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An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A..
The development of linkage disequilibrium (LD) maps is very important for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes, as LD can be defined as the non-random segregation of a pair of alleles at polymorphic sites. Canchim is a composite beef cattle breed which was developed in the 1960's by the crossing of Bos indicus (3/8) x Charolais (5/8) animals. The objective in this study was to analyze the extension of LD maps from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Linkage disequilibrium; Cattle; Zebu; Haplotypes.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946432
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Análise de associação quanto à produtividade e seus caracteres componentes em linhagens e cultivares de arroz de terras altas. Repositório Alice
MENDES, C. dos A.; BORBA, T. C. de O.; BUENO, L. G.; CRUZEIRO, G. A. V.; MENDONÇA, J. A.; PANTALIÃO, G. F.; VIANELLO, R. P.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi identificar, por meio da análise de mapeamento associativo, os marcadores moleculares relacionados à produtividade do arroz de terras altas e aos seus caracteres componentes. Foram usadas 113 linhagens e cultivares de arroz de terras altas, da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa, com reduzido vínculo genético entre si. Os seguintes caracteres componentes da produtividade foram avaliados: número de panículas por metro, número de grãos por panícula e peso de 100 grãos. Dos 115 marcadores utilizados, 25 (21,7%) associaram-se significativamente a um ou mais caracteres. Entre os 29 SSR ("simple sequence repeats") colocalizados em QTL ("quantitative trait loci") de produtividade de arroz, 12 foram associados aos caracteres avaliados...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Coleção nuclear; Desequilíbrio de ligação; Genômica funcional; Mapeamento associativo; Seleção assistida por marcadores; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento genético; Germoplasma; Marcador genético.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1001903
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Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
Resumo: O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Assinaturas de seleção; Deposição muscular; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte; Acabamento; Muscle deposition; Selection signatures; Linkage disequilibrium; Beef cattle; Finishing.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946741
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Aplicação da metodologia de homozigose do haplótipo estendido (EHH) para genes relacionados com crescimento e deposição de gordura em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
O rebanho bovino brasileiro destinado à produção de carne vem sendo selecionado há décadas, por programas de melhoramento genético, para diversas características de crescimento e, mais recentemente, de deposição de gordura. A seleção artificial resulta em alterações no genoma, que podem ser detectadas, por exemplo, por diferenças nos padrões de homozigose dos indivíduos de uma população, permitindo a identificação de regiões do genoma que controlam características sob seleção. Com o objetivo de avaliar a presença de assinaturas de seleção do genoma de bovinos Nelore que continham genes candidatos relacionados com crescimento e deposição de gordura, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip e, posteriormente, inferida a fase de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Acabamento; Assinaturas de seleção; Deposição muscular; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943051
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; REHH; Snps.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943057
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; Zebu; Genotype; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946719
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Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..
The aim in this study was to descriptively analyze haplotypes from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946423
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Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A..
The aim in this study was to descriptively analyze haplotypes from a Canchim beef cattle population.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Gado; Cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/967077
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Efeito de uma geração adicional de recombinação sobre a resposta à seleção recorrente em milho (Zea mays L.). Repositório Alice
LIMA NETO, F. P.; SOUZA JÚNIOR, C. L..
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Seleção recorrente; Recombinação genética; Desequilíbrio de ligação.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/157096
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Estimation of linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size of Brazilian Hereford and Braford breeds. Repositório Alice
BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; CARDOSO, L. L.; GOMES, C. C. G.; HIGA, R. H.; DIONELLO, N. J. L.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F..
A set of 41,241 SNP genotypes from 2,435 Hereford (HH) and Braford (BO) bovines were analyzed to estimate linkage disequilibrium (LD) levels, persistence of phase and effective population size of these populations. LD levels were estimated using the squared correlation of alleles at two loci (r2) at varying distances. Average r2 between adjacent SNP was 0.21 for HH and 0.16 for BO. Average inter-marker distance was 61 kb in both breeds. Useful LD values (r2>0.2) were observed at 0-60 kb bins in HH and 0-20 kb bins in BO. Breeds demonstrated moderate to strong persistence of phase at all distances (range=0.53-0.97). The greatest phase correlations (r>0.9) were found in 0-50 kb bins. LD estimates decreased rapidly with increasing distances between...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Desequilíbrio de ligação; Tamanho populacional; Persistence of phase; Gado de corte; Beef cattle; Linkage disequilibrium; Population size.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003699
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Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B. da; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Polimorfismo de nucleotídeo único; Genome wide association studies; Desequilíbrio de ligação; Gado de corte; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003463
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Linkage disequilibrium and haplotype block structure in a composite beef cattle breed. Repositório Alice
MOKRY, F. B.; BUZANSKAS, M. E.; MUDADU, M. de A.; GROSSI, D. do A.; HIGA, R. H.; VENTURA, R. V.; LIMA, A. O. de; SARGOLZAEI, M.; MEIRELLES, S. L. C.; SCHENKEL, F. S.; SILVA, M. V. G. B.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M. de; MINARI, D. P.; REGITANO, L. C. de A..
Abstract. Background: The development of linkage disequilibrium (LD) maps and the characterization of haplotype block structure at the population level are useful parameters for guiding genome wide association (GWA) studies, and for understanding the nature of non-linear association between phenotypes and genes. The elucidation of haplotype block structure can reduce the information of several single nucleotide polymorphisms (SNP) into the information of a haplotype block, reducing the number of SNPs in a coherent way for consideration in GWA and genomic selection studies. Results: The maximum average LD, measured by r2 varied between 0.33 to 0.40 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied between 0.05 to 0.07 at distances...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Beef cattle; Composite; Desequilíbrio de ligação; Genome wide association studies; Halplotype block; Linjage disequilibirium; Polimorfismo de nucleotídeo único; Beef cattle; Linkage disequilibrium; Single nucleotide polymorphism; Gado de corte.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1006604
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