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A new BLAST-based Gbrowse plugin. Repositório Alice
VELLOZO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M..
In this work, we present a new plugin to search sequences against the genome using the BLAST tool.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genoma; Sequência genética; Bioinformatics; Genome; Sequence analysis.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946664
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Busca computacional por grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em Alphaherpesvirinae. Repositório Alice
CASTRO, G. M. de; LOBO, F. P..
Este estudo detectou diversos genes virais sabidamente relacionados à modulação do sistema imune dos hospedeiros sob evidência de seleção positiva.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção positiva; Alphaherpesvirinae.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/954557
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Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice
GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943643
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Comparative transcriptome analysis of eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. Repositório Alice
GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; TEIXEIRA, J.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genótipos de eucalipto; Alocação de carbono; Expressão gênica; Bioinformática; Eucalyptus; Carbon; Gene expression; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/932788
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Counting RNAseq reads: which way is better? Repositório Alice
SILVA, F. R. da; NODA, R. W.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; CARNEIRO, N. P..
In this work we show the variation of results we?ve found while working with ~1 billion Illumina reads from drought tolerant Sorghum bicolor genotype in the presence and absence of the stress and compared results found for key genes already characterized.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Sequência de RNA; Sorgo; Bioinformatics; Sorghum.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981626
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Daytime soybean transcriptome fluctuations during water deficit stress. Repositório Alice
RODRIGUES, F. A.; FUGANTI-PAGLIARINI, R.; MARCOLINO-GOMES, J.; NAKAYAMA, T. J.; MOLINARI, H. B. C.; LOBO, F. P.; HARMON, F. G.; NEPOMUCENO, A. L..
bitstream/item/166586/1/Nepomuceno-BMC-daytime.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Soja; Seca; Metabolismo vegetal; Abiotic stress; Metabolism; Drought; Soybeans.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1079491
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De novo assembly of a Nelore (Bos indicus) bull genome based on short read sequences. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; SILVA, F. R. da; GIACHETTO, P. F.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; SILVA, L. O. C. da; EGITO, A. A. do; SIQUEIRA, F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Zebu cattle breeds (Bos indicus) are widely used for milk and beef production in the tropics and show natural adaptations to biotic and abiotic stresses especially found in these regions. Advanced genomic tools will be essential to help unveil and explore the underlying genetic variations that distinguish taurine and indicine cattle and, at the same time, will facilitate the work of breeders striding towards incorporating genomic tools into breeding programs aiming to improve productivity and beef and milk quality.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Gado de corte; Zebu; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006398
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de novo genome assembly of the South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum). Repositório Alice
LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
The Tambaqui (Colossoma macropomum) is a freshwater fish species naturally found in the Amazon river basin which has historically been widely exploited by community and commercial fishing. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last ten years. Current production is above 120,000 metric tons per year with a strong growth trend, making it the most important native aquaculture species in Brazil. Data for generating the draft assembly were produced from shotgun libraries with two different insert sizes and mate-paired libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with Illumina HiSeq2000 technology. A total of 124.8Gbp quality-filtered...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência genômica; Tambaqui; Genome assembly; Sequence analysis; Colossoma macropomum.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1013201
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Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice
CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos; Aquicultura; Aquaculture; Fish; Genomics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003702
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Desenvolvimento de ferramentas genômicas para manejo e melhoramento genético de peixes nativos do Brasil. Repositório Alice
CAETANO, A. R.; ALVES, A. L.; VARELA, E. S.; VILLELA, L. C. V.; SILVA, N. M. A. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; HIGA, R. H.; PAIVA, S. R..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise genômica; Marcadores SNP; Peixes nativos; Aquicultura.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1000716
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Desenvolvimento de software para a detecção de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva. Repositório Alice
HONGO, J. A.; LOBO, F. P..
O presente trabalho descreve o desenvolvimento de um software para a busca por grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva. Nesse trabalho, desenvolveu-se um software em perl para integrar diversos softwares de terceiros capazes de realizar as tarefas individuais para a detecção de genes sob evidência de seleção positiva, conforme resumido na Figura 1.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Grupos de genes homólogos; Seleção positiva; Software.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/921073
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Design of the ATAQ peptide and its evaluation as an immunogen to develop a Rhipicephalus vaccine. Repositório Alice
AGUIRRE, A. de A. R.; LOBO, F. P.; ANDREOTTI, R..
Tick infestation may cause several problems including affecting domestic animal health and reducing the production of meat and milk, among others. Resistance to several classes of acaricides have been reported, forcing researchers to search for alternative measures, such as vaccines against ticks, to ensure tick control while having no or at least low negative impacts on the environment and public health. However, the current commercially available vaccines in different strains of Rhipicephalus microplus are reported to be of low efficacy. Fortunately, reverse vaccinology approaches have shown positive results in the new generation of vaccines. On this basis, a synthetic peptide from the ATAQ protein, which is present in the gut and Malpighi tubes of R....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Reverse vaccinology; ATAQ; Immunization; Rhipicephalus microplus; Rhipicephalus sanguineus; Synthetic peptide.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041997
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Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. Repositório Alice
HONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P..
