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A Blower-like approach to predict the effectiveness of vaccines in a TB dynamic. Repositório Alice
FRONZA, C. F.; ANSELMO, J.; MARQUES, J. L. B.; PINTARELLI, G. B.; CASTRO, A. de..
In this paper we present an extension of an automata approach proposed by S. Blower (1998) to describe the tuberculosis progression in a bi-dimensional space. In our extended model, the vaccination was included as an inhibitory variable in order to study its influence on the behavior of the tuberculosis spread. Our simulations showed that the earlier the vaccine is administered in the population, the lower the number of infected individuals, as expected for an in vivo system. However, our results also indicated that although the usual vaccination processes help reducing the strength of infection, the disease is not extinct, remaining the endemic state at low levels. These results strongly suggest that further actions are needed to increase the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Simulação; Cellular automata; Tuberculose; Tuberculosis; Computer simulation.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/990390
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A Cost-Effectiveness Study of Animal Disease Eradication Strategies: Foot-and-Mouth Disease in Ireland AgEcon
Dillon, Emma J..
The primary focus of this poster paper is to evaluate the cost-effectiveness of alternative control strategies for a number of simulated outbreaks of Foot-and-Mouth disease (FMD) in four agriculturally diverse Irish regions, examining for the first time, the potential role of emergency vaccination in the country. With the increasing threat of transboundary animal diseases due to globalisation, wider market integration and increased animal movement it is important that such an evaluation of control and eradication strategies be undertaken and contingency plans be put in place. The new EU Directive (2003/85/EC) on FMD control permits the use of emergency vaccination as part of an FMD control strategy. The slaughter of infected animals and "dangerous...
Tipo: Conference Paper or Presentation Palavras-chave: Foot-and-Mouth disease; Control strategies; Transboundary animal diseases; Emergency vaccination; Computer simulation; Cost-effectiveness; Livestock Production/Industries; Q1; Q17; Q58.
Ano: 2006 URL: http://purl.umn.edu/25321
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Avaliação do progresso genético em propriedades leiteiras no Acre. Repositório Alice
CARNEIRO JUNIOR, J. M.; SILVA, R. R. C. da; SILVA, R. R. C. da; SILVA, M. S.; PINHEIRO, A. K..
O objetivo deste trabalho foi avaliar o progresso genético de um rebanho, por meio de simulação computacional. Foram realizadas visitas técnicas em 25 propriedades e foi realizada simulação computacional, por meio do programa SAS, de um rebanho leiteiro com índices zootécnicos similares aos observados em pequenas propriedades leiteiras no Acre. Os índices zootécnicos simulados foram produção de leite 4,5 kg/vaca/dia, intervalo de partos de 18 meses, idade ao primeiro parto de 30 meses e duração da lactação de 180 dias. Constatou-se, através da simulação, que em quatro estações de descarte técnico de vacas e reposição com novilhas oriundas da inseminação artificial a produção de leite saltou de 4,5 kg/vaca/dia para 18,7 kg/vaca/dia. O descarte técnico de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Descarte técnico; Technical disposal; Software SAS; Melhoramento genético animal; Gado leiteiro; Controle genético; Reprodução animal; Inseminação artificial; Produção leiteira; Programa de computador; Simulação; Animal breeding; Dairy cattle; Animal reproduction; Artificial insemination; Milk production; Computer software; Computer simulation; Cruce de animales; Ganado de leche; Reproducción de animales; Inseminación artificial; Elaboración de leche; Programas de computadores; Simulación por computadora.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1081908
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Controle leiteiro reduzido para estimação da produção de leite acumulada na lactação de vacas mestiças no Acre. Infoteca-e
CARNEIRO JUNIOR, J. M.; CAVALCANTE, F. A.; BRAGA, A. P.; PINHEIRO, A. K..
