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Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource Braz. J. Plant Physiol.
Vieira,Luiz Gonzaga Esteves; Andrade,Alan Carvalho; Colombo,Carlos Augusto; Moraes,Ana Heloneida de Araújo; Metha,Ângela; Oliveira,Angélica Carvalho de; Labate,Carlos Alberto; Marino,Celso Luis; Monteiro-Vitorello,Claúdia de Barros; Monte,Damares de Castro; Giglioti,Éder; Kimura,Edna Teruko; Romano,Eduardo; Kuramae,Eiko Eurya; Lemos,Eliana Gertrudes Macedo; Almeida,Elionor Rita Pereira de; Jorge,Érika C.; Albuquerque,Érika V. S.; Silva,Felipe Rodrigues da; Vinecky,Felipe; Sawazaki,Haiko Enok; Dorry,Hamza Fahmi A.; Carrer,Helaine; Abreu,Ilka Nacif; Batista,João A. N.; Teixeira,João Batista; Kitajima,João Paulo; Xavier,Karem Guimarães; Lima,Liziane Maria de; Camargo,Luis Eduardo Aranha de; Pereira,Luiz Filipe Protasio; Coutinho,Luiz Lehmann; Lemos,Manoel Victor Franco; Romano,Marcelo Ribeiro; Machado,Marcos Antonio; Costa,Marcos Mota do Carmo; Sá,Maria Fátima Grossi de; Goldman,Maria Helena S.; Ferro,Maria Inês T.; Tinoco,Maria Laine Penha; Oliveira,Mariana C.; Van Sluys,Marie-Anne; Shimizu,Milton Massao; Maluf,Mirian Perez; Eira,Mirian Therezinha Souza da; Guerreiro Filho,Oliveiro; Arruda,Paulo; Mazzafera,Paulo; Mariani,Pilar Drummond Sampaio Correa; Oliveira,Regina L.B.C. de; Harakava,Ricardo; Balbao,Silvia Filippi; Tsai,Siu Mui; Mauro,Sonia Marli Zingaretti di; Santos,Suzana Neiva; Siqueira,Walter José; Costa,Gustavo Gilson Lacerda; Formighieri,Eduardo Fernandes; Carazzolle,Marcelo Falsarella; Pereira,Gonçalo Amarante Guimarães.
Coffee is one of the most valuable agricultural commodities and ranks second on international trade exchanges. The genus Coffea belongs to the Rubiaceae family which includes other important plants. The genus contains about 100 species but commercial production is based only on two species, Coffea arabica and Coffea canephora that represent about 70 % and 30 % of the total coffee market, respectively. The Brazilian Coffee Genome Project was designed with the objective of making modern genomics resources available to the coffee scientific community, working on different aspects of the coffee production chain. We have single-pass sequenced a total of 214,964 randomly picked clones from 37 cDNA libraries of C. arabica, C. canephora and C. racemosa,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coffea; CDNA; EST; Transcriptome.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1677-04202006000100008
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Caracterização de novos isolados de Bacillus thuringiensis para o controle de importantes insetos-praga da agricultura Bragantia
Campanini,Emeline Boni; Davolos,Camila Chiaradia; Alves,Eliane Cristina da Cunha; Lemos,Manoel Victor Franco.
