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A gene-transcription factor network associated with residual feed intake based on SNVs/InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds. Repositório Alice
VERARDO, L. L.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; ZERLOTINI NETO, A.; CHUD, T. C. S.; GARRICK, D. J.; COLE, J. B.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; MARTINS, M. F.; SILVA, M. V. G. B..
The aim of this study was to analyze whole-genome re-sequencing data focusing on SNVs and InDels identified in Gir, Girolando and Holstein cattle breeds related to RFI. Thus, genes showing SNVs/InDels in TF binding sites (5' UTR variants) were used to search for TF related to feed intake and to generate a gene-TF network for RFI across two purebred and one admixed dairy cattle breeds. Moreover, we were able to perform a comparative analysis accessing similarities and dissimilarities at the genomic level across these breeds.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequência de dados; Single Nucleotide Variations (SNVs); Insertions/deletions (InDels); Whole-genome; Whole-genome re-sequencing data; Gado de Corte; Bos Indicus; Variação Genética; Cattle breeds.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1105518
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Análise de agrupamento hierárquico e não hierárquico de valores genéticos para características de desempenho em uma linha paterna de frangos de corte. Repositório Alice
MARCHESI, J. A. P.; BERNARDES, P. A.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise de agrupamento; Valores genéticos; Características de desempenho; Linha paterna; Frangos de corte.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1031692
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Análise de componentes principais do peso corporal e de características reprodutivas de fêmeas da raça Canchim. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; SAVEGNAGO, R. P.; RAMOS, S. B.; NUNES, B. do N.; CARDOSO, D. F.; MUNARI, D. P.; ALENCAR, M. M. de..
O objetivo deste trabalho foi verificar a relação entre os valores genéticos de características reprodutivas e produtivas de fêmeas da raça Canchim, por meio da análise de componentes principais. Os valores genéticos de 10.802 animais para idade ao primeiro parto (VGIPP), idade ao segundo parto (VGISP), peso corporal de fêmeas aos 420 dias de idade (VGP420) e intervalo de partos (VGIP) foram estimados por meio do método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal uni-característica. Posteriormente, os valores genéticos destas características foram utilizados na análise de componentes principais. O critério de Kaiser foi utilizado para selecionar os componentes principais que apresentaram informação relevante em relação ao conjunto de dados. Os...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Análise multivariada; Idade ao primeiro parto; Peso corporal; Gado de corte.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/856812
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Análise de componentes principais dos valores genéticos para peso corporal e de órgãos de aves de corte. Repositório Alice
ROSA, J. O.; SAVEGNAGO, R. P.; MARCHESI, J. A. P.; CRUZ, V. A. R. da; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P..
2016
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Componentes principais; Valores genéticos; Peso corporal; Aves de corte.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1059048
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Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genotipagem; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981977
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Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; STAFUZZA, N. B.; MUNARI, D. P.; LIMA, A. L. F.; IRGANG, R.; MACHADO, M. A.; PANETTO, J. C. do C.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
Abstract BACKGROUND: Runs of homozygosity (ROH) are continuous homozygous segments of the DNA sequence. They have been applied to quantify individual autozygosity and used as a potential inbreeding measure in livestock species. The aim of the present study was (i) to investigate genome-wide autozygosity to identify and characterize ROH patterns in Gyr dairy cattle genome; (ii) identify ROH islands for gene content and enrichment in segments shared by more than 50% of the samples, and (iii) compare estimates of molecular inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix approach (FGRM) and based on the observed versus expected number of homozygous genotypes (FHOM), and from pedigree-based coefficient (FPED). RESULTS: ROH were identified in...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Dairy traits; Inbreeding coefficients; ROH islands; Bos Indicus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100275
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Associação do receptor da adiponectina com cortes nobres e características relacionadas à deposição de gordura em uma linhagem paterna de frangos de corte. Repositório Alice
CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; MARCHESI, J. A. P.; PANDOLFI, J. R. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; Gordura abdominal; ADIPOR 1; Frango de corte.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968188
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Associação dos marcadores moleculares de IGF1, GH e PIT1 com os valores genéticos para perímetro escrotal em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
MUNARI, D. P.; GRUPIONI, N. V.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; PAZ, C. C. P..
