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Character process model for semen volume in AI rams : evaluation of correlation structures for long and short-term environmental effects Inra
David, I.; Bodin, L.; Lagriffoul, G.; Manfredi, E.; Robert-Granié, C..
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Serial correlation; Longitudinal data; Semen; Sheep.
Ano: 2007 URL: http://www.prodinra.inra.fr/prodinra/pinra/doc.xsp?id=PROD2007b5c10c71&uri=/notices/prodinra1/2009/12/
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Genetic parameters of test-day milk yield in Guzerá cattle under tropical conditions. Repositório Alice
CRUZ, D. A. C.; PEIXOTO, M. G. C. D.; BRUNELI, F. A. T.; BIGNARDI, A. B.; FARO, L. E..
2015
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Lactation curve; Legendre polynomial; Longitudinal data.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1035297
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Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F..
Genome association analyses have been successful in identifying quantitative trait loci (QTLs) for pig body weights measured at a single age. However, when considering the whole weight trajectories over time in the context of genome association analyses, it is important to look at the markers that affect growth curve parameters. The easiest way to consider them is via the two-step method, in which the growth curve parameters and marker effects are estimated separately, thereby resulting in a reduction of the statistical power and the precision of estimates. One efficient solution is to adopt nonlinear mixed models (NMM), which enables a joint modeling of the individual growth curves and marker effects. Our aim was to propose a genome association analysis...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1069719
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Genome association study through nonlinear mixed models revealed new candidate genes for pig growth curves. Repositório Alice
SILVA, F. F. e; ZAMBRANO, M. F. B.; VARONA, L.; GLÓRIA, L. S.; LOPES, P. S.; SILVA, M. V. G. B.; ARBEX, W. A.; LÁZARO, S. F.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, E. F..
2017
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: SNP markers; Body weight; Longitudinal data.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1072227
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Improved generalized estimating equation analysis via xtqls for quasi–least squares in Stata AgEcon
Shults, Justine; Ratcliffe, Sarah J.; Leonard, Mary.
Quasi–least squares (QLS) is an alternative method for estimating the correlation parameters within the framework of the generalized estimating equation (GEE) approach for analyzing correlated cross-sectional and longitudinal data. This article summarizes the development of QLS that occurred in several reports and describes its use with the user-written program xtqls in Stata. Also, it demonstrates the following advantages of QLS: (1) QLS allows some correlation structures that have not yet been implemented in the framework of GEE, (2) QLS can be applied as an alternative to GEE if the GEE estimate is infeasible, and (3) QLS uses the same estimating equation for estimation of Β as GEE; as a result, QLS can involve programs already available for GEE. In...
Tipo: Article Palavras-chave: Xtqls; Correlated data; Clustered data; Longitudinal data; Generalized estimating equations; Quasi–least squares; Research Methods/ Statistical Methods.
Ano: 2007 URL: http://purl.umn.edu/119265
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Seleção genômica ampla para curvas de crescimento. Repositório Alice
SILVA, F. F.; ROCHA, G. S.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; PETERNELLI, L. A.; DUARTE, D. A. S.; AZEVEDO, C..
Foi proposta uma metodologia para avaliação genética de curvas de crescimento considerando-se informações de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms). Em um primeiro passo foram ajustados modelos de crescimento não lineares (logístico) aos dados de peso-idade de cada animal, e em um segundo passo as estimativas dos parâmetros de tais modelos foram consideradas como fenótipos em um modelo de regressão (LASSO Bayesiano ? BL) cujas covariáveis foram os genótipos dos marcadores SNPs. Este enfoque possibilitou estimar os valores genéticos genômicos (GBV) para peso em qualquer tempo da trajetória de crescimento, refletindo na confecção de curvas de crescimento genômicas, as quais permitiram a identificação de grupos de indivíduos geneticamente...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Melhoramento genético; SNP; Dados longitudinais; LASSO bayesiano; Longitudinal data; Bayesian LASSO.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/974473
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Sequence analysis with Stata AgEcon
Brzinsky-Fay, Christian; Kohler, Ulrich; Luniak, Magdalena.
We describe a general strategy to analyze sequence data and introduce SQ-Ados, a bundle of Stata programs implementing the proposed strategy. The programs include several tools for describing and visualizing sequences as well as a Mata library to perform optimal matching using the Needleman–Wunsch algorithm. With these programs Stata becomes the first statistical package to offer a complete set of tools for sequence analysis.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Sqclusterdat; Sqclustermat; Sqdes; Sqindexplot; Sqom; Sqparcoord; Sqset; Sqstatlist; Sqstatsum; Sqstattab1; Sqstattab2; Sqstattabsum; Sqtab; Sequence analysis; Optimal matching; Cluster analysis; Panel data; Longitudinal data; Explorative data analysis; Sequence index plot; Research Methods/ Statistical Methods.
Ano: 2006 URL: http://purl.umn.edu/118169
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What Does Initial Farm Size Imply About Growth and Diversification? AgEcon
Melhim, Almuhanad; O'Donoghue, Erik J.; Shumway, C. Richard.
Recent consolidation in agriculture has shifted production toward fewer but larger farms, reshaping business relationships between farmers, processors, input suppliers, and local communities. We analyze growth and diversification of U.S. corn, wheat, apple, and beef farms by examining longitudinal changes in 10 size cohorts through three successive censuses. We fail to reject Gibrat’s law in apple and wheat industries and the mean reversion hypothesis in beef and corn industries. Apple and wheat farms diversify over time. The findings suggest that scale economies diminish for large farms across all four industries and scope economies dominate scale economies for large apple and wheat farms.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Diversification; Firm growth; Gibrat’s law; Longitudinal data; Scale economies; Scope economies; Agribusiness; Farm Management; Production Economics; Q12.
Ano: 2009 URL: http://purl.umn.edu/48757
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