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Análises de restrição do DNA Ribossomal Amplificado (ARDRA) em estudos de diversidade intra-específica de Azospirillum amazonense isolado de diferentes espécies de brachiaria. Infoteca-e
REIS JÚNIOR, F. B. dos; TEIXEIRA, K. R. dos S.; REIS, V. M..
ABSTRACT: The limitation of nitrogen is considered one of the most important factors for the Brazilian pastures degradation. However there are evidences that pastures formed by some species of Brachiaria could be benefited by the biological nitrogen fixation (BNF) guaranteeing a higer longevity to these pastures. Previus studies showed that the diazotrophic bacteria found inassociation with Brachiaria were mainly from the Azospirillum amazonense specie. Since associations between these microorganisms and plants are generally conditioned by the vegetation, it is possible that different Brachiaria genotypes can exercise a selective effect on the Azospirillum populations. The aim of this work was to study the intra-specific diversity of A. amazonense isolates...
Tipo: Documentos (INFOTECA-E) Palavras-chave: Microbiologia do solo; Fixação de nitrogênio; Capim brachiaria; Gramínea forrageira; Bactéria; Azospirillum amazonense; Soil; Microbiology; Nitrogen fixation; Feed grasses; Diazotropic bacteria; Microbial ecology; Pastures.
Ano: 2004 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/569406
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Analysis of the rhizosphere microbial communities of common beans resistant and susceptible to Fusarium oxysporum. Repositório Alice
MENDES, L. W.; MENDES, R.; TSAI, S. M..
The rhizosphere is the narrow zone of soil around the living plant roots that is influenced by the activity of the plants. Many beneficial microorganisms in the rhizosphere provide plants with mineral nutrients, phytohormones, and also help to protect the plant against soil-borne pathogens. Microbiological studies are addressed to understand how rhizosphere microorganisms are recruited from soil and either benefit or harm plant growth, nutrition and health. Here, we aimed to identify potential microbial groups and functional traits correlated to the suppression of the soil borne pathogen Fusarium oxysporum, the causal agent of Fusarium wilt on common beans. We used shotgun metagenomics to investigate the rhizosphere microbiome of two common bean cultivars...
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Microbial ecology; Microbiome; Shotgun metagenomics; Soil born pathogen; Feijão; Fusarium oxysporum.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1036665
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Archaea diversity in vegetation gradients from the Brazilian Cerrado BJM
Araujo,Ademir Sergio Ferreira de; Mendes,Lucas Wiliam; Bezerra,Walderly Melgaço; Nunes,Luis Alfredo Pinheiro Leal; Lyra,Maria do Carmo Catanho Pereira de; Figueiredo,Marcia do Vale Barreto; Melo,Vania Maria Maciel.
Abstract We used 16S rRNA sequencing to assess the archaeal communities across a gradient of Cerrado. The archaeal communities differed across the gradient. Crenarcheota was the most abundant phyla, with Nitrosphaerales and NRPJ as the predominant classes. Euryachaeota was also found across the Cerrado gradient, including the classes Metanocellales and Methanomassiliicoccaceae.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/other Palavras-chave: Microbial ecology; Soil microbiology; 16S rRNA; Tropical soils.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822018000300522
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Atividade enzimática e perfil da comunidade bacteriana em solo submetido à solarização e biofumigação. Repositório Alice
PASSOS, S.R.; REIS JUNIOR, F.B. dos; RUMJANEK, N.G.; MENDES, I. de C.; BAPTISTA, M.J.; XAVIER, G.R..
O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da solarização e da biofumigação sobre a comunidade microbiana do solo, por meio da atividade da enzima beta-glicosidase e do perfil do 16S rDNA, determinado com PCR-DGGE. A solarização do solo, com cobertura de plástico, foi feita por períodos de dois, quatro e seis meses, e a biofumigação foi realizada pela incorporação de 2 e 5% (v/v) de cama-de-frango ao solo. Logo após a retirada da cobertura de plástico e aos 30 dias após a remoção, a atividade da beta-glicosidase foi menor em relação ao tratamento não solarizado. Aos 60 dias, não foram mais observadas diferenças entre os tratamentos. A adição de cama-de-frango a 5% estimulou a atividade da beta-glicosidase. O perfil da estrutura da comunidade bacteriana...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Beta-glicosidase; Cama-de-frango; Diversidade microbiana; Ecologia microbiana; Manejo do solo; 16S rDNA; Chicken litter; Microbial diversity; Microbial ecology; Soil management.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/122109
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Atividade enzimática e perfil da comunidade bacteriana em solos submetido à solarização e biofumigação. Repositório Alice
PASSOS, S. R.; REIS JÚNIOR, F. B. dos; RUMJANEK, N. G.; MENDES, I. de C.; BAPTISTA, M. J.; XAVIER, G. R..
