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A SNP in NEUROD1 is associated with production traits in Nelore beef cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; NORONHA, C. T.; MALAGO JUNIOR, W.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Candidate gene; Feed consuption.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/992509
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Allele- and parent-of-origin-specific effects on expression of the KCNJ11 gene: a candidate for meat tenderness in cattle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; NICIURA, S. C. M.; TIZIOTO, P. C.; IBELLI, A. M. G.; GASPARIN, G.; ROCHA, M. I. P.; DONATONI, F. A. B.; MALAGO JUNIOR, W.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; MUDADU, M. de A.; BARIONI JUNIOR, W.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/147026/1/Souza-et-al-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Expressão alélica diferencial; Maciez da carne; Gado Nelore; Alleles.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1052240
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Allele-specific gene expression in liver of Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A.; NICIURA, S. C. M..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Allele-specific expression; Genome regulation; Genetic improvement.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073455
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: MicroRNAs; Residual Feed Intake; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102149
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An integrative transcriptome analysis indicates regulatory mRNA-miRNA networks for residual feed intake in Nelore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; OLIVEIRA, G. B. de; DINIZ, W, J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REGITANO, L. C. de A..
Residual Feed Intake (RFI) is an economically relevant trait in beef cattle. Among the molecular regulatory mechanisms, microRNAs (miRNAs) are an important dimension in post-transcriptional regulation and have been associated with different biological pathways. Here, we performed differential miRNAs expression and weighted gene co-expression network analyses (WGCNA) to better understand the complex interactions between miRNAs and mRNAs expressed in bovine skeletal muscle and liver. MiRNA and mRNA expression data were obtained from Nelore steers that were genetically divergent for RFI (N = 10 [low RFI or feed efficient]; N = 10 [high RFI or feed inefficient]). Differentially expressed and hub miRNAs such as bta-miR-486, bta-miR-7, bta-miR15a, bta-miR-21,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RFI; MiRNA; Gado Nelore; Beef cattle; Nellore; Skeletal muscle.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1099755
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Análise de qualidade de RNA para estudo do perfil transcriptômico de animais extremos para eficiência alimentar da raça Nelore. Repositório Alice
SERRA, V.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O. de; GASPARIN, G.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA; Perfil transcriptômico; Raça Nelore.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/965648
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Associação genômica com maciez de carne na raça Nelore. Repositório Alice
REGITANO, L. C. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; MOURÃO, G. B.; REDE BIFEQUALI.
As análises do genoma bovino, incluindo mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci), SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) e, mais recentemente, a genotipagem em larga escala, poderão contribuir para a seleção precoce de bovinos. A análise de associação genômica, utilizando dados da genotipagem de 470 animais no Illumina BovineHD BeadChip, identificou regiões associadas com força de cisalhamento medida 24 horas após o abate (P≤ 0,001) nos cromossomos 2, 10, 13, 16 e 21, em famílias de referência da raça Nelore. A análise dos genes localizados nessas regiões associadas com maciez de carne poderá permitir a identificação de genes de efeito maior, que poderão ser usados na seleção assistida por marcadores.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP chip; Carne; Maciez; Raça Nelore; Cisalhamento.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943050
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Association analyses pointed the TIPARP as a potential candidate gene influencing residual feed intake variation in Nelore cattle. Repositório Alice
LIMA, A. O. de; OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; AFONSO, J.; SOMAVILLA, A. L.; DINIZ, W. J. da S.; SILVA, J. V. da; ROCHA, M. I. P.; MUDADU, M. de A.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Haplótipo; SNPs; Gado de corte; Gado nelore; Haplotypes; Nellore.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056239
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Association of skeletal muscle transcripts with fatty acid content in Nellore cattle. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L..
2016
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Conjugated linoleic acid; Oleic acid; Differentially expressed genes.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1060623
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Co-expression network analysis identifies genes associated with iron content in bovine muscle. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; Systems biology.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1075630
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Co-expression network analysis identifies genes associated with meat tenderness. Repositório Alice
DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; ROCHA, M. I. P.; LIMA, A. O. de; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Tenderness is an important trait of meat quality and is known to be influenced by several factors including genetic composition.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene expression; Network analysis; System biology.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1080848
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Differences in the skeletal muscle transcriptome profile associated with extreme values of fatty acids content. Repositório Alice
CESAR, A. S. M.; REGITANO, L. C. de A.; POLETI, M. D.; ANDRADE, S. C. da S.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; FELICIO, A. M.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; LANNA, D. P. D.; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; KOLTES, J. E.; WATERS, E. F.; MOURAO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/153206/1/artigo5-Cesar-BMCGenomics-2016.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos Indicus; Human health; Lipids.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1060542
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Differentially expressed miRNAs in skeletal muscle related to feed efficiency in Nellore cattle. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, G. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; REECY, J. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Gene regulation; Residual feed intake; Bos indicus; Bos indicus.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056602
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Erratum to: 'Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle'. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
bitstream/item/156478/1/Genomic-structure-and-market-derived-gene-BMC-genomics.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Erratum; Beef cattle; Meat quality.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1065244
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Genes diferencialmente expressos no músculo Longissimus dorsi de novilhos nelore divergentes para eficiência bruta. Repositório Alice
SILVA, J. V. da; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; AFONSO, J.; DINIZ, W. J. da S.; LIMA, A. O. de; SOUZA, M. M. de; ROCHA, M. I. P.; BUSS, C. E.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNA-seq; Bos indicus; Eficiência alimentar.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1054252
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Genome-enabled prediction of breeding values for feedlot average daily weight gain in nelore cattle. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; REGITANO, L. C. de A.; ROSA, G. J. M.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; SOUZA, M. M. de; COUTINHO, L. L.; MUNARI, D. P..
