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Alternative models for QTL detection in livestock. I. General introduction Inra
Elsen, J.M.; Mangin, B.; Goffinet, B.; Boichard, D.; Le Roy, P..
Dans une série d’articles scientifiques, des modèles alternatifs pour la détection de (QTLs chez les animaux de ferme sont proposés et leurs propriétés sont évaluées par simulation. Ce premier article décrit le modèle de base utilisé, qui concerne des familles indépendantes de demi-germains de père, avec des phénotypes marqueurs mesurés sur deux ou trois générations et des phénotypes quantitatifs mesurés seulement sur la dernière génération. Les hypothèses sont données et l’expression de la vraisemblance décrite en détail. À partir de ce modèle de base, différentes alternatives ont été étudiées, incluant diverses modélisations des performances et la prise en compte de structures familiales avec de vrais germains. Leurs principales caractéristiques...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE QTL DETECTION; MAXIMUM LIKELIHOOD.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007c16af24a&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. II. Likelihood approximations and sire marker genotype estimations Inra
Mangin, B.; Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M..
Dans ce papier, nous comparons quatre méthodes, qui permettent de résoudre le problème relatif à la phase inconnue des mâles aux marqueurs dans des familles de demi-germains, lorsque aucune information sur les grands-parents n’est disponible. Ces méthodes sont comparées, en utilisant l’approximation gaussienne de la vraisemblance à l’intérieur de chaque descendance à la place de la vraisemblance du mélange de distribution. Dans la première étude par simulation, les propriétés respectives du modèle gaussien et du modèle de mélange sont étudiées pour la méthode la plus simple de reconstruction des gamètes des mâles. Les deux modèles conduisent à des tests comparables au regard de leur puissance mais l’erreur quadratique moyenne d’estimation de...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; PHASE DE LINKAGE INCONNU; TEST DU RAPPORT DE VRAISEMBLANCE HALF-SIB FAMILIES; QTL DETECTION; UNKNOWN LINKAGE PHASE; GAUSSIAN APPROXIMATION; LOG-LIKELIHOOD RATIO TEST.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD200757228d08&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Alternative models for QTL detection in livestock. III. Heteroskedastic model and models corresponding to several distributions of the QTL effect Inra
Goffinet, B.; Le Roy, P.; Boichard, D.; Elsen, J.M.; Mangin, B..
Ce papier décrit deux types de modèles alternatifs pour la détection de QTL dans les populations animales : un modèle hétéroscédastique d’une part, et des modèles correspondants à différentes hypothèses sur la distribution de l’effet de substitution du QTL pour chaque mâle : un nombre fixe et limité d’allèles ou au contraire un nombre infini d’allèles. Les puissances des différents tests construits avec ces hypothèses sont calculées dans différentes situations. L’estimation de la variance génétique liée au QTL est donnée dans certaines situations. Les résultats montrent de faibles différences de puissance entre les différents modèles, mais des différences importantes dans la qualité des estimations. De plus, on construit un modèle dans une...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: FAMILLE DE DEMI-FRERES; MODELE HETEROSCEDASTIQUE; DESEQUILIBRE DE LIAISON; DETECTION DE QTL HALF-SIB FAMILIES; HETEROSKEDASTIC MODEL; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL DETECTION.
Ano: 1999 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD20072be1f4a8&uri=/notices/prodinra1/2007/07/
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Comparaison de trois critères pour prédire la valeur génétique individuelle Inra
Mangin, B.; Thibault, B..
Le meilleur prédicteur linéaire sans biais pour la valeur génétique individuelle est comparé, sur un exemple, avec la valeur phénotypique et la valeur phénotypique corrigée des effets milieux. Il est intéressant de constater que ce prédicteur intègre dans son calcul une part de la valeur phénotypique corrigée des effets mi lieux et une part de la valeur génétique familiale. Un programme BLUP, écrit en FORTRAN, développé sur MINI-6 CII-HB est disponible à la demande.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PREDICTION; MEILLEUR PREDICTEUR LINEAIRE SANS BIAIS; VALEUR GENETIQUE INDIVIDUELLE.
Ano: 1985 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800040111067284&uri=/notices/prodinra1/2009/02/
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Does probabilistic modelling of linkage disequilibrium evolution improve the accuracy of QTL location in animal pedigree ? Inra
Cierco-Ayrolles, C.; Dejean, C.; Legarra, A.; Gilbert, H.; Druet, T.; Ytournel, F.; Estivals, D.; Oumouhou, N.; Mangin, B..