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Marcadores; Perímetro escrotal; Raça Canchim; Valores genéticos.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/573409
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Associações genéticas de parâmetros de curvas de crescimento e características reprodutivas em femeas da raça Canchim. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GAVIOLLI, V. R. N.; MUNARI, D. P.; FREITAS, A. R. de; ALENCAR, M. M. de.
O objetivo deste trabalho foi estimar a herdabilidade dos parâmetros A (peso à maturidade) e k (taxa de maturação) da predição da curva de crescimento (Brody) de fêmeas e a correlação genética dessas características com a idade (IPP) e o peso (PPP) ao primeiro parto e idade (ISP) e peso (PSP) ao segundo parto, em um rebanho da raça Canchim. Utilizou-se o método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal, em análises bi-características que incluíram o efeito fixo de grupo de contemporâneos e os efeitos aleatórios aditivo direto e residual. As médias das estimativas de herdabilidade foram iguais a 0,34; 0,13; 0,14; 0,44; 0,16 e 0,39 para A, k, IPP, PPP, ISP e PSP, respectivamente. Estes resultados sugerem que é possível, porém difícil, obter...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Correlação genética; Herdabilidade; Taxa de maturação; Peso assintótico.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/856807
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Associações genômicas para perímetro escrotal ao desmame em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. A.; REGITANO, L. C. de A.; SCHENKEL, F. S.; ALENCAR, M. M. de; MUNARI, D. P..
O objetivo deste trabalho foi estudar a associação entre polimorfismos de base única (SNP) com os valores genéticos do perímetro escrotal mensurado ao desmame (PED) em bovinos de corte de raça sintética. Neste estudo foram utilizados 285 animais da raça Canchim e 114 animais do grupo genético MA (utilizados na formação da raça Canchim), genotipados com o painel de alta densidade (786.799 SNPs). Após o controle de qualidade de informações (genótipos e fenótipos) restaram 672.778 SNPs e 392 animais. Foram observadas associações para PED nos cromossomos 20 e 28. Após a correção para múltiplos testes (?false discovery rate?) ao nível de 10%, 12 SNPs foram significativamente associados, ao longo do cromossomo, com PED. Novos e promissores genes associados com...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gado de corte; Melhoramento genético; Seleção genômica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964251
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Association of apolipoprotein B and adiponectin receptor 1 genes with carcass, bone integrity and performance traits in a paternal broiler Line. Repositório Alice
CRUZ, V. A. R. da; SCHENKEL, F. S.; SAVEGNAGO, R. P.; GRUPIONI, N. V.; STAFUZZA, N. B.; SARGOZAEL, M.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P..
Apolipoprotein B (APOB) and Adiponectin Receptor 1 (ADIPOR1) are related to the regulation of feed intake, fat metabolism and protein deposition and are candidate genes for genomic studies in birds. In this study, associations of two single nucleotide polymorphisms (SNPs) g.102A>T (APOB) and g.729C>T (ADIPOR1) with carcass, bone integrity and performance traits in broilers were investigated. Genotyping was performed on a paternal line of 1,454 broilers. The SNP detection was carried out by PCR-RFLP technique using the restriction enzymes HhaI for the SNP g.729C>T and MslI for the SNP g.102A>T. The association analyses of the two SNPs with 85 traits were performed using the restricted maximum likelihood (REML) and Generalized Quasi-Likelihood...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Frango de corte; Carcaça; Genética animal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1025860
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Association of Apolipoprotein B gene with carcass, performance, and organ traits in a paternal broiler line. Repositório Alice
CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; CHUD, T. C. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014223
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Association of RUNX2 and TNFSF11 genes with production traits in a paternal broiler line. Repositório Alice
GRUPIONI, N. V.; STAFUZZA, N. B.; CARVAJAL, A. B.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P..
