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A pipeline to study structural interactions among Spodoptera frugiperda serine proteinases and plant proteinase inhibitors. Repositório Alice
BRANDÃO, M. M.; ARRUDA, L. H.; MOURA, D. S.; NESHICH, G.; PEREIRA, J. G. C.; MALAGÓ, W. Jr; SILVA-FILHO, M. C..
We propose here a computational biology pipeline to identify and analyze possible structural determinants that could explain some level of insensitivity by S. frugiperda serine proteinases (SPs) against plant PIs observed in a real time PCR experiment.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Quimotripsinas; Docagem molecular; Spodoptera frugiperda; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868163
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Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Repositório Alice
MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G..
Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are still not fully understood. Structural and computational biology contributed greatly to the elucidation of the mechanism of protein interactions. In this paper, we present a collection of the physicochemical and structural characteristics that distinguish interface-forming residues (IFR) from free surface residues (FSR). We formulated a linear discriminative analysis (LDA) classifier to assess whether chosen descriptors from the BlueStar STING database (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/) are suitable for such a task. Receiver operating characteristic (ROC)...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Interações proteína-proteína; Biologia; Proteins; Biological sciences.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981215
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