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Análise automática de Outorga de recursos hídricos para irrigação. Infoteca-e
SANTOS, E. H. dos; PEREIRA, A. S.; ASSAD, E. D.; EVANGELISTA, S. R. M..
Este trabalho apresenta este módulo, cujo objetivo é auxiliar a ANA na tomada de decisões de forma prática por meio da Web e reduzir o tempo para análise de outorga para irrigação.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: ANA; Agência Nacional de Águas; Tomada de decisões; Outorga de recursos hídricos; Irrigação.
Ano: 2003 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8833
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Arcabouço para desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos e hierárquicos. Infoteca-e
MANCINI, A. L.; BARIONI, L. G.; SANTOS, E. H. dos; DIAS, F. R. T.; SANTOS, J. W. dos; ABREU, L. L. B. de; TININI, L. V. S..
Resumo. Um arcabouço (framework) orientado a objetos para o desenvolvimento de simuladores de sistemas dinâmicos contínuos com suporte à hierarquia é descrito. O arcabouço surgiu da necessidade de uma ferramenta para facilitar e padronizar o desenvolvimento de modelos de simulação baseados em processo em projetos de pesquisa na Embrapa. Um dos requisitos do desenvolvimento foi modularidade e simplicidade de código para facilitar o desenvolvimento de modelos por equipes multidisciplinares de pesquisa e implementação por grupos de estagiários/bolsistas com alta rotatividade. Também provê desempenho superior a ferramentas de modelagem típicas, que geralmente tem código interpretado. Modelos componentes, geralmente desenvolvidos por equipes de especialistas em...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Software de simulação; Modelagem matemática; Simulação.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981039
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Aspectos computacionais da análise da co-evolução de aminoácidos que pertencem a uma proteína qualquer. Infoteca-e
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCÃO, P. R. K.; NESHICH, G..
O software Sting é um software voltado para a Bioinformática e, d eforma geral, faz análise de estrutura de proteínas e mostra de forma especializada qualquer proteína cuja estrutura está em arquivos .pdf, que contém dados sobre proteínas, podendo ser acessados em Research Collaboratory for Structural Bionformatics.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Co-evolução; Aminoácidos; Marcelo Gonçalves Narciso.
Ano: 2006 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/3005
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Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Repositório Alice
HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
The present study describes the processing used for building SH2QS as well as a comparison of the degree of residue conservation reported by SH2QS and HSSP. The comparison of the profiles from two alignments is also presented.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura secundária de proteínas; Sting; Multiple sequence alignment; Residue conservation; Relative entropy; Bioinformatics; Protein structure; Protein secondary structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8262
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Cálculo analítico de parâmetros estruturais de proteínas usando a teoria Alpha Shapes. Infoteca-e
BEZERRA, G. B. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G.; FALCÃO, P. R. K..
2007
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bioinformática; Geometria computacional; Triangulação de Delaunay; Teoria Alpha Shapes; Estrutura de proteína.
Ano: 2007 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1327
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Compilação de coeficientes de cultura (Kc) determinados em condições brasileiras. Repositório Alice
PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..
2005
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Coeficientes de cultura.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1021416
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Compilação de coeficientes de cultura (Kc) determinados em condições brasileiras. Repositório Alice
PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..
This study is a bibliographical research about crop coefficients (Kc) obtained in Brazilian conditions. The results showed that Kc values must be standardized, mainly in relation to its determination and presentation. Kc determinations needs to include a larger number of crops and with larger representation of the environmental conditions.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Colheita; Crop coefficient.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1020796
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Desenvolvimento de um módulo para análise automática de outorga de recursos hídricos para irrigação. Repositório Alice
SANTOS, E. H. dos; PEREIRA, A. S.; ASSAD, E. D.; EVANGELISTA, S. R. M..
