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A biologia avançada e o impacto da genômica na produção de caprinos e ovinos. Infoteca-e
SIDER, L. H.; ZAROS, L. G..
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genômica; Caprino; Ovino; Biologia molecular; Goats; Sheep; Molecular biology; Genomics.
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/534121
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A genômica na bovinocultura de corte. Repositório Alice
COUTINHO, L. L.; JORGE, E. C.; ROSÁRIO, M. F. do; REGITANO, L. C. de A..
Genômica: definição e conceito; Aplicações da genômica; Perspectivas das aplicações da genômica.
Tipo: Capítulo em livro científico (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Melhoramento genético; DNA.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/862890
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Análise preliminar de marcadores microssatélite para guaranazeiro. Repositório Alice
ANGELO, P. C. da S.; AMADO, M. V.; LIRA, M. do. P. S.; ATROCH, A. L.; FARIAS, I. P.; ASTOLFI FILHO, S..
Este trabalho teve como objetivo avaliar o número de alelos informativos para a genotipagem de quatro microssatélites de guaranazeiro.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Paullinia cupana; Guaraná; Marcador molecular; Genômica.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/677948
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Applied coffee genomics: towards a GWS program. Repositório Alice
CARNEIRO, F. A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; LIMA, E. A. de; OLIVEIRA, S. A.; DUARTE, K. E.; ROCHA, O. C.; RODRIGUES, G. C.; CARVALHO, M. A. F.; BARTHOLO, G. F.; GUERRA, A. F.; MARRACCINI, P.; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
In recent years, significant advances have occurred in the development of genomic tools to help accelerating the genetic improvement of coffee, a perennial crop with high economic importance. The recent conclusion of the complete genome sequencing of Coffea canephora will serve as a reference sequence for use in advanced molecular genetics, applied directly to molecular breeding of this species, such as the establishment of genome-wide selection programs (GWS).
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Café; Genomics; Coffea canephora.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/979068
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Applied genomics: the brazilian experience. Repositório Alice
LEDUR, M. C.; PEIXOTO, J. de O.; NONES, K.; COUTINHO, L. L..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/938031
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Avaliação do desempenho relativo de bancos de dados NoSQL para arquivos de genótipos. Repositório Alice
SCHETTINO, V. J.; ALMEIDA, A. L.; SILVA, L. R. M.; ARBEX, W. A..
A bioinformática e a genômica trabalham com bases de dados fora do padrão tradicional ou clássico que, por sua vez, caracterizam-se pela organizacão tabular e pelo tratamento destas em SGBDRs. Arquivos de genótipos são exemplos de bases de dados não clássicas e são caracterizados por serem gerados como arquivos textos, com dados desbalanceados, com alta dimensionalidade e por ocuparem muito espaço, entre outros aspectos. Os SGBDRs não têm se mostrado uma boa solucão para o tratamento de tais bases e, portanto, o presente trabalho busca avaliar o desempenho relativo entre bancos de dados NoSQL que representam duas famílias de diferentes modelo de dados, a partir de cenários de teste para a manipulação de arquivos de genótipo.
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1052648
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Base de dados genômica de Bacillus thuringiensis subsp. kurstaki - estirpe S76. Infoteca-e
MELO, L. H. V. de; GITAHY, P. de M.; OLIVEIRA, M. de M.; ROCHA, F. Y. O.; CRUZ, L. M.; BALDANI, J. I..
2011
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Estirpe; Genômica; Bioinformática; Sequenciamento genético.
Ano: 2011 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/921116
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Biologia avançada na produção de pequenos ruminantes. Repositório Alice
SIDER, L. H..
2008
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caprino; Ovino; Biologia molecular; Genômica; Genomics; Genetics; Goats; Sheep.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/534172
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Biologia molecular aplicada à ciência das plantas daninhas. Repositório Alice
SCHNEIDER, T.; RIZZARDI, M. A.; NUNES, A. L.; BIANCHI, M. A.; BRAMMER, S. P.; ROCKENBACH, A. P..
bitstream/item/178725/1/ID44344-2018v17n1p12RBH.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Variabilidade genética; Herbicida; Biotecnologia; Erva Daninha; Herbicides; Genomics; Biotechnology; Weed science.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1092560
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Chargaff's "Grammar of Biology": new fractal-like rules. Repositório Alice
YAMAGISHI, M. E. B.; HERAI, R. H..
Chargaff once said that "I saw before me in dark contours the beginning of a grammar of Biology?. In linguistics, "grammar" is the set of natural language rules, but we do not know for sure what Chargaff meant by a "grammar" of Biology. Chargaff discovered some rules about nucleotides that have been named Chargaff's rules. In this work, we further develop his "grammar". Using new concepts, we were able to discover new higher order genomic rules that seem to be invariant across a large set of organisms, and show a fractal-like property, since no matter the scale, the same pattern is observed (self-similarity). We hope that these new invariant genomic rules may be used in different contexts, for example for short read data bias detection and genome assembly...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Bioinformática; Propriedade fractal; Genomics; Bioinformatics.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974768
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Ciência, políticas e desenvolvimento para todos. Infoteca-e
LOPES, M. A..
bitstream/item/172243/1/Ciencia-politicas-e-desenvolvimento-para-todos.pdf
Tipo: Artigo de divulgação na mídia (INFOTECA-E) Palavras-chave: Conectividade; Economia do conhecimento; Genômica; Big data; Desenvolvimento sustentável; Tecnologia da informação; Planejamento.
