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16S rRNA gene-based identification of bacteria in postoperative endophthalmitis by PCR- Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (PCR-DGGE) fingerprinting BJM
Navarro-Noya,Yendi; Hernández-Rodríguez,César; Zenteno,Juan C; Buentello-Volante,Beatriz; Cancino-Díaz,Mario E; Jan-Roblero,Janet; Cancino-Díaz,Juan C.
Conventional microbiological culture techniques are frequently insufficient to confirm endophthalmitis clinical cases which could require urgent medical attention because it could lead to permanent vision loss. We are proposing PCR-DGGE and 16S rRNA gene libraries as an alternative to improve the detection and identification rate of bacterial species from endophthalmitis cases.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Endophthalmitis; Staphylococcus epidermidis; PCR; DGGE.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822012000100033
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A spatiotemporal study of bacterial community profiles associated with Atlantic bluefin tuna larvae, Thunnus thynnus L., in three Mediterranean hatcheries ArchiMer
Gatesoupe, Joel; Coves, Denis; Ortega, Aurelio; Papandroulakis, Nikos; Vadstein, Olav; De La Gandara, Fernando.
During the first 2 years of larval rearing trials with Atlantic bluefin tuna, survival was a challenging issue. As bacterial colonization of the gut has been shown to play a key role for other species, we studied the profiles of the microbiota associated with individual larvae at different stages in three distant hatcheries. The Bacterial Community Profile (BCP) was quantified based on PCR-DGGE analyses of partial amplicons from 16S rDNA. Considerable individual variability in BCP was observed before onset of feeding, and the BCP did not show regular fluctuation during ontogenesis. Microalgae were added to the rearing tanks in two of the three hatcheries, but it was not possible to distinguish the effect of location from the effect of algal addition on...
Tipo: Text Palavras-chave: Larval rearing; Bacterial diversity; DGGE; Thunnus thynnus.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00075/18648/16197.pdf
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Análise da inoculação do fungo micorrízico arbuscular (FMA) Glomus clarum em plantas de milho e crotalária a campo pela técnica do PCR-DGGE. Repositório Alice
AZEVEDO, G. C.; SOUZA, F. A. de.
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ecologia microbiana; DGGE; Fungo; Micorriza.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/630797
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Análise das comunidades bacterianas presentes nas rizosferas de variedades de milho sensíveis e tolerantes ao alumínio plantadas em solo de cerrado. Repositório Alice
MOTA, F. F.; GOMES, E. A.; MARRIEL, I. E.; PAIVA, E.; SELDIN, L..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Alumínio; Bactérias; Cerrado; DGGE.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/490091
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Análise via PCR-DGGE da microbiota associada à rizosfera de feijoeiro Olathe Pinto e Olathe Pinto 5.1 modificado geneticamente para resistência ao vírus do mosaico dourado. Repositório Alice
CUNHA, B. C. A.; PASSOS, S. R.; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: PCR; 16S rRNA; DGGE; Phaseolus vulgaris; Alfaproteobactérias.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905240
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Arbuscular mycorrhizal fungi diversity in revegetated areas after bauxite mining. Repositório Alice
BORGES, W. L.; NOVAIS, C. B.; SAGGIN JUNIOR, O. J.; PRIN, Y.; LE ROUX, C.; DUCOUSSO, M.; FARIA, S. M. de.
Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are obligatory biotrophs that have a symbiotic evolutionary relationship with about 80% of all terrestrial plant species. The fungus mainly supplies water and nutrients to the plant and receives photoassimilates. The AMF diversity affects both the competition among species and floristic composition of an area. Fluctuations in the population of this group of microorganisms can cause fluctuations in plant populations above ground. In this work, the AMF community profile in areas with different ages of revegetation was evaluated by morphological identification of spores and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) techniques. We found 12 AMF species and dominance of the species Glomus macrocarpum determined by spore...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Fungo; Mineração; Morfologia; DGGE; Symbiosis.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/994850
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Avaliação comparativa da biota do solo em feijoeiro Olathe Pinto e Olathe 5.1 modificado geneticamente para resistência ao vírus do mosaico dourado. Repositório Alice
CUNHA, B. C. A.; FARIA, J. C. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
2010
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Biossegurança; DGGE; Microrganismos não alvo.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875209
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Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja. Repositório Alice
SOUZA, R.A. de; HUNGRIA, M.; FRANCHINI, J.C.; CHUEIRE, L.M. de O.; BARCELLOS, F.G.; CAMPO, R.J..
