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Caracterização de linhagens comerciais de café através de marcadores moleculares. Repositório Alice
SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; RUGGIERO, L. M. de C.; GUERREIRO-FILHO, O.; COLOMBO, C. A..
Estudos sobre a diversidade genética de espécies com finalidade de melhoramento genético representam importante preocupação dos melhoristas. Diversas técnicas moleculares têm permitido revelar uma diversidade genética presente no genoma que até então era desconhecida pelos cientistas. Muitas espécies de interesse agronômico têm sido alvo de estudos que abordam a diversidade genética em nível molecular. De uma maneira geral, os resultados obtidos a partir do uso dos marcadores têm sido bastante satisfatórios, principalmente para aquelas espécies que apresentam ampla base genética e insuficiente número de descritores botânicos para diferenciação de genótipos, como é o caso da mandioca. A base genética formada pelos cultivares de C. arabica, principal espécie...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Café; Marcadores moleculares; Variabilidade genética.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902634
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Caracterização molecular da interação cafeeiro/bicho-mineiro. Repositório Alice
MARTINATI, J. C.; CARDOSO, D. C.; GUERREIRO-FILHO, O.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; MALUF, M. P..
As plantas possuem sofisticados mecanismos de percepção à ataques externos e cujas informações são transmitidas de modo com que todo o seu sistema esteja preparado para agir em defesa própria. Para compreender as bases moleculares deste e outros mecanismos biológicos, pesquisas em larga escala envolvendo a expressão de genes são amplamente aplicadas. Para este estudo foram selecionados dois genótipos de cafeeiros, resistentes e suscetíveis ao bicho mineiro (Leucoptera coffeella), a fim de verificar as possíveis diferenças e semelhanças na expressão dos genes ao longo do processo de infestação. Para tanto, amostras de folhas das plantas foram coletadas em 3 tempos de infestação diferentes sendo eles, tempo zero (T0 ? antes da infestação), tempo 1 (T1 ?...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coffea arabica; Leucoptera coffeella; Microarranjo; Expressão gênica.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/903965
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Desenvolvimento de marcadores associados à resistência do bicho-mineiro: seleção e validação de SNPs. Repositório Alice
BAZIOLI, J. M.; GUIMARÃES, P. de S.; STRAZZA, B. A.; SCHENK, J. C. M.; PADILHA, L.; GUERREIRO-FILHO, O.; MALUF, M. P..
O objetivo deste estudo é o desenvolvimento de marcadores do tipo SNPs associados com a resistência ao bicho-mineiro em café. A estratégia principal utilizou as análises genômicas de microarranjo, para caracterização de expressão diferencial de genes-candidatos em plantas resistentes infestadas com o bicho-mineiro. Inicialmente, análises in silico de 2137 destes genes identificaram aqueles potencialmente relacionados com a especificidade da resposta de defesa da planta. Uma vez selecionados, o perfil de expressão de 22 genes foi confirmado por qRT-PCR em experimentos utilizando plantas resistentes e suscetíveis, infectadas pelo bicho-mineiro. Para busca de polimorfismos do tipo SNPs, que poderão ser utilizados como marcadores para seleção-assistida,...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção-assistida; Estresse biótico; Melhoramento molecular; Molecular breeding; Marker-assisted selection; Biotic stress.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113382
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Effects of somatic embryogenesis on gene expression of cloned coffee heterozygous hybrids. Repositório Alice
OLIVEIRA, K. C. de; GUIMARÃES, P. de S.; BAZIOLI, J. M.; MARTINATI, J. C.; SANTOS, M. M. dos; PADILHA, L.; GUERREIRO-FILHO, O.; MALUF, M. P..
Cloning of superior coffee plants by somatic embryogenesis can assist breeding programs on reducing the cost and time for launch of new cultivars. This study aimed to evaluate the efficiency of this methodology for cloning coffee trees with high heterozygosity, and to gather evidence that clonal progenies are faithful copies of mother plants. Selected plants IAC1 and IAC 2 from Coffea arabica breeding populations, resistant to leaf rust and leaf miner, respectively, were cloned via indirect somatic embryogenesis. Expression of selected genes involved in biological processes potentially affected by in vitro cultivation was evaluated by quantitative analysis. Genes encoding proteins associated with maintenance of DNA integrity and control of cell cycle...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: In vitro cultivation; Differential expression; Coffea Arábica; Somaclonal variation.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113261
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Expressão de genes de resistência em resposta à infecção por nematóides. Repositório Alice
SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; GUERREIRO-FILHO, O.; GONÇALVES, W..
