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水稻抗白葉枯病基因表現蛋白質之多白胺酸重復(LRR)的分布及胺基酸組成 Taiwan Agricultural Research Institute
林奕承; 呂椿棠; 魏夢麗; 呂秀英; Yi-Chen Lin; Chun-Tang Lu; Meng-Li Wei; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]目前已知多白胺酸重複 (leucine-rich repeat, LRR) 為生物體抗病基因蛋白質序列 上的特有序列,因此本研究針對水稻所有已定序之Xa基因,自NCBI (National Center for Biotechnology Information) 及KOME (Knowledge-based Oryza Molecular Biological Encyclopedia) 公共資料庫內擷取出它們已知的CDS (coding domain sequence) 與全 長cDNA 序列,將其轉譯的蛋白質序列利用Pfam 蛋白質家族資料庫尋找出各LRR 片段,發現僅在Xa1、Xa21 及Xa26 基因之表現蛋白質結構中發現LRR 存在。進而 利用生物資訊與統計方法,進行不同Xa 基因蛋白質之LRR 序列的分布及胺基酸組成 之比較分析。結果顯示,Xa1 之LRR 在蛋白質序列中鬆散分布於NB-ARC (nucleotidebinding adaptor shared by APAF-1, R proteins, and CED-4) 區域序列之後,而Xa21 及 Xa26 之LRR 則密集分布在NB-ARC 或P-kinase (protein-kinase) 區域序列之前。Xa1 的蛋白質序列中靠近NB-ARC 區域序列的前一、二個LRR 似乎較遠離其他LRR,但 Xa21 和Xa26 的蛋白質之LRR 區域結構並未有如此現象。三個Xa 基因表現蛋白質之 LRR 序列的胺基酸組成皆以親水性胺基酸為最多且其中以白胺酸 (leucine) 出現頻 率最高,其次為不帶電荷之絲胺酸 (serine)。Xa1 蛋白質之LRR 在某些胺基酸的出現 頻率相異於Xa21...
Palavras-chave: 水稻 Xa基因 白葉枯病 多白胺酸重複 胺基酸組成及屬性 Rice; Xa genes; Bacterial blight; Xanthomonas oryzae pv. oryzae; Leucine-rich repeat; Amino acids [[classification]]6.
Ano: 2009
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