A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Bioinformatics; Software; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/933206
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Detection of potential genetic variants affecting gene function in Guzerat cattle. Repositório Alice
ZERLOTINI NETO, A.; STAFUZZA, N. B.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; CHUD, T. C. S.; CAETANO, A. R.; MUNARI, D. P.; GARRICK, D. J.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; CARVALHO, M. R.; SILVA, M. V. G. B..
Guzerat is a dual-purpose breed recognized for important traits to its adaptation to adverse tropical environments such as resistance to parasites, heat tolerance and ability to intake forage with low nutritional value. Once genetic variation responsible for this traits has so far not been well characterized, the aim of this study was to identity single nucleotide variants (SNVs) and insertion/deletions (Indels) in Guzerat cattle breed from whole genome re-sequencing in order to characterize loss-of-function variants which could be associated with complex traits in this cattle breed.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Single nucleotide variants; Bioinformatics; Cattle.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067540
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Development of a computational pipeline to detect positive selection. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; HONGO, J. A.; LOBO, F. P..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genomas; Bioinformatics; Software; Genes; Genomes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/932798
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Draft genome sequence of the D-xylose-fermenting yeast Spathaspora arborariae UFMG-HM19.1AT. Repositório Alice
LOBO, F. P.; GONÇALVES, D. L.; ALVES JÚNIOR, S. L.; GERBER, A. L.; VASCONCELOS, A. T. R. de; BASSO, L. C.; FRANCO, G. R.; SOARES, M. A.; CADETE, R. M.; ROSA, C. A.; STAMBUK, B. U..
The draft genome sequence of the yeast Spathaspora arborariae UFMG-HM19.1AT (CBS 11463 = NRRL Y-48658) is presented here. The sequenced genome size is 12.7 Mb, consisting of 41 scaffolds containing a total of 5,625 predicted open reading frames, including many genes encoding enzymes and transporters involved in D-xylose fermentation.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Sequência genômica; Genome.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008143
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Draft genome sequencing of the Yeast Spathaspora arborariae sp. Repositório Alice
SANTOS, E. de M.; FRANCO, G. R.; STAMBUK, B. J. C. U.; ROSA, C. A.; LOBO, F. P..
This work provides the description of a draft genome of S. arborariae.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de genoma; Yeast Spathaspora arborariae sp.; Sequence analysis; Yeasts; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946642
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Elaeis oleifera genome draft - genomics of american oil palm. Repositório Alice
LIMA, R. S.; LOBO, F. P.; CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; RODRIGUES, E. L. de C.; ALVES, A. A.; YAMAGISHI, M. E. B.; SOUZA JUNIOR, M. T.; FORMIGHIERI, E. F..
In that scenario, Embrapa Agroenergy is making efforts to improve bioenergy generation and accelerate selection of superior genotypes, through NGS and large-scale genotyping technologies. Some colleagues have already estimated of Elaeis species genome size using flow cytometry, and in parallel, we sequenced one lane of Illumina HiSeq 2000 for three E. oleifera and one E. guineensis accessions, for initial comparison.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma de palmeira; Elaeis guineensis; Óleo de palma; Palm oils; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946637
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Embrapa Bioinformatic Multi-user laboratory. Repositório Alice
CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F..
Recently Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) implemented the Embrapa Bioinformatic Multi-user Laboratory(LMB) that provides a central point of convergency for related bioinformatics issues in the organization, a high performance computing (HPC) infrastructure to be used by employees and partners on solution of computational intensive problems in bioinformatics, and principally, provides specialized collaborators to realize training, assist the elaboration of projects with bioinformatics components and in specific cases contribute to execute them. The importance of LMB is best understood when one takes into account the way Embrapa research centers are geographically located. The research centers are distributed among the several regions of...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Bioinformatics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974773
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Embrapa Bioinformatics Multi-Users Laboratory - LMB. Repositório Alice
KUSER-FALCÃO, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, F. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; HIGA, R.; VIEIRA, F..
The Bioinformatics Multi-Users Laboratory of Embrapa provides an array of shared research resources and infra-structure to the Embrapa community and research collaborators The primary mission of the LMB is to address the increasing need of Embrapa investigators for support and solutions in Bioinformatics in a collaborative environment. To fulfill this mission, the LMB collaborates on research projects that require expertise in genome assembly, meta-genomics analysis to unravel candidate genes, molecular markers, differential gene expression, and structural bioinformatics, and assists in the implementation of computational solutions .
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pesquisa e desenvolvimento; Bioinformática; Research and development; Bioinformatics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946438
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