A bactéria Bacillus thuringiensis Berliner produz um corpo de inclusão paraesporal (cristal) de natureza proteica, formado durante a esporulação, que atua de forma eficiente no controle de insetos-praga de culturas economicamente importantes. Esse cristal é constituído de proteínas Cry, que são codificadas pelos genes cry; um isolado pode ser caracterizado pelo conteúdo de genes cry que apresenta. Visando caracterizar novos isolados no combate de insetos-praga pertencentes às ordens Lepidoptera e Coleoptera, 76 isolados bacterianos foram analisados molecularmente e tiveram seu potencial de controle avaliado por meio de bioensaios com larvas de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith), Sphenophorus levis Vaurie e Tenebrio molitor Linnaeus. As análises moleculares...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Controle biológico; Genes cry; Spodoptera frugiperda; Sphenophorus levis; Tenebrio molitor.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052012000300007
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Caracterização do gene vip3A e toxicidade da proteína Vip3Aa50 à lagarta-do-cartucho e à lagarta-da-soja PAB
Figueiredo,Camila Soares; Marucci,Suzana Cristina; Tezza,Renata Izabel Dozzi; Lemos,Manoel Victor Franco; Desidério,Janete Apparecida.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar o gene vip3A de Bacillus thuringiensis e verificar a toxicidade da proteína Vip3Aa50 a larvas da lagarta-do-cartucho (Spodoptera frugiperda) e da lagarta-da-soja (Anticarsia gemmatalis). O gene vip3A foi amplificado por PCR, com iniciadores específicos, e gerou um fragmento de 2.370 pb. Esse fragmento foi clonado em vetor pGEM-T Easy e, em seguida, sequenciado, subclonado em vetor de expressão pET-28a (+) e inserido em células de Escherichia coli BL21 (DE3). A expressão da proteína Vip3Aa50 foi induzida por isopropil-β-D-1-tiogalactopiranosídeo (IPTG), visualizada em SDS-PAGE e detectada por "Western blot". Os ensaios de toxicidade revelaram alta atividade da proteína Vip3Aa50 contra as larvas neonatas da...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Anticarsia gemmatalis; Spodoptera frugiperda; Controle biológico; Expressão heteróloga; Proteína inseticida vegetativa.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000900005
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Characterization and selection of Bacillus thuringiensis isolates effective against Sitophilus oryzae Scientia Agricola
Silva,Najara da; Thuler,Ana Maria Guidelli; Abreu,Irlan Leite de; Davolos,Camila Chiaradia; Polanczyk,Ricardo Antonio; Lemos,Manoel Victor Franco.
The entomopathogenic bacterium Bacillus thuringiensis is a control agent with toxic and environmental characteristics that allows the control of pest insects according to the Integrate Pest Management (IPM) precepts. In order to find new strains, potentially toxic to Sitophilus oryzae L. 1763 (Coleoptera: Curculinidae), 1.073 strains of B. thuringiensis from parts of Brazil were used. Genetic material was extracted with InstaGene Matrix kit, used for the amplification of sequences in Polymerase chain reaction (PCR), and viewed in 1.5% agarose gel. The gene cry35Ba class was represented by 60 B. thuringiensis isolates (5.6%), which were then subjected to bioassays with S. oryzae larvae. Among the isolates studied, four caused more than 50% mortality in...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Coleoptera; Curculionidade; Crystal protein; Entomopathogenic bacterium.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162010000400015
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Composition of Extracellular Polymeric Substances (EPS) produced by Flavobacterium columnare isolated from tropical fish in Brazil BJM
Sebastião,Fernanda de Alexandre; Pilarski,Fabiana; Lemos,Manoel Victor Franco.
Thirty nine isolates of Flavobacterium columnare from Brazilian fish farms had their carbohydrate composition of EPS evaluated by high efficiency liquid chromatography, using the phenol-sulfuric acid method of EPS. The occurrence of capsules on F. columnare cells was not directly related to biofilm formation, and the predominant monosaccharide is glucose.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Biofilm; Extracellular polymeric substances; Flavobacterium columnare; Fish.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822013000300030
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Expression of the sigma35 and cry2AB genes involved in Bacillus thuringiensis virulence Scientia Agricola
Guidelli-Thuler,Ana Maria; Abreu,Irlan Leite de; Lemos,Manoel Victor Franco.
