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Ajuste de ondas genômicas no sinal de intensidade de dados de genotipagem para a identificação de CNVs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. P.; GONÇALVES, A. R.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F..
O presente trabalho teve como objetivo avaliar uma metodologia de ajuste da intensidade do sinal para ondas genômicas, na identificação de CNVs em bovinos da raça Canchim, genotipados com um chip de SNPs de alta densidade.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Polimorfismo de nucleotídeo único; Variações no número de cópias; Copy number variation; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/975703
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Allelic database and accession divergence of a Brazilian mango collection based on microsatellite markers. Repositório Alice
RIBEIRO, I. C. N. dos S.; LIMA NETO, F. P.; SANTOS, C. A. F..
Allelic patterns and genetic distances were examined in a collection of 103 foreign and Brazilian mango (Mangifera indica) accessions in order to develop a reference database to support cultivar protection and breeding programs. An UPGMA dendrogram was generated using Jaccard coefficients from a distance matrix based on 50 alleles of 12 microsatellite loci. The base pair number was estimated by the method of inverse mobility. The cophenetic correlation was 0.8. The accessions had a coefficient of similarity of from 30 to 100%, which reflects high genetic variability. Three groups were observed in the UPGMA dendrogram; the first group was formed predominantly by foreign accessions, the second group was formed by Brazilian accessions, and the Dashehari...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Mangifera indica; Genotipagem; Manga.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/942952
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Análises preliminares de controle de qualidade em um banco de dados de SNP genotipados em alta densidade para futuros estudos de assinaturas de seleção em bovinos da raça Canchim. Repositório Alice
URBINATI, I.; MOKRY, F. B.; MUNARI, D. P.; HIGA, R. H..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Banco de dados; Polimorfismo de nucleotídeo único; Gado de corte; Genotipagem; Databases; Single nucleotide polymorphism; Beef cattle.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/981977
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Aplicabilidade da técnica PCR-RAPD para a determinação do perfil genotipico de variedades de romã (Punica granatum). Repositório Alice
OLIVEIRA, E. M. M.; LIMA, I. S. de.; CARNEIRO, B. T.; NOGUEIRA, R. I.; FREITAS-SILVA, O..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Romã; Genotipagem; RAPD.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935878
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Aprimoramento de protocolos de extração de DNA de sangue armazenado em cartões FTA. Repositório Alice
SILVA, N. M. A.; ARAÚJO, R. O. de; LACERDA, T. S.; GULIAS-GOMES, C. C.; CARDOSO, F. F.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/942403
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avanços no programa de melhoramento genético de batata da embrapa na fenotipagem para os estresses abióticos. Repositório Alice
CASTRO, C. M.; PEREIRA, A. da S.; REISSER JUNIOR, C.; BRITO, G. G. de; ROHR, A.; KNEIB, R.; PINHEIRO, N. L..
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Solanum tuberosum; Tolerância à seca; Tolerância ao calor; Mapeamento associativo; Genotipagem.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1051496
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Biopsia Embrionária Manual. Infoteca-e
CAMARGO, L. S. de A.; QUINTAO, C. C. R.; FREITAS, C. de; OLIVEIRA, C. S..
Este documento mostra um protocolo otimizado para biópsia manual, sem auxílio de micromanipuladores, em embriões fertilizados in vitro em estádio de blastocisto. Com a utilização deste protocolo obteve-se taxa de gestação e de nascimentos semelhantes à de embriões não biopsiados, demonstrando a viabilidade da biópsia embrionária em nossas condições experimentais e a possibilidade de sua aplicação em um sistema comercial, sugerindo seu uso para genotipagem objetivando a SGE (seleção genômica embrionária).
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Genotipagem; Seleção genômica embrionária; SGE; Protocolo; Melhoramento Genético Animal.
Ano: 2018 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1101180
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A.; REDE BIFEQUALI.
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; REHH; Snps.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/943057
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Caracterização de haplótipos e identificação de assinaturas de seleção em bovinos da raça Nelore. Repositório Alice
SOMAVILLA, A. L.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; ALENCAR, M. M. de; REGITANO, L. C. de A..
