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A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Repositório Alice
NASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F..
The Genosoja consortium is an initiative to integrate different omics research approaches carried out in Brazil. Basically, the aim of the project is to improve the plant by identifying genes involved in responses against stresses that affect domestic production, like drought stress and Asian Rust fungal disease. To do so, the project generated several types of sequence data using different methodologies, most of them sequenced by next generation sequencers. The initial stage of the project is highly dependent on bioinformatics analysis, providing suitable tools and integrated databases. In this work, we describe the main features of the Genosoja web database, including the pipelines to analyze some kinds of data (ESTs, SuperSAGE, microRNAs, subtractive...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Expressão genética; Soja; Gene; Soybeans; Genes; Bioinformatics; Gene expression.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/926586
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Characterization of an early berry development grapevine somatic variant (Vitis labrusca L. cv. Isabel Precoce). Repositório Alice
PASSAIA, G.; MARGIS-PINHEIRO, M.; FIALHO, F. B.; SBEGHEN, F.; PORTO, D. D.; REVERS, L. F..
Over the past 10 years significant advances have been made towards the description of genetics and molecular mechanisms controlling grapevine berry growth. Regardless of this, many aspects of early fruit morphogenesis and its development control remain to be elucidated. In an attempt to understand gene expression patterns associated with the berry growth development, the contrasting phenotype between the cv. Isabel (Vitis labrusca L.) and its early berry development mutant ?Isabel Precoce? has been explored by a candidate gene approach. ?Isabel Precoce? (Vitis labrusca L.) was confirmed as an EDV (Essentially Derived Variety) of Isabel, with a 30 - 35-day reduction in the berry growth phase when compared to the wild type and thus, it constitutes an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Videira; Expressão genética; Fruit development; Gene expression; Molecular biology; Grapevine; Uva; Genética; Gene; Crescimento; Biologia molecular.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1004677
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Characterization of eucalyptus grandis dof gene family of transcription factors. Repositório Alice
ALMEIDA, G. S. d'; BRBETON, M. C.; MARTINS, P. D.; FALAVIGNA, V. da S.; TURCHETTO-ZOLET, A. C.; REVERS, L. F.; PASQUALI, G..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Fator de transcrição; Expressão genética; Dof; Biologia molecular; Eucalipto; Genética.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979055
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De novo transcriptome assembly of sugarcane leaves submitted to prolonged water-deficit stress. Repositório Alice
BELESINI, A. A.; CARVALHO, F. M. S.; TELLES, B. R.; CASTRO, G. M. de; GIACHETTO, P. F.; VANTINI, J. S.; CARLIN, S. D.; CAZETTA, J. O.; PINHEIRO, D. G.; FERRO, M. I. T..
ABSTRACT. Sugarcane production is strongly influenced by drought, which is a limiting factor for agricultural productivity in the world. In this study, the gene expression profiles obtained by de novo assembly of the leaf transcriptome of two sugarcane cultivars that differ in their physiological response to water deficit were evaluated by the RNA-Seq method: drought-tolerant cultivar (SP81-3250) and drought-sensitive cultivar (RB855453). For this purpose, plants were grown in a greenhouse for 60 days and were then submitted to three treatments: control (-0.01 to -0.015 MPa), moderate water deficit (-0.05 to -0.055 MPa), and severe water deficit (-0.075 to -0.08 MPa). The plants were evaluated 30, 60, and 90 days after the beginning of treatment....
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; Cana de açúcar; Deficiência hídrica; Sugarcane; Drought; Gene expression; Saccharum; Water stress.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082783
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Differential gene expression of two apple cultivars with contrasting chilling requirement. Repositório Alice
PORTO, D. D.; FALAVIGNA, V. S.; BUFFON, V.; PASQUALI, G.; OLIVEIRA, P. R. D. de; SANTOS, H. P. dos; REVERS, L. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; Gala; Castel Gala; Fruticultura; Maçã; Genética; Dormência.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894800
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Diterpenes biochemical profile and transcriptional analysis of cytochrome P450s genes in leaves, roots, flowers, and during Coffea arabica L. fruit development. Repositório Alice
IVAMOTO, S. T.; SAKURAY, L. M.; FERREIRA, L. P.; KITZBERGER, C. S. G.; SCHOLZ, MARIA B. S.; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P..