Ano: 2017 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1087223
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Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Repositório Alice
DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G..
2011
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Doença de planta; Fusarium oysporum f. sp. cubense (FOC); Doença Panama; Transcriptoma; Patógeno de planta; Biotecnologia; Genômica.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/898042
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Desenvolvimento de marcadores microssatélites por meio do sequenciamento parcial do genoma de maracujá-azedo (Passiflora Edulis Sims) e transferibilidade para 78 espécies do gênero passiflora. Repositório Alice
ARAYA, S.; FALEIRO, F. G.; JUNQUEIRA, N. T. V.; MARTINS, A. M.; COSTA, A. M.; FERREIRA, M. E..
bitstream/item/171191/1/Anais-Simposio-p19.pdf
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: NGS; Genômica; Passiflora; Maracujá; Recurso Genético; Melhoramento Genético Vegetal.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1085577
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Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. Repositório Alice
HONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P..
A relação ecológica de parasitismo é uma constante corrida armamentista entre os organismos parasitas e seus hospedeiros. A infecção por parasitas diminui a aptidão evolutiva dos hospedeiros e, conseqüentemente, mecanismos anti-parasitismo são positivamente selecionados continuamente dentre o conjunto de genes que compõem o genoma do organismo hospedeiro. Entretanto, a seleção positiva de mecanismos anti-parasitismo por parte dos hospedeiros impõe novas pressões seletivas aos organismos parasitas. Dessa maneira, genes de parasitas que permitam o escape dos mecanismos anti-parasitismo do hospedeiro aumentam a aptidão evolutiva do organismo parasita, sendo também selecionados positivamente. Esse fenômeno acaba por causar uma espiral de eventos coevolutivos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Bioinformatics; Software; Genomics.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/933206
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Divergência genômica entre as raças bovinas Brasileiras localmente adaptadas. Repositório Alice
CARMO, A. S. do; KOLLING, G. J.; EGITO, A. A. do; MARIANTE, A. da S.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; GARCIA, J. F.; SILVA, M. V. G. B..
2015
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bovino naturalizado; Conservação; Crioulo; Genômica.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041192
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Emerging biotechnologies: bioinformatics services applied to agriculture. Repositório Alice
BAMBINI, M. D.; GIACHETTO, P. F.; FALCAO, P. R. K.; OLIVEIRA, F. S. de.
Abstract - Bioinformatics is an emergent biotechnological field of study marked by interdisciplinarity and complexity. It involves the application and development of computational tools to biological data in order to process, generate, and disseminate biological knowledge. Bioinformatics is characterized by an intense generation of data and information (configured as a context of big data and e-science), associated with the need for computational resources with high processing and storage capacities and highly qualified and interdisciplinary staff, often found only in academia. The objective of this paper is to describe the organizational model and collaborative innovation activities of the Bioinformatics Multi-user Laboratory (LMB, in the acronym in...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Genômica; Agricultura; Multiuser; Pesquisa; Bioinformatics; Genomics; Agricultural research.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1027409
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Estimativa de frequência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Repositório Alice
BHERING, L. L.; CRUZ, C. D.; GOD, P. I. V. G..
2008
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Máxima verossimilhança; Populações exogâmicas.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/631339
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Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Repositório Alice
BHERING, L.L.; CRUZ, C.D.; GOOD-GOD, P.I.V..
O objetivo deste trabalho foi obter as estimativas de freqüência de recombinação, por meio de simulação, para diferentes situações do mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Foi simulado um genoma constituído de três grupos de ligação, em que cada um apresentava 11 marcas moleculares multialélicas, codominantes, distribuídas a cada 10 cM. A partir desse genoma, foram simulados dois cenários: um com genitores completamente informativos e outro com genitores formados aleatoriamente. Após a obtenção de todas as estimativas das freqüências de recombinação, concluiu-se que, para locos completamente informativos, pode-se calcular a freqüência de recombinação entre pares de locos, a partir da freqüência gamética de cada genitor ou a partir da...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Máxima verossimilhança; Populações exogâmicas; Genomics; Exogamic populations; Maxim likelihood.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/124190
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Estudo integrado de genômica e proteômica associados à qualidade do café. Repositório Alice
SILVA, V. C.; MELO, J. A. T.; BARBOSA, E. A.; SILVA, L. P.; BLOCH JÚNIOR, C.; ANDRADE, A. C..
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Biologia molecular; Café; Genômica; Proteômica.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/188537
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Estudos genômicos aplicados ao melhoramento genético de bovinos. Repositório Alice
ROMERO, A. R. da S..
A busca por plantéis cada vez mais produtivos, tem conduzido ao uso de diferentes ferramentas, dentre elas, a utilização de marcadores moleculares no melhoramento genético. No entanto, como o custo da técnica de genotipagem ainda é considerado elevado, uma alternativa é a utilização da técnica de imputação (predição de genótipos não interrogados na genotipagem). Sendo assim, no primeiro capítulo desta dissertação, analisou-se genótipos de animais Nelore com o objetivo de avaliar o potencial da imputação de painéis 3K e 7K, ambos customizados. Para a imputação foi utilizado o programa FImput. Os painéis foram produzidos a partir de marcadores que passaram pelo controle de qualidade, considerando a distância entre marcadores e os de maior frequência alélica....
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: Genômica; Imputação; GWAS; Imputation; Polymorphisms; Polimorfismo; Bovino; Cattle; Genomics.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1082424
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