BACKGROUND: Since 2001, the use of more and more dense maps has made researchers aware that combining linkage and linkage disequilibrium enhances the feasibility of fine-mapping genes of interest. So, various method types have been derived to include concepts of population genetics in the analyses. One major drawback of many of these methods is their computational cost, which is very significant when many markers are considered. Recent advances in technology, such as SNP genotyping, have made it possible to deal with huge amount of data. Thus the challenge that remains is to find accurate and efficient methods that are not too time consuming. The study reported here specifically focuses on the half-sib family animal design. Our objective was to determine...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: PROBABILISTIC MODELLING; LINKAGE DISEQUILIBRIUM; QTL; SNP; MARKER; GENETIC; PEDIGREE.
Ano: 2010 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2010dbb9309f&uri=/notices/prodinra1/2010/12/
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Methodes mathematiques pour l'etude des genes controlant des caracteres quantitatifs Inra
Goffinet, B.; Beckmann, J.; Boichard, D.; Causse, M.; Charcosset, A.; Chevalet, C.; Christophe, C.; Colleau, J.J.; Demenais, F.; Durel, C.E.; Elsen, J.M.; Foulley, J.L.; Gallais, A.; Gotz, K.U.; Hospital, H.; Kremer, A.; Lorieux, M.; Lefort-Buson, M.; Le Roy, P.; Loisel, P.; Mangin, B.; Maurice, A.; Perrier, X.; Pons, O.; Rebaï, A.; Rodolphe, F.; San Cristobal, M.; Vu Tien Khang, J..
Nous présentons ici les travaux s’inscrivant dans le cadre du projet «Mathématiques et marqueurs moléculaires», en abrégé «MMM». Ces travaux ont pour objet l’identification et l’utilisation de gènes contrôlant des caractères quantitatifs - ou QTL (quantitative trait loci) - à partir de l’information issue des phénotypes, de la généalogie et de marqueurs moléculaires. Une première partie concerne la mise en évidence de gènes à effet majeur et l’utilisation de ces gènes en sélection, à partir d’informations phénotypiques (mesures sur le caractère dont le contrôle génétique est recherché) et généalogiques (relations de parenté entre individus de la population mesurée). La deuxième partie concerne l’utilisation conjointe de ces informations...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MAXIMUM DE VRAISEMBLANCE; CARACTERE QUANTITATIF; SELECTION DIRIGEE; AMELIORATION DES PLANTES; CARTE GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9400023110039598&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Schema de selection: de la representation genealogique au modele statistique. Justification asymptotique Inra
Goffinet, B.; Mangin, B..
Le but de cet article est de démontrer qu’avec des hypothèses simples de tirage aléatoire d’individus dans des populations on peut donner une justification asymptotique au modèle décrit dans Mangin et Vincourt (1992). La démonstration donnée ici généralise les démonstrations que l’on peut trouver dans la littérature pour des modèles particuliers. Pour aider à la compréhension des notations et démonstrations, les aspects qui seront étudiés dans ce papier seront tout d’abord décrits dans le cadre d’un exemple puis généralisés. On décrit d’abord le modèle à effets fixes engendré par les règles de Mangin et Vincourt (1992), et on précise les conditions supplémentaires naturelles qui ne diminuent pas la dimension de l’espace des paramètres estimables....
Tipo: Journal Article Palavras-chave: JUSTIFICATION ASYMPTOTIQUE; NOTATION; ANALYSE DE VARIANCE; MODELE ALEATOIRE; DIALLELE; POPULATION ANIMALE; GENEALOGIE.
Ano: 1993 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9500007391043271&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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Schémas de sélection : de la représentation généalogique au modèle statistique. Elaboration du modèle Inra
Mangin, B.; Vincourt, P..
Nous présentons une méthode s'adressant plus particulièrement à des sélectionneurs d'espèces végétales qui veulent modéliser leurs observations dans le cadre des modèles linéaires multivariables à effets aléatoires et fixes. Cette méthode est basée sur une description par un schéma de la généalogie des plantes manipulées dans un protocole de sélection . Nous proposons des règles de construction du schéma et les illustrations sur un exemple. En utilisant une représentation de ce schéma à l'aide d'un graphe orienté, nous donnons une méthode pour construire le modèle statistique pour la valeur génétique des individus et énonçons les règles qui permettent de trouver les variance-covariances entre apparentés.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: MODELE STATISTIQUE; GRAPHE; MODELE LINEAIRE; ESPECE VEGETALE; PLANTE; SELECTION VARIETALE; GENEALOGIE.
Ano: 1992 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PUB9800040127067299&uri=/notices/prodinra1/2007/11/
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