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Acquisition de données complémentaires aux dénombrements, avec les techniques d’analyses pigmentaires et de diversité génétique. Etat d’avancement et premiers résultats. Action Indice Composition. Livrable n° AIV. Rapport final, 16 juillet 2014. ArchiMer
Delmas, Daniel; Siano, Raffaele.
Studies on phytoplankton community diversity cannot be limited microphytoplankton (cells>20 ìm), it is indeed necessary to take into account also the nano (3-20ìm) picophytoplankton (<3 ìm) components. In the frame of this work aimed at studying temporal phytoplankton community diversity two complementary methodologies of phytoplankton sample analysis, pigment and genetic (metarbarcoding) diversity, have been used as alternative to routine morphological analysis carried out at light microscopy. The REPHY station (047-P-016 Concarneau Large) off-shore the Concarneau Bay has been sampled during the annual highest phytoplankton production (March-July 2012) with a frequent sample interval strategy (twice per week). Results obtained by both pigment and...
Tipo: Text Palavras-chave: Phytoplancton; Structure de taille; Picophytoplancton; Nanophytoplancton; Microphytoplancton; Diversité génétique; Metabarcoding; Taxonomie pigmentaire; Façade atlantique; Baie de Concarneau; Phytoplankton; Size classes; Picophytoplankton; Nanophytoplankton; Microphytoplankton; Genetic diversity; Metabarcoding; Pigment taxonomy; Atlantic coasts; Concarneau Bay.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00361/47260/47225.pdf
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Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle ArchiMer
Harrang, Estelle.
The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître plate Européenne; Ostre edulis; Bonamiose; Bonamia ostreae; Marqueurs SNP; Expression génique; Activité hémocytaire; Cartographie de liaison; QTL; EQTL; Populations naturelles; Diversité génétique; Sélection naturelle; European flat oyster; Ostrea edulis; Bonamiosis; Bonamia ostreae; SNP markers; Gene expression; Haemocytic activity; Linkage map; QTL; EQTL; Natural populations; Genetic diversity; Genetic structure; Natural selection.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00127/23785/21702.pdf
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Chicken domestication: From archeology to genomics Inra
Boichard, M.; Bed'Hom, B.; Rognon, X..
La connaissance de la domestication du poulet s’appuie sur des donné es archéologiques, historiques et moléculaires. L’existence de plusieurs foyers de domestication en Asie du Sud et du Sud-Est, et la contribution de Gallus sonneratii à la domestication du poulet en complément de l’espèce ancêtre majeur Gallu gallus sont maintenant bien démontré es. La diversité génétique du poulet domestique est actuellement distribuée entre populations traditionnelles, races standardisées et lignées sélectionnées. L’accès à la séquence du génome a accéléré l’identification des mutations causales de différences morphologiques majeures entre poulets domestiques et Gallus sauvages. Un reséquençage du génome comparant poulets domestiques et Gallus sauvages a permis...
Tipo: Journal Article Palavras-chave:  Poulet; Domestication; Séquençage du génome; Diversité génétique; Gènes de coloration  Chicken; Domestication; Genome sequence; Genetic diversity; Color genes.
Ano: 2011 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2011f85b7ee6&uri=/notices/prodinra1/2011/04/
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Conséquences génétiques de la production de larves d'huîtres en écloserie : étude des processus de dérive et de sélection ArchiMer
Taris, Nicolas; Sauvage, Christopher; Batista, Frederico; Baron, Sophie; Ernande, Bruno; Haffray, Pierrick; Boudry, Pierre.
Previous studies have shown heritable variation in larval developmental traits in the Pacific oyster Crassostrea gigas. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors, specific to hatcheries, were examined: the effect of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and the effect of temperature (20°C versus 26°C). A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of larval populations and family assignment, limiting possible environmental bias and allowing the study of a relatively large number of families using a limited number of larval tanks. Our results show that three multiplexed highly polymorphic microsatellite markers are a powerful tool for family assignment and,...
