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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Bos indicus; Cattle; Dairy cattle; Genomics; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte; Gado Zebu.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1009575
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Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. Repositório Alice
SILVA, M. V. G. B. da; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. S.; FERRAZ, J. B. S..
The aim of this work was to investigate, based on a high density BovineHD SNP array, the abundance and distributions of CNVs and CNVR in a Gyr cattle population from Brazil. Genotype data of representative bulls were recorded, totaling 476 Gyr animals. For CNV identification was used the PennCNV software and the CNVRs were determined by the CNVRuler software. A total of 26,672 CNVs were found, beingon average 62 CNV per animal. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes. Also, 1,898 CNVRs were detected on the autosomal chromosomes with 96% of these between 1.1 Kb to 100 Kb. The Ensembl's VEP tool, using the CNVRs information as input, found 913 coding regions, suggesting that exon regions were duplicated. In summary, the results help to...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado Zebu; Gado de corte; Cattle; Dairy cattle; Bos indicus; Single nucleotide polymorphism; Genomics.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1007818
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Genetic correlations between visual slaughter conformation scores and growth and reproductive traits in Canchim cattle. Repositório Alice
BORBA, L. H. F.; REY, F. S. B.; FEITOSA, F. L. B.; SILVA, L. O. C. da; PEREIRA, A. S. C.; ALENCAR, M. M. de.
We obtained heritability and (co)variance component estimates for slaughter conformation scores at 420 days of age (SCS420), age at calving (first, AFC; second, ASC), calving occurrence until 38 months of age (CP38), weight at 420 days of age (W420), and scrotal circumference at 420 days (SC420) in Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) cattle. A total of 23,168 records of Canchim animals, including 12,493 females and 10,675 males, were analyzed. SCS420 indicated carcass structure, muscle development, and subcutaneous fat deposition. The slaughter conformation score of each animal was relative to the whole contemporary group; 1 corresponded to the lowest expression of the trait and 6 to the highest. Heritabilities, and genetic and residual correlation...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bayesian inference; Conformation score; Threshold model; Beef cattle; Heritability.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1047612
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Parâmetros genéticos para características de crescimento e reprodução de bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
BORBA, L. H. F.; REY, F. S. B.; SILVA, L. O. C. da; BOLIGON, A. A.; ALENCAR, M. M. de..
2011
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Beef cattle; Scrotal circumference; Age at calving; Occurrence of calving; Weight.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/911705
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Parâmetros genéticos para características de crescimento e reprodução de bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
BORBA, L. H. F.; REY, F. S. B.; SILVA, L. O. C. da; BOLIGON, A. A.; ALENCAR, M. M. de.
O objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos para idades ao primeiro (IPP) e segundo partos (ISP), idades ao primeiro (IPPPEN) e segundo partos penalizadas (ISPPEN), e a ocorrência de parto até os 38 meses de idade (PP38), em bovinos da raça Canchim, bem como estimar as relações genéticas entre essas características e o peso (PE420) de machos e femêas e a circunferência escrotal (CE420) de novilhos, medidos aos 420 dias de idade. Foram estimados parâmetros genéticos em análises bicaracterísticas, por meio de inferência bayesiana. As análises foram realizadas entre CE420 e PE420 e as características reprodutivas medidas em fêmeas. As características reprodutivas das fêmeas devem apresentar baixa resposta à seleção, e mudanças no manejo e nas...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bovinos de corte; Circunferência escrotal; Idade ao parto; Ocorrência de parição; Peso.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/916153
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