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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovino; Expressão gênica; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1102174
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A comprehensive manually-curated compendium of bovine transcription factors. Repositório Alice
SOUZA, M. M. de; ZERLOTINI NETO, A.; GEISTLINGER, L.; TIZIOTO, P. C.; TAYLOR, J. F.; ROCHA, M. I. P.; DINIZ, W. J. S.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A..
Transcription factors (TFs) are pivotal regulatory proteins that control gene expression in a contextdependent and tissue-specific manner. In contrast to human, where comprehensive curated TF collections exist, bovine TFs are only rudimentary recorded and characterized. In this article, we present a manually-curated compendium of 865 sequence-specific DNA-binding bovines TFs, which we analyzed for domain family distribution, evolutionary conservation, and tissue-specific expression. In addition, we provide a list of putative transcription cofactors derived from known interactions with the identified TFs. Since there is a general lack of knowledge concerning the regulation of gene expression in cattle, the curated list of TF should provide a basis for an...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: DNA bovine; Gene expression in cattle; Gene expression regulation.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101203
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Epistatic effects on grain yield of soybean [Glycine max (L.) Merrill]. Repositório Alice
BARONA, M. A. A.; COLOMBARI FILHO, J. M.; SANTOS, V. da S.; GERALDI, I. O..
Studies addressing the estimation of genetic parameters in soybean have not emphasized the epistatic effects. The purpose of this study was to estimate the significance of these effects on soybean grain yield, based on the Modified Triple Test Cross design. Thirty-two inbred lines derived from a cross between two contrasting lines were used, which were crossed with two testers (L1 and L2). The experiments were carried out at two locations, in 10 x 10 triple lattice designs with 9 replications, containing 32 lines (Pi ), 64 crosses (32 Pi x L1 and 32 Pi x L2 ) and controls. The variation between ( L li + L 2i - P i ) revealed the presence of epistasis, as well as an interaction of epistasis x environment. Since the predominant component of epistasis in...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Regulação da expressão genética; Soja; Gene; Interação genética; Soybean; Epistasis; Gene expression regulation; Genotype-environment interaction.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/945909
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Liver DNA methylation profile in Nelore cattle extremes for feed efficiency. Repositório Alice
ROCHA, M. I. P.; SOUZA, M. M. de; DINIZ, W. J. S.; LIMA, A. O. de; AFONSO, J.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. N. de; REGITANO, L. C. de A.; KOLTES, J. E.; NICIURA, S. C. M..
The production cost of cattle is high, especially the fraction related to animal nutrition. The increase in feed efficiency may provide increased efficiency in beef production, minimizing feed expenditures, methane gas emission and nitrogen excretion.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Feed efficiency; RRBS; Differential methylation; Beef production; Gado de Corte; Bovino; Gene expression regulation; Animal nutrition.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110134
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Parâmetros genéticos para a capacidade de propagação de Pinus taeda por embriogênese somática. Repositório Alice
DIAS, P. C.; XAVIER, A.; RESENDE, M. D. V. de; BIERNASKI, F. A.; ESTOPA, R. A..
Objetivou-se com este trabalho avaliar a capacidade de propagação de famílias de Pinus taeda por embriogênese somática utilizando estimativas de parâmetros genéticos. Para a embriogênese somática, foram selecionados cones imaturos de 65 famílias-elite de Pinus taeda. O germoplasma utilizado para a implantação dos testes de campo foi composto por 238 clones de 31 famílias. O estudo foi realizado por meio de análise genetíoco-estatística pelo procedimento de estimação de componentes de variância via máxima verossimilhança residual (Reml) e de predição de valores genéticos via melhor predição linear não viesada (Blup), usando-se o software Selegen-Reml/Blup. De acordo com os resultados, a variabilidade genética possibilita ganhos genéticos altos pela seleção...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Espécie exótica; Ganho genético; Propagação clonal; Clonal propagation; Propagação vegetativa; Reprodução vegetal; Controle genético; Pinus taeda; Gene expression regulation; Breeding and Genetic Improvement.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1061211
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RNA-binding proteins and their role in the regulation of gene expression in Trypanosoma cruzi and Saccharomyces cerevisiae Genet. Mol. Biol.
Oliveira,Camila; Faoro,Helisson; Alves,Lysangela Ronalte; Goldenberg,Samuel.
Abstract RNA-binding proteins (RBPs) have important functions in the regulation of gene expression. RBPs play key roles in post-transcriptional processes in all eukaryotes, such as splicing regulation, mRNA transport and modulation of mRNA translation and decay. RBPs assemble into different mRNA-protein complexes, which form messenger ribonucleoprotein complexes (mRNPs). Gene expression regulation in trypanosomatids occurs mainly at the post-transcriptional level and RBPs play a key role in all processes. However, the functional characterization of RBPs in Trypanosoma cruzi has been impaired due to the lack of reliable reverse genetic manipulation tools. The comparison of RBPs from Saccharomyces cerevisiae and T. cruzi might allow inferring on the function...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: RNA-binding proteins; Trypanosoma cruzi; Saccharomyces cerevisiae; Gene expression regulation.
Ano: 2017 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572017000100022
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The correlation between the central carbon metabolic flux distribution and the number of shared enzyme regulators in Saccharomyces cerevisiae BABT
Zhou,Xiangfei; Liu,Lunxian; Shang,Chuanyu; Xu,Haifeng; Ding,Chao; Liu,Qian; Yi,Yin.
The central carbon metabolic system is the upstream energy source for microbial fermentation. In addition, it is a master switch for increasing the production of metabolites and an important part of the microbial metabolic network. Investigation into the relationship between genes, environmental factors, and metabolic networks is a main focus of systems biology, which significantly impacts research in biochemistry, metabolic engineering, and synthetic biology. To this end, the central carbon metabolic flux under a variety of growth conditions or using strains with various genetic modifications was previously measured in Saccharomyces cerevisiae using 13C tracer technology. However, the measured values were not integrated and investigated further. In this...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Saccharomyces cerevisiae; Central carbon metabolic flux; Metabolic networks and pathways; Gene expression regulation; Gene environment interaction; Enzyme transcriptional regulator.
Ano: 2016 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132016000100415
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Transcritos quiméricos em bovinos. Repositório Alice
GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B..
Trans-splicing é um fenômeno no qual exons dos transcritos primários de genes distintos se unem para formar um novo e único transcrito quimérico, sendo comum em nematóides e kinetoplastideos, mas raro em organismos superiores. Embora não seja tão bem compreendido quanto o cis-splicing, o trans-splicing tem despertado interesse devido às suas possíveis aplicações biotecnológicas, principalmente aquelas envolvendo regulação da expressão gênica ou formação de novas proteínas. Recentemente, desenvolvemos uma metodologia de Bioinformática para a detecção de transcritos quiméricos em bases de FlcDNA (Herai & Yamagishi, 2010a), e estendemos essa metodologia para organismos cujo genoma não tenha uma alta qualidade de montagem (Herai & Yamagishi, 2010b)....
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Trans-splicing em bovinos; Transcritos quiméricos; Bioinformática; Splicing; Gene expression regulation; Cattle; Bioinformatics.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/875254
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