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A cost-effective approach to DNA methylation detection by Methyl Sensitive DArT sequencing. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; PAPPAS, M. de C. R.; GRATTAPAGLIA, D.; PAPPAS JUNIOR, G. J..
bitstream/item/215602/1/journal.pone.0233800.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA Sequencing; Epigenetic Inheritance; Genome; Transposons; Sulfites; Methylation; Genes; Genomics.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1124582
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An improved method for RNA extraction from common bean seeds and validation of reference genes for qPCR. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; BASSINELLO, P. Z.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
An RNA extraction method with high integrity and purity as well as the selection of adequate reference genes are prerequisites for gene expression analysis. For common bean seeds, there is no well-defined protocol that can be used in a laboratory routine for gene expression analysis. In this study, an extraction protocol for RNA from common bean seeds, which produced material with good integrity for qPCR (RIN ≥ 6.5), was optimized. In addition, 10 reference genes were evaluated under qPCR standard conditions using different tissue samples of common beans. Gene stabilities were analyzed using the delta-CT method, Bestkeeper, NormFinder and geNorm approaches. The genes β-tubulin and T197 were ranked as the most stable among the sample sets...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gene normalization; Molecular breeding; Grain RNA extraction; Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento; RNA; Beans; Molecular breeding; Gene expression.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076282
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Análise ampla do genoma funcional de feijoeiro em condições de deficiência hídrica. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; COELHO, A. S. G.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo desenvolver e sequenciar bibliotecas de cDNA a partir de diferentes tecidos e genótipos de feijão e analisar em resposta aos tratamentos específicos os níveis diferenciais de expressão gênica. Foram avaliados os genótipos fenotipicamente divergentes BAT477, caracterizado como tolerante à seca, e Pérola, como suscetível.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica; Genoma.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039617
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Análise de associação genômica ampla (GWAS) para tolerância à seca em feijoeiro comum. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; MORAIS JUNIOR, O. P. de; MENDONÇA, J. A.; SARTORI, D. E. L.; LIMA, LUANN V. V. O.; BORBA, T. C. de O.; BRONDANI, C.; ZUCCHI, M. I.; VIANELLO, R. P..
O objetivo deste estudo foi identificar locos genéticos associados à tolerância à seca através da análise de associação genômica ampla (GWAS).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Resistência a seca; Deficiencia hídrica; Phaseolus vulgaris.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078828
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Análise em feijoeiro comum da expressão diferencial de genes relacionados à tolerância à seca. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo avaliar o nível de expressão 19 genes, relacionados com tolerância à seca, previamente identificados via sequenciamento de transcriptoma utilizando tecnologia de RNA-seq em plataforma Illumina.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Sequenciamento de transcriptoma; Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência a seca.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1030942
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Caracterização de genes de referência com amplo espectro de uso em feijoeiro comum para validação de dados de expressão gênica. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; BASSINELLO, P. Z.; VIANELLO, R. P..
Esse trabalho foi realizado com o objetivo investigar e identificar através de RT-qPCR genes potencialmente constitutivos em feijoeiro comum com estabilidade de expressão em diferentes tecidos vegetais submetidos a condições ambientais adversas em genótipos provenientes de diferentes centros de domesticação.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964152
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Caracterização do germoplasma de feijoeiro comum com base em marcadores DArt-Seq. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; ZUCCHI, M. I.; PEREIRA, W. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Esse estudo teve como objetivo identificar e caracterizar SNPs em um conjunto de acessos de feijão com alta diversidade genética através da metodologia de GbS via DArT-Seq.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: GBS; SNPs; Feijão; Phaseolus vulgaris; Gemoplasma; Melhoramento genético vegetal.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1022480
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Determinação das condições de qRT-PCR para genes envolvidos no fenômeno hard-to-cook em feijão carioca. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; SIQUEIRA, B. dos S.; DEUS, K. E. de; FERNANDES, K. F.; BASSINELLO, P. Z.; VIANELLO, R. P..
O fenômeno hard-to-cook promove a diminuição no amaciamento por cocção, alteração na palatabilidade e diminuição na disponibilidade de proteínas e carboidratos, prejudicando a comercialização dos grãos. Como parte de um estudo que prevê a caracterização físico-química, bioquímicas e moleculares associadas ao endurecimento dos grãos de feijão, este estudo objetiva ajustar e implementar protocolos que possibilitem a avaliação da expressão de genes alvos responsáveis pelo endurecimento.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Cocção.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/941519
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Differentially expressed genes during flowering and grain filling in common bean (Phaseolus vulgaris) grown under drought stress conditions. Repositório Alice
MÜLLER, B. S. de F.; SAKAMOTO, T.; SILVEIRA, R. D. D.; ZAMBUSSI-CARVALHO, P. F.; PEREIRA, M.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; COSTA, M. M. do C.; GUIMARÃES, C. M.; PEREIRA, W. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO-BRONDANI, R. P..
