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KOMODO2 - Large-scale genomic inference. Repositório Alice
LOBO, F.; HONGO, J..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Genomics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008419
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POTION: a massive parallel program for identification of homologous genes under positive selection on genomic scale datasets. Repositório Alice
HONGO, J.; CASTRO, G.; SILVA, F.; CINTRA, L.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F..
The search for positive selection is also highly parallelizable, since each group of homologous can be analyzed independently. Here we describe POTION (POsitive selecTION), a massively parallel software to automatically detect positive selection on genomic scale data, ideal for analysis of large datasets in cluster infrastructures
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Bioinformatics; Computer software; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946632
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POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. Repositório Alice
HONGO, J. A.; CASTRO, G. de; CINTRA, L.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F..
We present POTION, an open source, modular and end-to-end software for genome-scale detection of positive Darwinian selection in groups of homologous coding sequences. Our software represents a key step towards genome-scale, automated detection of positive selection, from predicted coding sequences and their homology relationships to high-quality groups of positively selected genes.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão gênica; Bioinformatics; Computer software; Gene expression.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035022
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Serendipitomics: a new virus found on an RNA-seq library. Repositório Alice
CASTRO, G. M. de; BOITEUX, L. S.; FONSECA, M. E. de N. F.; LOBO, F.; RECH, E.; SILVA, F. R. da..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Genomics; Papaya ringspot virus; Nucleotide sequences.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008424
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Using genomic signature to detect cases of coevolution in viral/host systems - the Poxviridae family. Repositório Alice
LOBO, F.; COUTINHO, T..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Poxviridae; Genomics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1008417
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