A identificação de regiões do genoma que controlam características de interesse econômico e que estejam sob seleção é possível por conta da disponibilidade da genotipagem em plataformas de altas densidades de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs). A busca por assinaturas de seleção avalia, principalmente, altas e não usuais frequências alélicas dos loci adjacentes às mutações favoráveis. Com o objetivo de detectar evidências de assinaturas de seleção recente no genoma de bovinos da raça Nelore, foram genotipados 796 indivíduos com o chip Illumina BovineHD BeadChip, que possui mais de 777 mil SNPs e, posteriormente, inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos blocos de desequilíbrio de ligação (haplótipos). A detecção de assinaturas de...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bos indicus; Desequilíbrio de ligação; Genotipagem; Zebu; Genotype; Single nucleotide polymorphism; Linkage disequilibrium.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/946719
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Caracterização molecular de fungos filamentosos da coleção de micro-organismos de interesse da indústria de alimentos. Repositório Alice
SILVA, J. P. L. da; VIANA, L. de A. N.; SOUZA, E. F. de; LIMA, I. S. de; FRAGA, M. E.; OLIVEIRA, E. M. M..
2012
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Identificação; Genotipagem; Potencial aflatoxigênico.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935928
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Construção de um pipeline para identificação e análise de CNVs utilizando dados de chips de genotipagem de SNPs. Repositório Alice
PEREIRA, F. C. de P.; GIACHETTO, P. F..
O objetivo desse estudo foi construir um pipeline de bioinformática para a identificação e análise de CNVs a partir dos dados gerados pelos chips de genotipagem de SNPs da plataforma Illumina, o qual tem sido largamente utilizado na genotipagem de rebanhos bovinos da Embrapa.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de base única; Genotipagem; Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/954566
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Desenvolvimento de ferramenta molecular para a análise e certificação racial de bovinos da raça Pantaneira. Repositório Alice
GODOY, A. P. de J.; LIMA, T. P. C.; JULIANO, R. S.; OLIVEIRA, M. V. M.; EGITO, A. A. do.
2016
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Bovino; Raça; Dna; Genetica animal.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1066866
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Desenvolvimento e validação do chip de genotipagem 26K Axiom® SNP array em Coffea canephora. Repositório Alice
CARNEIRO, F. de A.; MARRACCINI, P.; SILVA JUNIOR, O. B. da; GRATTAPAGLIA, D.; ANDRADE, A. C..
A produção mundial de café é altamente afetada pelas mudanças climáticas, consequentemente, obter plantas adaptadas a este cenário de clima alterado torna-se muito importante. Com os recentes avanços na genômica do cafeeiro, como o sequenciamento do genoma de C. canephora, o objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar o chip de genotipagem de DNA para C. canephora (26K Axiom SNP array), visando uma plataforma de genotipagem confiável e de alto rendimento, a ser utilizada nos programas de melhoramento da espécie. A construção do chip foi feita utilizando-se dados gerados a partir do resequenciamento genômico de pools formados por indivíduos dos diferentes grupos de diversidade encontrados na espécie e por indivíduos de C. canephora Conilon,...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; SNP array; Coffea canephora; DNA; Gene; Melhoramento genético; Genoma.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1084718
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Divergência genética entre genótipos de tucumã-do-pará (Astrocaryum vulgare Mart.) desejáveis para frutos por meio de marcadores moleculares. Repositório Alice
OLIVEIRA, N. P. de; OLIVEIRA, M. do S. P. de; MOURA, E. F..
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Palmeira; Amazônia; Genotipagem; RAPD.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/880777
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Diversity panel of the caprine TMEM154 gene and its relation to the susceptibility to caprine lentivirus. Repositório Alice
SIDER, L. H.; PINHEIRO, R. R.; ANDRIOLI, A.; FACO, O.; SILVA, K. de M.; MONTEIRO, J. P.; SHIOTSUKI, L.; SANTIAGO, L. B..
2012
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Brasil; Caprino; Virus; Lentivirus; Genética animal; Artrite encefalite caprina; Genotipagem; Goats; CAE; Caprine arthitis-encephalitis; Genotyping..
