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A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. Repositório Alice
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868482
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An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; VIEIRA, F. D.; HERAI, R. H..
In this work, we present some results that are indirect evidences of Fibonacci String model fro DNA repetitive sequences growth.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Fibonacci; Bioinformatics.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1519
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Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H..
Chargaff once said that "I saw before me in dark contours the beginning of a grammar of Biology?. In linguistics, "grammar" is the set of natural language rules, but we do not know for sure what Chargaff meant by a "grammar" of Biology. Chargaff discovered some rules about nucleotides that have been named Chargaff's rules. In this work, we further develop his "grammar". Using new concepts, we were able to discover new higher order genomic rules that seem to be invariant across a large set of organisms, and show a fractal-like property, since no matter the scale, the same pattern is observed (self-similarity). We hope that these new invariant genomic rules may be used in different contexts, for example for short read data bias detection and genome assembly...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Bioinformática; Propriedade fractal; Genomics; Bioinformatics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974768
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CNBi: the new Brazilian National Consortium for Bioinformatics. Repositório Alice
HERAI, R. H.; VIDAL, R. O.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCHINI, K. G.; PEREIRA, G. G. A..
PRESENTATION: The National Consortium for Bioinformatics (CNBi) is a multidisciplinary center dedicated to research, development, management and technical support on questions arising from bioinformatics. It was created by a joint effort between three laboratories from São Paulo state in Brazil: the Genomic and Expression Laboratory (UNICAMP), Applied Bioinformatics Laboratory (EMBRAPA/CNPTIA) and National Laboratory of Biosciences (LNBio), and is organized as a distributed center inside the mentioned laboratories. MISSION: As a national center for bioinformatics, CNBi?s mission is the generation of new biotechnological information and advanced methods of computer-based information processing. Moreover it intends to act in the ?eld of genomics, proteomics...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Base de dados; Bioinformática; National Consortium for Bioinformatics; Bioinformatics; Databases.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868494
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Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. Repositório Alice
HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R..
Muitos genomas ainda apresentam erros de montagem. Tais erros são particularmente graves se ocorrerem em regiões gênicas, pois muitos trabalhos científicos se concentram exatamente nessas regiões por razões óbvias. Uma forma de tentar identificar erros de montagens em regiões gênicas é utilizar sequencias adquiras de forma independente, como, por exemplo bases de ESTs ou bases de Full length cDNA (FlcDNA). O foco deste trabalho é propor uma metodologia de Bioinformática que utiliza bibliotecas de FlcDNA para detectar tais erros.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Erros de montagem em genomas; Bioinformática; Genome; Bioinformatics; Bos taurus.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/876201
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Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks. Repositório Alice
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing is a common phenomenon in nematodes and kinetoplastids, and it has also been reported in other organisms, including humans. Up to now, all in silico strategies to find evidence of trans-splicing in humans have required that the candidate sequences follow the consensus splicing site rules (spliceosome-mediated mechanism). However, this criterion is not supported by the best human experimental evidence, which, except in a single case, do not follow canonical splicing sites. Moreover, recent findings describe a novel alternative tRNA mediated trans-splicing mechanism, which prescinds the spliceosome machinery. In order to answer the question, ?Are there hybrid mRNAs in sequence databanks, whose characteristics resemble those of the best human...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Inter-chromosomal trans-splicing; Non-canonical splicing sites; TRNA-mediatedtrans-splicing; Banco de dados; Bioinformatics.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/577947
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Development of a pipeline for CNV detection and analysis using data from SNP arrays. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. de P.; HERAI, R. H.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. de A.; GIACHETTO, P. F..
The objective of this study was to develop a bioinformatics pipeline for CNV identification and analysis from data generated by high density SNP chips genotyping from Illumina platform, which has been extensively used to genotyping cattle at Embrapa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado; Bioinformática; Single nucleotide polymorphism; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946496
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Is a genome a codeword of an error-correcting code? Repositório Alice
FARIA, L. C. B.; ROCHA, A. S. L.; KLEINSCHMIDT, J. H.; SILVA-FILHO, M. C.; BIM, E.; HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B.; PALAZZO JÚNIOR, R..
Since a genome is a discrete sequence, the elements of which belong to a set of four letters, the question as to whether or not there is an error-correcting code underlying DNA sequences is unavoidable. The most common approach to answering this question is to propose a methodology to verify the existence of such a code. However, none of the methodologies proposed so far, although quite clever, has achieved that goal. In a recent work, we showed that DNA sequences can be identified as codewords in a class of cyclic error-correcting codes known as Hamming codes. In this paper, we show that a complete intron-exon gene, and even a plasmid genome, can be identified as a Hamming code codeword as well. Although this does not constitute a definitive proof that...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Biologia; Sequência de DNA; Genome; Biology; Nucleotide sequences.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/925637
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PredIP: an in silico approach for automated protein interaction prediction in genomic and transcriptomic sequence databanks. Repositório Alice
ALVAREZ, J. C.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. G. A..
