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Caracterização in silico de genes de expansina presentes em cafeeiro (Coffea arabica L.). Repositório Alice
BUDZINSKI, I. G. F.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G. E..
As expansinas (EXPs) são proteínas que promovem o relaxamento e extensão da parede celular em plantas, sendo codificadas por uma multifamília gênica e classificadas em: ?-expansinas, ?-expansinas, expansin-like A (EXLA) e expansin-like B (EXLB). Estas proteínas atuam no alongamento celular, maciez dos frutos, abscisão, germinação e polinização. As ?-expansinas representam a maior família e relacionam-se diretamente com o controle da extensão da parede celular em processos de desenvolvimento. Visto que a maturação uniforme dos frutos de café contribui para a qualidade da bebida, este trabalho teve por objetivo identificar e caracterizar in silico genes de expansinas envolvidas neste processo. Através da mineração dos dados do Genoma Café foram encontrados...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Expansina; Desenvolvimento de fruto; Maturação de fruto; Genoma café.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/905651
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Functional characterization of five coffee homeobox genes involved in drought stress responses. Repositório Alice
CRUZ, F. P.; ARONGAUS, A. B.; ROMANO, E.; ALMEIDA, J.; CARVALHO, A.; VASLIN, M. F. S.; ALVES-FERREIRA, M..
bitstream/item/200805/1/cruz-XXXV-Reuniao-Anual-da-SBBq.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187551
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Identificação de genes das famílias protéicas CBL e CIPK a partir de análises in silico da base de dados do genoma café. Repositório Alice
CARMO, J. R.; SALES, R. M. O. B.; SILVA, F. R.; ANDRADE, A. C..
2006
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Biologia molecular; Base de dados; Genoma café.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/188552
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Localização de marcador molecular derivado de EST potencialmente associado ao domínio LRR em mapa genético de Coffea arabica. Repositório Alice
ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; MACIEL, B. H.; ZAMBOLIM, E. M.; XAVIER, K. V.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). O banco de dados foi minerado por meio de análise in silico e 12009 seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas. A partir dessas seqüências foram desenhados 40 oligonucleotídeos, iniciadores específicos para amplificar seqüências do DNA genômico do cafeeiro. As condições de reação e amplificação dos iniciadores sintetizados foram ajustadas. Vinte e nove iniciadores amplificaram fragmentos de aproximadamente 400 pb, exibindo bandas únicas e bem definidas, e apenas um deles foi polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. O iniciador CARF 005 amplificou um fragmento nos 154 indivíduos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genoma café; Coffea; Oligonucleotídeos iniciadores específicos.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906349
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Obtenção de marcador molecular potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro à ferrugem. Repositório Alice
MACIEL, B. H.; CAIXETA, E. T.; ANDRADE, F. T.; ALVARENGA, S. M.; ZAMBOLIM, E. M.; SAKIYAMA, N. S..
O Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC) gerou um banco de dados contendo mais de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). Em trabalho preliminar, o banco foi minerado por meio de análise in silico e identificaram-se várias seqüências potencialmente associadas à resistência do cafeeiro a patógenos. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados oligonucleotídeos iniciadores (primers) que amplificaram as seqüências mineradas. Noventa pares de oligonucleotídeos iniciadores específicos foram desenhados utilizando o programa computacional Primer3. A estabilidade dos oligonucleotídeos foi verificada por meio do programa PrimerSelect®. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Coffea; ESTs; Genoma café.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906359
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Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST. Repositório Alice
GUERRA, R. L.; ALVARENGA, S. M.; CAIXETA, E. T.; GOULART, C. de C..
Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Programação Script; Genoma café; ESTs.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/904264
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