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Análise preliminar de um processo para identificação e alinhamento de seqüências homólogas para proteínas com estrutura resolvida. Infoteca-e
HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
O objetivo deste trabalho é apresentar e fazer uma avaliação preliminar de um processo alternativo, denominado Sequences Homologue to the Query (Structure-having) Sequence-SH2Q, para elaboração de alinhamentos múltiplos semelhantes à aqueles relatados no HSSP. O processo aqui apresentado baseia-se em programas de domínio público para busca em bases de dados de sequências -Blast (Altschul et al., 1990, 1997) e para alinhamento múltiplo de sequências -ClustalW (Thompson et al., 1994) O critério para avaliação do mesmo é o grau de similaridade entre as medidas de Entropia Relativa, quando comparadas com os mesmos valores relatados pelo HSSP.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Processo para construção de alinhamento múltiplo.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/5069
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Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Repositório Alice
HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8262
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PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Repositório Alice
FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G..
Abstract. PDB-Metrics (http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/pdb_metrics/index.html) is a component of the Diamond STING suite of programs for the analysis of protein sequence, structure and function. It summarizes the characteristics of the collection of protein structure descriptions deposited in the Protein Data Bank (PDB) and provides a Web interface to search and browse the PDB, using a variety of alternative criteria. PDB-Metrics is a powerful tool for bioinformaticians to examine the data span in the PDB from several perspectives. Although other Web sites offer some similar resources to explore the PDB contents, PDB-Metrics is among those with the most complete set of such facilities, integrated into a single Web site. This program has been developed...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Banco de dados de proteína; PDB data distribution statistics; Protein Data Bank; Bioinformatics; Proteins.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8264
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Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Repositório Alice
BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G..
ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteína; Classe de enzima; Bayesian classification; Protein function prediction; Naive Bayes; Enzyme classification number; Bayesian classifier; Data classification; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9196
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Schistosoma mansoni: expression of Fes-like tyrosine kinase SmFes in the tegument and terebratorium suggests its involvement in host penetration. Repositório Alice
BAHIA, D.; MORTARA, R. A.; KUSEL, J. R.; ANDRADE, L. F.; LUDOLF, F.; KUSER, P. R.; AVELAR, L.; TROLET, J.; DISSOUS, C.; PIERCE, R. J.; OLIVEIRA, G..
Parasites. Identification of SmFes orthologues in other schistosoma species. Antibodies. Western blots. Immunofluorescence studies. Comparative protein structure modeling. SmFes homologues in other schistosome species. SmFes protein is differentially expressed during the parasite life cycle. Localization of SmFes in cercariae, schistosomula and miracidia. The role of the miracidial terebratorium. Modeling of the SmFes protein.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Proteína tirosina quinases; Immunolocalization; Schistosoma Mansoni; Host-parasite relationships; Protein-tyrosine kinases.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/4846
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STING Millennium: a web-based suite of programs for comprehensive and simultaneous analysis of protein structure and sequence. Repositório Alice
NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAPPAS JUNIOR, G.; TORRES, W. V.; CAMPOS, T. F. e; FERREIRA, L. L.; LUNA, F. M.; OLIVEIRA, A. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; HORITA, L. G.; SOUZA, D. F. de; DOMINIQUINI, F.; ÁLVARO, A.; LIMA, C. S.; OGAWA, F. O.; GOMES, G. B.; PALANDRANI, J. F.; SANTOS, G. F. dos; FREITAS, E. M. de; MATTIUZ, A. R.; COSTA, I. C.; ALMEIDA, C. L. de; SOUZA, S.; BAUDET, C.; HIGA, R. H..
Sting Millennium suite intrinsics. SMS organization. Sting Millennium Modes. Sting Millennium Modules. Millennium Features. Example of Sting Millennium Application.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Sting.
Ano: 2003 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8858
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Sting Millennium Suite: integrated software for extensive analyses of 3d structures of proteins and their complexes. Repositório Alice
HIGA, R. H.; TOGAWA, R. C.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. C. F.; OKIMOTO, I. K. S.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
The integration of many aspects of protein/DNA structure analysis is an important requiremeni for sofcware products in general área of structural bioinformatics. In fact, there are too few software packages on the internet which can be described as successful in this respect. We might say that what is still missing is publicly available, web based software for interactive analysis of the sequence/structure/function of proteins and their complexes with DNA and ligands. Some of existing software packages do have certain level of integration and do offer analysis of several structure related parameters, however not to the extent generally demanded by a user.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Sting Millennium Suite; Sting.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9093
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The Diamond Sting server. Repositório Alice
NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L..
Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/ expanding the Interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been Improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diamond STING; STING; Protein structures; JavaProtein Dossier.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9085
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The Diamond STING Server. Repositório Alice
NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L..
Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/expanding the interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diamond STING; STING; Protein structures; JavaProtein Dossier.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/186091
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