofobicidade. Analisando com maior detalhes os parâmetros apresentados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Java Protein Dossier; JPD; Parâmetros protéicos.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8643
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Cálculo de área acessível por solvente utilizando SURFV - definição de interface intramolecular pelo SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Definição de superfície acessível por solvente. Cálculo de AS. Utilização de SURFV para cálculo da área da AS e identificação de interface. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Área acessível por solvente; Interface intramolecular; SURFV; SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8640
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Criação de um núcleo para a pesquisa e descrição dos serviços oferecidos na área de Bioinformática estrutural. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
Instalação e oferta de ferramentas.Computacionais sting millennium suite. (SMS) através da interface web. Criação de novos algoritmos e programas. Para análise estrutural das proteínas. Oferta de banco de dados públicos. Estabelecimento de um ambiente para.Pesquisa e oferta de serviços na área. De bioinformática. Formação de recursos humanos. Organização de cursos e congresso. Projetos em colaboração.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8679
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Curvatura da superfície de proteínas no Java Protein Dossier. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Definição de superfície. Cálculo dos valores de curvatura com SurfRace.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Curvatura da superfície; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8642
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Experiência de utilização de XML no SMS. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; FREITAS, E. M. de; SANTOS, G. F. dos; MANCINI, A. L.; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
XML e sua utilização em aplicações de bioinformática. Utilização de XML no módulo JPD do SMS. Discussão e trabalhos futuros.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: XML; SMS; Extensible Markup Language; Experiência de utilização de XML no SMS; Sting Millennium Suite.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8633
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Incorporação das propriedades rotâmeros e ocupância em métodos de análise estrutural de proteínas. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Conformação das cadeias laterais (rotâmeros); Dupla ocupância; Java Protein Dossier.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Proteínas; Análise estrutural de proteínas; Propriedades rotâmeros e ocupância; Cadeias laterais.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8636
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Primeiro curso STING Millennium Suite Chemogenomics: ferramentas para analisar estruturas macromoleculares e aplicações em chemogenomics. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; SIQUEIRA NETO, J. L. de; HERNANDEZ FERNANDEZ, J.; HIGA, R. H.; BAUDET, C.; NESHICH, G..
O objetivo do curso foi familiarizar pesquisadores de áreas de biotecnologia, como genética, bioquímica, biologia molecular e bioinformática, com as novas ferramentas disponíveis para a análise de estruturas macromoleculares, juntamente com a explificação de novas abordagens e metodologias para o estudo das macromoléculares.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8680
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SMSLib - biblioteca C++ do Sting Millennium Suite. Infoteca-e
HIGA, R. H.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; MATTIUZ, A. R.; FREITAS, E. M. de; FALCÃO, P. K.; NESHICH, G..
Organização lógica do SMS. Descrição da SMSLib. Leitura de arquivos PDB. Leitura de arquivos HSSP. Leitura de arquivos com parâmetros simples. Cálculo e leitura de contatos. Cálculo e leitura de Dihedral Angels.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Sting Milleninum Suite; SMS; SMSLib; Biblioteca C++.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8637
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Utilização do software GRASP para gerar arquivo de coordenadas com valores de potencial eletrostático. Infoteca-e
FALCÃO, P. K.; BAUDET, C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; NESHICH, G..
Com o intuito de disponibilizar um banco de dados de valores de potencial eletrostático para todas as estruturas de proteínas depositadas no PDB, foi utilizado o programa GRASP (Graphical Representation and Analysis of Structural Properties) (Nicholls et al., 1991) para geração deste banco de dados.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: GRASP; Software; Graphical Representation and Analysis of Structural Properties.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/8625
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