O presente trabalho tem por objetivos definir o número mínimo de controles leiteiros para estimação acurada da produção de leite aos 255 dias de lactação em vacas mestiças Girolando e verificar a adequabilidade da equação oferecida pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Mapa). Foi simulado um conjunto de dados com informações de 50 rebanhos leiteiros com 10 repetições contendo, em média, 100 vacas em lactação. As lactações foram simuladas de acordo com os parâmetros observados na literatura para a raça Girolando. A simulação continha os controles leiteiros diários até os 255 dias com pico de lactação aos 38 dias e produção média de cinco quilos de leite. Foram comparados protocolos de controle leiteiro com intervalos variando de 7 até...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Raça Girolando; Método de estimação da produção de leite; Statistical Analysis System (SAS); Acre; Amazônia Ocidental; Western Amazon; Amazonia Occidental; Gado leiteiro; Gado mestiço; Controle leiteiro; Produção leiteira; Estimativa; Análise estatística; Método estatístico; Programa de computador; Dairy cattle; Dairy cows; Crossbreds; Milk production; Statistical analysis; Computer simulation; Ganado de leche; Vacas lecheras; Productos del cruzamiento; Elaboración de leche; Análisis estadístico; Simulación por computadora.
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1070620
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Estimação de componentes de variância sob influência de genes de efeito principal, comparando-se metodologias Baynesiana e clássica sob diferentes cenários. Repositório Alice
ASSIS, G. M. L. de; CARNEIRO JUNIOR, J. M.; EUCLYDES, R. F.; TORRES, R. de A.; LOPES, P. S..
Quatro diferentes tipos de população foram simulados com o objetivo de verificar a influência de genes de efeito principal e do tamanho da população na estimação de componentes de variância sob seleção. A estimação foi realizada por meio da utilização e comparação das metodologias clássica e Bayesiana (a Bayesiana com três níveis de informação a priori). As metodologias REML e Bayesiana com prior não-informativo, em geral, produziram resultados bastante semelhantes. Em populações cuja característica é governada por genes de efeito principal, as estimativas dos componentes de variância genética aditiva foram pouco acuradas, exceto quando se utilizou metodologia Bayesiana com prior informativo. A inclusão das informações de parentesco e dos registros de...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Avaliação genética; Genetic parameters; Amostragem de Gibbs; Gibbs sampling; Inferência Bayesiana; Bayesian inference; Metodologia REML; Informação a priori; Heterogeneidade de variância; Componentes de variância; Gene de efeito principal (NGEP); Sistema Genesys; Melhoramento genético animal; Parâmetro genético; Estimatica; Análise estatística; Genoma; Modelo de simulação; Animal breeding; Genome; Genetic variance; Major genes; Genetic heterogeneity; Statistical analysis; Computer simulation; Cruce de animales; Varianza genetica; Genes mayores; Heterogeneidad genética; Análisis estadístico; Simulación por computadora.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/501455
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Estimação de componentes de variância utilizando-se inferência Bayesiana e frequentista em dados simulados sob heterogeneidade de variâncias. Repositório Alice
CARNEIRO JUNIOR, J. M.; ASSIS, G. M. L. de; EUCLYDES, R. F.; TORRES, R. de A.; LOPES, P. S..
Foi simulado um genoma de 3.000 centimorgans de comprimento considerando uma única característica quantitativa, governada por 800 locos com dois alelos por loco. Segundo a estrutura genômica proposta, foram simulados 1.500 machos e 1.500 fêmeas que formaram a população-base. A partir da população-base foram formadas duas populações iniciais, uma grande e outra pequena. Dois tipos de estruturas de heterogeneidade de variâncias foram inseridos nas populações iniciais: heterogeneidade de variância genética aditiva e heterogeneidade de variâncias genética aditiva e ambiental. Para obtenção destas estruturas, foram feitos descartes estratégicos dos valores genéticos aditivos e ambientais de acordo com o tipo de heterogeneidade e o nível de variabilidade...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Avaliação genética; Genetic parameters; Amostragem de Gibbs; Gibbs sampling; Inferência Bayesiana; Bayesian inference; Metodologia REML; Informação a priori; Heterogeneidade de variância; Componentes de variância; Sistema Genesys; Melhoramento genético animal; Parâmetro genético; Estimativa; Análise estatística; Genoma; Modelo de simulação; Animal breeding; Genome; Genetic variance; Genetic heterogeneity; Statistical analysis; Computer simulation; Cruce de animales; Varianza genética; Heterogeneidad genética; Análisis estadístico; Simulación por computadora.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/505159
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EXAMINATION OF PIG FARM TECHNOLOGY BY COMPUTER SIMULATION AgEcon
Szoke, Szilvia; Nagy, Lajos; Kovacs, Sandor; Balogh, Peter.
