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A spatiotemporal study of bacterial community profiles associated with Atlantic bluefin tuna larvae, Thunnus thynnus L., in three Mediterranean hatcheries ArchiMer
Gatesoupe, Joel; Coves, Denis; Ortega, Aurelio; Papandroulakis, Nikos; Vadstein, Olav; De La Gandara, Fernando.
During the first 2 years of larval rearing trials with Atlantic bluefin tuna, survival was a challenging issue. As bacterial colonization of the gut has been shown to play a key role for other species, we studied the profiles of the microbiota associated with individual larvae at different stages in three distant hatcheries. The Bacterial Community Profile (BCP) was quantified based on PCR-DGGE analyses of partial amplicons from 16S rDNA. Considerable individual variability in BCP was observed before onset of feeding, and the BCP did not show regular fluctuation during ontogenesis. Microalgae were added to the rearing tanks in two of the three hatcheries, but it was not possible to distinguish the effect of location from the effect of algal addition on...
Tipo: Text Palavras-chave: Larval rearing; Bacterial diversity; DGGE; Thunnus thynnus.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00075/18648/16197.pdf
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Análise da inoculação do fungo micorrízico arbuscular (FMA) Glomus clarum em plantas de milho e crotalária a campo pela técnica do PCR-DGGE. Repositório Alice
AZEVEDO, G. C.; SOUZA, F. A. de.
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ecologia microbiana; DGGE; Fungo; Micorriza.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/630797
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Análise das comunidades bacterianas presentes nas rizosferas de variedades de milho sensíveis e tolerantes ao alumínio plantadas em solo de cerrado. Repositório Alice
MOTA, F. F.; GOMES, E. A.; MARRIEL, I. E.; PAIVA, E.; SELDIN, L..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Alumínio; Bactérias; Cerrado; DGGE.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/490091
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Análise via PCR-DGGE da microbiota associada à rizosfera de feijoeiro Olathe Pinto e Olathe Pinto 5.1 modificado geneticamente para resistência ao vírus do mosaico dourado. Repositório Alice
CUNHA, B. C. A.; PASSOS, S. R.; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: PCR; 16S rRNA; DGGE; Phaseolus vulgaris; Alfaproteobactérias.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905240
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Arbuscular mycorrhizal fungi diversity in revegetated areas after bauxite mining. Repositório Alice
BORGES, W. L.; NOVAIS, C. B.; SAGGIN JUNIOR, O. J.; PRIN, Y.; LE ROUX, C.; DUCOUSSO, M.; FARIA, S. M. de.
Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are obligatory biotrophs that have a symbiotic evolutionary relationship with about 80% of all terrestrial plant species. The fungus mainly supplies water and nutrients to the plant and receives photoassimilates. The AMF diversity affects both the competition among species and floristic composition of an area. Fluctuations in the population of this group of microorganisms can cause fluctuations in plant populations above ground. In this work, the AMF community profile in areas with different ages of revegetation was evaluated by morphological identification of spores and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) techniques. We found 12 AMF species and dominance of the species Glomus macrocarpum determined by spore...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Fungo; Mineração; Morfologia; DGGE; Symbiosis.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/994850
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Avaliação comparativa da biota do solo em feijoeiro Olathe Pinto e Olathe 5.1 modificado geneticamente para resistência ao vírus do mosaico dourado. Repositório Alice
CUNHA, B. C. A.; FARIA, J. C. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
2010
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Biossegurança; DGGE; Microrganismos não alvo.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875209
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Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja. Repositório Alice
SOUZA, R.A. de; HUNGRIA, M.; FRANCHINI, J.C.; CHUEIRE, L.M. de O.; BARCELLOS, F.G.; CAMPO, R.J..
O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bradyrhizobium; Glycine max; Biomassa microbiana; Monitoramento ambiental; Transgênicos; Microbial biomass; DGGE; Environmental monitoring; Transgenics.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/123159
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Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja. Repositório Alice
SOUZA, R. A. de; HUNGRIA, M.; FRANCHINI, J. C.; CHUEIRE. L. M. de O.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J..