Tipo: Text Palavras-chave: Hatchery; Genetic diversity; Selection domestication; Larvae; Crassostrea gigas; Ecloserie; Diversité génétique; Sélection domestication; Larve; Crassostrea gigas.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/acte-1505.pdf
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Conséquences génétiques de la production intensive de larves d'huîtres en écloserie : étude des processus de dérive et de sélection liés aux pratiques d'élevage. ArchiMer
Taris, Nicolas.
In order to study the genetic influence of intensive production of the larval stage in commercial hatcheries, two types of specific selective processes were examined: the effects of discarding the smallest larvae and temperature. A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of the larvae. The results show that our mixed-family approach, combined with microsatellite-based family assignment, is a powerful tool for the study of bivalve larvae genetics. Selective sieving is an advantageous practice at a phenotypic scale, but also represents a substantial risk for diversity loss. The culled larvae are important for the minimization of the variability in reproductive success and the maximization of broodstock genetic diversity....
Tipo: Text Palavras-chave: Hatchery; Oyster; Genetic diversity; Selection domestication; Larvae; Crassostrea gigas; Ecloserie; Huître; Diversité génétique; Sélection domestication; Larve; Crassostrea gigas.
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/these-976.pdf
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Diversité et différentiation génétique chez l'huître plate européenne : de la population à l'individu (Actes) ArchiMer
Boudry, Pierre; Launey, Sophie; Diaz-almela, A.; Naciri-graven, Yamama; Ledu, Christophe; Mira, S.; Taris, Nicolas; Bonhomme, Francois; Lapegue, Sylvie.
PCR-based DNA markers enable the study of diversity and differentiation of marine organisms at different stages of their life cycle. Our study of European fiat oyster (Ostrea edulis) populations aimed to describe their spatial and temporal dynamics. First, we analyzed adults sampled over the natural range of the species. An Atlantic/Mediterranean differentiation pattern was observed. Similar patterns of variation were found using allozymes, microsatellites and mitochondrial DNA, aIl which support an isolation by distance model. High variability was observed in the range of diversity between populations using a mitochondrial marker, a reflection of small effective population sizes in sorne locations. A 10fold quantitative difference was observed in Fst,...
Tipo: Text Palavras-chave: Recruitment; Diversity; Molecular markers; Population genetics; Ostrea edulis; Flat oyster; Dynamique de recrutement; Diversité génétique; Microsatellites; Marqueurs moléculaires; Génétique des populations; Ostrea edulis; Huître plate.
Ano: 2003 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/acte-2851.pdf
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Diversité génétique chez la tomate National Institute of Agronomic Research
Pawlowski, Thomasz.
Tipo: Other Palavras-chave: Tomato; Genetic diversity; Phenotype; Molecular polymorphism; Tomate; Diversité génétique; Lycopersicon esculentum; Variabilité phénotypique; Polymorphisme moléculaire.
Ano: 2004 URL: http://hdl.handle.net/2174/327
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Diversité génétique et dynamique du recrutement chez l'huître plate Ostrea edulis L. ArchiMer
Lapegue, Sylvie; Boudry, Pierre; Mira, Sara; Taris, Nicolas; Bonhomme, Francois.
In order to understand better some fundamental aspects of the bivalve biology, one has to pay attention to the variance of their breeding success, the time structure of the populations and their effective size. An abundant literature shows the existence of a heterozygote deficit as well as positive relationships between heterozygoty and fitness components. This last point is the subject of explanatory hypotheses which have never been clearly decided between until now. One of these hypotheses is the possible existence of a certain degree of inbreeding among those populations. This is only possible in the case of separated colonies coming from a small amount of spawners, thus creating blood relations between individuals recruited from the same area, and...
Tipo: Text Palavras-chave: Reproducteur; Variabilité génétique; Génétique population; Diversité génétique; Ostrea edulis; Huître plate.