O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bradyrhizobium; Glycine max; Biomassa microbiana; Monitoramento ambiental; Transgênicos; Microbial biomass; DGGE; Environmental monitoring; Transgenics.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/123159
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Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja. Repositório Alice
SOUZA, R. A. de; HUNGRIA, M.; FRANCHINI, J. C.; CHUEIRE. L. M. de O.; BARCELLOS, F. G.; CAMPO, R. J..
O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bradyrhizobium; Glycine max; Biomassa microbiana; DGGE; Monitoramento ambiental; Transgênicos.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/470564
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Avaliação qualitativa e quantitativa da microbiota do solo e da fixação biológica do nitrogênio pela soja PAB
Souza,Rosinei Aparecida de; Hungria,Mariangela; Franchini,Julio Cezar; Chueire,Ligia Maria de Oliveira; Barcellos,Fernando Gomes; Campo,Rubens José.
O objetivo deste trabalho foi definir, para as condições edafoclimáticas do Brasil, níveis aceitáveis de dispersão de alguns parâmetros biológicos, utilizados em estudos de impacto ambiental de novas tecnologias usadas na cultura da soja. Dois ensaios com soja convencional e transgênica foram conduzidos em 11 municípios de seis estados e no Distrito Federal; os parâmetros avaliados foram: carbono e nitrogênio da biomassa microbiana, respiração basal e quociente metabólico microbiano, eletroforese do DNA do solo em géis desnaturantes (DGGE), fixação biológica do nitrogênio, população de rizóbios, número e massa de nódulos secos, ocupação dos nódulos pelas estirpes de Bradyrhizobium, massa de matéria seca da parte aérea, nitrogênio total e nitrogênio como...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bradyrhizobium; Glycine max; Biomassa microbiana; DGGE; Monitoramento ambiental; Transgênicos.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000100010
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Bacterial Diversity in the Digestive Tracts of Four Indian Air-Breathing Fish Species Investigated by PCR Based Denaturing Gradient Gel Electrophoresis BABT
He,Suxu; Zhou,Zhigang; Banerjee,Goutam; Huang,Lu; Ray,Arun Kumar; Ringø,Einar.
ABSTRACT An investigation was conducted to identify the allochthonous microbiota (entire intestine) and the autochthonous microbiota in proximal intestine (PI) and distal intestine (DI) of four species of Indian air-breathing fish (climbing perch; Anabas testudineus, murrel; Channa punctatus, walking catfish; Clarias batrachus and stinging catfish; Heteropneustes fossilis) by PCR based denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). High similarities of the allochthonous microbiota were observed between climbing perch and murrel, walking catfish and stinging catfish, indicating similar food behavior. The autochthonous microbiota of PI and DI from climbing perch and murrel revealed more similarity, than the result obtained from walking catfish and stinging...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Allochthonous and autochthonous gut microbiota; Air-breathing fish; Bacterial diversity; DGGE.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100350
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Comparison of the effects of the dietary addition of two lactic acid bacteria on the development and conformation of sea bass larvae, Dicentrarchus labrax, and the influence on associated microbiota ArchiMer
Lamari, Faouzi; Castex, Mathieu; Larcher, Thibaut; Ledevin, Mireille; Mazurais, David; Bakhrouf, Amina; Gatesoupe, Joel.
Probiotics may have many effects on health and development of fish larvae. One of the most promising is related to spinal conformation, though the mode of action is not clearly understood. The present study attempted to investigate the effects of two strains of lactic acid bacteria on associated microbiota, histological development and gene expression. Sea bass larvae were fed since 5 dph (day post hatch) with either a standard control diet (Diet C), or the same diet supplemented with Pediococcus acidilactici MA18/5M (Diet P), or with an autochthonous strain of Lactobacillus casei (X2; Diet L). The two lactic acid bacteria were incorporated in the diets at the levels of 106 and 107 CFU (colony forming units) g-1 in two consecutive experiments,...
Tipo: Text Palavras-chave: Fish larvae; Probiotics; Microbiota; Histopathology; Gene expression; DGGE.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00108/21966/19673.pdf
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Comunidade bacteriana como indicadora do efeito de feijoeiro geneticamente modificado sobre organismos não alvo. Repositório Alice
KNUPP, A. M.; MARTINS, C. M.; FARIA, J. C. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R..