Abstract: Intense selection for production traits has improved the genetic gain of important economic traits. However, selection for performance and carcass traits has led to the onset of locomotors problems and decreasing bone strength in broilers. Thus, genes associated with bone integrity traits have become candidates for genetic studies in order to reduce the impact of bone disorders in broilers. This study investigated the association of the RUNX2 and TNFSF11 genes with 79 traits related to performance, carcass composition, organs, and bone integrity in a paternal broiler line. Analyses of genetic association between single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and traits were carried out using the maximum likelihood procedures for mixed models. Genetic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Frango de corte; Animal breeding; Broiler chickens.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1069536
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Association of the adiponectin receptor 1 gene with bone integrity traits in a paternal broiler line. Repositório Alice
CRUZ, V. A. R. da; IBELLI, A. M. G.; SAVEGNAGO, R. P.; NASCIMENTO, G. B.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL. F. S.; LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; MUNARI, D. P..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014222
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Association of the Runt-related transcription factor 2 (RUNX2) gene with bone integrity traits in a paternal broiler line. Repositório Alice
GRUPIONI, N. V.; VENTURINI, G. C.; IBELLI, A. M. G.; PEIXOTO, J. de O.; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético animal; Ave; Animal genetics; Broiler.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014243
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Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F..
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Padroes ROH; Endogamia; Gado Nelore; Genoma; Genética Animal; Homozygosity.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101339
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Avaliação da endogamia de uma população de aves de postura White Leghorn. Repositório Alice
ROSA, J. O.; VARGAS, G.; BERNARDES, P. A.; FIGUEIREDO, E. A. P. de; LEDUR, M. C.; MUNARI, D. P..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Inbreeding; Layers; Mating; Galinha para postura; Endogamia; Acasalamento.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/968179
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Avaliação de abordagens estatísticas para análise da expressão gênica diferencial em dados reais de RNA-seq Repositório Alice
SBARDELLA, A. P; FONSECA, I.; WELLER, M. A. DEL C. A.; STAFUZZA, N. B.; OLIVEIRA, J. R,; WATANABE, R. N.; COSTA, R, M. da; CARVAJAL, A. B.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F.; MUNARI, D. P..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão diferencial; Bovinos de leite; Sequenciamento.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072447
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Avaliação dos coeficientes de endogamia em bovinos da raça Gir (Bos primigenius indicus) Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; OLIVIERI. B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A. de; TONUSSI, R. L.; MUNARI, D. P.; PANETTO, J. C. do C.; MACHADO, M. A.; VENTURA, R. V.; BALDI, F.; SILVA, M. V. G. B..
2017
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Autozigosidade; Corridas de Homozigose; Pedigree.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072487
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Candidate genes for male and female reproductive traits in Canchim beef cattle. Repositório Alice
BUZANSKAS, M. E.; GROSSI, D. do A.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CHUD, T. C. S.; STAFUZZA, N. B.; ROLA, L. D.; MEIRELLES, S. L. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; SILVA, M. V. G. B.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P..
Background: Beef cattle breeding programs in Brazil have placed greater emphasis on the genomic study of reproductive traits of males and females due to their economic importance. In this study, genome-wide associations were assessed for scrotal circumference at 210 d of age, scrotal circumference at 420 d of age, age at first calving, and age at second calving, in Canchim beef cattle. Data quality control was conducted resulting in 672,778 SNPs and 392 animals. Results: Associated SNPs were observed for scrotal circumference at 420 d of age (435 SNPs), followed by scrotal circumference at 210 d of age (12 SNPs), age at first calving (six SNPs), and age at second calving (four SNPs). We investigated whether significant SNPs were within genic or surrounding...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Gado Canchim; Beef cattle; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Quantitative trait loci.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074373
Registros recuperados: 73
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