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A comparative genetic diversity assessment of industrial and household Brazilian cassava varieties using SSR markers Bragantia
Siqueira,Marcos Vinicius Bohrer Monteiro; Borges,Aline; Valle,Teresa Losada; Veasey,Elizabeth Ann.
This study was carried out in order to assess the genetic diversity of 20 cassava (Manihot esculenta Crantz) genotypes with high phenotypic performance using microsatellite markers. Two groups were considered for this study: eleven varieties for industrial uses and nine for household consumption. By using nine microsatellite primers, high polymorphism was identified in all the loci analyzed, with values reaching 100%. On average, 3.4 alleles per locus were found, with 0.371 the value estimated for the observed heterozygosity and 0.555 for gene diversity for the entire set of varieties. The genetic variability found in both varieties, cultivated on a large-scale in the South Center region of Brazil, is wide enough to allow the choice of divergent parental...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Manihot esculenta; Genetic diversity; Germplasm; Microsatellites.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052011000400003
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Agro-morphological characterization of upland rice accessions Scientia Agricola
Nascimento,Wellington Ferreira do; Silva,Edson Ferreira da; Veasey,Elizabeth Ann.
The agro-morphological characterization is fundamental in order to provide information for plant breeding programs. The aim of the present study was to characterize 146 accessions of upland rice (Oryza sativa L.), based on qualitative and quantitative agro-morphological descriptors. The experiment was conducted in Recife, state of Pernambuco, Brazil, using a randomized block design with three replicates. Polymorphism was observed among 12 of 14 qualitative characters evaluated, whereas significant differences (p < 0.05) were observed for 11 of the 14 analysed quantitative traits. Genetic variance was higher than environmental variance and the average inheritability coefficients were above 80 % for all characters, which ensures the predominance of the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic variability; Germplasm; Ex-situ conservation; Pre-breeding.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162011000600008
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Assessing the genetic structure of Oryza glumaepatula populations with isozyme markers BABT
Veasey,Elizabeth Ann; Cardin,Daruska; Silva,Rainério Meireles; Bressan,Eduardo de Andrade; Vencovsky,Roland.
To assess the genetic diversity and genetic structure parameters, nine populations of Oryza glumaepatula from the Amazon biome, four from the Pantanal biome, and one collected at Rio Xingu, Mato Grosso, totaling 14 populations and 333 individuals were studied with isozyme markers. Six loci were evaluated showing a moderate allozyme variability (A = 1.21, P = 20.7%, Ho = 0.005, He = 0.060). The populations from the Pantanal biome showed higher diversity levels than the Amazon biome. High genetic differentiation among the populations, expected for self-fertilizing species, was observed (F ST=0.763), with lower differentiation found among the Pantanal populations (F ST=0.501). The average apparent outcrossing rate was higher for the Pantanal populations (t a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic diversity; Isozymes; Oryza glumaepatula; Outcrossing rate; Populations.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132008000500001
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Caracterização agromorfológica interpopulacional em Oryza glumaepatula Bragantia
Rosa,Mariana Silva; Santos,Patrícia Pimentel dos; Veasey,Elizabeth Ann.
O gênero Oryza apresenta duas espécies cultivadas e 21 espécies silvestres, sendo quatro originárias da América do Sul e Central. Dentre essas, a única espécie diplóide é Oryza glumaepatula Steud., compatível em cruzamentos com a espécie cultivada O. sativa L. O objetivo deste trabalho foi caracterizar, por meio de caracteres agromorfológicos, oito populações de O. glumaepatula, coletadas em diferentes bacias hidrográficas brasileiras. O experimento foi realizado em casa de vegetação utilizando-se o delineamento em blocos ao acaso com oito tratamentos e seis repetições. Cada parcela foi constituída de quatro plantas, obtendo-se o total de 24 plantas por população. Foram avaliadas três características agronômicas e 18 características morfológicas. Os dados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Arroz silvestre; Caracterização morfológica; Caracterização agronômica; Diversidade genética; Oryza glumaepatula.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0006-87052006000100002
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CTAB methods for DNA extraction of sweetpotato for microsatellite analysis Scientia Agricola
Borges,Aline; Rosa,Mariana Silva; Recchia,Gustavo Henrique; Queiroz-Silva,Jurema Rosa de; Bressan,Eduardo de Andrade; Veasey,Elizabeth Ann.