O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bradyrhizobium; Glycine max; Biomassa microbiana; DGGE; Monitoramento ambiental; Transgênicos.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/470564
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Comparison of the effects of the dietary addition of two lactic acid bacteria on the development and conformation of sea bass larvae, Dicentrarchus labrax, and the influence on associated microbiota ArchiMer
Lamari, Faouzi; Castex, Mathieu; Larcher, Thibaut; Ledevin, Mireille; Mazurais, David; Bakhrouf, Amina; Gatesoupe, Joel.
Probiotics may have many effects on health and development of fish larvae. One of the most promising is related to spinal conformation, though the mode of action is not clearly understood. The present study attempted to investigate the effects of two strains of lactic acid bacteria on associated microbiota, histological development and gene expression. Sea bass larvae were fed since 5 dph (day post hatch) with either a standard control diet (Diet C), or the same diet supplemented with Pediococcus acidilactici MA18/5M (Diet P), or with an autochthonous strain of Lactobacillus casei (X2; Diet L). The two lactic acid bacteria were incorporated in the diets at the levels of 106 and 107 CFU (colony forming units) g-1 in two consecutive experiments,...
Tipo: Text Palavras-chave: Fish larvae; Probiotics; Microbiota; Histopathology; Gene expression; DGGE.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00108/21966/19673.pdf
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Comunidade bacteriana como indicadora do efeito de feijoeiro geneticamente modificado sobre organismos não alvo. Repositório Alice
KNUPP, A. M.; MARTINS, C. M.; FARIA, J. C. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
Resumo - O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do feijoeiro geneticamente modificado quanto à resistência ao Bean Golden Mosaic Vírus, BGMV (Olathe M1-4), sobre organismos não alvo. De um experimento implantado no campo, em delineamento inteiramente casualizado, com dois tratamentos (Olathe Pinto e evento elite Olathe M1-4), dois períodos amostrais (estádio V4 e R6) e dez repetições, obtiveram-se células bacterianas cultivadas e não cultivadas da rizosfera e do solo não rizosférico, para as quais se procedeu à extração de DNA total. A região V6?V8 do 16S rDNA foi amplificada para a comunidade bacteriana total, e também realizou-se amplificação com iniciadores específicos para o subgrupo alfa (?) do filo Proteobacteria a partir de cÚlulas nÒo...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DGGE; Impacto ambiental; Organismos não alvo; Transgênico; Phaseolus vulgaris; Biossegurança.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/662596
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Detección de agentes hemotrópicos en una explotación ganadera utilizando PCR y DGGE Rev Salud Anim.
Bolívar,Ana María; Rojas,Agustina; Rosales,Datty; Torres,Yzoleth; García-Lugo,Pablo.
La siguiente investigación presenta los resultados de las evaluaciones diagnósticas, realizadas por PCR, para agentes hemotrópicos, en ganado bufalino y bovino (n=77), coexistentes en una misma explotación agropecuaria. Se obtuvo una positividad de 74,03% de infección hemoparásita para el total de la población estudiada, con predominio de Anaplasma marginale sobre Trypanosoma theileri, Trypanosoma vivax y Babesia bigemina, respectivamente. Adicionalmente, algunos de los ADN problema fueron ensayados por DGGE, revelando la presencia de A. marginale y Mycoplasma wenyonii. Los resultados obtenidos corroboran la clínica presuntiva y el valor del método molecular.
Tipo: Journal article Palavras-chave: Ganado vacuno; Ganado bufalino; Hemotrópicos; PCR; DGGE.
Ano: 2014 URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0253-570X2014000100009
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Diversidade de Paenibacillus spp. na rizosfera de quatro cultivares de sorgo plantados em solo de cerrado sob condições contrastantes de nitrogênio. Repositório Alice
COELHO, M. R. R.; MOTA, F. F.; PAIVA, E.; MARRIEL, I. E.; ROSADO, A. S.; SELDIN, L.; CARNEIRO, N. P..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: DGGE; Adubo nitrogenado; Paenibacillus; RpoB; Risosfera de sorgo.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/490175
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Diversite de populations microbiennes thermophiles d'une cheminée hydrothermale océanique profonde : cultures d'enrichissement en bioréacteur et isolement d'espèces nouvelles ArchiMer
Postec, Anne.