There are several genes involved in Bacillus thuringiensis sporulation. The regulation and expression of these genes results in an upregulation in Cry protein production, and this is responsible for the death of insect larvae infected by Bacillus thuringiensis. Gene expression was monitored in Bacillus thuringiensis during three developmental phases. DNA macroarrays were constructed for selected genes whose sequences are available in the GenBank database. These genes were hybridized to cDNA sequences from B. thuringiensis var. kurstaki HD-1. cDNA probes were synthesized by reverse transcription from B. thuringiensis RNA templates extracted during the exponential (log) growth, stationary and sporulation phases, and labeled with 33PadCTP. Two genes were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cry genes; Gene expression; Sigma factor.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162009000300016
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Fluorescent amplified fragment length polymorphism (fAFLP) analyses and genetic diversity in Litopenaeus vannamei (Penaeidae) Genet. Mol. Biol.
Gonçalves,Michelle Mantovani; Lemos,Manoel Victor Franco; Galetti Junior,Pedro Manoel; Freitas,Patrícia Domingues de; Furtado Neto,Manuel Antonio Andrade.
The Pacific white shrimp, Litopenaeus vannamei (Penaeidae), represents about 95% of all Brazilian shrimp production. The Brazilian L. vannamei foundation broodstock was made up of specimens collected from different American Pacific sites, but little information was collected on the genetic structure of the broodstock. We used the fluorescence amplified fragment length polymorphism (fAFLP) method to study the genetic diversity of L. vannamei broodstock lines 03CMF1 and 03CBF1 originally produced by breeder-shrimps imported mainly from Panama and Ecuador, although wild individuals from other localities may also have been used in producing these two lines. Our results showed a total of 93 polymorphic bands ranging from 50 to 500 bp, the mean Nei's genetic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: FAFLP; Genetic diversity; Litopenaeus vannamei; Penaeidae; Shrimp.
Ano: 2005 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572005000200016
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Identificação de genes cry de Bacillus thuringiensis no controle de Sphenophorus levis, o bicudo da cana-de-açúcar Bragantia
Cícero,Elaine Aparecida Silva; Ferraudo,Antonio Sergio; Lemos,Manoel Victor Franco.
A bactéria B. thuringiensis caracteriza-se pela produção de proteínas tóxicas a representantes de diversas ordens de insetos, as quais são codificadas por genes cry. Este trabalho foi realizado com objetivo de selecionar isolados de B. thuringiensis, por meio da caracterização morfológica e molecular, identificando as diferentes subclasses dos genes cry3 e cry35 e determinar a patogenicidade contra Sphenophorus levis, uma das mais importantes pragas da cultura da cana-de-açúcar. Foram utilizados 1163 isolados de B. thuringiensis e com a observação em microscópio com contraste de fases foram confirmadas como pertencentes à espécie de B. thuringiensis. O material genético foi purificado pela matriz de troca iônica "Instagene Matrix" e submetido a PCR com...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: PCR; Bioensaio; Controle biológico.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052009000400001
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Identificação e caracterização de genes vip e cry coleóptero‑específicos em isolados de Bacillus thuringiensis PAB
Alves,Meire de Cássia; Rossi,Juliana Regina; Rodrigues,Maria Gabriela Fontanetti; Alves,Eliane Cristina da Cunha; Ferraudo,Antonio Sergio; Lemos,Manoel Victor Franco; Desidério,Janete Apparecida; Fernandes,Odair Aparecido.
O objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar os genes cry3, vip1, vip2 e vip1/vip2 em uma coleção de 1.078 isolados de Bacillus thuringiensis potencialmente tóxicos para larvas de coleópteros. Foram utilizados pares de oligonucleotídeos iniciadores gerais obtidos a partir de regiões conservadas dos genes e do alinhamento de sequências consenso. Posteriormente, os isolados positivos foram caracterizados por meio da técnica de PCR‑RFLP, tendo-se utilizado enzimas de restrição específicas, para identificar novas subclasses de genes nos isolados. Cento e cinquenta e um isolados foram positivos para os genes avaliados, com maior frequência para o gene vip1/vip2 (139 isolados). Pela técnica de PCR‑RFLP, foram observados 14 perfis polimórficos, o que...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bioprospecção; Coleoptera; Controle biológico; PCR‑RFLP; Proteínas inseticidas vegetativas; Toxicidade.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000900012
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Interação de proteínas Cry1 e Vip3A de Bacillus thuringiensis para controle de lepidópteros-praga PAB
Crialesi-Legori,Paula Cristina Brunini; Davolos,Camila Chiaradia; Lemes,Ana Rita Nunes; Marucci,Suzana Cristina; Lemos,Manoel Victor Franco; Fernandes,Odair Aparecido; Desidério,Janete Apparecida.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a suscetibilidade das lagartas Anticarsia gemmatalis (Lepidoptera: Erebidae) e Chrysodeixis includens (Lepidoptera: Noctuidae) às proteínas Cry1 e Vip3A, bem como determinar se há a interação entre essas proteínas no controle das duas espécies. Bioensaios com as proteínas isoladas e em combinações foram realizados, e as concentrações letais CL50 e CL90 foram estimadas para cada condição. As proteínas Cry1Aa, Cry1Ac e Vip3Af foram as mais efetivas no controle de A. gemmatalis, enquanto Cry1Ac, Vip3Aa e Vip3Af foram mais efetivas no de C. includens. As proteínas Cry1Ac e Cry1Ca causaram maior inibição do desenvolvimento das larvas sobreviventes à CL50, em ambas as espécies. Combinações entre Vip3A e Cry1 apresentam...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Anticarsia gemmatalis; Chrysodeixis includens; Manejo da resistência; Piramidação de genes; Sinergismo; Soja transgênica.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2014000200079
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Molecular differentiation between Salmonella enterica subsp enterica serovar Pullorum and Salmonella enterica subsp enterica serovar Gallinarum BJM
Ribeiro,Simone Alves Mendes; Paiva,Jaqueline Boldrin de; Zotesso,Fábio; Lemos,Manoel Victor Franco; Berchieri Júnior,Ângelo.
S. Pullorum (SP) and S. Gallinarum (SG) are very similar. They are the agents of pullorum disease and fowl typhoid, respectively, and the two diseases are responsible for economic losses in poultry production. Although SP and SG are difficult to be differentiated in routine laboratory procedures, the ability to metabolize ornithine is a biochemical test that may be used to achieve this aim. While SP is able to decarboxylate this amino acid, SG is not. However, the isolation of strains showing atypical biochemical behavior has made this differentiation difficult. One of the genes associated with the metabolization of the amino acid ornithine is called speC, and is found in both serovars. The analysis of 21 SP and 15 SG strains by means of PCR did not enable...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Salmonella Pullorum; Salmonella Gallinarum; Differentiation; PCR.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822009000100032
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Pathogenicity of Aspergillus westerdijkiae to females and oothecae of Periplaneta Americana Ciência Rural
Baggio,Mariah Valente; Ferreira,Marcelo da Costa; Monteiro,Antonio Carlos; Maldonado Junior,Walter; Lemos,Manoel Victor Franco.
ABSTRACT: Cockroach control is performed by the application of chemical insecticides which exert high selective pressure on populations and introduces synthetic substances in the environment, motivating the search for other methods of control such as entomopathogenic fungi. The objectives of this study were to investigate the pathogenicity of the JAB 42 Aspergillus westerdijkiae to females and oothecae of Periplaneta americana and to demonstrate its mechanism of action on oothecae. Suspensions containing 106 to 108 conidia/ml were used to infect females and oothecae. Mortality and other variables such as scanning electron microscopy were used to demonstrate the mechanism of action of the fungus. The isolated JAB 42 A. westerdijkiae is pathogenic to...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Cockroach; Biological control; Ovicide.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782016000100020
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Relação entre toxicidade de proteínas Vip3Aa e sua capacidade de ligação a receptores intestinais de lepidópteros-praga PAB
Marucci,Suzana Cristina; Figueiredo,Camila Soares; Tezza,Renata Izabel Dozzi; Alves,Eliane Cristina da Cunha; Lemos,Manoel Victor Franco; Desidério,Janete Apparecida.