Neste trabalho foi desenvolvido um módulo para auxiliar a Agência Nacional de Águas (ANA) nos trabalhos de análises de outorga de direito de uso de recursos hídricos para irrigação. Esse módulo utiliza informações de precipitação pluviométrica e evapotranspiração potencial do Sistema Agritempo e conjuntamente com informações fornecidas pelo usuário gera uma planilha de dados no formato Excel que contém fórmulas para cálculos de balanço hídrico, necessidade de irrigação mensal e anual para o processo de outorga.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Recurso hídrico; Irrigação.
Ano: 2004 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1074245
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Desenvolvimento de um módulo para cálculo de balanços hídricos para outorga de uso da água para irrigação. Repositório Alice
PEREIRA, A. S.; SANTOS, E. H. dos; EVANGELISTA, S. R. M.; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; OTAVIAN, A. F..
In this work a module was developed to aid the National Agency of Waters (ANA) in the works of analyses of permits for use of water to irrigation. This module uses rainfall values and reference evapotranspiration of the Agritempo System (www.agritempo.gov.br) and with informations supplied by the user generates a spreadsheet of data in the Excel format. The spreadsheet contains equations for calculations of water balances and monthly and annual needs of irrigation for the permits for use of water.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Balanço hídrico.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1020786
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Detecção de erros de montagens em regiões gênicas. Repositório Alice
HERAI, R. H.; GIACHETTO, P. F.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R..
Muitos genomas ainda apresentam erros de montagem. Tais erros são particularmente graves se ocorrerem em regiões gênicas, pois muitos trabalhos científicos se concentram exatamente nessas regiões por razões óbvias. Uma forma de tentar identificar erros de montagens em regiões gênicas é utilizar sequencias adquiras de forma independente, como, por exemplo bases de ESTs ou bases de Full length cDNA (FlcDNA). O foco deste trabalho é propor uma metodologia de Bioinformática que utiliza bibliotecas de FlcDNA para detectar tais erros.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Erros de montagem em genomas; Bioinformática; Genome; Bioinformatics; Bos taurus.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/876201
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Encapsulando um sistema gerenciador de ensaios de genotipagem e de marcadores moleculares em containers Docker. Infoteca-e
GERMANO, E.; NARCISO, M. G.; SANTOS, E. H. dos.
Resumo. O crescente número de componentes de software a serem integrados e testados durante o processo de implantação de um sistema exige pleno controle de alocação dos recursos computacionais. A solução utilizada durante o desenvolvimento do GeneMaisLab, ?Sistema gerenciador de dados de genotipagem?, consiste no uso de serviços da plataforma Docker e do sistema de distribuição de carga HAProxy para o escalonamento dos serviços web. O Docker é uma ferramenta projetada para facilitar a criação, a implementação e a execução de aplicativos usando containers. Esses permitem que um desenvolvedor empacote um aplicativo com todas as partes que precisa, como bibliotecas e outras dependências, e envie tudo como um único pacote de software. A solução utilizada no...
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Plataforma Docker; GeneMaisLab; HAProxy.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1101381
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Gene+: uma solução computacional distribuída para gerenciar ensaios de genotipagem e marcadores moleculares. Infoteca-e
GERMANO, E.; SILVA, H. de O.; SANTOS, E. H. dos; NARCISO, M. G..
Um ensaio de genotipagem é constituído de um conjunto de informações de amostras e marcadores moleculares para realização de experimentos destinados ao melhoramento genético. O desafio de gerenciar os dados dos ensaios em uma base de dados estruturada e permitir a exploração deles a partir de uma interface acessível via serviços web, é o principal objetivo do Gene+. Um modelo arquitetural foi elaborado e uma implementação está sendo realizada. Nessa implementação é utilizado um Application Programming Interface (API) Gateway com a finalidade de compor os serviços web e integrá-los com outros sistemas da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa). Como forma de validar o modelo proposto, foi desenvolvido uma aplicação web usando o Google Web...
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Aplicação web; Sistema computacional; Gestão de dados; Dados genotípicos; Dados fenotípicos; API Gateway.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1080976
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Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar. Infoteca-e
TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S..
