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A bioinformatics approach to detect interchromosomal trans-splicing in bovine full length cDNA databanks. Repositório Alice
HERAI, R. H.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing is an unusual form of RNA processing mechanism where distinct pre-mRNA sequences contribute to the formation of a single mRNA. It is common in nematodes and kinetoplastids, but it is rare in superior organisms. Nevertheless, some recent studies show that trans-splicing, although rare, may be more widespread than believed (Gingeras). Consequently, its identification in large databanks is very important for posteriori experimental confirmation. Recently, we have developed a Bioinformatic methodology that successfully found 16 inter-chromosomal trans-splicing candidate sequences in a large human full length cDNA (FlcDNA) databank (Herai & Yamagishi, in press). Unfortunately, our methodology was supposed to be applied on organisms with high...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Algoritmo; Algorithms; Bioinformatics; RNA splicing.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/868482
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/909360
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A fast algorithm to "de novo" genome wide tandem repeats discovery. Repositório Alice
NARCISO, M.; YAMAGISHI, M..
Tandem Repeats (TR) are sequences where the same pattern repeats consecutively. They have been used as genomic markers (microsatellite and minisatéllite) since the begining of the genomic era. Recently, new studies have associated TR to important regulatory processes which substantialy increased the interest in TR. The exponential reduction cost of sequencing caused by the new technologies, resulted in the proliferation of genome projects, and particularly of novel model organisms. Very often, the first sequence analysis is the identification of genetic markers such as SNPs and TRs. As the former is a by product of the assembly phase, the real chalenge resides in the latter since the TRs identification must be done de novo. This scenario requires a faster...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Marcadores genéticos; Polimorfismo de nucleotídeo único; Repetições em Tandem; Algorithms; Microsatellite repeats; Genetic markers; Tandem repeat sequences; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/908712
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A web-based software for randomization tests of cluster analysis of invertebrate biodiversity in a rice ecosystem International Rice Research Institute
Zhang, W. J.; Zhang, R. J.; Gu, D. X..
p.32-34
Palavras-chave: Biodiversity; Invertebrates; Computer software; Cluster analysis; Random sampling; Algorithms.
Ano: 2004 URL: http://hdl.handle.net/123456789/985
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Alocação otimizada de torres para detecção de incêndios florestais. Repositório Alice
AGUIAR, M. O.; LEITE, C. C. C.; VIANA, J. C. C.; MATIAS, H. de B.; SILVA, R. F.; FIGUEIREDO, E. O..
O controle de incêndios florestais através da alocação de torres para a detecção de fumaça é considerado um sistema eficaz para o controle inicial do fogo. O desafio imposto aos pesquisadores é a inserção das torres em posições que otimizem a área de abrangência de cada uma delas. Desta forma, o objetivo deste estudo é propor um novo método heurístico capaz de alocar, de maneira otimizada, as torres em áreas florestais. Conclui-se que o algoritmo implementado foi capaz de alocar as torres respeitando todas as restrições do problema.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Torre de detecção de fumaça; Otimização da área de abrangência; Heurística; Heuristic; Algoritmo heurístico; P-mediana; Bujari (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Floresta tropical; Floresta nativa; Incêndio florestal; Controle ambiental; Programação linear; Tropical rain forests; Forest fire management; Smoke; Linear programming; Algorithms; Western Amazon; Bosque tropical húmedo; Manejo de incendios forestales; Humo; Programación lineal; Algoritmos; Amazonia Occidental.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067265
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Análise de agrupamento de dados de expressão gênica na Rede Genômica Animal. Infoteca-e
HIGA, R. H.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; IBELLI, A. M. G.; REGITANO, L. C. de A.; CARDOSO, F. F..
O objetivo deste trabalho é apresentar a análise de agrupamento de dados de expressão gênica, conforme realizada no escopo da ?Rede Genômica Animal?. Na seção 2, são apresentados conceitos básicos sobre análises de agrupamento. Em particular, os algoritmos de agrupamento utilizados nessas análises compreendem aqueles mais conhecidos, como k-means, SOM e agrupamento hierárquico. A plataforma de análise escolhida para realização das análises de agrupamento na ?Rede Genômica Animal? é o ambiente de análise estatística R (R DEVELOPMENT CORE TEAM, 2010) e o projeto Bioconductor (GENTLEMAN et al., 2004). Assim, na seção 3 é apresentado um exemplo completo de análise de agrupamento e seu respectivo script R.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Agrupamento de dados; Expressão gênica; Rede Genômica Animal; Análise estatística; Análise de componentes principais - PCA; Gene expression; Algorithms; Statistical analysis; Principal component analysis.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/883623
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Aplicativo para análise de componentes principais. Infoteca-e
PALUMBO, F. V. P.; CARVALHO, J. R. P. de; MOURA, M. F..