Microsatellite markers have proved to be useful in genetic diversity assessments of sweetpotato (Ipomoea batatas) but practical DNA extraction methods to ensure good quality and quantity DNA for these studies are yet to be established. This study compares the efficiency of three modified methodologies for DNA extraction of six sweetpotato landraces using the CTAB extraction buffer in regard to quantity and purity of DNA quantification and microsatellite band patterns. All methodologies yielded satisfactory results, but the method based in leaf tissue macerated in liquid nitrogen was deemed more adequate because of its simplicity and lower cost. However, the method based in dry leaf tissue was considered more advantageous, first because elicits...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Ipomoea batatas; SSR; DNA isolation; Landraces; Protocol.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162009000400015
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Diversidade genética de populações de andiroba no Baixo Acre PAB
Raposo,Andréa; Martins,Karina; Ciampi,Ana Yamaguishi; Wadt,Lúcia Helena de Oliveira; Veasey,Elizabeth Ann.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética em duas populações de Carapa guianensis Aubl. (andiroba), no Estado do Acre, e comparar os parâmetros de diversidade com os observados em outras populações da espécie (no Brasil: Flona Tapajós, PA, Porto Acre, AC; e na Costa Rica). Foram avaliados 77 indivíduos adultos com sete locos polimórficos de microssatélites. Observaram-se 51 alelos nas duas populações, em que o número efetivo de alelos por loco (Âe = 3,2) foi inferior ao número médio de alelos por loco (Â = 7,3), o que indica elevado número de alelos com baixa freqüência. Os valores estimados de f não diferiram de zero, o que mostra que não ocorre endogamia nas populações. A taxa de cruzamento aparente foi alta (t a = 1,11 na população...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Carapa guianensis; Marcadores microssatélites; Tamanho efetivo populacional; Conservação de recursos genéticos; Alelos raros; Fluxo gênico.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2007000900011
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Diversity and genetic structure in natural populations of Hancornia speciosa var. speciosa Gomes in northeastern Brazil Rev. Bras. Frutic.
Martins,Georgia Vilela; Martins,Luiza Suely Semen; Veasey,Elizabeth Ann; Lederman,Ildo Eliezer; Silva,Edson Ferreira da.
Hancornia speciosa Gomes is a fruit tree native from Brazil that belongs to Apocinaceae family, and is popularly known as Mangabeira. Its fruits are widely consumed raw or processed as fruit jam, juices and ice creams, which have made it a target of intense exploitation. The extractive activities and intense human activity on the environment of natural occurrence of H. speciosa has caused genetic erosion in the species and little is known about the ecology or genetic structure of natural populations. The objective of this research was the evaluation of the genetic diversity and genetic structure of H. speciosa var. speciosa. The genetic variability was assessed using 11 allozyme loci with a sample of 164 individuals distributed in six natural populations...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Conservation; Gene flow; Genetic resources; Genetic variability; Isozyme; Mangabeira.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-29452012000400023
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Elevada diversidade genética interpopulacional em Oryza glumaepatula Steud. (Poaceae) avaliada com microssatélites Biota Neotropica
Silva,Cynthia Maria; Karasawa,Marines Marli Gniech; Vencovsky,Roland; Veasey,Elizabeth Ann.
Marcadores microssatélites foram usados para caracterizar a diversidade genética entre e dentro de sete populações naturais de Oryza glumaepaula. Seis dessas populações são originárias da bacia hidrográfica da Amazônia e uma do rio Paraguai no Pantanal Matogrossense. Utilizando sete locos de microssatélites, observou-se diversidade genética intrapopulacional média de 1,98 alelos por loco, 56,2% de locos polimórficos, Ho = 0,026 e He = 0,241. Elevada diferenciação interpopulacional foi observada pelo índice de fixação de Wright e pelo parâmetro de divergência de Slatkin (F ST = 0,715 e R ST = 0,595, respectivamente), bem como elevado nível de endogamia total (F IT = 0,963), em grande parte influenciada pelo sistema reprodutivo (F IS = 0,858). Verificou-se...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Diversidade genética; Estrutura genética; Oryza glumaepatula; Microssatélites; Sistema reprodutivo; Populações.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1676-06032007000200019
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Genetic characterization of cassava ( Manihot esculenta ) landraces in Brazil assessed with simple sequence repeats Genet. Mol. Biol.
