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An overall evaluation of the resistance (R) and pathogenesis-related (PR) superfamilies in soybean, as compared with Medicago and Arabidopsis. Repositório Alice
WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BELARMINO, L. C.; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; BEZERRA-NETO, J. P.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; ABDELNOOR, R. V.; BINNECK, E.; CARAZZOLE, M. F.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Plants have the ability to recognize and respond to a multitude of pathogens, resulting in a massive reprogramming of the plant to activate defense responses including Resistance (R) and Pathogenesis-Related (PR) genes. Abiotic stresses can also activate PR genes and enhance pathogen resistance, representing valuable genes for breeding purposes. The present work offers an overview of soybean R and PR genes present in the GENOSOJA (Brazilian Soybean Genome Consortium) platform, regarding their structure, abundance, evolution and role in the plantpathogen metabolic pathway, as compared with Medicago and Arabidopsis. Searches revealed 3,065 R candidates (756 in Soybean, 1,142 in Medicago and 1,167 in Arabidopsis), and PR candidates matching to 1,261 sequences...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Biotic stress; Pathogen response; Soja; Resposta da planta; Doença de planta; Gene; Genoma; Soybeans; Bioinformatics; Plant diseases and disorders; Genome; Genes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926612
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Análise de segregantes na identificação de marcadores ligados a genes de resistência a virose em feijão-caupi. Repositório Alice
ONOFRE, A. V. C.; AMORIM, L. L. B.; PANDOLFI, V.; KIDO, E. A.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. M.; FREIRE FILHO, F. R.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; ISEPPON, A. M. B..
bitstream/item/182845/1/pag27.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caupi; Marcador Molecular; Vírus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/513316
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Análise transcricional de Vigna unguiculata infectada por potyvírus (CABMV) através de LongSAGE. Repositório Alice
BARBOSA, P. K. A; CALSA JUNIOR, T; PANDOLFI, V.; KIDO, E. A.; ROCHA, M. de M.; SITTOLIN, I. M; ANDRADE, G. P; PIO-RIBEIRO, G.; BENKO-ISEPPON, A. M..
2008
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Tags; Estresse biótico; CABMV; SAGE.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/70618
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Avaliação de diferentes métodos de extração de RNA total em folhas de Vitis vinifera infectadas por Xanthomonas campestris. Repositório Alice
SILVA, J. B. da; SILVA, R. L. de O.; FERREIRA NETO, J. R. C.; ARAÚJO, F. T. de; PANDOLFI, V.; ARAÚJO, A. C. C. de; LEMOS, A. B.; RÊGO, M. de S.; OLIVEIRA, M. F. de; MELO, N. F. de; ISEPPON, A. M. B..
Este trabalho objetivou testar diferentes protocolos de extração de RNA para tecidos foliares de videira infectadas por X. campestres e identificar o mais eficiente para o tecido avaliado..
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vitis vinifera; Xanthomonas campestres; RNA; Uva; Melhoramento genético; Folha; Doença; Bactéria; Genetic improvement.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057616
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Brazilian cowpea transcriptome project: over five million expressed sequence tags to understand salinity and virus resistance. Repositório Alice
KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; BARBOSA, P. K. A.; SILVA, L. C. B. da; SILVA, A. B. da; MONTE, S. J. H. do; BRANDÃO, R. M. S. de S.; ARAUJO, A. de S.; CASTRO, J. A. F. de; SOARES-CAVALCANTI, N. da M.; CALSA-JUNIOR, T.; ROCHA, M. M.; WINTER, P.; KAHL, G.; ROTTER, B.; HORRES, R.; MOLINA, C.; JUNGMANN, R.; AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FARIAS NETO, J. C.; GRANJEIRO, T. B.; LIMA, A. S.; LOBO, M. D. P.; HOULLOU-KIDO, L. M.; CARVALHO, R. de; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BARROS, P. dos S.; VIEIRA-MELLO, G. S.; BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. de A.; PEDROSA-HARAND, A.; ANDRADE, P. P. de; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; SITTOLIN, I. M.; FREIRE FILHO, F. R.; CASTRO, L. A. B. de; BENKO-ISEPPON, A. M..