Ano: 2002 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2002/acte-3494.pdf
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Diversité génétique et dynamique du recrutement chez l'huître plate Ostrea edulis L. 2002 ArchiMer
Taris, Nicolas.
Cette étude aborde la diversité génétique d'une espèce de bivalve marin, Ostrea edulis et plus particulièrement les interactions existant entre génétique (flux de gènes) et démographie (dynamique de reproduction) à l'échelle de la population. Elle repose sur l'utilisation de marqueurs microsatellites pour tenter de comprendre les facteurs participant à la mise ne place d'une structuration génétique au sein de laquelle peuvent être observés des phénomènes de déficit en hétérozygotes et de ration positive entre hétérozygotie et valeur sélective. L'un des objectifs est en particulier de tester l'hypothèse de consanguinité à l'échelle locale. Pour cela, nous avons étudier la structure génétique de cohortes d'huîtres plates au cours d'une saison de reproduction...
Tipo: Text Palavras-chave: Ostrea edulis; Génétique des Populations; Microsatellites; Diversité génétique; Dynamique de recrutement.
Ano: 2002 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14419/11714.pdf
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Diversité génétique et dynamique du recrutement chez l'huître plate Ostrea edulis L. (2003) ArchiMer
Lapegue, Sylvie; Taris, Nicolas; Boudry, Pierre; Langlade, Aime; Bonhomme, Francois.
Le milieu marin est un milieu difficile à appréhender car composé d'un ensemble d'organismes et d'écosystèmes caractérisés par des conditions de fonctionnement tout à fait originales et souvent difficiles d'accès. Ces spécificités peuvent être attribuées à la structure spatiale du milieu marin, qui à bien des égards, diffère du milieu terrestre. En effet si les notions de barrières géographiques sont une réalité concrète pour les organismes terrestres, elles restent rarement identifiées en milieu marin (PALUMBI 1994). Dans un tel environnement, les organismes présentent des cycles de vie souvent mal connus, notamment ceux qui associent phase benthique et phase planctonique. L'étude de la structure génétique des populations, dans un espace aussi ouvert aux...
Tipo: Text Palavras-chave: Diversité génétique; Génétique; Recrutement; Génotypage; Variabilité génétique; Huître plate; Ostrea edulis.
Ano: 2003 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15478/12857.pdf
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Etude de génétique des populations sur l'huître creuse de mangrove, Crassostrea gasar (Adanson, 1757), par l'apport du marqueur ITS2 ArchiMer
Moreau, Dimitri.
Le genre Crassostrea regroupe de nombreuses espèces dont la répartition mondiale s'étend sur une grande partie des régions côtières des basses et moyennes latitudes. La classification des différentes espèces décrites à partir des critères morphologiques et de répartition géographique est aujourd'hui remise en cause dans de nombreux cas par les nouvelles études utilisent les techniques récentes de biologie moléculaire. C'est en particulier grâce à l'apport des séquences génomiques variables, qu'il a été possible de déterminer différentes espèces présentes sur les côtes africaines et américaines (Lapègue & al.). La présence de l'espèce C. gasar, d'abord décrite en Afrique, a ainsi été montré en Amérique. La répartition de cette espèce sur les deux...
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique population; Huître de mangrove; Crassostrea gasear; Diversité génétique.
Ano: 2001 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14407/11700.pdf
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Etude des processus de dérive et de sélection liés aux pratiques d'élevage en écloserie d'huître creuse ArchiMer
Boudry, Pierre.
Genetic consequences of production of Pacific oyster larval in hatchery: drift and selective pressures related to rearing practices. In order to study the genetic consequences of production of oyster larvae in hatcheries, two factors were examined: the effects of discarding the smallest larvae (i.e. culling) and temperature effects. A mixed-family approach was used in order to infer the genetic composition of the larval population. The results show that high polymorphic microsatellite-based family assignment is a powerful tool for the study of bivalve larvae genetics. Culling by selective sieving is an advantageous practice at a phenotypic scale, but also represents a substantial risk for diversity loss if parentage assignment is not introduced as a...