O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito da solarização e da biofumigação sobre a comunidade microbiana do solo, por meio da atividade da enzima beta-glicosidase e do perfil do 16S rDNA, determinado com PCR-DGGE. A solarização do solo, com cobertura de plástico, foi feita por períodos de dois, quatro e seis meses, e a biofumigação foi realizada pela incorporação de 2 e 5% (v/v) de cama-de-frango ao solo. Logo após a retirada da cobertura de plástico e aos 30 dias após a remoção, a atividade da beta-glicosidase foi menor em relação ao tratamento não solarizado. Aos 60 dias, não foram mais observadas diferenças entre os tratamentos. A adição de cama-de-frango a 5% estimulou a atividade da beta-glicosidase. O perfil da estrutura da comunidade bacteriana...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Solarização; Beta-glicosidase; Cama-de-frango; Diversidade microbiana; Ecologia microbiana; Manejo do solo; Solarization; Beta-glucosidase; Chicken litter; Microbial diversity; Microbial ecology; Soil management.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/630059
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Autochthonous yeast population from different brazilian geographic indications. Repositório Alice
SILVA, G. A. da; AGUSTINI, B. C.; MELLO, L. M. R. de; TONIETTO, J..
Yeasts are versatile microorganisms which show heterogeneity in their abilities of aromaticmolecules formation.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Yeasts; Microorganisms; Microbial ecology.
Ano: 2016 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1113035
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Bacterial community associated with traps of the carnivorous plants Utricularia hydrocarpa and Genlisea filiformis Repositório Alice
CARAVIERI, F. A.; FERREIRA, A. J.; FERREIRA, A.; CLIVATI, D.; MIRANDA, V. F. O. de; ARAÚJO, W. L..
The species of bacteria associated with the traps of the carnivorous plants Utricularia hydrocarpa Vahl and Genlisea filiformis A. St.-Hil. were identified by analysing 16S rRNA gene libraries. We observed larger bacterial diversity inside the traps of U. hydrocarpa than in G. filiformis. The Clostridium genus (Firmicutes) was the dominant group in G. filiformis, while Aeromonas (γ-Proteobacteria) and Acidobacterium (Acidobacteria) were the dominant genera in U. hydrocarpa. In general, the microbial community observed in these carnivorous plants was composed of Firmicutes (46.8%), Proteobacteria (33.9%), Acidobacteria (9.3%), Actinobacteria (4.4%), Bacteroidetes (0.8%), Chloroflexi (0.4%), Gemmatimonadetes (0.4%), Cyanobacteria (0.4%), Chlamydiae...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Microbiologia; Microbial ecology.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1003311
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Bacterias diazotroficas em mudas de bananeira. Repositório Alice
WEBER, O.B.; BALDANI, J.I.; DOBEREINER, J..
Este trabalho objetivou selecionar bacterias diazotroficas isoladas de bananeira (Musa spp.) e avaliar sua influencia no crescimento de mudas micropropagadas. Bacterias do tipo Herbaspirillum e relacionadas a Burkholderia cepacia foram inoculadas em plantulas de banana cv. Prata Ana e cv. Caipira. As bananeiras cv. Prata Ana, cultivadas in vitro com substrato pobre em N, apresentaram maior crescimento na presença de bacterias do tipo Herbaspirillum, ao passo que as bananeiras cv. Caipira cresceram melhor com o inoculo contendo bacterias do genero Burkholderia. Em casa de vegetacao, as bananeiras cv. Caipira crescidas em sacolas de plastico contendo areia e vermiculita (1:2), suplementada com a solucao de Hoagland contendo 5 mg L-1 de N, apresentaram maior...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Micropropagacao; Ecologia microbiana; Micropropagation; Microbial ecology.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/103593
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Capacidade de solubilização de fosfatos e eficiência simbiótica de rizóbios isolados de solos da Amazônia - DOI: 10.4025/actasciagron.v32i2.3185 Agronomy
Chagas Junior, Aloisio Freitas; Universidade Federal do Tocantins; Oliveira, Luiz Antonio de; Intituto Nacional de Pesquisas da Amazônia; Oliveira, Arlem Nascimento de; Universidade Federal do Amazonas, Manaus; Willerding, André Luiz; Centro de Biotecnologia da Amazônia.