Drought stress, particularly during the flowering and grain-filling stages of growth, contributes to serious yield loss in common bean (Phaseolus vulgaris L.). The aim of this study was to identify genes induced in response to drought stress using transcriptome analysis of contrasting genotypes. Using leaf tissues of tolerant (BAT 477) and susceptible common bean genotypes (Pérola), collected at the flowering and grain-filling stages, four complementary deoxyribonucleic acid representational difference analysis subtractive libraries were constructed and then sequenced. A total of 7,203 (77.6 %) sequences with an average sequence size of 570 bp were considered valid, for a combined 4 Mbp sequence. According to a differential display analysis, 802 expressed...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica; Beans; Abiotic stress; Water stress.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/994817
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Estudo da expressão e validação de genes candidatos induzidos em condições de deficiência hídrica em feijão (Phaseolus vulgaris L.). Repositório Alice
ARAÚJO, R. B. de; LANNA, A. C.; COELHO, G. R. C.; PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
O objetivo deste trabalho foi conduzir o experimento de deficiência hídrica em 25 genótipos de feijão, incluindo variedades tradicionais e linhagens/cultivares em ambiente controlado de casa de vegetação, selecionar e avaliar os perfis de expressão de genes candidatos previamente identificados como associados à tolerância à deficiência hídrica e altas temperaturas.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Deficiência hídrica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066114
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Expressão de genes homólogos de Arabidopsis em arroz relacionados ao aumento do potencial produtivo. Repositório Alice
OLIVEIRA, J. A. V. de; ABREU, F. R. M.; PEREIRA, W. J.; SILVEIRA, R. D. D.; MENDONÇA, J. A.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
O objetivo desse trabalho foi quantificar a expressão de genes de arroz homólogos de Arabidopsis previamente relacionados ao aumento do potencial produtivo (RUBIRICE, RUBICORN, AVP1, DA1 e TOR) por meio da análise de PCR quantitativo (qPCR). Os genótipos estudados nesse estudo foram BRSMG Curinga, Primavera e Douradão, os quais foram avaliados em um ensaio em casa de vegetação, cultivados sob dois níveis de fertilidade do solo (alta e baixa), em esquema fatorial, no delineamento inteiramente casualizado e com duas repetições.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arabidopsis; Arroz; Oryza sativa; Gene.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039417
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Genome-wide analysis of the transcriptional response to drought stress in root and leaf of common bean. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P..
Genes related to the response to drought stress in leaf and root tissue of drought-susceptible (DS) and tolerant (DT) genotypes were characterized by RNA-Seq. In total, 54,750 transcripts, representative of 28,590 genes, were identified; of these, 1,648 were of high-fidelity (merge of 12 libraries) and described for the first time in the Andean germplasm. From the 1,239 differentially expressed genes (DEGs), 458 were identified in DT, with a predominance of genes in categories of oxidative stress, response to stimulus and kinase activity. Most genes related to oxidation-reduction terms in roots were early triggered in DT (T75) compared to DS (T150) suggestive of a mechanism of tolerance by reducing the damage from ROS. Among the KEGG enriched by DEGs...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Functional genomics; Feijão; Phaseolus Vulgaris; Deficiência Hídrica; Raiz; Folha; Beans; Soil water deficit; Genomics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2020 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1121822
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In-depth genome characterization of a Brazilian common bean core collection using DArTseq high-density SNP genotyping. Repositório Alice
VALDISSER, P. A. M. R.; PEREIRA, W. J.; ALMEIDA FILHO, J. E.; MÜLLER, B. S. F.; COELHO, G. R. C.; MENEZES, I. P. P. de; VIANNA, J. P. G.; ZUCCHI, M. I.; LANNA, A. C.; COELHO, A. S. G.; OLIVEIRA, J. P. de; MORAES, A. da C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Background: Common bean is a legume of social and nutritional importance as a food crop, cultivated worldwide especially in developing countries, accounting for an important source of income for small farmers. The availability of the complete sequences of the two common bean genomes has dramatically accelerated and has enabled new experimental strategies to be applied for genetic research. DArTseq has been widely used as a method of SNP genotyping allowing comprehensive genome coverage with genetic applications in common bean breeding programs. Results: Using this technology, 6286 SNPs (1 SNP/86.5 Kbp) were genotyped in genic (43.3%) and non-genic regions (56. 7%). Genetic subdivision associated to the common bean gene pools (K = 2) and related to grain...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Diversity arrays technology; Diversity analysis; Loci under selection; Core collection; Feijão; Phaseolus vulgaris; Genética vegetal; Linkage disequilibrium; Genotyping; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1076278
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Influence of storage on darkening and hardening of slow- and regular-darkening carioca bean (Phaseolus vulgasris L.) genotypes. Repositório Alice
SIQUEIRA, B.; PEREIRA, W. J.; BATISTA, K. A.; OOMAH, B. D.; FERNANDES, K. F.; BASSINELLO, P. Z..