Resumo - O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do feijoeiro geneticamente modificado quanto à resistência ao Bean Golden Mosaic Vírus, BGMV (Olathe M1-4), sobre organismos não alvo. De um experimento implantado no campo, em delineamento inteiramente casualizado, com dois tratamentos (Olathe Pinto e evento elite Olathe M1-4), dois períodos amostrais (estádio V4 e R6) e dez repetições, obtiveram-se células bacterianas cultivadas e não cultivadas da rizosfera e do solo não rizosférico, para as quais se procedeu à extração de DNA total. A região V6?V8 do 16S rDNA foi amplificada para a comunidade bacteriana total, e também realizou-se amplificação com iniciadores específicos para o subgrupo alfa (?) do filo Proteobacteria a partir de cÚlulas nÒo...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DGGE; Impacto ambiental; Organismos não alvo; Transgênico; Phaseolus vulgaris; Biossegurança.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/662596
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Comunidade bacteriana como indicadora do efeito de feijoeiro geneticamente modificado sobre organismos não alvo PAB
Knupp,Adriano Moreira; Martins,Claudia Miranda; Faria,Josias Corrêa de; Rumjanek,Norma Gouvêa; Xavier,Gustavo Ribeiro.
O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito do feijoeiro geneticamente modificado quanto à resistência ao Bean Golden Mosaic Vírus, BGMV (Olathe M1-4), sobre organismos não alvo. De um experimento implantado no campo, em delineamento inteiramente casualizado, com dois tratamentos (Olathe Pinto e evento elite Olathe M1-4), dois períodos amostrais (estádio V4 e R6) e dez repetições, obtiveram-se células bacterianas cultivadas e não cultivadas da rizosfera e do solo não rizosférico, para as quais se procedeu à extração de DNA total. A região V6-V8 do 16S rDNA foi amplificada para a comunidade bacteriana total, e também realizou-se amplificação com iniciadores específicos para o subgrupo alfa (α) do filo Proteobacteria a partir de células não cultivadas....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; Biossegurança; DGGE; Impacto ambiental; Organismos não alvo; Transgênico.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2009001200019
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Comunidades microbianas, atividade enzimática e fungos micorrízicos em solo rizosférico de "Landfarming" de resíduos petroquímicos Rev. Bras. Ciênc. Solo
Nakatani,André Shigueyoshi; Siqueira,José Oswaldo; Soares,Cláudio Roberto Fonsêca Sousa; Lambais,Marcio Rodrigues.
As raízes das plantas podem estimular a microbiota do solo, a qual pode contribuir para o aumento da eficiência do processo de remediação. Assim, avaliar a magnitude dos efeitos das raízes sobre a microbiota do solo é de grande interesse e de relevância prática e ecológica. Neste trabalho, avaliaram-se a densidade microbiana, a atividade enzimática, a estrutura da comunidade bacteriana e a presença de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) na rizosfera de plantas de ocorrência espontânea em solo de sistema de "landfarming" de resíduos petroquímicos. Avaliaram-se também solos rizosféricos de cinco plantas e solo-controle sem planta por meio de contagens de microrganismos em placas, eletroforese em gel com gradiente desnaturante (DGGE) de fragmentos do gene...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Rizosfera; Petróleo; Microrganismos degradadores de antraceno; Micorriza arbuscular; DGGE; RRNA 16S.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-06832008000400014
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Detección de agentes hemotrópicos en una explotación ganadera utilizando PCR y DGGE Rev Salud Anim.
Bolívar,Ana María; Rojas,Agustina; Rosales,Datty; Torres,Yzoleth; García-Lugo,Pablo.
La siguiente investigación presenta los resultados de las evaluaciones diagnósticas, realizadas por PCR, para agentes hemotrópicos, en ganado bufalino y bovino (n=77), coexistentes en una misma explotación agropecuaria. Se obtuvo una positividad de 74,03% de infección hemoparásita para el total de la población estudiada, con predominio de Anaplasma marginale sobre Trypanosoma theileri, Trypanosoma vivax y Babesia bigemina, respectivamente. Adicionalmente, algunos de los ADN problema fueron ensayados por DGGE, revelando la presencia de A. marginale y Mycoplasma wenyonii. Los resultados obtenidos corroboran la clínica presuntiva y el valor del método molecular.
Tipo: Journal article Palavras-chave: Ganado vacuno; Ganado bufalino; Hemotrópicos; PCR; DGGE.