Siqueira,Marcos V. B. M.; Queiroz-Silva,Jurema R.; Bressan,Eduardo A.; Borges,Aline; Pereira,Kayo J. C.; Pinto,José G.; Veasey,Elizabeth Ann.
Based on nine microsatellite loci, the aim of this study was to appraise the genetic diversity of 42 cassava ( Manihot esculenta ) landraces from selected regions in Brazil, and examine how this variety is distributed according to origin in several municipalities in the states of Minas Gerais, São Paulo, Mato Grosso do Sul, Amazonas and Mato Grosso. High diversity values were found among the five above-mentioned regions, with 3.3 alleles per locus on an average, a high percentage of polymorphic loci varying from 88.8% to 100%, an average of 0.265 for observed heterozygosity and 0.570 for gene diversity. Most genetic diversity was concentrated within the regions themselves ( H S = 0.52). Cluster analysis and principal component based scatter plotting...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic diversity; Microsatellites; SSR markers; Traditional farming.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572009000100015
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Genetic diversity in Brazilian sweet potato (Ipomoea batatas (L.) Lam., Solanales, Convolvulaceae) landraces assessed with microsatellite markers Genet. Mol. Biol.
Veasey,Elizabeth Ann; Borges,Aline; Rosa,Mariana Silva; Queiroz-Silva,Jurema R.; Bressan,Eduardo de Andrade; Peroni,Nivaldo.
We used simple sequence repeat (SSR) markers to investigate the genetic diversity of 78 sweet potato (Ipomoea batatas) accessions (58 landraces and 20 putative clones) from traditional agricultural households from 19 local communities in the Vale do Ribeira, São Paulo, Brazil. Eight SSR loci were assessed using 6% (w/v) polyacrylamide gels stained with silver nitrate and the accessions genotyped considering the presence or absence of bands. The results were subjected to analysis of molecular variance (AMOVA), and cluster and principal coordinate analyses. Spatial structure was assessed using Mantel's test to compare genetic and geographic distances. Each primer pair generated between three and ten clearly scorable polymorphic fragments. Cluster analyses...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genetic variability; Landraces; SSR; Traditional agriculture; Vale do Ribeira.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572008000400020
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Genetic diversity of American wild rice species Scientia Agricola
Veasey,Elizabeth Ann; Bressan,Eduardo de Andrade; Zucchi,Maria Imaculada; Vencovsky,Roland; Cardim,Daruska Cavalcante; Silva,Rainério Meireles da.
Studies on genetic diversity and genetic structure of natural populations are important in order to define strategies for in situ and ex situ conservation actions and for plant pre-breeding programs. Aiming to assess the genetic diversity and genetic structure of three wild American Oryza species with isozyme markers, 14 populations of the diploid O. glumaepatula (AglAgl), 11 populations of the tetraploid O. grandiglumis (CCDD) and five populations of the also tetraploid O. latifolia (CCDD) were studied. They were all originated from Rio Paraguay hydrographic basin and the Amazon. Four enzymes were used and they gave 40 polymorphic bands. The most polymorphic species was O. glumaepatula, followed by O. latifolia and O. grandiglumis. A cluster analysis with...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Oryza glumaepatula; O. latifolia; O. grandiglumis; Amazon; Genetic structure.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162011000400008
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Isoenzymatic variability of cassava accessions from different regions in Brazil Scientia Agricola
Cabral,Betânia Lúcia Rocha; Souza,Joelson Araújo de; Ando,Akihiko; Veasey,Elizabeth Ann; Cardoso,Eloisa Maria Ramos.