Em solos com baixa disponibilidade de fósforo, como os de terra firme da Amazônia, a habilidade de estirpes de rizóbio de solubilizar compostos de fosfato inorgânico é extremamente importante. Assim, o objetivo deste trabalho foi determinar a capacidade de solubilização de fosfato de cálcio (P-Ca) e fosfato de alumínio (P-Al) de isolados de rizóbio de solos na Amazônia em laboratório e a eficiência simbiótica dos isolados em aumentar os conteúdos de N e P em caupi. Os isolados de rizóbio foram avaliados em meios específicos para solubilização desses fosfatos por um período de 15 dias, obtendo-se os seus índices de solubilização (I.S.). Dos 205 isolados avaliados, 68 solubilizaram P-Ca, 47 solubilizaram P-Al e 32 solubilizaram tanto P–Ca quanto P–Al. Entre...
Palavras-chave: 5.01.02.04-4 Fósforo; Amazônia; Ecologia microbiana Microbiologia e bioquímica do solo Phosphorus; Amazon; Microbial ecology.
Ano: 2010 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciAgron/article/view/3185
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Critical notes on microbiological risk assessment of food BJM
Reij,Martine W.; van Schothorst,Michiel.
Although numerous papers on Microbiological Risk Assessment (MRA) of food products have been published, a number of issues related to it remain unresolved. This paper explains the role of Microbiological Risk Assessment in the context of Risk Analysis as outlined by Codex Alimentarius. It reviews some representative work in the area, with particular emphasis on the objectives, outputs and conclusions of the studies, and on how researchers propose using the resulting Risk Estimate for decision making. Several problems and sources of confusion concerning MRA are identified, such as terminology, the application of Risk Estimates to establish Food Safety Objectives and microbiological criteria for foods, lack of data, and the difference between Risk Assessment...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Risk assessment; Food microbiology; Microbial ecology; Codex Alimentarius.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822000000100002
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Cultivated bacterial diversity associated with the carnivorous plant Utricularia breviscapa (Lentibulariaceae) from floodplains in Brazil BJM
Lima,Felipe Rezende; Ferreira,Almir José; Menezes,Cristine Gobbo; Miranda,Vitor Fernandes Oliveira; Dourado,Manuella Nóbrega; Araújo,Welington Luiz.
ABSTRACT Carnivorous plant species, such as Utricularia spp., capture and digest prey. This digestion can occur through the secretion of plant digestive enzymes and/or by bacterial digestive enzymes. To comprehend the physiological mechanisms of carnivorous plants, it is essential to understand the microbial diversity related to these plants. Therefore, in the present study, we isolated and classified bacteria from different organs of Utricularia breviscapa (stolons and utricles) and from different geographic locations (São Paulo and Mato Grosso). We were able to build the first bacterium collection for U. breviscapa and study the diversity of cultivable bacteria. The results show that U. breviscapa bacterial diversity varied according to the geographic...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Utricularia breviscapa; Microbial ecology; Aquatic microbiota; Microbial communities.
Ano: 2018 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1517-83822018000400714
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Cyanobacterial populations that build 'kopara' microbial mats in Rangiroa, Tuamotu Archipelago, French Polynesia ArchiMer
Richert, Laurent; Golubic, Stjepko; Le Guedes, Roland; Herve, Annie; Payr, Claude.
Cyanobacterial populations, the primary producers and builders of 'kopara' microbial mats were studied in four selected ponds along the rim of the Rangiroa Atoll, French Polynesia using a polyphasic approach. Seven isolates were maintained in uni-cyanobacterial cultures, characterized morphotypically and phylogenetically by evaluating sequences of the 16S rRNA gene of about 620 base pairs in length. Cyanobacteria in natural populations were analyzed microscopically, characterized morphotypically, and compared with cultured strains. Three of the isolates were identified in the field samples: Lyngbya aestuarii, Johannesbaptistia pellucida and Chroococcus submarinus were present in the mats only as minor components, whereas the species of Schizothrix that...
Tipo: Text Palavras-chave: 16S rRNA; Polyphasic approach; Phylogeny; Microbial mats; Microbial ecology; Kopara; Diversity; Cyanobacteria; Culture.
Ano: 2006 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2006/publication-2050.PDF
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Dinámica microbiana en el compostaje de cachaza reactivada con gallinaza. Colegio de Postgraduados
Romero Yam, Lourdes Alejandra.