Análise por componentes principais. Entrada de dados para o aplicativo: Procedimento. Opções do aplicativo. Especificação de algoritmos: Descrição de método. Cálculo usando a matriz de variâncias e covariâncias(S). Cálculo usando a matriz de correlação (R). Cálculo usando a Matriz Parcial.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Algoritmos; Software NTIA; Análise de componentes principais; Análise multivariada; Algorithms; Computer software; Principal component analysis; Multivariate analysis.
Ano: 1999 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/6923
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Aquisição automática de sintomas para diagnóstico de doenças em plantas. Repositório Alice
FERNANDES, T.; BARBEDO, J. G. A..
O objetivo deste trabalho foi implementar um método capaz de realizar a aquisição automática de sintomas para o diagnóstico de doenças em plantas, que muitas vezes pode ser de difícil obtenção para inúmeros agricultores, devido ao grande número de doenças encontradas hoje em dia ou em algumas vezes pelo baixo conhecimento do profissional sobre o assunto.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Diagnóstico de doenças; Doenças em plantas; Algoritmo; Plant diseases and disorders; Algorithms.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975712
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Classificação de áreas de café em Minas Gerais por meio do novo algoritmo QMAS em imagem espectral Geoeye-1. Repositório Alice
COLTRI, P. P.; CORDEIRO, R. L. F.; SOUZA, T. T. de; ROMANI, L. A. S.; ZULLO JÚNIOR, J.; TRAINA JÚNIOR, C.; TRAINA, A. J. M..
Diante do grande desafio que é classificar imagens de sensoriamento remoto de café, o objetivo deste trabalho foi aplicar o novo algoritmo QMAS para classificar áreas de café comparando os resultados com o método tradicional de Classificação Supervisionada MAXVER, em imagens Geoeye-1. Os resultados indicam que o algoritmo QMAS obteve mais êxito na classificação das áreas de café do que o MAXVER, configurando-se em uma alternativa viável a classificação de imagens de satélite.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Cafe; Cafeicultura; Padrão espectral; Algoritmo de classificação QMAS; Coffee crops; Spectral pattern; Algorithms.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/895471
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ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..
In this work, we report for the first time a comprehensive study of SNPs within tandem repeats of a model organism. Our results show that, due their widespread occurrence, SNPs within TR deserves attention; even though some of them may be explained by simple base-calling errors.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935333
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ConvolutionTR: comprehensive study of SNPs within tandem repeats. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCAO, P. R..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Sequências de DNA; Algoritmo ConvolutionTR; Bioinformatics; Tandem repeat sequences; Nucleotide sequences; Algorithms.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/932803
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Detecting wheat Fusarium head blight using hyperspectral imaging. Repositório Alice
BARBEDO, J.; TIBOLA, C.; FERNANDES, J. M..
The objective of this study was to detect FHB in wheat kernels using HSI. An algorithm, based on mathematical morphological operations and linear thresholding, was developed and implemented in order to be both simple and accurate.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hyperspectral images; Algoritmo; Fusarium head blight; Algorithms; Image analysis; Deoxynivalenol.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1034034
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Estudo de algoritmos de biclustering para a análise de expressão gênica utilizando atecnologia de microarranjo. Infoteca-e
HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A.; IBELLI, A. M. G.; SANTOS, I. L. N. dos.
A tecnologia de microarranjo permite que as expressões gênicas de um grande número de genes sejam simultaneamente avaliadas em diferentes condições, que formam amostras observadas sobre elas. As condições podem corresponder a diferentes pontos no tempo, tecidos, condições experimentais ou condições ambientais. Um passo crucial na análise desse tipo de dado é a extração de informações biologicamente relevantes. Em geral, dados de expressão gênica são organizados em uma matriz, onde cada linha corresponde a um gene e cada coluna a uma condição. Cada elemento dessa matriz contém um número real que reflete o logaritmo da abundância relativa de mRNA de um determinado gene sob uma condição específica.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Análise biclustering; Expressão gênica; Algoritmos; Análise biclustering; Algorithms.
Ano: 2010 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/885589
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Impacto da amostragem aleatória uniforme para o aumento da escalabilidade na geração de agrupamentos hierárquicos de séries espaço-temporais. Repositório Alice
MENDES, R. M. S.; RAZENTE, H.; BARIONI, M. C. N.; ROMANI, L. A. S..
Este trabalho apresenta resultados do emprego de uma abordagem escalável para o agrupamento hierárquico de séries espaço-temporais de imagens de satélite visando a redução da complexidade de tempo de execução e espaço do algoritmo. Para tanto são exploradas as técnicas de pré-processamento para redução da numerosidade, particularmente por meio de amostragem de dados. O experimento indica que é necessário o desenvolvimento de uma estratégia mais eficiente que a seleçao ingênua de amostras (amostragem uniforme).