Cassava (Manihot esculenta Crantz) belongs to the Euphorbiaceae family, and is widely cultivated in Brazil. The objective of this study was to evaluate the isoenzymatic variability of 200 cassava accessions from the germplasm bank of Embrapa Amazonia Oriental. Seven groups were formed according to their origin: 1-Amazonas, 2-Amapa, 3-Bahia, 4-Para, 5-Rondonia, 6-Various, for accessions with a maximum of three individuals per place of origin, and 7 - Accessions of indefinite origin. The accessions were also evaluated as a whole. For the electrophoretic analyses, samples of young leaves were used in a 12% starch gel. Eight isoenzymatic systems were evaluated: acid phosphatase (ACP), leucine aminopeptidase (LAP), glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PDH),...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Manihot esculenta; Genetic variability; Germplasm bank; Isozymes.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162002000300017
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Molecular characterization of potato cultivars using SSR markers Horticultura Brasileira
Favoretto,Patrícia; Veasey,Elizabeth Ann; Melo,Paulo César Tavares de.
The potato crop has a very narrow genetic base, so the use of molecular markers is a very important tool in the characterization of germplasm banks and evaluation of genetic divergence. The objective of this study was to identify, using microsatellite or simple sequence repeat (SSR) markers, 38 accessions of potato from two collections of commercial cultivars. For the molecular characterization 10 loci were used, generating a total of 46 alleles, which were analyzed as binary data. A cluster analysis was performed with the Jaccard´s similarity coefficient and the UPGMA method, using the software NTSYSpc. On average, the number of alleles per locus was 4.6, ranging from two alleles for primers STM1049, STM 1053 and STM 1104 to 12 alleles per locus for...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Solanum tuberosum; Germplasm banks; Genetic diversity; Microsatellites.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362011000400017
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Morphoagronomic genetic diversity in american wild rice species BABT
Veasey,Elizabeth Ann; Silva,Edson Ferreira da; Schammass,Eliana Aparecida; Oliveira,Giancarlo Conde Xavier; Ando,Akihiko.
To characterize the genetic variability among species and populations of South American wild rice, eleven populations of Oryza glumaepatula, seven of O. grandiglumis, four of O. latifolia and one of O. alta, from Brazil and Argentina, were evaluated. A greenhouse experiment was conducted in completely randomized blocks with 23 treatments. Twenty morphoagronomic traits were assessed. Univariate analyses were performed with 16 quantitative traits with the partitioning of populations within species. Significant differences (p<0.001) between species were observed for all the traits as well as among populations within the species. The most variable was O. glumaepatula followed by O. latifolia. Multivariate discriminant canonical and cluster analyses...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Brazil; Quantitative traits; Qualitative traits; Morphology; Oryza.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132008000100012
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Morphological and molecular diversity among cassava genotypes PAB
Mezette,Thiago Fonseca; Blumer,Caroline Groppo; Veasey,Elizabeth Ann.
The objective of this work was to characterize morphologically and molecularly the genetic diversity of cassava accessions, collected from different regions in Brazil. A descriptive analysis was made for 12 morphological traits in 419 accessions. Data was transformed into binary data for cluster analysis and analysis of molecular variance. A higher proportion of white or cream (71%) root cortex color was found, while flesh colors were predominantly white (49%) and cream (42%). Four accession groups were classified by the cluster analysis, but they were not grouped according to their origin, which indicates that diversity is not structured in space. The variation was greater within regions (95.6%). Sixty genotypes were also evaluated using 14 polymorphic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Manihot esculenta; Genetic diversity; Germplasm; Microsatellites; Morphological traits.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000500007
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Morphological variation and isozyme diversity in Dioscorea alata L. landraces from Vale do Ribeira, Brazil Scientia Agricola
Bressan,Eduardo de Andrade; Briner Neto,Thiago; Zucchi,Maria Imaculada; Rabello,Ronaldo José; Veasey,Elizabeth Ann.