Interpretação do estado nutricional. O cálculo do método CND. Média geométrica. Relação multivariada. Norma CND. Índice CND. Potencial de Resposta da planta a Adubação (PRA). Guia para cálculo e interpretação do estado nutricional da planta. Organização dos dados. Média da produtividade e classe produtiva. Cálculo do componente R. Média geométrica. Relação multivariada dos nutrientes. Relação multivariada dos nutrientes. Norma CND. Interpretação do Estado Nutricional. Exemplo de Interpretação do Estado Nutricional.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Nutrição Vegetal; Cana de Açúcar; Disease diagnosis; Plant nutrition.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1103108
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Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Infoteca-e
YAMAGISHI, M. E. B.; FALCÃO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G..
2005
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pockets; Superfície protéica; Java Protein Dossier; JPD.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9102
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Identificando redes gênicas a partir de dados de expressão de microarranjos. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; SANTOS, E. H. dos; YAMAGISHI, M. E. B..
Recentemente, iniciamos a implementação de uma metodologia de construção de redes de co-expressão baseada no algoritmo WGCNA (Zangh & Horvath, 2005), utilizando os dados de microarranjos gerados pela Rede Genômica Animal e os resultados têm sido promissores. Nossa proposta é implantar essa metodologia no pipeline de análise de dados de microarranjos gerados pela Embrapa, com o objetivo de explorar amplamente os dados disponibilizados por essa tecnologia, contribuindo para a prospecção de genes economicamente importantes dentro dos programas de melhoramento genético da empresa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Redes gênicas; Técnica de microarranjos; Co-expressão gênica; Rede Genômica Animal; Microarray technology; Genetic improvement.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875234
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Informatização do monitoramento agrometeorológico - Sistema Agritempo 1.0. Infoteca-e
TERNES, S.; SANTOS, E. H. dos; ASSAD, E. D.; ROMANI, L. A. S.; EVANGELISTA, S. R. M.; MONTAGNER, A. J..
Protótipo. Modelos de dados. Perfis de usuários. Ações do perfil instituição. Acesso a dados - estação. Acesso a dados - meteorológicos. Visualização de mapas. Geração de boletins - resumindo 1. Geração de boletins - balanço hídrico. Pesquisa e gráficos. Alteração de senha. Upload de arquivos.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agritempo; Sistema de monitoramento agrometeorológico.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8631
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Modelo de rastreamento bovino via Smart Contracts com tecnologia Blockchain. Infoteca-e
YANO, I. H.; SANTOS, E. H. dos; CASTRO, A. de; BERGIER, I.; SANTOS, P. M.; OLIVEIRA, S. R. de M.; ABREU, U. G. P. de.
Blockchain. Exemplo de rastreamento bovino com Smart Contract. Simulação de rastreamento bovino utilizando Smart Contract. Conclusão.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Blockchain; Cadeia de blocos; Contratos Inteligentes; Rastreamento bovino; Big data; Inteligência artificial; Smart Contract; Artificial intelligence.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1101384
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Organização de dados no âmbito do PNCRC/MAPA. Repositório Alice
HIRSH, I. D.; TERNES, S.; SANTOS, E. H. dos; VILAMIU, R.; FEIJÓ, L.; BONNET, M..
Este trabalho objetiva a organização e o tratamento dos dados gerados pelo PNCRC, coletados no período de 2008 a 2011.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Databases.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975705
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Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Repositório Alice
BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G..
ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Estrutura de proteína; Classe de enzima; Bayesian classification; Protein function prediction; Naive Bayes; Enzyme classification number; Bayesian classifier; Data classification; Bioinformatics; Protein structure.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/9196
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Processo de migração de dados meteorológicos para o banco de dados do sistema Agritempo. Infoteca-e
ROMANI, L. A. S.; SANTOS, E. H. dos; MONTAGNER, A. J..
Análise dos dados das estações meteorológicas. Dados da CEMIG. Dados do INMET. Processo de migração. Formato padrão proposto. Migração de dados: conversor e migrador.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Dados meteorológicos; Migração de dados; Agritempo; Sistema de Monitoramento Agrometeorológico.
Ano: 2002 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/8629
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