Sabiia Seb
PortuguêsEspañolEnglish
Embrapa
        Busca avançada

Botão Atualizar


Botão Atualizar

Ordenar por: RelevânciaAutorTítuloAnoImprime registros no formato resumido
Registros recuperados: 3
Primeira ... 1 ... Última
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
受稻熱病菌誘導之水稻表現序列標誌(EST)的比較分析 Taiwan Agricultural Research Institute
呂秀英; 邱怡嘉; 陳政道; 魏夢麗; 呂椿棠; Hsiu-Ying Lu; Yi-Chia Chiu; Cheng-Tao Chen; Meng-Li Wei; Chun-Tang Lu.
[[abstract]]Rice blast is caused by fungus pathogen Magnaporthe grisea, which is a major destructive disease in rice production worldwide. Expressed sequence tag (EST) is the fragment of cDNA sequence. Direct study of EST is therefore helpful to obtain the gene expression information. In order to investigate the differences of gene expression patterns of rice among varieties, tissues and developmental stages after rice-blast infection, we made a comparative analysis of rice ESTs induced by M. grisea from 14 cDNA libraries in NCBI-dbEST database. For each individual library, EST functional annotation, classification and representation statistics were performed. Clustering analysis and correspondence analysis were also used to detect the differences in gene...
Palavras-chave: 水稻 稻熱病 表現序列標幟 功能註解及分類 基因表現量統計 集群分析 對應分析 Rice; Rice blast; Expressed sequence tag; Functional annotation and classification; Statistics of gene representation; Clustering analysis; Correspondence analysis [[classification]]6.
Ano: 2007
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
水稻抗白葉枯病基因之密碼子使用偏性 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 鍾依涵; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li Wei; Yi-Han Chung; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]密碼子使用偏性分析對水稻白葉枯病抗病基因 (Xa) 之抗性分子機制之瞭解 相當重要,因此本研究自NCBI (National Center for Biotechnology Information) 公 共資料庫下載已完全定序的Xa 基因 (Xa1, xa5, xa13, Xa13, Xa21, Xa26 及Xa27) 及 其家族之17 個編碼區序列 (coding domain sequence, CDS) 進行密碼子使用偏性分 析。首先進行各Xa 基因之同義密碼子相對使用度 (relative synonymous codon usage, RSCU) 的集群分析和對應分析,可將Xa 基因之CDS 明顯區分成4 群。進而再分 別計算各群基因之同義密碼子相對使用頻率 (relative frequency of synonymous codon, RFSC) 以篩選出高頻密碼子,結果發現蛋白質序列具有多白胺酸重複 (leucine-rich repeat, LRR) 區域結構且CDS 長度大於1000 bp 的Xa1、Xa21 及Xa26, 其大多數胺基酸並無密碼子使用偏好性,僅少數胺基酸偏好以A 或U 結尾的同義 密碼子;而不具LRR 區域蛋白質結構且CDS 長度較短的xa5、xa13、Xa13 及Xa27, 則幾乎所有胺基酸都偏好以C 或G 結尾的同義密碼子。Xa1、Xa21、Xa26 及Xa27 的表現蛋白質皆含豐富之白胺酸 (leucine, Leu),但Xa1、Xa21 及Xa26 的Leu 並 無偏好任何密碼子,亦即其表現蛋白質的Leu 可選擇任意同義密碼子轉譯,而Xa27 的Leu 則高度偏好使用CUC。由此顯見,同樣對白葉枯病菌產生抗性的不同Xa...
Palavras-chave: Xa基因 同義密碼子相對使用度 同義密碼子相對使用頻率 集群分析 對應分析 Xa genes; Relative synonymous codon usage; Relative frequency of synonymous codon; Cluster analysis; Correspondence analysis [[classification]]6.
Ano: 2009
Imagem não selecionada

Imprime registro no formato completo
水稻白葉枯病抗性基因之蛋白質胺基酸的多變數分析 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 鍾依涵; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li Wei; Yi-Han Chung; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]蛋白質中的胺基酸組成隱藏甚多訊息,但其組成特性會因不同物種或物種內不同基 因而異,故蛋白質的胺基酸組成分析成為生物資訊研究的重要課題之一。胺基酸組成特 性是由多個物種或基因 (觀測值) 與20 種胺基酸之頻率 (變數) 所構成的資料矩陣來決 定,這種多維資料形式所含之訊息,最適合利用多變數分析 (multivariate analysis) 之統 計技術來解析。為促進水稻白葉枯病抗病基因 (Xa) 蛋白質序列的結構研究,有必要針 對所有已完全定序的Xa 基因進行蛋白質之胺基酸組成分析。基此,本研究以NCBI 公 共資料庫內已知序列的Xa1、xa5、xa13、Xa13、Xa21、Xa26 及Xa27 等基因共17 條蛋 白質序列為供試材料,綜合運用集群分析 (cluster analysis) 及對應分析 (correspondence analysis),來檢測不同Xa 基因之蛋白質胺基酸組成的變異形式。結果顯示,根據胺基酸 組成比例,可將Xa 基因及其家族分成六群,各群基因之蛋白質序列中各有偏好的胺基 酸。Xa1、Xa21、Xa26 及Xa27 基因之蛋白質序列中皆以白胺酸 (leucine) 出現頻率最高; xa13、Xa13 及Xa27 的丙胺酸 (alanine) 出現較多但絲胺酸 (serine) 較少;xa13 及Xa13 也有較多的纈胺酸 (valine);xa5 出現麩胺酸 (glutamic acid) 和酥胺酸 (threonine) 的頻 率遠高於其他基因;所有Xa 基因皆含有高比例的疏水性胺基酸。本研究揭示出多變數 分析之統計技術,可有效檢測出Xa 基因間蛋白質之胺基酸組成的變異形式。
Palavras-chave: 水稻 Xa基因 蛋白質結構 胺基酸組成及屬性 集群分析 對應分析 Rice (Oryza sativa L.); Xa genes; Protein structure; Composition and attribution of amino acids; Cluster analysis; Correspondence analysis [[classification]]6.
Ano: 2008
Registros recuperados: 3
Primeira ... 1 ... Última
 

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa
Todos os direitos reservados, conforme Lei n° 9.610
Política de Privacidade
Área restrita

Embrapa
Parque Estação Biológica - PqEB s/n°
Brasília, DF - Brasil - CEP 70770-901
Fone: (61) 3448-4433 - Fax: (61) 3448-4890 / 3448-4891 SAC: https://www.embrapa.br/fale-conosco

Valid HTML 4.01 Transitional