A identificação de genes relacionados com a resistência de plantas a pragas e doenças é de grande importância para o entendimento dos mecanismos de defesa envolvidos durante o ataque de patógenos. Atualmente, vários desses genes, identificados em diferentes espécies vegetais, já foram caracterizados ao nível molecular e suas seqüências estão disponíveis em Bancos de Dados. Atualmente, com a conclusão do sequenciamento do Genoma Café, homólogos de genes de defesa tiveram suas seqüências estabelecidas. No entanto, estudos de genômica funcional são necessários para que o papel destes genes no mecanismo de resistência aos patógenos do café seja conhecido. Este trabalho tem como objetivo inicial caracterizar os mecanismos de defesa em café, através da...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão gênica; Mecanismos de defesa; Factores de transcrição.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909327
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Expressão gênica em resposta a deficiência nutricional em folhas resistentes e suscetíveis ao bicho-mineiro. Repositório Alice
MAIA, F. M.; STRAZZA, B. A.; SCHENK, J. C. M.; PADILHA, L.; GUERREIRO-FILHO, O.; MALUF, M. P..
A resposta de defesa de cafeeiros infestados pelo bicho-mineiro (Leucoptera coffeela) é influenciado por aspectos fisiológicos entre os quais está a disponibilidade de nutrientes. Plantas resistentes podem exibir lesões foliares correspondentes ao desenvolvimento do inseto quando a lavoura tem deficiência de adubação. O conhecimento sobre a interação entre mecanismos de transporte de nutrientes e resposta de defesa ao bicho-mineiro podem contribuir na elucidação da resistência ao inseto em cafeeiros. Este estudo avaliou a expressão relativa de genes associados ao metabolismo de potássio e nitrogênio, ao estresse oxidativo e a mecanismos de defesa em mudas de cafés submetidas a condições nutricionais limitantes. Mudas de progênies resistentes e suscetíveis...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Nutrição mineral; Mecanismos de defesa; Dano oxidativo; Miniral nutrition; Defese mecanisms; Plant nutrition; Oxidative stress.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1040327
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Genetic diversity of a Coffea germplasm collection assessed by RAPD markers. Repositório Alice
SILVESTRINI, M.; MALUF, M. P.; SILVAROLLA, M. B.; GUERREIRO-FILHO, O.; MEDINA-FILHO, H. P.; VANINI, M. M. T.; OLIVEIRA, A. S.; GAPARI-PEZZOPANE, C. de; FAZUOLI, L. C..
Genetic diversity and relationships within and among nine species of Coffea, one species of Psilanthus and the Piata? hybrid from the Coffee Germplasm Collection of Instituto Agronômico de Campinas (IAC), Brazil were assessed using RAPD markers. Genetic diversity and relationships were evaluated by proportion of polymorphic loci (P), Shannon?s genetic index (H0 and G0 ST) and clustering analysis. The overall RAPD variation among all accessions was mostly partitioned between rather than within species. However, C. canephora and C. liberica showed a high genetic diversity within the species (H0 sp = 0.414 and H0 sp = 0.380, espectively) and this was highly structured (high G0 ST). Genetic diversity from C. congensis and C. arabica was also structured, but...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Keywords Coffea; Genetic variability; Molecular markers; Plant collections.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880531
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Large-scale analysis of differential gene expression in coffee genotypes resistant and susceptible to leaf miner-toward the identification of candidate genes for marker assisted-selection. Repositório Alice
CARDOSO, D. C.; MARTINATI, J. C.; GIACHETTO, P. F.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; PADILHA, L.; GUERREIRO-FILHO, O.; MALUF, M. P..
A successful development of herbivorous insects into plant tissues depends on coordination of metabolic processes. Plants have evolved complex mechanisms to recognize such attacks, and to trigger a defense response. To understand the transcriptional basis of this response, we compare gene expression profiles of two coffee genotypes, susceptible and resistant to leaf miner (Leucoptera coffella). A total of 22000 EST sequences from the Coffee Genome Database were selected for a microarray analysis. Fluorescence probes were synthesized using mRNA from the infested and non-infested coffee plants. Array hybridization, scanning and data normalization were performed using Nimble Scan® e ArrayStar® platforms. Genes with foldchange values +/-2 were considered...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Microarranjo; Plant defense; Café; Coffea arabica; Leafminers; Genes; Microarray technology.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007801
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Study of simple sequence repeat markers from coffee expressed sequences associated to leaf miner resistance. Repositório Alice
PINTO, F. de O.; MALUF, M. P.; GUERREIRO-FILHO, O..
The objective of this work was to identify expressed simple sequence repeats (SSR) markers associated to leaf miner resistance in coffee progenies. Identification of SSR markers was accomplished by directed searches on the Brazilian Coffee Expressed Sequence Tags (EST) database. Sequence analysis of 32 selected SSR loci showed that 65% repeats are of tetra-, 21% of tri- and 14% of dinucleotides. Also, expressed SSR are localized frequently in the 5'-UTR of gene transcript. Moreover, most of the genes containing SSR are associated with defense mechanisms. Polymorphisms were analyzed in progenies segregating for resistance to the leaf miner and corresponding to advanced generations of a Coffea arabica x Coffea racemosa hybrid. Frequency of SSR alleles was...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Leucoptera coffeella; Microsatellites; Molecular markers; Microssatélites; Marcadores moleculares.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/881022
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