Agricultural production is among the riskiest production activities. Similarly to other branches of agriculture in animal breeding the finished product is the result of complex procedures. The biological-technological procedure, the creation of the product is affected by an outstanding number of environmental factors which also cause uncertainties. In the North Great Plain Region of Hungary, sows, gilts and slaughter pigs are produced on a corporate farm. The reliable operation data of this company provide a stable basis for and estimating future costs and revenue and their distributions. Monte Carlo methods are one of the generally accepted tools for modeling risks. The significant independent variables, their ranges and probability distributions, and the...
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Pig production; Computer simulation; Livestock Production/Industries; Research Methods/ Statistical Methods.
Ano: 2009 URL: http://purl.umn.edu/53561
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Genetic diversity analysis among pigeonpea genotypes adapted to South American regions based on microsatellite markers. Repositório Alice
SOUSA, A. C. B.; GODOY, R.; SFORÇA, D. A.; CAMPOS, T. de; ZUCCHI, M. I.; JANK, L.; SOUZA, A. P. de.
The pigeonpea [Cajanus cajan (L) Millspaugh] is one of the most important perennial legume crops utilized in the food, fodder, soil conservation, crop-livestock integrated systems, reclaiming of degraded pastures and symbiotic nitrogen fixation. Microsatellite markers were used to estimate the genetic diversity of 77 pigeonpea genotypes selected from the germplasm collections at Embrapa Cattle-Southeast and, to evaluate their transferability to Phaseolus vulgaris and Vigna unguiculata species. The number of alleles per locus ranged from 2 to12, with an average of 5.1 alleles. The PIC values ranged from 0.11 to 0.80 (average 0.49) and the D values from 0.23 to 0.91 (average 0.58). The averages of observed and expected heterozygosity were 0.25 and 0.47,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Inferência bayesiana; Bayesian inference; Sofware Structure; Guandu; Cajanus cajan; Variação genética; Marcador genético; Polimorfismo genético; Feijão; Phaseolus vulgaris; Feijão de corda; Vigna unguiculata; Método estatístico; Modelo de simulação; Pigeon peas; Genetic variation; Guandul; Genetic markers; Statistical analysis; Genetic polymorphism; Beans; Computer simulation; Variación genética; Marcadores genéticos; Análisis estadístico; Frijoles; Simulación por computadora.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/902585
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Otimizando o Hadoop MapReduce para Tarefas Pequenas: um estudo envolvendo simulações de cenários agrícolas. Infoteca-e
NAKAI, A. M..
O objetivo deste trabalho é apresentar um estudo sobre a otimização da utilização do MapReduce para tratar tarefas relativamente pequenas, como é o caso do cálculo do Isna. Os resultados apresentados mostram que, a partir da agregação de tarefas, pode-se melhorar consideravelmente o desempenho do MapReduce nestes casos, melhorando significativamente o tempo de simulação de um cenário.
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Otimização MapReduce; Simulação de cenários agrícolas; Computer simulation.
Ano: 2013 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/978518
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Predição de valores genéticos utilizando inferência bayesiana e frequência em dados simulados. Repositório Alice
CARNEIRO JUNIOR, J. M.; ASSIS, G. M. L. de; EUCLYDES, R. F.; MARTNS, W. M. de O.; WOLTER, P. F..