bitstream/item/182776/1/Congresso-p25.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caupi; Genética; Vírus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/513094
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Citogenética comparativa em leguminosas cultivadas. Repositório Alice
BRASILEIRO-VIDAL, A. C.; BORTOLETI, K. C. A.; BENKO-ISEPPON, A. M.; VASCONCELOS, E. V. V.; FONSÊCA, A.; PEDROSA-HARAND, A.; OLIVEIRA, A. R. S.; BELARMINO, L. C.; AMORIM, L. L. B.; ABDELNOOR, R. V.; PANDOLFI, V.; MELO, N. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Microssatélites.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/919348
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Differential transcriptional profiling of phakopsora pachyrhizi-infected soybean revealed by high-thoughput supersage. Repositório Alice
KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; FERREIRA NETO, J. R. C.; BARBOSA, P. D. de A.; ANDRADE, P. P. de; LANE, R.; GUIMARÃES, F. C. M.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Soja.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/952758
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Efeito de pre-tratamento de frio na espiga ou na antera sobre a capacidade androgenética da cultivar de cevada BR-2. Repositório Alice
PANDOLFI, V.; FERNANDES, M. I. B. de M.; BRAMMER, S. P..
1999
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Trigo.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/825289
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Haplodiploidização e identificação de genótipos de cevada com capacidade androgenética no programa de melhoramento da Embrapa Trigo. Repositório Alice
BRAMMER, S. P.; FERNANDES, M. I. B. de M.; MINELLA, E.; ARIAS, G.; SÓ e SILVA, M.; IORCZESKI, E. J.; SILVA, A. L. S. da; PANDOLFI, V..
1999
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Barley; Breeding.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/825290
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Haplodiploidização e identificação de genótipos de cevada com capacidade androgenética no programa de melhoramento da Embrapa Trigo. Repositório Alice
BRAMMER, S.; FERNANDES, M. I. B. de M.; MINELLA, E.; ARIAS, G.; SÓ e SILVA, M.; IORCZESKI, E. J.; SILVA, A. L. S.; PANDOLFI, V..
1999
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Barley; Breeding.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/825252
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In silico identification of known osmotic stress responsive genes from Arabidopsis in soybean and Medicago. Repositório Alice
SOARES-CAVALCANTI, N. N.; BELARMINO, L. C.; KIDO, E. A.; WANDERLEY-NOGUEIRA, A. C.; BEZERRA-NETO, J. P.; CAVALCANTI-LIRA, R.; PANDOLFI, V.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; NASCIMENTO, L. C.; BENKO-ISEPPON, A. M..
Plants experience various environmental stresses, but tolerance to these adverse conditions is a very complex phenomenon. The present research aimed to evaluate a set of genes involved in osmotic response, comparing soybean and medicago with the well-described Arabidopsis thaliana model plant. Based on 103 Arabidopsis proteins from 27 categories of osmotic stress response, comparative analyses against Genosoja and Medicago truncatula databases allowed the identification of 1,088 soybean and 1,210 Medicago sequences. The analysis showed a high number of sequences and high diversity, comprising genes from all categories in both organisms. Genes with unknown function were among the most representative, followed by transcription factors, ion transport...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Osmotic stress; Stress-responsive genes; Soja; Genoma; Gene; Stress; Soybeans; Genes; Plant stress.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926644
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Isolamento do proteoma solúvel de folha e raiz de Stylosanthes scabra vogel. para análise diferencial. Repositório Alice
LIMA, S. C. B. da A.; SILVA, F. A. C.; PENA, E. P. N.; OLIVEIRA, M. de S.; MELO, N. F. de; ISEPPON, A. M. B.; PANDOLFI, V.; TERCÍLIO CALSA JÚNIOR.
Este trabalho teve como objetivo testar processos para esta espécie, acesso 85/UNEB.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Stylosanthes scabra; Melhoramento genetico; Planta forrageira; Caatinga; Genetic improvement.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1057615
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Mapa genético de feijão-caupi com marcadores derivados de marcadores gênicos e não codificantes. Repositório Alice
AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O. da; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; CARVALHO, R. de; HORRES, R.; MORETZSOHN, M. de C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; MONTE, S. J. H.; PANDOLFI, V.; ANDRADE, G. P.; PIO-RIBEIRO, G.; KIDO, É. A.; BENKO-ISEPPON, A. M..