Resumo:O objetivo deste trabalho foi avaliar a toxicidade de novas proteínas Vip3Aa e sua capacidade de ligação a vesículas de membrana da microvilosidade apical (VMMA) do intestino de lagartas neonatas de Spodoptera frugiperda, Anticarsia gemmatalise Heliothis virescens. Proteínas expressas pelos genes vip3Aa42 e vip3Aa43 mostraram-se tóxicas a S. frugiperda (CL50 de 78,2 e 113 ng cm-2, respectivamente) e A. gemmatalis(CL50 de 239,2 e 57,5 ng cm-2, respectivamente), e pouco tóxicas a H. virescens (CL50>5.000 ng cm-2). Os ensaios de ligação às VMMA mostraram que as proteínas unem-se de forma efetiva aos receptores nas vesículas das espécies avaliadas, mas essa capacidade de ligação somente é efetiva na ativação da toxicidade para as populações avaliadas...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Anticarsia gemmatalis; Heliothis virescens; Spodoptera frugiperda; Manejo de resistência; Proteína Cry; Vesículas de membrana.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2015000800637
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Requirement for cobalamin by Salmonella enterica serovars Typhimurium, Pullorum, Gallinarum and Enteritidis during infection in chickens BJM
Paiva,Jacqueline Boldrin de; Penha Filho,Rafael Antonio Casarin; Berchieri Junior,Angelo; Lemos,Manoel Victor Franco.
Salmonella enterica serovar Typhimurium synthesizes cobalamin (vitamin B12) only during anaerobiosis. Two percent of the S. Typhimurium genome is devoted to the synthesis and uptake of vitamin B12 and to B12-dependent reactions. To understand the requirement for cobalamin synthesis better, we constructed mutants of Salmonella serovars Enteritidis and Pullorum that are double-defective in cobalamin biosynthesis (ΔcobSΔcbiA). We compared the virulence of these mutants to that of their respective wild type strains and found no impairment in their ability to cause disease in chickens. We then assessed B12 production in these mutants and their respective wild type strains, as well as in S. Typhimurium ΔcobSΔcbiA, Salmonella Gallinarum ΔcobSΔcbiA, and their...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Salmonella; Cobalamin; Gene deletion; Chickens.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822011000400024
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Toxicidade e capacidade de ligação de proteínas Cry1 a receptores intestinais de Helicoverpa armigera (Lepidoptera: Noctuidae) PAB
Sebastião,Isis; Lemes,Ana Rita Nunes; Figueiredo,Camila Soares; Polanczyk,Ricardo Antonio; Desidério,Janete Apparecida; Lemos,Manoel Victor Franco.
Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a toxicidade e a capacidade de ligação das proteínas Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac e Cry1Ca, de Bacillus thuringiensis, a receptores intestinais de Helicoverpa armigera. Realizou-se análise de ligação das proteínas ativadas às vesículas de membrana da microvilosidade apical (VMMA) do intestino médio deH. armigera, além de ensaios de competição heteróloga para avaliar sua capacidade de ligação. Cry1Ac destacou-se como a proteína mais tóxica, seguida por Cry1Ab e Cry1Aa. A proteína Cry1Ca não foi tóxica às lagartas e, portanto, não foi possível determinar os seus parâmetros de toxicidade CL50 e CL90. As proteínas Cry1Aa, Cry1Ab e Cry1Ac são capazes de se ligar a um mesmo receptor nas membranas intestinais, o que aumenta...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bacillus thuringiensis; Manejo da resistência; Manejo integrado de pragas; Piramidação de genes; Proteínas inseticidas; Vesículas de membrana.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2015001100999
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