To explore the microbial diversity at deep sea vents, molecular techniques based on the analysis of the gene coding the 16S ribosomal RNA permitted to highlight a large archaeal and bacterial diversity. Nevertheless, the diversity of the hydrothermal microorganisms cultivated to date remains much lower than the diversity described with molecular tools. Innovative methods should therefore be used in order to cultivate new microorganisms, and also determine their metabolic properties and their potential role in the ecosystem. That was the purpose of this study: a bioreactor gas-lift was used to perform enrichment cultures in continuous, during 50 days, in thermophilic (60°C) and hyperthermophilic (90°C) conditions. A hydrothermal chimney sample (Rainbow...
Tipo: Text Palavras-chave: Strain isolation and characterization; Hybridization; Sequencing; Cloning; DGGE; Gas lift bioreactor; Enrichment cultures; Deep sea hydrothermal vents; Bacteria; Archaea; Diversity; Isolement et caractérisation de souche; Hybridation; Séquençage; Clonage; DGGE; Bioréacteur gas lift; Cultures d'enrichissement; Sources hydrothermales océaniques profondes; Bacteria; Archaea; Diversité.
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-367.pdf
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Diversité et activité des communautés microbiennes dans des sédiments marins associés aux émissions de fluides froids ArchiMer
Lazar, Cassandre Sara.
A large portion of the greenhouse gas methane on Earth is trapped in marine sediments. However, little methane actually reaches the hydrsphere and the atmosphere, because it is efficiently consumed by anaerobic methane-oxidizing Archaea (ANME). This methane is mainly biogenic in marine sédiments, and is produced by methanogenic Archaea. Methane ascends from deep sources to the seabed, in cold seep sites of continental margins. In order to study microbial community diversity in cold seeps, and to determine geochemical factors that control these microbial communities, we compared four geochemically and geologically distinct sites. In this work, molecular tools (PCR, RT-PCR, DGGE, cloning) as well as genetic markers (16S rRNA, mcrA, dsrB) were employed, to...
Tipo: Text Palavras-chave: Diversité moléculaire; Archaea; Méthanogène; ANME; McrA; DsrB; DGGE; Volcan de boue; Pockmark; Saumures; Fluides froids; Méthane; Mer de Norvège; Mer Méditerranée; Sédiments.; Molecular diversity; Archaea; Methanogen; ANME; McrA; DsrB; DGGE; Mud volcano; Pockmark; Brines; Cold seep; Methane; Norwegian Sea; Mediterranean Sea; Sediments..
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00031/14250/11534.pdf
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Diversity of the marine picocyanobacteria Prochlorococcus and Synechococcus assessed by terminal restriction fragment length polymorphisms of 16S-23S rRNA internal transcribed spacer sequences RChHN
LAVIN,PARIS; GÓMEZ,PATRICIA; GONZÁLE,BERNARDO; ULLOA,OSVALDO.
In order to assess the appropriateness of the use of internal transcribed spacer (ITS) sequences for the study of population genetics of marine cyanobacteria, we amplified and cloned the 16S rRNA gene plus the 16S-23S ITS regions of six strains of Prochlorococcus and Synechococcus. We analyzed them by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and terminal restriction fragment length polymorphisms (T-RFLP). When using the standard application of these techniques, we obtained more than one band or terminal restriction fragment (T-RF) per strain or cloned sequence. Reports in literature have suggested that these anomalies can result from the formation of secondary structures. Secondary structures of the ITS sequences of Prochlorococcus and Synechococcus...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Cyanobacteria; DGGE; T-RFLP; ITS; Secondary structure.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-078X2008000400006
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Germination effects on diversity of seed-associated bacteria. Repositório Alice
FERREIRA, A.; GONZÁLES, E. R.; AZEVEDO, J. L. de; ARAÚJO, W. L. de.
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Plant-microbe interaction; Microscopy; DGGE; Germination.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906989
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Impacto à diversidade microbiana (IDM): uma estratégia para incorporação de resultados de análises moleculares de biodiversidade em estudos integrados de qualidade do solo. Infoteca-e
COUTINHO, H. L. da C.; ABOIM, M. C. R.; ROSADO, A. S.; BARBOSA, J. C..