O presente estudo buscou a construção de um mapa genético de feijão-caupi, incluindo genes de resistência ao vírus do mosaico severo do caupi (CPSMV), bem como sua associação a marcadores moleculares. Para isso, uma população de 94 RILs F6, segregando para reação ao vírus foi genotipada a partir de quatro categorias de marcadores: SSR-EST, ISSR, DAF e CAPS. Adotando o LOD de 2,0 e uma frequência máxima de recombinação de 0,40, foram mapeados 53 locos em 11 grupos de ligação cobrindo uma distância de recombinação total de 716,2 cM. O gene de resistência ao CPSMV foi mapeado no grupo de ligação 1, entre dois marcadores SSR-EST, a 6,1 cM do primeiro e 24,1 do segundo. As etapas seguintes envolvem o mapeamento fino desta região, visando identificar marcadores...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão de Corda; Marcador Molecular; Vírus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/657084
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Mapeamento genético e marcadores moleculares associados à resistência do feijão-caupi ao vírus do mosaico severo. Repositório Alice
AMORIM, L. L. B.; ONOFRE, A. V. C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; SILVA, R. L. O. da; CORREIA, C. N.; SILVA, M. D. da; CARVALHO, R. de; HORRES, R.; MORETZSOHN M. de C.; SITTOLIN, I. M.; ROCHA, M. de M.; FREIRE FILHO, F. R.; PANDOLFI, V.; BARBOSA P. F. de A.; ANDRADE, G. P. de; PIO-RIBEIRO, G.; MONTE, S. J. H. do; KIDO, E. A.; BENKO-ISEPPON, A. M..
bitstream/item/182870/1/Pag3.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caupi; Marcador Molecular; Vírus.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/513544
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Melhoramento genético de trigo via linhagens duplo-haplóides, na Embrapa Trigo, no período 1995-1998. Repositório Alice
SCHEEREN, P. L.; FERNANDES, M. I. B. de M.; BRAMMER, S. P.; ZANATTA, A. C. A.; IORCZESKI, E. J.; SÓ e SILVA, M.; MOREIRA, J. C. S.; SOUSA, C. N. A. de; DEL DUCA, L. de J. A.; SILVA, S. D. dos A. e; DOTTO, S. R.; BRUNETTA, D.; PANDOLFI, V.; MARTINS, L. F.; GABRIEL, N. E.; LUZA, J..
Visando a aceleração no processo de obtenção de linhagens de trigo e a melhoria das condições de seleção, em material geneticamente fixo (homozigoto), foi implementada a produção de novas linhagens duplo-haplóides (DH), via gimnogenese (DHM), no projeto melhoramento genético de trigo para o Brasil, conduzido na Embrapa Trigo, em Passo Fundo, Rio Grande do Sul. Com a utilização dessa metodologia, que permite a criação de linhagens geneticamente uniformes, em menos de dois anos, a partir do cruzamento trigo X milho, o tempo para a criação de novas linhagens e cultivares foi reduzido de dois a quatro anos, considerando para comparação, respectivamente, o método convencional e o método rápido, que utiliza o avanço de geração no verão. No período 1995-1998...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Biotechnology.
Ano: 1999 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/825291
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Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular. Repositório Alice
SANTOS, R.; BASANTE, C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A..
O feijão-caupi é uma planta importante na nutrição e na economia de pequenos produtores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. Entretanto, sua produtividade ainda é pequena, quando comparada com seu potencial e o de outras leguminosas. Uma das alternativas para auxiliar o melhoramento genético da cultura e associar tecnologias modernas, como o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR) e a identificação de genes importantes em resposta a estresses, via estudos de transcriptômica, proporcionados pela técnica SuperSAGE. Nesse sentido, tags SuperSAGE de 26 pb, de genótipo tolerante a desidratação radicular, que foram observadas sendo induzidas após aplicação do estresse (até 150 min), em relação ao controle sem estresse, foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vigna unguiculata; Estresse abiótico; Biblioteca genômica; Bioinformática.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/963655
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Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular. Repositório Alice
SANTOS, R.; BASANTE, C.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; ROCHA, M. de M.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A..