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Imagem de satélite; Pré-processamento; Algoritmos hierárquicos; Amostragem aleatória; Pre-processing techniques; Imagem de satélite; Sensoriamento remoto; Remote sensing; Algorithms; Cluster analysis; Sampling.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1064878
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Problema de alocação de áreas de florestas. Repositório Alice
NARCISO, M. G.; LORENA, L. A. N..
Para indústrias que exploram recursos de florestas é interessante manter áreas de reserva ou ainda áreas para reflorestamento. Assim, uma dada floresta pode ser dividida em vários setores para que alguns sejam explorados e outros fiquem de reserva ou sejam recuperados. Deve-se levar em conta também os fatores (restrições) como transporte dos produtos, manutenção da biodiversidade, etc.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Problema de alocação; Algoritmo genético construtivo; Floresta; Forests; Algorithms.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/6922
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Soybean crop area estimation by Modis/Evi data. Repositório Alice
GUSSO, A.; FORMAGGIO, A. R.; RIZZI, R.; ADAMI, M.; RUDORFF, B. F. T..
The objective of this work was to develop a procedure to estimate soybean crop areas in Rio Grande do Sul state, Brazil. Estimations were made based on the temporal profiles of the enhanced vegetation index (Evi) calculated from moderate resolution imaging spectroradiometer (Modis) images. The methodology developed for soybean classification was named Modis crop detection algorithm (MCDA). The MCDA provides soybean area estimates in December (first forecast), using images from the sowing period, and March (second forecast), using images from the sowing and maximum crop development periods. The results obtained by the MCDA were compared with the official estimates on soybean area of the Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística. The coefficients of...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Algoritmo; Área agrícola; Perfil temporal; Glycine max; Mapa; Soja; Algorithms.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/930528
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Um método heurístico para otimizar a formação de Unidades de Produção Anual no manejo de florestas nativas na Amazônia. Repositório Alice
LEITE, C. C. C.; SILVA. E. F. da; SILVA, R. F.; AGUIAR, M. O.; FIGUEIREDO, E. O.; SILVA, M. L. M. da.
Uma área de Manejo Florestal Sustentável dividida em compartimentos de igual tamanho não corresponderá a uma distribuição regular de volume, renda e espécies. Como alternativa, a formação das Unidades de Produção Anual (UPAs) pode ser modelada como um problema clássico conhecido como P-medianas. Desse modo, os objetivos desse estudo foram: 1) Apresentar um modelo de programação linear inteira binária para realizar a formação de UPAs, promovendo a regulação da produção florestal e; 2) propor um método heurístico para a obtenção de soluções viáveis sub-ótimas. A área de estudo consiste em uma área de manejo florestal 1.057,41 ha de floresta tropical nativa localizada no Estado do Acre. Os dados utilizados são provenientes do inventário florestal censitário...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Manejo florestal sustentável; Regulação da produção florestal; Ditribuição espacial de espécies; Unidade de Produção Anual (UPA); Heurística; Heuristic; Algoritmo heurístico; P-mediana; Bujari (AC); Acre; Amazônia Ocidental; Produção florestal; Floresta tropical; Floresta nativa; Programação linear; Sustainable forestry; Timber production; Tropical rain forests; Linear programming; Algorithms; Western Amazon; Silvicultura sustentable; Producción de madera; Bosque tropical húmedo; Programación lineal; Algoritmos; Amazonia Occidental.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1067267
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Understanding vocalization might help to assess stressful conditions in piglets. Repositório Alice
CORDEIRO, A. F. da S.; NÄÄS, I. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; VIOLARO, F.; NEVES, D. P..
Abstract: Assessing pigs? welfare is one of the most challenging subjects in intensive pig farming. Animal vocalization analysis is a noninvasive procedure and may be used as a tool for assessing animal welfare status. The objective of this research was to identify stress conditions in piglets reared in farrowing pens through their vocalization. Vocal signals were collected from 40 animals under the following situations: normal (baseline), feeling cold, in pain, and feeling hunger. A unidirectional microphone positioned about 15 cm from the animals? mouth was used for recording the acoustic signals. The microphone was connected to a digital recorder, where the signals were digitized at the 44,100 Hz frequency. The collected sounds were edited and analyzed....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Suino; Algoritmo; Suinocultura; Suino; Swine; Young animals; Piglets; Algorithms; Mathematical models.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/966129
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Utilizando técnicas preditivas que combinam modelagem e seleção de atributos. Infoteca-e
VIEIRA, F. D.; OLIVEIRA, S. R. de M..
Percebe-se nos últimos anos, devido principalmente ao grande avanço da área de tecnologia de informação, que um enorme volume de dados cresce de forma acelerada em diversos campos de conhecimento, o que dificulta sua interpretação, pois o volume destes dados é maior que o poder de interpretá-los.
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Mineração de dados; Boosting; Lasso; Random forest; Algorithms; Models.
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1033086
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