Dados simulados foram utilizados para comparar as metodologias Eblup e Bayesiana, em dados com homogeneidade de variâncias, heterogeneidade de variância genética e heterogeneidade de variância genética e ambiental. Para obtenção dessas estruturas foram feitos descartes estratégicos dos valores genéticos aditivos e ambientais de acordo com o tipo de heterogeneidade e o nível de variabilidade desejada (alta, média ou baixa), sendo utilizados dois tamanhos de população (grande e pequena). Para a metodologia Bayesiana foram utilizados três níveis de informação a priori: não informativo, pouco informativo e informativo. A presença da heterogeneidade de variâncias causa problemas para a seleção dos melhores indivíduos, principalmente se a heterogeneidade estiver...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Avaliação genética; Genetic parameters; Inferência Bayesiana; Bayesian inference; Metodologia Eblup; Informação a priori; Heterogeneidade de variância; Componentes de variância; Melhoramento genético animal; Parâmetro genético; Estimativa; Análise estatística; Método estatístico; Modelo de simulação; Animal breeding; Genetic variance; Genetic heterogeneity; Statistical analysis; Computer simulation; Cruce de animales; Varianza genética; Heterogeneidad genética; Análisis estadístico; Simulación por computadora.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/866226
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Spatial scale effects of sampling on the interpolation of species distribution models in the southwestern Amazon. Repositório Alice
FIGUEIREDO, S. M. de M.; VENTICINQUE, E. M.; FIGUEIREDO, E. O..
Knowledge of the geographical distribution of timber tree species in the Amazon is still scarce. This is especially true at the local level, thereby limiting natural resource management actions. Forest inventories are key sources of information on the occurrence of such species. However, areas with approved forest management plans are mostly located near access roads and the main industrial centers. The present study aimed to assess the spatial scale effects of forest inventories used as sources of occurrence data in the interpolation of potential species distribution models. The occurrence data of a group of six forest tree species were divided into four geographical areas during the modeling process. Several sampling schemes were then tested applying the...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Escala espacial; Spatial scale; Interpolação; Interpolation; Interpolación; Modelo de distribuição de espécies; Species distribution models; Modelos de distribución de especies; Sudoeste da Amazônia; Southwest Amazon; Essência florestal; Inventário florestal; População de planta; Modelo de simulação; Programa de computador; Tropical wood; Forest inventory; Flora; Computer simulation; Madera tropical; Inventario forestal; Simulación por computadora.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1056281
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Uso do R na implementação de um modelo baseado no indivíduo para simular a dinâmica de propagação do HLB do citros. Repositório Alice
MINTO NETO, J. G.; BARBOSA, F. F. L.; TERNES, S..
RESUMO - A citricultura mundial tem sido afetada pela doença conhecida como Huanglongbing (HLB), considerada a mais séria por trazer grandes prejuízos aos citricultores e não possuir cura até o momento. No Brasil, o inseto-vetor responsável por transmitir a doença é o psilídeo Diaphorina citri. Estudos sobre a dinâmica de propagação da doença vem sendo desenvolvidos no âmbito do projeto HLB-BioMath2. Este trabalho apresenta uma implementação em R e Shiny de um modelo baseado no indivíduo (MBI) para estudar a dinâmica espaço-temporal do HLB no Recôncavo baiano. As simulações têm permitido observar o rápido espalhamento da doença pelos pomares, devido à grande capacidade de migração do inseto e ao grande período de incubação da doença nas plantas de citros....
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: R Shiny; Modelo baseado no indivíduo; Simulação computacional; Citriculture; Citricultura; Huanglongbing; Computer simulation.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1077562
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Virtual Dissection Table Including the Visible Korean Images, Complemented by Free Software of the Same Data International Journal of Morphology
Chung,Beom Sun; Shin,Dong Sun; Brown,Paul; Choi,Jack; Chung,Min Suk.
The objective of this study was to introduce the complementary relationship between virtual dissection table (simply, table) and free software, since authors tried to aid interested people in their studying digital human anatomy. Visible Korean (VK) team had presented the serially sectioned images and outlined images of a male cadaver. Thereafter, Anatomage (San Jose, CA) manufactured the table by making 3-dimensional (3D) volume models from the data. Separately, the VK team reconstructed surface models from the same data and inputted the models in portable document format (PDF) file, which can be opened on the personal computer. The software to browse the sectioned and outlined images was also programmed by VK team. In this report, the table and the VK...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Visible Human Projects; Anatomic models; Computer simulation; Cadaver.
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-95022015000200006
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