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Genetic diversity of the west European honey bee (Apis mellifera mellifera and A. m. iberia). I. Mitochondrial DNA Inra
Garnery, L.; Franck, P.; Baudry, E.; Vautrin, D.; Cornuet, J.M.; Solignac, M..
La variabilité de l’ADN mitochondrial a été étudiée chez l’abeille ouest européenne (lignée évolutive M) à partir de 973 colonies représentant 23 populations, grâce à l’analyse des profils de restriction des produits de PCR de la région intergénique COI-COII. Cette étude confirme que l’haplotype M est caractéristique de cette lignée, même si certaines populations sont lourdement introgressées par des haplotypes des deux autres lignées évolutives (A et C). Les populations de la péninsule ibérique (Apis mellifera iberica) sont caractérisées par un cline de fréquence des haplotypes A et M, le premier étant virtuellement fixé en Espagne du sud et au Portugal, le second à peu près pur dans le nord de la péninsule. Cette introgression est attribuée à...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: ABEILLE HONEY BEE; MITOCHONDRIAL DNA; PCR; INTROGRESSION.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20073fcb3d42&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Genetic diversity of the west European honey bee (Apis mellifera mellifera and A. m. iberia). II.Microsatellite loci Inra
Garnery, L.; Franck, P.; Baudry, E.; Vautrin, D.; Cornuet, J.M.; Solignac, M..
La variabilité génétique et la différenciation entre populations a été étudiée pour 11 locus microsatellites dans 15 populations de l’abeille ouest européenne. Les deux sous-espèces qui constituent ce rameau (Apis mellifera mellifera et A. m. iberica) ont une variabilité génétique plus réduite que la plupart des autres populations étudiées avec les mêmes outils moléculaires et plusieurs tests statistiques sont révélateurs d’une réduction récente de leur effectif. De plus, les profils génétiques des populations sont très comparables, du sud de l’Espagne à la Scandinavie, Les populations françaises sont plus ou moins introgressées (de quelques pourcentages jusqu’à 57 %) par des gènes de la lignée nordméditerranéenne, les races ligustica et carnica...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: ABEILLE HONEY BEE; MICROSATELLITES; POPULATION GENETICS; INTROGRESSION; CONSERVATION.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007f04ca494&uri=/notices/prodinra1/2011/02/
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Inférence bayésienne dans des scénarios évolutifs complexes avec populations mélangées: application à l’abeille domestique Inra
Cornuet, J.M.; Excoffier, L.; Franck, P.; Estoup, A..
Nous présentons une méthode d'inférence statistique sur des paramètres démographiques et historiques de scénarios évolutifs. Cette méthode, fondée sur l'approche Approximate Bayesian Computation (ABC), aborde des scénarios complexes incluant des divergences et des remises en contact de populations. Nous l'avons appliquée à un jeu de données d'abeilles domestiques caractérisées à huit locus microsatellites. Le scénario concerne quatre populations reliées par deux divergences et deux remises en contact. Quatre groupes de populations ont subi chacun une double analyse afin d'évaluer la stabilité des estimations. De plus, les erreurs et biais relatifs moyens, calculés sur 500 jeux de données simulés avec des valeurs de paramètres voisines des estimations...
Tipo: Conference Paper Palavras-chave: ABEILLE DOMESTIQUE; INFERENCE BAYESIENNE; DIVERGENCE INFERENCE; DEMOGRAPHY; ADMIXTURE; MICROSATELLITE.
Ano: 2006 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2008c3c32ea6&uri=/notices/prodinra1/2008/08/
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Molecular confirmation of fourth lineage in honeybees from the Near East (mDNA, microsatellite, evolutionary history) Inra
Franck, P.; Garnery, L.; Solignac, M.; Cornuet, J.M..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: APIS MELLIFERA; EVOLUTION; SEQUENCE NUCLEOTIDIQUE.
Ano: 2000 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB0000015250083027&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Spatial analyses of ecological count data: a density map comparison approach Inra
Lavigne, C.; Ricci, B.; Franck, P.; Senoussi, R..
Analysing spatial patterns of population distributions may help to infer the decisive underlying ecological processes. Here we propose a method adapted to the spatial analysis of count data. Named MAPCOMP (MAP COMParison), it is based on the calculation of a formal distance, the Hellinger distance, between the density map of counts and the density map of sampling effort. Statistical tests of spatial homogeneity are based on count permutations across sampling sites and on valuable properties of the Hellinger distance. We assessed the efficiency of MAPCOMP by simulating different types and locations of clusters of individuals and compared its performance to the classical red–blue SADIE method, used as a reference. The two methods were also compared with...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: CYDIA POMONELLA; LEPIDOPTERA; TORTRICIDAE CLUSTERING; HELLINGER DISTANCE; HETEROGENEITY; MONTE CARLO PERMUTATIONS; SPATIAL PATTERN; SPATIAL STATISTICS.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20105ee2f455&uri=/notices/prodinra1/2011/05/
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Variation of microsatellite size homoplasy across electromorphs, loci, and populations in three invertebrate species Inra
Viard, F.; Franck, P.; Dubois, M.P.; Estoup, A.; Jarne, P..
Size homoplasy was analyzed at microsatellite loci by sequencing electromorphs, that is, variants of the same size (base pairs). This study was conducted using five interrupted and/or compound loci in three invertebrate species, the honey bee Apis mellifera, the bumble bee Bombus terrestris, and the freshwater snail Bulinus truncatus. The 15 electromorphs sequenced turned out to hide 31 alleles (i.e., variants identical in sequence). Variation in the amount of size homoplasy was detected among electromorphs and loci. From one to seven alleles were detected per electromorph, and one locus did not show any size homoplasy in both bee species. The amount of size homoplasy was related to the sequencing effort, since the number of alleles was correlated with the...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: HOMOPLASIE; ELECTROMORPHE; ALLELE; APIS MELIFERA; BOMBUS TERRESTRIS; BULINUS TRUNCATUS; MICROSATELLITE; STRUCTURE DE LA POPULATION MICROSATELLITES; SIZE HOMOPLASY; MUTATION MODEL; POPULATION STRUCTURE; INVERTEBRATES.
Ano: 1998 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9900008596078478&uri=/notices/prodinra1/2010/11/
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