New carioca bean cultivars are being introduced into the market necessitating their evaluation under trade conditions, which often require storage under ambient conditions. We therefore evaluated the darkening and hardening processes of six carioca bean genotypes each representing regular and slow darkening trait during storage under ambient conditions for five months to elucidate their relationship as a breeding strategy. Storage time adversely affected color characteristics (L*, a*, b*, C* and ?E) depending on bean genotype, whereas hardness and resistance to cooking increased during storage independent of the lignification process. Bean darkening and hardening occurred during storage at different intensities in each genotype and were not always...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Genótipo; Cocção; Hardness; Lignification; Cooking; Dry beans; Storage; Genotype.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/991440
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Molecular and biochemical characterization of superoxide dismutase (SOD) in upland rice under drought. Repositório Alice
DEUS, K. E. de; LANNA, A. C.; ABREU, F. R. M.; SILVEIRA, R. D. D.; PEREIRA, W. J.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Drought is a major cause of reduced yield in upland rice farming in many regions of the world and cause an increased production of reactive oxygen species (ROS), followed by activation of a complex antioxidant system. In this study, the superoxide dismutase (SOD) enzymatic activity and the gene expression levels of eight isoforms of SOD were evaluated in drought-tolerant and drought-sensitive varieties of upland rice, Oryza sativa japonica (the Primavera and Douradão cultivars), including shoot and root tissues in two stages of plant development, grown under normal and restricted irrigation. The SOD activity was determined by spectrophotometric method and the gene expression by qPCR experiments. In the tolerant cultivar, SOD enzymatic activity increased...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Enzymatic activity; Arroz; Oryza sativa; Resistencia a seca; Rice; Water stress; Oxidative stress; Gene expression; Superoxide dismutase.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1037521
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Seleção e avaliação de genes reguladores via RT-qPCR em diferentes tecidos de feijoeiro comum. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; BASSINELLO, P. Z.; VIANELLO, R. P..
O objetivo desse estudo foi o de avaliar 18 genes de referência, dos quais 16 encontram-se descritos na literatura e dois foram identificados a partir de sequências do genoma de feijoeiro comum, quanto à estabilidade de expressão em diferentes tecidos e condições ambientais
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Genoma.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/987642
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Sistema de defesa antioxidativo de plantas de arroz de terras altas (Oryza sativa L.) cultivadas sob deficiência hídrica. Repositório Alice
DEUS, K. E. de; PEREIRA, W. J.; MITSUZONO, S. T.; VIANELLO, R. P.; LANNA, A. C..
O estudo sobre os principais mecanismos bioquímico-moleculares utilizados pelas plantas para responder a esse tipo de estresse abiótico, se torna, portanto, essencial. Objetivou-se avaliar o sistema de defesa antioxidativo, um dos eventos metabólicos ativado sob condição de estresse, por meio da determinação da atividade da superóxido dismutase (SOD ? EC 1.15.1.1) e da catalase (CAT ? EC.1.11.1.6).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Arroz; Oryza sativa; Deficiência hídrica.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/989142
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Transcriptoma para seca revela novos genes para o germoplasma do feijão comum mesoamericano. Repositório Alice
PEREIRA, W. J.; ABREU, F. R. M.; MELO, A. T. de O.; COELHO, A. S. G.; RODRIGUES, F. A.; MAMIDI, S.; ALENCAR, S. A. de; LANNA, A. C.; VALDISSER, P. A. M. R.; BRONDANI, C.; NASCIMENTO JUNIOR, I. R. do; BORBA, T. C. de O.; VIANELLO, R. P..
Este estudo foi realizado com o objetivo de promover uma ampla caracterização de genes do feijoeiro comum relacionados à seca.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SNP; RNA-seq; Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência a seca; Beans.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078772
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Validação de genes candidatos para tolerância à seca via qPCR em um amplo grupo de genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica. Repositório Alice
ARAÚJO, R. B. de; PEREIRA, W. J.; VALDISSER, P. A. M. R.; LANNA, A. C.; BRONDANI, C.; VIANELLO, R. P..
Tem como objetivo avaliar o perfil de expressão de dezenas de genes previamente identificados como responsivos em condições de seca em genótipos de feijão submetidos à deficiência hídrica.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feijão; Phaseolus vulgaris; Resistência à seca; Deficiência hídrica; Gene; Genótipo.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1039457
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