Lipids are among the major chemical compounds present in coffee beans, and they affect the flavor and aroma of the coffee beverage. Coffee oil is rich in kaurene diterpene compounds, mainly cafestol (CAF) and kahweol (KAH), which are related to plant defense mechanisms and to nutraceutical and sensorial beverage characteristics. Despite their importance, the final steps of coffee diterpenes biosynthesis remain unknown. To understand the molecular basis of coffee diterpenes biosynthesis, we report the content dynamics of CAF and KAH in several Coffea arabica tissues and the transcriptional analysis of cytochrome P450 genes (P450). We measured CAF and KAH concentrations in leaves, roots, flower buds, flowers and fruit tissues at seven developmental stages...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cafestol; Kahweol; RT-qPCR; Expressão genética; Café; Composto químico; Lipidio; Biossíntese; Coffea arabica; Gene; Gene expression; High performance liquid chromatography; Coffea arabica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1068512
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Dormancy-related transcript accumulation of the dehydrin gene family in apple buds. Repositório Alice
MIOTTO, Y. E.; FALAVIGNA, V. S.; PORTO, D. D.; MARGIS-PINHEIRO, M.; PASQUALI, G.; REVERS, L. F..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; RT-qPCR; Fruticultura; Maçã; Dormência; Genética; Biologia molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/978972
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Expression analysis of anthocyanin gene induced under phosphorus starvation in maize genotypes with contrasting phosphorus use efficiency. Repositório Alice
VASCONCELOS, M. J. V. de; FIGUEIREDO, J. E. F.; RAGHOTHAMA, K. G..
Phosphate (Pi) unavailability is a growth-limiting factor for plants. Under Pi-limited conditions, plants activate molecular mechanisms for better acquisition and utilization of this nutrient. In maize, changes in the expression pattern of several Pi starvation-induced genes, including the A1 coding for dihydroflavonol 4-reductase (DFR) involved in anthocyanin biosynthesis, were identified through microarray analysis. In order to elucidate the molecular determinants with a potential role in P use efficiency, we carried out a study on gene expression analysis of the A1 phosphate responsive gene by northern blot analysis of total RNA from maize genotypes contrasting for Pi efficiency. Two Pi-efficient (L-03 and L-161-1) and five inefficient (L-11, L-16,...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Estresse abióco; Expressão genética; Solo Ácido; Antocianina.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1097743
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Expression of dormancy associated Mads-box genes in different apple tree organs. Repositório Alice
CUSIN, R.; GASPERIN, A. C.; PORTO, D. D.; REVERS, L. F..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; Fruticultura; Maçã; Genética; Dormência.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/963553
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Identification of biomarkers associated to 'Gala' apples ripening and postharvest quality . Repositório Alice
PEGORARO, C.; STORCH,T. T.; CRIZEL, G. R.; ROMBALDI, C. V.; GIRARDI, C. L..
Apple is, sociocultural and economically, on of the most important species in the world, and stands out for its high storage potential. However, the monitoring of factors that could result in fruit quality modifications during postharvest is essential to ensure the acceptability and for the development of new storage technologies in order to increase fruit shelf life. Approaches focused on molecular biology, such as RT-qPCR have been used to better understand the mechanisms involved in fruit development and maturation. In this study the use of RT-qPCR to monitoring apple quality during ripening and development in different postharvest conditions such as room temperature, cold storage with or without control of atmosphere and the 1-methylcyclopropene usage...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Cold storage; Gene expression; Molecular analysis; Armazenamento refrigerado; Expressão genética; Análises moleculares; Biomarcadores; Amadureceimento; Maçã gala; Pós-colheita; Malus doméstica; Maçã.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1078129
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Identification of differentially expressed genes associated with pathogen-host interaction in 'Villard Blanc' and its expression analysis in grapevine cultivars resistant and susceptible to downy mildew. Repositório Alice
BUFFON, V.; SBEGHEN, F.; RUSSI, A.; GARRIDO, L. da R.; REVERS, L. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Villard Blanc; Expressão genética; Plasmora viticola; RDA; RT-qPCR; Viticultura; Uva; Genética; Doença de planta; Míldio; Variedade resistente; Identificação.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894806
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Linkage mapping and functional genomics applied to dormancy characterization in apple. Repositório Alice
REVERS, L. F..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Mapeamento genético; Frio; Expressão genética; Fruticultura; Maçã; Genética; Dormência; Florescência.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979282
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Reference gene selection for gene expression studies in apple. Repositório Alice
PERINI, P.; PASQUALI, G.; MÁRGIS-PINHEIRO, M.; OLIVEIRA, P. R. D. de; REVERS, L. F..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; Gene de referência; TR-qPCR; Fruticultura; Maçã; Genética.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/894795
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Reference genes for transcriptional analysis of flowering and fruit ripening stages in apple (Malus 3 domestica Borkh.). Repositório Alice
PERINI, P.; PASQUALI, G.; MARGIS-PINHEIRO, M.; OLIVEIRA, P. R. D. de; REVERS, L. F..
