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Computação paralela aplicada à seleção genômica via inferência Bayesiana. Repositório Alice
LAGROTTA, M. R.; SILVA, F. F. e; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C. F.; MOTA, R. R..
Em seleção genômica (SG), o grande número de marcadores moleculares utilizados, bem como a demanda computacional dos modelos bayesianos, fundamentados nos algoritmos Monte Carlo Via Cadeias de Markov, faz com que as análises exijam semanas ou até meses de processamento. A computação paralela representa uma solução natural para este problema, visto que esta subdividi um algoritmo em várias tarefas independentes, as quais podem ser processadas em paralelo, reduzindo o tempo de processamento. Objetivou-se comparar a eficiência de processamento do método BayesCπ programado em paralelo com o seu algoritmo sequencial padrão. Duas estratégias de paralelização foram estudadas. A primeira envolveu a análise de múltiplas cadeias MCMC em paralelo, e a...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcadores SNP; Regressão Bayesiana; Statistics; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084055
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Funções de covariância para produção de leite no dia do controle em bovinos Gir leiteiro. Repositório Alice
PEREIRA, R. J.; LOPES, P. S.; VERNEQUE, R. da S.; SANTANA JUNIOR, M. L.; LAGROTTA, M. R.; TORRES, R. de A..
Resumo ? O objetivo deste trabalho foi estimar funções de covariância para a produção de leite no dia do controle (PLDC). Foram analisados 27 mil registros de PLDC de 3.362 primeiras lactações de vacas da raça Gir leiteira, paridas entre 1990 e 2007. As PLDC foram agrupadas em vinte classes quinzenais, analisadas por modelos de regressão aleatória, cujos efeitos aleatórios, genético-aditivo e de ambiente permanente foram modelados pelas funções de Wilmink (W) ou Ali & Schaeffer (AS). A modelagem da variância residual (VR) foi ajustada por meio de 1, 4, 6 ou 10 classes. As estimativas de herdabilidade para a PLDC variaram de 0,12 a 0,32, para a função AS, e de 0,09 a 0,33, para a função W, e foram maiores ao início da lactação. As correlações genéticas...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovinos de leite; Função paramétrica; Inferência bayesiana; Parâmetros genéticos.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/876486
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Relação entre características morfológicas e produção de leite em vacas da raça Gir. Repositório Alice
LAGROTTA, M. R.; EUCLYDES, R. F.; VERNEQUE, R. da S.; SANTANA JUNIOR, M. L.; PEREIRA, R. J.; TORRES, R. de A..
Resumo - O objetivo deste trabalho foi determinar parâmetros genéticos relacionados a características morfológicas e suas correlações genéticas com a produção de leite, em vacas da raça Gir. Utilizaram-se 3.805 registros provenientes de 2.142 vacas. O modelo utilizado na análise de características morfológicas continha os efeitos fixos de rebanho, ano e estação de classificação, estádio da lactação e idade da vaca à classificação, além da identificação do classificador. Quanto à produção de leite, foram incluídos no modelo os efeitos fixos de rebanho, ano e estação de parição e idade da vaca ao parto. Os parâmetros genéticos foram obtidos por meio do aplicativo REMLF90. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,09 a 0,54. A variabilidade genética...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Características de conformação; Correlação genética; Gir leiteiro; Índices de seleção; Parâmetros genéticos.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/857664
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