Nelore is the most economically important cattle breed in Brazil, and the use of genetically improved animals has contributed to increase beef production efficiency. The Brazilian beef feedlot industry has grown considerably in the last decade, so the selection of animals with higher growth rates on feedlot has become quite important. Genomic selection could be used to reduce generation intervals and improve the rate of genetic gains. The aim of this study was to evaluate the prediction of genomic estimated breeding values for average daily gain in 718 feedlot-finished Nelore steers. Analyses of three Bayesian model specifications (Bayesian GBLUP, BayesA, and BayesCπ) were performed with four genotype panels (Illumina BovineHD BeadChip, TagSNPs,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genomic selection; Bos taurus indicus; Growth.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1070097
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Genome-wide distribution of allele-specific expression in Nelore steers muscle. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; NICIURA, S. C. M.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; LIMA, A. O.; AFONSO, J.; CESAR, A. S. M; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
The difference between the allelic expression of a gene is known as allele-specific expression (ASE), and it is a common event in mammal?s transcriptome. ASE is named genomic imprinting when guided by epigenetics mechanisms regarding the allele parental origin.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: ASE; Allele-specific expression; Polimorfismo Genético; Melhoramento Genético Animal; Gene expression.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1100405
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Genome-wide efficient mixed-model study for meat quality in Nellore cattle. Repositório Alice
BUSS, C. E.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; MUDADU, M. de A.; CESAR, A. S. M.; VENTURA, R. V.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; COUTINHO, L. L.; TULLIO, R. R.; REGITANO, L. C. de A..
2016
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Nelore; Qualidade da carne; Gado nelore; Meat quality.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057159
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Genomic structure and marker-derived gene networks for growth and meat quality traits of brazilian nelore beef cattle. Repositório Alice
MUDADU, M. de A.; PORTO NETO, L. R.; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N. de; TULLIO, R. R.; NASSU, R. T.; NICIURA, S. C. M.; THOLON, P.; ALENCAR, M. M. de; HIGA, R. H.; ROSA, A. do N.; FEIJO, G. L. D.; FERRAZ, A. L. J.; SILVA, L. O. C. da; MEDEIROS, S. R. de; LANNA, D. P. D.; NASCIMENTO, M. L. do; CHAVES, A. S.; SOUZA, A. R. D. L.; PACKER, I. U.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; SIQUEIRA, F.; MOURAO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REVERTER, A.; REGITANO, L. C. de A..
Nelore is the major beef cattle breed in Brazil with more than 130 million heads. Genome-wide association studies (GWAS) are often used to associate markers and genomic regions to growth and meat quality traits that can be used to assist selection programs. An alternative methodology to traditional GWAS that involves the construction of gene network interactions, derived from results of several GWAS is the AWM (Association Weight Matrices)/PCIT (Partial Correlation and Information Theory). With the aim of evaluating the genetic architecture of Brazilian Nelore cattle, we used high-density SNP genotyping data (~770,000 SNP) from 780 Nelore animals comprising 34 half-sibling families derived from highly disseminated and unrelated sires from across Brazil....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: AWM; PCIT; GWAS; Genotyping.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1053714
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Identificação de genes candidatos posicionais para eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
OLIVEIRA, P. S. N. de; SOMAVILLA, A. L.; MOURÃO, G. B.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A..
A Eficiência alimentar é uma característica produtiva importante por estar ligada à produtividade do rebanho. O Consumo Alimentar Residual (CAR) é um parâmetro de eficiência não correlacionado com taxa de crescimento e peso metabólico, sendo utilizado em programas de melhoramento. O objetivo deste estudo foi identificar genes candidatos posicionais para CAR em animais da raça Nelore. Para isso, 273 animais foram genotipados através do Illumina BovineHD BeadChip (770 k). Após a estimação dos valores BLUP (Best Linear Unbiased Prediction), a análise de associação foi realizada através do programa PLINK. Através do software Gbrowse e do programa DAVID foram visualizados genes presentes em regiões associadas com CAR e suas respectivas rotas metabólicas....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Associação; Bos indicus; Consumo alimentar.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943141
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