Tipo: Text Palavras-chave: Hatchery; Genetic diversity; Selection domestication; Larvae; Crassostrea gigas; Ecloserie; Diversité génétique; Sélection domestication; Larve; Crassostrea gigas.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/rapport-1459.pdf
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Gestion des ressources génétiques de l'huître perlière Pinctada margaritifera de Polynésie française : caractérisation génétique des populations et optimisation du recrutement pour l'exploitation perlière ArchiMer
Arnaud, Sophie; Goyard, Emmanuel; Prou, Jean; Vonau, Vincent; Bonhomme, Francois; Boudry, Pierre.
Exploitation of the pearl oyster Pinetada margaritifera, which has developed in French Polynesia over the last twenty years, is based mainly on the collection of natural spat. Recruitment is highly variable in space and time and so spat is very often transferred by the farmers between atolls or even between archipelagos. In previous studies, anonymous nuclear markers demonstrated that This development has coincided with a genetic homogenisation of the wild stocks since the 1980s. This suggests a high level of reproductive success on farms, which is likely to be due to the high density of animaIs when compared to the density in the wild. We used the same markers to show that the level of genetic variability observed on farms is not significantly different...
Tipo: Text Palavras-chave: French Polynesia; Genetic diversity; Spat; Pinctada margaritifera; Pearl oyster; Polynésie française; Diversité génétique; Naissain; Pinctada margaritifera; Huître perlière.
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2005/publication-3822.PDF
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La variabilité génétique chez l'huître plate Ostrea edulis (L. 1758) : inférence du nombre de géniteurs instantané d'une population ArchiMer
Da Silva, Sara Maria Mira.
Les études de génétique des populations des bivalves marins ont fréquemment mit en évidence une relation hétérozygotie / valeur sélective, et un fort déficit en hétérozygotes. Parmi les hypothèses explicatives de ces deux phénomènes, la création d'individus consanguins dans les populations est particulièrement intéressante à tester. Le but de ce travail était de vérifier s'il pouvait y avoir un nombre faible de géniteurs à la base d'un événement de reproduction donné chez l'huître plate Ostrea edulis. Dans cette étude, nous montrons qu'une cohorte de captage collectée sur un intervalle de temps très court (15 jours), présente une diversité génétique fortement réduite ainsi qu'une modification des fréquences alléliques par rapport aux populations d'adultes...
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique population; Huître plate; Ostrea edulis; Diversité génétique; Variabilité génétique.
Ano: 2001
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Structuration génétique mitochondriale chez l'huître plate Ostrea edulis L. le long des côtes européennes, et comparaison avec la différentiation nucléaire ArchiMer
Diaz Almela, Elena.
La structuration géographique des populations naturelles d'huître plate (Ostrea edulis) a été étudiée à partir de l'analyse du polymorphisme de conformation simple brin (SSCP), d'un fragment d'environ 300 pb du gène de l'ARNr mitochondrial 12S. les échantillons (13 localités, 507 individus) utilisés avaient fait l'objet d'une étude antérieure de structuration des populations avec 5 locus microsatellites. Il ont été analysés ici dans le but d'une comparaison des structurations observées sur marqueurs mitochondrial et nucléaire. La diversité moyenne intrapopulation du gène de l'ARNr 12S (Hn.b = 0,494) est presque la moitié de celle estimée avec les microsatellites (Hn.b = 0,904) bien que la variance entre populations soit beaucoup plus forte pour l'ADN...
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique population; Huître plate; Ostrea edulis; Microsatellite; ARNr mitochondrial 12S; Diversité génétique.
Ano: 1999 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00033/14381/11671.pdf
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