O feijão-caupi é uma planta importante na nutrição e na economia de pequenos produtores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. Entretanto, sua produtividade ainda é pequena, quando comparada com seu potencial e o de outras leguminosas. Uma das alternativas para auxiliar o melhoramento genético da cultura e associar tecnologias modernas, como o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR) e a identificação de genes importantes em resposta a estresses, via estudos de transcriptômica, proporcionados pela técnica SuperSAGE. Nesse sentido, tags SuperSAGE de 26 pb, de genótipo tolerante a desidratação radicular, que foram observadas sendo induzidas após aplicação do estresse (até 150 min), em relação ao controle sem estresse, foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vigna unguiculata; Estresse abiótico; Biblioteca genômica; Bioinformática.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/965091
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Modulação transcricional de genes associados à fosforilação oxidativa em genótipos contrastantes de feijão-caupi submetidos à desidratação radicular. Repositório Alice
FERREIRA NETO, J. R. C.; COSTA, M. M. R.; PANDOLFI, V.; SILVA, R. L. de O.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A. L.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, É. A..
Mitocôndrias são conhecidas como as "estações energéticas" da célula. Elas abrigam o processo de fosforilação oxidativa, através do qual o transporte de elétrons por meio de carreadores é acoplado ao bombeamento de prótons para o espaço intermembranar gerando um gradiente eletroquímico que fornece energia para a síntese de ATP. Tal molécula é de suma importância para os organismos vivos, pois cede energia para os processos celulares. No presente trabalho, foi analisada, via unitags SuperSAGE e de acordo com a base de dados KEGG, a regulação dos genes associados a enzimas participantes da fosforilação oxidativa, em genótipos contrastantes de feijão-caupi cultivados em hidroponia e submetidos à desidratação radicular por até 150 min. Resultados apresentaram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vigna unguiculata; Transcriptômica; SuperSAGE; Bioinformática.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/963656
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Modulação transcricional de genes associados à fosforilação oxidativa em genótipos contrastantes de feijão-caupi submetidos à desidratação radicular. Repositório Alice
FERREIRA NETO, J. R. C.; COSTA, M. M. R.; PANDOLFI, V.; SILVA, R. L. de O.; SILVA, K. J. D. e; NEPOMUCENO, A. L.; BRONDANI, R. P. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, É. A..
Mitocôndrias são conhecidas como as "estações energéticas" da célula. Elas abrigam o processo de fosforilação oxidativa, através do qual o transporte de elétrons por meio de carreadores é acoplado ao bombeamento de prótons para o espaço intermembranar gerando um gradiente eletroquímico que fornece energia para a síntese de ATP. Tal molécula é de suma importância para os organismos vivos, pois cede energia para os processos celulares. No presente trabalho, foi analisada, via unitags SuperSAGE e de acordo com a base de dados KEGG, a regulação dos genes associados a enzimas participantes da fosforilação oxidativa, em genótipos contrastantes de feijão-caupi cultivados em hidroponia e submetidos à desidratação radicular por até 150 min. Resultados apresentaram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Vigna unguiculata; Transcriptômica; SuperSAGE; Bioinformática.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/965089
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Natural antisense transcripts in plants: a review and identification in soybean infected with Phakopsora pachyrhizi SuperSAGE Library. Repositório Alice
BRITTO-KIDO, S. de A.; FERREIRA NETO, J. R. C.; PANDOLFI, V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; BENKO-ISEPPON, A. M.; KIDO, E. A..
Natural antisense ranscripts (NAT) are RNA molecules complementary to other endogenous RNAs. They are capable of regulating the expression of target genes at different levels (transcription, mRNA stability, translation, etc.). Such a property makes them ideal for interventions in organisms? metabolism. The present study reviewed plant NAT aspects, including features, availability and genesis, conservation and distribution, coding capacity, NAT pair expression, and functions. Besides, an in silico identification of NATs pairs was presented, using deepSuperSAGE libraries of soybean infected or not with Phakopsora pachyrhizi.Resultsshowed that around 1/3 of the 77,903 predicted trans-NATs (by PlantsNATsDB database) detected had unitags mapped in both...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Soja.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/962186
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