The fast-growing amount of protein interaction databanks have made possible to analyze deeply several metabolic or signaling pathways in different organisms. The information available in such databanks can be used to predict new protein interactions in transcriptome or proteome sequences, most of times this task is done by sequence homology or by structure similarity. In this way, several in silico systems were already proposed, like Peimap, which makes its predictions based on experimentally validated protein-protein interaction databanks of different organisms. A restricting criteria to use such tools is the input data, that only accepts proteomic sequences. Based on the importance of the protein complex prediction, and in the fact that several genomes...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bases de dados; Proteínas; Interação entre proteínas; Databases; Proteins; Moniliophthora perniciosa.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868512
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The genome projects of the closely related cacao pathogens Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa. Repositório Alice
CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; R. JÚNIOR, O.; NASCIMENTO, L. C.; TEIXEIRA, P. J.; TIBURCIO, R. A.; MONDEGO, J. M. C.; PEREIRA, G. A. G..
The basidiomycetes Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa are the etiologic agents of the two most devastating diseases in cacao (Theobroma cacao ): frosty pod rot and the witches? broom, respectively. The species are very closely related and even hybrid cells have been previously obtained. In cacao, both species infect pods, causing necrosis, and M. perniciosa is also able to invade other tissues causing changes in plant metabolisms, such as hyperplasia and hypertrophy. In order to understand the molecular basis of these organisms, we sequenced the genome of these two species. We also obtained transcriptomic data (RNA-seq) in several different conditions including the interaction between cacao and both pathogens. This work reports a pipeline...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Patógenos do cacau; Genoma; Moniliophthora roreri; Moniliophthora perniciosa; Theobroma cacao; Genome.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868507
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TORNADO: an automated pipeline for de novo hybrid genome assembly based on free software packages for sanger and next generation sequencing technologies (NGS). Repositório Alice
HERAI, R. H.; COSTA, G. G. D. L.; R. JÚNIOR, O.; VIDAL, R. O.; NASCIMENTO, L. C.; PARIZZI, L. P.; PEREIRA, G. G. A.; CARAZZOLLE, M. F..
Next generation sequence technologies (NGS) made possible to sequence entirely genomes in a fast way and low cost, from unicellular to complex organisms, like plants and mammals. These sequences can be assembled (i ) using a reference genome or by some de novo bioinformatics method, such as Velvet, SOAPDenovo, Edena, ABYSS, GS Assembler 454, Mira and ZORRO. They are mainly based on de Bruijin graphs or, in a few softwares, reads overlapping to form contigs and scaffolds. The involved filtering and assembly step are very sensitive for each type of tool, and can be a key factor to generate the best assembly results. This way, when a set of sequences from distinct technologies exists, from Sanger to NGS, it is necessary the use of distinct assembly strategies...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bases de dados; Bioinformática; Genoma; Genome; Moniliophthora perniciosa; Databases; Bioinformatics; Computer software.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868519
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Transcritos quiméricos em bovinos. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing é um fenômeno no qual exons dos transcritos primários de genes distintos se unem para formar um novo e único transcrito quimérico, sendo comum em nematóides e kinetoplastideos, mas raro em organismos superiores. Embora não seja tão bem compreendido quanto o cis-splicing, o trans-splicing tem despertado interesse devido às suas possíveis aplicações biotecnológicas, principalmente aquelas envolvendo regulação da expressão gênica ou formação de novas proteínas. Recentemente, desenvolvemos uma metodologia de Bioinformática para a detecção de transcritos quiméricos em bases de FlcDNA (Herai & Yamagishi, 2010a), e estendemos essa metodologia para organismos cujo genoma não tenha uma alta qualidade de montagem (Herai & Yamagishi, 2010b)....
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Trans-splicing em bovinos; Transcritos quiméricos; Bioinformática; Splicing; Gene expression regulation; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875254
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Transcritos quiméricos em bovinos. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B..
2010
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Transcritos Quiméricos.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868754
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Uma ferramenta WEB para identificação e visualização de sequências repetitivas em lócus gênico de animais e plantas. Repositório Alice
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Sequências repetitivas (SR) em lócus gênico de animais e plantas podem estar envolvidas em diversos fenômenos biológicos, como interferência por RNAi (Fire et al., 1998) e trans-splicing (Di Segni et al., 2008). A maioria das SR localiza-se em regiões de introns e, usualmente, seus estudos envolvem apenas sequências de mRNA, sendo necessário a estrutura intron-exon dos genes. Desta forma, é preciso realizar um mapeamento dos genes em seu respectivo genoma de referência para identificação de quatro tipos de SR: repetição reversa e complementar, repetição direta e complementar, repetição reversa e repetição direta. Este trabalho apresenta uma ferramenta WEB, chamada RepGraph, a qual integra algoritmos e ferramentas de bioinformática para identificar os pares...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ferramenta Web; Sequências repetitivas em lócus gênico; Bioinformática; RepGraph; Genômica; Web tool; Bioinformatics; Genomics.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/661118
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