Traditional growers of the Vale do Ribeira, São Paulo State, grow and make use of several D. alata landraces. This study assessed the genetic diversity of 16 landraces, using isozymatic and morphological markers and comparing them with 19 commercial varieties of D. alata. Their distribution in different levels of organization such as households and communities of the Vale do Ribeira was evaluated. Isozymatic analyses were performed with polyacrylamide (six systems) and starch gels (one system), while the morphological analyses were carried out with 24 traits. Due to the polyploid nature of this species, the isozymatic bands were scored as binary data. Morphological traits were also scored as binary data. Principal coordinates and cluster analyses were...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: AMOVA; Traditional agriculture; Genetic diversity; Water yam.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162011000400016
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Phenology and morphological diversity of sweet potato (Ipomoea batatas) landraces of the Vale do Ribeira Scientia Agricola
Veasey,Elizabeth Ann; Silva,Jurema Rosa de Queiroz; Rosa,Mariana Silva; Borges,Aline; Bressan,Eduardo de Andrade; Peroni,Nivaldo.
The phenotypic diversity of sweet potato (Ipomoea batatas) landraces was assessed using morphological traits, verifying how this diversity is distributed among the households and settlements of the Vale do Ribeira, Brazil. A total of 74 accessions, involving 53 landraces, collected from 30 households distributed among 18 settlements that practice traditional agriculture in the municipalities of Iguape, Ilha Comprida, and Cananeia, as well as four commercial varieties acquired in markets of Iguape and Piracicaba, were evaluated under an ex situ experimental condition in Piracicaba, SP, Brazil. Nine phenological and floral descriptors, nine morphological vegetative aerial descriptors and five storage root traits were recorded. The 14 aerial vegetative and...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Local varieties; Morphology; Phenotypic diversity; Traditional agriculture; Variability.
Ano: 2007 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162007000400013
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Processos evolutivos e a origem das plantas cultivadas Ciência Rural
Veasey,Elizabeth Ann; Piotto,Fernando Angelo; Nascimento,Wellington Ferreira do; Rodrigues,Jucelene Fernandes; Mezette,Thiago Fonseca; Borges,Aline; Biguzzi,Felipe Almeida; Santos,Fernanda Raquel Camilo dos; Sobierajski,Graciela da Rocha; Recchia,Gustavo Henrique; Mistro,Julio César.
A evolução das plantas cultivadas, que teve início há cerca de 13.000 anos, está sujeita aos mesmos processos evolutivos naturais, aliada à ação do homem de forma consciente ou inconsciente, levando à domesticação. Nesta revisão, são apresentados os principais fatores evolutivos, tais como mutação, hibridação, migração, seleção e deriva genética, que, de alguma maneira, estão envolvidos com a origem, evolução e domesticação de plantas cultivadas. São apresentados também exemplos de como esses processos influenciaram na diversidade intra e interespecífica de plantas cultivadas, com o aparecimento de novas variedades ou mesmo de novas espécies. De modo geral, tais processos atuaram na ampliação, na manutenção, bem como na redução da variabilidade genética...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Domesticação de plantas; Mutação; Hibridação; Migração; Seleção; Deriva genética.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-84782011000700018
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Variabilidade da dormência de sementes entre e dentro de espécies de Sesbania Scientia Agricola
Veasey,Elizabeth Ann; Freitas,José Costa Teixeira de; Schammass,Eliana Aparecida.
Analisou-se a variabilidade existente entre espécies e entre famílias de Sesbania Scop., com relação ao grau de dormência das sementes. Foram avaliadas 13 famílias de cinco espécies de Sesbania: S. rostrata, S. exasperata, S. tetraptera, S. sesban e S. virgata. O ensaio foi conduzido à temperatura alternada de 20-30°C, durante 15 dias. Utilizou-se o delineamento inteiramente casualizado, com três repetições de 50 sementes cada repetição. Foi realizada uma análise de variância, desdobrando-se os graus de liberdade de famílias dentro de espécies. Foram estimados o coeficiente de variação genética (CVg) e o coeficiente de determinação genotípica (b). Foi também avaliada a velocidade de germinação, medida indiretamente através do tempo médio para germinação...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Germinação; Parâmetro genético.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162000000200017
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