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Genome-wide detection of CNVs and their association with meat tenderness in Nelore cattle. Repositório Alice
SILVA, V. H. da; REGITANO, L. C. de A.; GEISTLINGER, L.; PÉRTILLE, F.; GIACHETTO, P. F.; BRASSALOTI, R. A.; MOROSINI, N. S.; ZIMMER, R.; COUTINHO, L. L..
Brazil is one of the largest beef producers and exporters in the world with the Nelore breed representing the vast majority of Brazilian cattle (Bos taurus indicus). Despite the great adaptability of the Nelore breed to tropical climate, meat tenderness (MT) remains to be improved. Several factors including genetic composition can influence MT. In this article, we report a genome-wide analysis of copy number variation (CNV) inferred from Illumina1 High Density SNP-chip data for a Nelore population of 723 males. We detected >2,600 CNV regions (CNVRs) representing 6.5% of the genome. Comparing our results with previous studies revealed an overlap in 1400 CNVRs (>50%). A total of 1,155 CNVRs (43.6%) overlapped 2,750 genes. They were enriched for...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Maciez da carne; CNV; Nelore; Gado Nelore; Meat tenderness.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1055112
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Glutathione pathway could be associated with meat tenderness in Nellore. Repositório Alice
GONÇALVES, T. M.; ANDRADE, S. C. S.; GASPARIN, G.; SILVA, V. H. da; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Glutathione pathway; Meat; Tenderness; Race Nellore.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/988644
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Inherited CNVs in regions related to breast muscle development in a broiler population. Repositório Alice
GODOY, T. F.; SILVA, V. H. da; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; LEDUR, M. C.; CROOIJAMANS, R. P.; GROENEN, M. A. M.; COUTINHO, L. L..
bitstream/item/179873/1/final8850.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Autosomal chicken chromosomes; Cromossomos de galinha autossômicos; Fibroblastos; Peito de frango; Melhoramento Genético Animal; Gene; Genoma; Frango de Corte; Ganho de Peso; Carcaça; Animal genetic resources; Genome; Polymorphism; Broiler chickens; Weight gain; Breast meat; Fibroblasts.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1093340
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Widespread modulation of gene expression by copy number variation in skeletal muscle. Repositório Alice
GEISTLINGER, L.; SILVA, V. H. da; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. C.; WALDRON, L.; ZIMMER, R.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L..
Copy number variation (CNV) is a frequently observed deviation from the diploid state due to duplication or deletion of genomic regions. Although intensively analyzed for association with diseases and production traits, the specific mechanisms and extent by which such variations affect the phenotype are incompletely understood. We present an integrative study on CNV and genome-wide gene expression in Brazilian Bos indicus cattle. We analyzed CNVs inferred from SNP-chip data for effects on gene expression measured with RNA-seq in skeletal muscle samples of 183 steers. Local effects, where expression changes coincided with CNVs in the respective genes, were restricted to immune genes. Distal effects were attributable to several high-impact CNVs that...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Agricultural genetics; Nellore cattle; Gene expression.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1086932
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