Apple (Malus 9 domestica Borkh.) is the most important deciduous tree fruit crop grown around the world. Comparisons of gene expression profiles from different tissues, conditions or cultivars are valuable scientific tools to better understand the gene expression changes behind important silvicultural and nutritional traits. However, the accuracy of techniques employed to access gene expression is dependent on the evaluation of stable reference genes for data normalization to avoid statistical significance undue or incorrect conclusions. The objective of this work was to select the best genes to be used as references for gene expression studies in apple trees by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Vegetative and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Gala; Expressão genética; Genes de referencia; RT-qPCR; Maçã; Genetica vegetal.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/993623
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Systemic transport of Alfalfa mosaic virus can be mediated by the movement proteins of several viruses assigned to five genera of the 30K family. Repositório Alice
FAJARDO, T. V. M.; PEIRÓ, A.; PALLÁS, V.; SÁNCHEZ-NAVARRO, J..
We previously showed that the movement protein (MP) gene of Alfalfa mosaic virus (AMV) is functionally exchangeable for the cell-to-cell transport of the corresponding genes of Tobacco mosaic virus (TMV), Brome mosaic virus, Prunus necrotic ringspot virus, Cucumber mosaic virus and Cowpea mosaic virus. We have analysed the capacity of the heterologous MPs to systemically transport the corresponding chimeric AMV genome. All MPs were competent in systemic transport but required the fusion at their C terminus of the coat protein-interacting Cterminal 44 aa (A44) of the AMV MP. Except for the TMV MP, the presence of the hybrid virus in upper leaves correlated with the capacity to move locally. These results suggest that all the MPs assigned to the 30K...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; Alfafa; Doença de planta; Vírus.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/956777
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The Phytochrome-interacting factor genes in grapevine and their association to the gibberellin signal transduction pathway. Repositório Alice
BOSCO, D. D.; SINSKI, I.; GIRARDI, C. L.; MAIA, J. D. G.; RITSCHEL, P. S.; QUECINI, V..
As sessile organisms, the plants have to maximize their ability to sense and interpret the environment in order to adequate growth and development.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Giberelina; Basic Helix-Loop-Helix; Fator genético; Regulador; Expressão genética; Viticultura; Uva; Genética; Temperatura.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/905870
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The Rg1 allele as a valuable tool for genetic transformation of the tomato 'Micro-Tom' model system. Repositório Alice
PINO, L. E.; SOMBARDI-CRESTANA, S.; AZEVEDO, M. S.; SCOTTON, D. C.; BORGO, L.; QUECINI, V.; FIGUEIRA, A.; PERES, L. E. P..
2010
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Micro-Tom; Transformação genética; Expressão genética; Tomate; Genética; Genoma.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/870193
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Transcriptional and metabolic profiling of two apple tree cultivars contrasting in chilling requirement. Repositório Alice
FALAVIGNA, V. S.; PORTO, D. D.; ANZANELLO, R.; BUFFON, V.; SOUZA, D. A.; PASQUALI, G.; OLIVEIRA, P. R. D. de; CENTENO, D. C.; SANTOS, H. P. dos; REVERS, L. F..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expressão genética; Dormência; Fruticultura; Maçã; Genética; Variedade.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/958972
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