Se estudió la dinámica microbiana y el contenido de nitrógeno mineral y total durante el proceso de compostaje de cachaza reactivada con gallinaza. Se evaluaron cuatro tratamientos con diferentes proporciones de cachaza y gallinaza (10:0, 9:1, 7:3 y 5:5), en contenedores de 68 L durante 87 días. Las variables evaluadas fueron: temperatura, poblaciones de bacterias, hongos, microorganismos ligninolíticos, evolución de CO2, nitrógeno total, amonio y nitratos. La adición de gallinaza a la cachaza almacenada, incrementó las poblaciones de bacterias, hongos y microorganismos ligninolíticos, estos grupos microbianos mostraron poblaciones de 9.9, 5.5 y 6.4 unidades logarítmicas (ULog), respectivamente. El tratamiento 5:5 presentó una disminución en NH+4 –N (de...
Palavras-chave: Ecología microbiana; Lignocelulosa; Biotransformación de cachaza; Compost; Microbial ecology; Lignocellulose; Biotransformation of filter cake; Compost; Maestría; Edafología.
Ano: 2013 URL: http://hdl.handle.net/10521/2093
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Diversidade bacteriana da rizosfera de genótipos de milho contrastantes na eficiência de uso de fósforo. Repositório Alice
OLIVEIRA, C. A. de; MARRIEL, I. E.; GOMES, E. A.; LANA, U. G. de P.; SCOTTI, M. R.; ALVES, V. M. C..
Resumo - O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade funcional e genética de bactérias associadas à rizosfera de genótipos de milho contrastantes quanto à eficiência de uso de fósforo, por meio do teste de fontes de carbono no sistema EcoPlate e da eletroforese em gel de gradiente desnaturante (DGGE) dos fragmentos amplificados dos genes 16S ribossomais (rDNA) das bactérias. Foram coletadas amostras de solo da rizosfera de linhagens e híbridos contrastantes quanto à eficiência de uso de fósforo, cultivados em Latossolo Vermelho-Escuro fase cerrado, com baixo e alto teor de P. Bactérias da rizosfera de híbridos e linhagens eficientes, sob estresse de P, analisadas pelo sistema EcoPlate, tenderam a se agrupar conforme a análise de componentes...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Deficiência de fósforo; PCR-DGGE; Sistema EcoPlate; Zea mays; Microbial ecology.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/662024
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EDENetworks: A user-friendly software to build and analyse networks in biogeography, ecology and population genetics ArchiMer
Kivela, Mikko; Arnaud-haond, Sophie; Saramaki, Jari.
The recent application of graph-based network theory analysis to biogeography, community ecology and population genetics has created a need for user-friendly software, which would allow a wider accessibility to and adaptation of these methods. EDENetworks aims to fill this void by providing an easy-to-use interface for the whole analysis pipeline of ecological and evolutionary networks starting from matrices of species distributions, genotypes, bacterial OTUs or populations characterized genetically. The user can choose between several different ecological distance metrics, such as Bray-Curtis or Sorensen distance, or population genetic metrics such as FST or Goldstein distances, to turn the raw data into a distance/dissimilarity matrix. This matrix is...
Tipo: Text Palavras-chave: Biogeography; Biological communities; Graph theory; Microbial ecology; Network analysis; Population genetics.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00197/30853/29217.pdf
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Efeito da reinoculacao na soja [Glycine max (L.) Merrill] em um solo com populacao estabelecida de Bradyrhizobium com as extirpes SEMIA 566, 586, 587, 5019, 5079 e 5080. Repositório Alice
NISHI, C.Y.M.; HUNGRIA, M..
Foram conduzidos tres experimentos em um Latossolo Roxo, no Estado do Parana, com populacao de Bradyrhizobium estabelecida (2,21x105 celulas/g de solo, para verificar os efeitos da reinoculacao na soja [Glycine max (L.) Merrill] na fixacao biologica do N2 e na produtividade. Todas as seis estirpes testadas, duas da especie B. japonicum e quatro da especie B. elkanii, foram capazes de se estabelecer na rizosfera, aumentando a porcentagem de ocupacao dos nodulos. Na safra de 92/93 foram obtidos, pela inoculacao, incrementos na produtividade da soja de ate 420 kg/ha, com 13,5% mais de N total nos graos, em relacao ao controle sem inoculacao e com fertilizacao nitrogenada. Quando o trigo (Triticum aestivum L.) foi plantado como cultura de inverno, nas mesmas...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Soja; Ecologia microbiana; Fertilizante nitrogenado; Fixacao biologica do N2; Metabolismo do N; Nodulacao; Trigo; Triticum aestivum; Bradyrhizobium; Glycine max; Brasil; Parana; Soybean; Microbial ecology; Nitrogen fertilization; Biological fixation N2; Nitrogen metabolism; Nodulation; Wheat; Brazil.