Ano: 2014 URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0253-570X2014000100009
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Detection and differentiation of Entamoeba histolytica and Entamoeba dispar in clinical samples through PCR-denaturing gradient gel electrophoresis BJMBR
López-López,P.; Martínez-López,M.C.; Boldo-León,X.M.; Hernández-Díaz,Y.; González-Castro,T.B.; Tovilla-Zárate,C.A.; Luna-Arias,J.P..
Amebiasis is one of the twenty major causes of disease in Mexico; however, the diagnosis is difficult due to limitations of conventional microscopy-based techniques. In this study, we analyzed stool samples using polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) to differentiate between Entamoeba histolytica (pathogenic) and E. dispar (non-pathogenic). The target for the PCR amplification was a small region (228 bp) of the adh112 gene selected to increase the sensitivity of the test. The study involved 62 stool samples that were collected from individuals with complaints of gastrointestinal discomfort. Of the 62 samples, 10 (16.1%) were positive for E. histolytica while 52 (83.9%) were negative. No sample was positive for E....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Amebiasis; Neglected diseases; Diagnostic; PCR; DGGE; Adh112 gene.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-879X2017000400607
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Diversidade de Paenibacillus spp. na rizosfera de quatro cultivares de sorgo plantados em solo de cerrado sob condições contrastantes de nitrogênio. Repositório Alice
COELHO, M. R. R.; MOTA, F. F.; PAIVA, E.; MARRIEL, I. E.; ROSADO, A. S.; SELDIN, L.; CARNEIRO, N. P..
2006
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: DGGE; Adubo nitrogenado; Paenibacillus; RpoB; Risosfera de sorgo.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/490175
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Diversite de populations microbiennes thermophiles d'une cheminée hydrothermale océanique profonde : cultures d'enrichissement en bioréacteur et isolement d'espèces nouvelles ArchiMer
Postec, Anne.
To explore the microbial diversity at deep sea vents, molecular techniques based on the analysis of the gene coding the 16S ribosomal RNA permitted to highlight a large archaeal and bacterial diversity. Nevertheless, the diversity of the hydrothermal microorganisms cultivated to date remains much lower than the diversity described with molecular tools. Innovative methods should therefore be used in order to cultivate new microorganisms, and also determine their metabolic properties and their potential role in the ecosystem. That was the purpose of this study: a bioreactor gas-lift was used to perform enrichment cultures in continuous, during 50 days, in thermophilic (60°C) and hyperthermophilic (90°C) conditions. A hydrothermal chimney sample (Rainbow...
Tipo: Text Palavras-chave: Strain isolation and characterization; Hybridization; Sequencing; Cloning; DGGE; Gas lift bioreactor; Enrichment cultures; Deep sea hydrothermal vents; Bacteria; Archaea; Diversity; Isolement et caractérisation de souche; Hybridation; Séquençage; Clonage; DGGE; Bioréacteur gas lift; Cultures d'enrichissement; Sources hydrothermales océaniques profondes; Bacteria; Archaea; Diversité.
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-367.pdf
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Diversité et activité des communautés microbiennes dans des sédiments marins associés aux émissions de fluides froids ArchiMer
Lazar, Cassandre Sara.
A large portion of the greenhouse gas methane on Earth is trapped in marine sediments. However, little methane actually reaches the hydrsphere and the atmosphere, because it is efficiently consumed by anaerobic methane-oxidizing Archaea (ANME). This methane is mainly biogenic in marine sédiments, and is produced by methanogenic Archaea. Methane ascends from deep sources to the seabed, in cold seep sites of continental margins. In order to study microbial community diversity in cold seeps, and to determine geochemical factors that control these microbial communities, we compared four geochemically and geologically distinct sites. In this work, molecular tools (PCR, RT-PCR, DGGE, cloning) as well as genetic markers (16S rRNA, mcrA, dsrB) were employed, to...
Tipo: Text Palavras-chave: Diversité moléculaire; Archaea; Méthanogène; ANME; McrA; DsrB; DGGE; Volcan de boue; Pockmark; Saumures; Fluides froids; Méthane; Mer de Norvège; Mer Méditerranée; Sédiments.; Molecular diversity; Archaea; Methanogen; ANME; McrA; DsrB; DGGE; Mud volcano; Pockmark; Brines; Cold seep; Methane; Norwegian Sea; Mediterranean Sea; Sediments..
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00031/14250/11534.pdf
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