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Application of single step genomic BLUP under different uncertain paternity scenarios using simulated data. Repositório Alice
TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; MAGALHAES, A. F. B.; ESPIGOLAN, R.; PERIPOLLI, E.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; LOURENÇO, D. A. L.; AGUILAR, I.; BALDI REY, F. S..
The objective of this study was to investigate the application of BLUP and single step genomic BLUP (ssGBLUP) models in different scenarios of paternity uncertainty with different strategies of scaling the G matrix to match the A22 matrix, using simulated data for beef cattle. Genotypes, pedigree, and phenotypes for age at first calving (AFC) and weight at 550 days (W550) were simulated using heritabilities based on real data (0.12 for AFC and 0.34 for W550). Paternity uncertainty scenarios using 0, 25, 50, 75, and 100% of multiple sires (MS) were studied. The simulated genome had a total length of 2,333 cM, containing 735,293 biallelic markers and 7,000 QTLs randomly distributed over the 29 BTA. It was assumed that QTLs explained 100% of the genetic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Best Linear Unbiased Prediction; Seleção Fenótipa; Citogenética Animal; Hereditariedade; Gado de Corte.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083177
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Caracterização do desequilíbrio de ligação em uma população de bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
KLUSKA, S.; TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; CHIAIA, H. L. J.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; BALDI REY, F. S..
Resumo: Tendo em vista a importância da estimação do desequilíbrio de ligação para a seleção genômica, o objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação de uma população de bovinos da raça Nelore participantes do programa de melhoramento da ANCP. Foram utilizadas informações de 9.459 animais genotipados com um painel de alta densidade, totalizando 735.044 SNP?s, antes do controle de qualidade. A estimação do desequilíbrio de ligação foi realizada através do programa SNP1101. Os valores de LD observados para os cromossomos autossômicos variaram de 0,18 a 0,25. Para marcadores distanciados até 1 Kb a média de r² foi de 0,53 e para marcadores distanciados entre 90 e 100 Kb 0,14. Para MAF a média variou de 0,23 a 0,25, considerando MAF mínimo de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Densidade de Marcadores; Marcador Genético; Seleção Genótipa; Cromossoma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083353
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Genome wide association study for beef tenderness in Polled Nellore cattle. Repositório Alice
PERIPOLLI, E.; SILVA, R. M. de O.; CASTRO, L. M. de; LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; BALDI, F..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Qualidade da carne; Gene candidate; Pecuária; Gado Nelore; Carne; Genoma.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1048593
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Genome-wide association study provides insights into genes related with horn development in Nelore beef cattle. Repositório Alice
STAFUZZA, N. B.; SILVA, R. M. de O.; PERIPOLLI, E.; BEZERRA, L. A. F.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; MUNARI, D. P.; LOURENCO, D. A. L.; BALDI, F..
Abstract The causal mutation for polledness in Nelore (Bos taurus indicus) breed seems to have appeared first in Brazil in 1957. The expression of the polled trait is known to be ruled by a few groups of alleles in taurine breeds; however, the genetic basis of this trait in indicine cattle is still unclear. The aim of this study was to identify genomic regions associated with the hornless trait in a commercial Nelore population. A total of 107,294 animals had phenotypes recorded and 2,238 were genotyped/imputed for 777k SNP. The weighted single-step approach for genome-wide association study (WssGWAS) was used to estimate the SNP effects and variances accounted for by 1 Mb sliding SNP windows. A centromeric region of chromosome 1 with 3.11 Mb size (BTA1:...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gado Nelore; Mutação; Bos Indicus.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101347
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Impacto nas acurácias dos valores genéticos para idade ao primeiro parto em diferentes cenários com paternidade incerta. Repositório Alice
TONUSSI, R. L.; SILVA, R. M. de O.; OLIVERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; PERIPOLLI, E.; LEMOS, M. V. A.; BERTON, M. P.; PEREIRA, A. S. C.; LOBO, R. B.; BEZERRA, L. A. F.; MAGNABOSCO, C. de U.; AGUILAR, I.; DI CROCE, F. A.; BALDI REY, F. S..
Resumo: O objetivo deste estudo foi investigar o impacto nas acurácias de predição utilizando os métodos BLUP e ssGBLUP em diferentes cenários considerando paternidade incerta utilizando dados de uma população de bovinos Nelore. Foram estudados dados de 18.526 registros de idade ao primeiro parto (IPP). Os componentes de variância foram estimados usando os métodos BLUP e ssGBLUP. A matriz de parentesco (A) foi criada com diferentes proporções de animais com pais desconhecidos (0, 25, 50, 75 e 100%). Todos os modelos incluíram grupos contemporâneos como efeitos fixos. Os valores genéticos e genômicos (EBV / GEBV) foram avaliados em cada cenário para quatro grupos: ALL = todos os animais da população, BULL = somente touros com dez ou mais progênies; GEN =...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Best Linear Unbiased Prediction; Paternidade incerta; Avaliação genética; Parâmetro Genético; Gado Nelore.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083359
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Liberação de fósforo de fertilizantes organominerais e sua influência na fertilidade do solo. Repositório Alice
SILVA, R. M. de O.; RECH, I.; FRANÇA, A. A. de; SCHIAVINI, J. de A.; PIRES, C. de A.; BALIEIRO, F. de C.; POLIDORO, J. C.; CAMPOS, D. V. B. de.
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fertilizante fosfatado; Solos brasileiros; Adubação fosfatada.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/873052
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