Qualidade do solo é um conceito, desenvolvido a partir da década de 1980 e aprimorado na década seguinte, que considera não apenas a função do solo em prover nutrientes e substrato físico para o crescimento de plantas, mas também sua capacidade de regular o clima e a hidrologia do ecossistema onde se insere, e funcionando desta forma harmoniosa para atender não só as necessidades das gerações presentes, mas também das gerações futuras da humanidade. Assim, qualidade do solo é um conceito intimamente ligado ao de sustentabilidade, de onde se conclui que não há sistema de uso da terra sustentável se a qualidade do solo se deteriora ao longo do tempo. O monitoramento dos impactos, positivos ou negativos, do uso da terra sobre a qualidade do solo demanda a...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Qualidade do solo; Diversidade microbiana; DGGE; Mata Atlântica; Agricultura migratória.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/964812
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Influence of the diet on the microbial diversity of faecal and gastrointestinal contents in gilthead sea bream (Sparus aurata) and intestinal contents in goldfish (Carassius auratus) ArchiMer
De Paula Silva, Flavia Cristina; Nicoli, Jacques Robert; Zambonino, Jose Luiz; Kaushik, Sadasivam; Gatesoupe, François-joel.
Fish intestinal microbiota changes with diet and this effect is of particular interest considering the increasing substitution of fish meal by plant protein sources. The objective of this work was to study the effects of partial substitution of fish meal with lupin and rapeseed meals on gut microbiota of the gilthead sea bream (Sparus aurata) and in goldfish (Carassius auratus). Faecal, gastrointestinal and intestinal contents were characterized by culture-based and molecular methods. Vibrionaceae was high in faeces and in the intestine of sea bream, while a more diverse microbiota was retrieved from the stomach, where Bacillales and Flavobacteriaceae appeared to be influenced by the diet. PCR-DGGE profiles revealed high diversity of the microbiota...
Tipo: Text Palavras-chave: Vegetable meals; DGGE; Microbiota; Stomach; Intestine; Faeces.
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00040/15096/12440.pdf
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Molecular characterization of ruminal bacterial diversity in vitro - DOI: 10.4025/actascianimsci.v30i2.4699 Animal Sciences
Freitas, Kárita Cláudia; PUCPR; Gabriel, Jane Eyre; PUCPR; Leite, Laudí Cunha; USP; Armas, Rafael Dutra de; USP; Lanna, Dante Pazzanese Duarte; USP; Madeira, Humberto Maciel França; PUCPR.
PCR analysis is a sensitive and specific tool to detect and monitor microorganisms in complex environmental samples. The amplification of 16S ribosomal DNA sequences followed by gel electrophoresis under denaturing gradient (DGGE) has been a powerful technique to genetically evaluate microbial ecosystems. Changes in rumen microbial populations were investigated in vitro using a basal diet with different lipid sources. PCRs were performed with two different sets of primers in order to amplify 16S rRNA sequences, and the amplified fragments were submitted to DGGE analysis. The findings presented in this study show that distinct microbial communities were present in each treatment. The presence of soybean oil seems to maximize growth of bacterial population,...
Palavras-chave: 5.04.03.00-1 Nutrição e Alimentação Animal 16S rRNA; DGGE; Rumen; Microbial diversity..
Ano: 2008 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAnimSci/article/view/4699
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PCR-based DGGE and FISH analysis of methanogens in an anaerobic closed digester tank for treating palm oil mill effluent Electron. J. Biotechnol.
Tabatabaei,Meisam; Zakaria,Mohd Rafein; Rahim,Raha Abdul; Wright,André-Denis G.; Shirai,Yoshihito; Abdullah,Norhani; Sakai,Kenji; Ikeno,Shinya; Mori,Masatsugu; Kazunori,Nakamura; Sulaiman,Alawi; Hassan,Mohd Ali.
16S ribosomal RNA (rRNA)-targeted fluorescent in situ hybridization combined with polymerase chain reaction (PCR)-cloning, light microscopy using Gram stains, scanning electron microscopy and denatured gradient gel electrophoresis were used to reveal the distribution of methanogens within an anaerobic closed digester tank fed with palm oil mill effluent. For specific detection of methanogens, 16S rRNA-cloning analysis was conducted followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) for presumptive identification of methanogens. To cover the drawbacks of the PCR-cloning study, the organization of the microorganisms was visualized in the activated sludge sample by using fluorescent oligonucleotide probes specific to several different methanogens,...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Anaerobic digestion; DGGE; FISH; Methanogens; POME.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582009000300012
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