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/935108
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Genetic variability of Brazilian rice landraces determined by SSR markers. Repositório Alice
BORBA, T. C. de O.; MENDES, C. dos A.; GUIMARÃES, E. P.; BRUNES, T. O.; FONSECA, J. R.; BRONDANI, R. V.; BRONDANI, C..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a variabilidade genética de variedades locais de arroz (Oryza sativa), coletadas em pequenas propriedades rurais. Doze marcadores microssatélites (SSR) caracterizaram 417 variedades locais, coletadas em 1986, 1987 e 2003, no Estado de Goiás. O número de variedades locais com tipo de grão longo e fino aumentou no intervalo de tempo avaliado, provavelmente em razão da demanda de mercado. Conforme os dados moleculares, houve aumento na variabilidade genética e, por meio da análise fatorial de correspondência, observou-se que a maior parte dos acessos foi agrupada de acordo com o ano de coleta. A incorporação de cultivares modernas de arroz às áreas de cultivo das variedades locais e a seleção realizada pelos pequenos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade genética; Microsatélite; Genotipagem; Arroz; Oryza sativa; Melhoramento; Genótipo; Rice; Microsatellite repeats; Genetic resources; Genotype.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/428289
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Genome-wide copy number variation (CNV) detection in Nelore cattle reveals highly frequent variants in genome regions harboring QTLs affecting production traits. Repositório Alice
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R..
Background: Copy number variations (CNVs) have been shown to account for substantial portions of observed genomic variation and have been associated with qualitative and quantitative traits and the onset of disease in a number of species. Information from high-resolution studies to detect, characterize and estimate population-specific variant frequencies will facilitate the incorporation of CNVs in genomic studies to identify genes affecting traits of importance. Results: Genome-wide CNVs were detected in high-density single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping data from 1,717 Nelore (Bos indicus) cattle, and in NGS data from eight key ancestral bulls. A total of 68,007 and 12,786 distinct CNVs were observed, respectively. Cross-comparisons of results...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único; Genotipagem; Copy number variations; SNP genotyping; Gado de corte; Bioinformatics; Beef cattle; Single nucleotide polymorphism; High-throughput nucleotide sequencing; Genotyping.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1047683
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Genomic prediction applied to high-biomass sorghum for bioenergy production. Repositório Alice
OLIVEIRA, A. A. de; PASTINA, M. M.; SOUZA, V. F. de; PARRELLA, R. A. da C.; NODA, R. W.; SIMEONE, M. L. F.; SCHAFFERT, R. E.; MAGALHAES, J. V. de; DAMASCENO, C. M. B.; MARGARIDO, G. R. A..
The increasing cost of energy and finite oil and gas reserves have created a need to develop alternative fuels from renewable sources. Due to its abiotic stress tolerance and annual cultivation, high-biomass sorghum (Sorghum bicolor L. Moench) shows potential as a bioenergy crop. Genomic selection is a useful tool for accelerating genetic gains and could restructure plant breeding programs by enabling early selection and reducing breeding cycle duration. This work aimed at predicting breeding values via genomic selection models for 200 sorghum genotypes comprising landrace accessions and breeding lines from biomass and saccharine groups. These genotypes were divided into two sub-panels, according to breeding purpose. We evaluated the following phenotypic...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Bioenergia; Biomassa.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1096210
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Genomic predictions for economically important traits in Brazilian Braford and Hereford beef cattle using true and imputed genotypes. Repositório Alice
PICCOLI, M. L.; BRITO, L. F.; BRACCINI, J.; CARDOSO, F. F.; SARGOLZAEI, M.; SCHENKEL, F. S..
Genomic selection (GS) has played an important role in cattle breeding programs. However, genotyping prices are still a challenge for implementation of GS in beef cattle and there is still a lack of information about the use of low-density Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) chip panels for genomic predictions in breeds such as Brazilian Braford and Hereford. Therefore, this study investigated the effect of using imputed genotypes in the accuracy of genomic predictions for twenty economically important traits in Brazilian Braford and Hereford beef cattle. Various scenarios composed by different percentages of animals with imputed genotypes and different sizes of the training population were compared.
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Gado de corte; Seleção genótipa.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1073847
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Genomic selection methods applied to high biomass sorghum for the production of second generation ethanol. Repositório Alice
OLIVEIRA, A. A.; PASTINA, M. M.; SOUZA, V. F.; PARRELLA, R. A. C.; NODA, R. W.; MAGALHAES, J. V.; SCHAFFERT, R. E.; DAMASCENO, C. M. B.; MARGARIDO, G. R. A..
2015
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Genotipagem; Bioenergia; Etanol.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1028788
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