Ano: 1996 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/444790
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Electroactive Bacteria Associated With Stainless Steel Ennoblement in Seawater ArchiMer
Trigodet, Florian; Larche, Nicolas; Morrison, Hilary G.; Jebbar, Mohamed; Thierry, Dominique; Maignien, Lois.
Microorganisms can increase the open-circuit potential of stainless steel immersed in seawater of several hundred millivolts in a phenomenon called ennoblement. It raises the chance of corrosion as the open-circuit potential may go over the pitting corrosion potential. Despite the large impact of the ennoblement, no unifying mechanisms have been described as responsible for the phenomenon. Here we show that the strict electrotroph bacterium "Candidatus Tenderia electrophaga" is detected as an ennoblement biomarker and is only present at temperatures at which we observe ennoblement. This bacterium was previously enriched in biocathode systems. Our results suggest that "Candidatus Tenderia electrophaga," and its previously described extracellular electron...
Tipo: Text Palavras-chave: Ennoblement; Electroactive bacteria; Stainless steel; Microbial ecology; 16S rRNA gene.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00482/59371/62144.pdf
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ESTUDOS ECOLÓGICOS DE COMUNIDADES MICROBIANAS TRATANDO GLICEROL EM CONDIÇÕES ANAERÓBIAS PELA APLICAÇÃO DE BIOLOGIA MOLECULAR Repositório Alice
VASCONCELOS, E. A. F. de.
Técnicas de biologia molecular aplicadas em digestão anaeróbia permitem estudar a ecologia microbiana e estrutura de comunidades em biorreatores. O glicerol é um subproduto da transesterificação e pode ser usado para produzir hidrogênio por digestão anaeróbia, portanto, conhecer as interações microbianas permite compreender a relação entre os fatores biológicos, operacionais e funcionais, aperfeiçoando os processos envolvidos e o desempenho do sistema. Esta pesquisa teve como objetivo estudar as variações de diversidade, riqueza e organização funcional da comunidade microbiana, relacionando os parâmetros ecológicos, operacionais, a funcionalidade e a produtividade de reatores anaeróbios. Reatores UASB hidrogênicos foram operados e monitorados, sob aumentos...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: PCR DGGE; Digestão Anaeróbia; Hidrogênio; Microbial ecology; Bioreactors; Hydrogen.
Ano: 2017 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1101766
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Functional diversity of bacterial genes associated with aromatic hydrocarbon degradation in anthropogenic dark earth of Amazonia. Repositório Alice
GERMANO, M. G.; CANNAVAN,F. S.; MENDES, L. W.; LIMA, A. B.; TEIXEIRA, W. G.; PELLIZARI, V. H.; TSAI, S. M..
Resumo ? O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade de genes catabólicos quanto à degradação bacteriana de hidrocarbonetos aromáticos, em solos de terra preta de índio (TPI) e seu biochar (BC). Análises da diversidade funcional em solos TPI podem fornecer dados sobre como os microrganismos adaptativos podem influenciar a fertilidade dos solos e qual é sua participação nos ciclos biogeoquímicos. Para isso, foram construídas bibliotecas que continham o gene que codifica a subunidade alfa de dioxigenases aromáticas (??ARHD gene bacteriano), no total de 800 clones. Estas bibliotecas foram preparadas a partir de amostras de um solo TPI localizado na Estação Experimental do Caldeirão, sob dois diferentes usos da terra ? floresta secundária (SF) e...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Catabolic genes; Genetic diversity; Land use system; Microbial ecology; Tropical soil.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/927700
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Functional diversity of bacterial genes associated with aromatic hydrocarbon degradation in anthropogenic dark earth of Amazonia PAB
Germano,Mariana Gomes; Cannavan,Fabiana de Souza; Mendes,Lucas William; Lima,Amanda Barbosa; Teixeira,Wenceslau Geraldes; Pellizari,Vivian Helena; Tsai,Siu Mui.
The objective of this work was to evaluate the catabolic gene diversity for the bacterial degradation of aromatic hydrocarbons in anthropogenic dark earth of Amazonia (ADE) and their biochar (BC). Functional diversity analyses in ADE soils can provide information on how adaptive microorganisms may influence the fertility of soils and what is their involvement in biogeochemical cycles. For this, clone libraries containing the gene encoding for the alpha subunit of aromatic ring-hydroxylating dioxygenases (α-ARHD bacterial gene) were constructed, totaling 800 clones. These libraries were prepared from samples of an ADE soil under two different land uses, located at the Caldeirão Experimental Station - secondary forest (SF) and agriculture (AG) -, and the...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Catabolic genes; Genetic diversity; Land use systems; Microbial ecology; Tropical soils.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2012000500004
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