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A new species of the Marphysa sanguinea complex from French waters (Bay of Biscay, NE Atlantic) (Annelida, Eunicidae) ArchiMer
Lavesque, Nicolas; Daffe, Guillemine; Bonifacio, Paulo; Hutchings, Pat.
A new species of Eunicidae, Marphysa victori sp. n., has been identified from Arcachon Bay, Bay of Biscay, NE Atlantic. This new species, belonging to the sanguinea complex, is characterised by branchiae with long filaments from chaetigers 26–34, the presence of four types of pectinate chaetae with first ones present from chaetiger 2, a large number of both pectinate chaetae and compound spinigers, and the pygidium with only one pair of pygidial cirri. An identification key for European species of the genus Marphysa is provided.
Tipo: Text Palavras-chave: Bait worms; Eastern Atlantic; France; Marphysa; Molecular; Morphology; Polychaeta; Taxonomy.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00411/52235/52966.pdf
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Caracterizacao molecular de um isolado brasileiro do Maize rayado fino virus. Repositório Alice
MELO, P.R.; OLIVEIRA, E.; RESENDE, R.O..
2000
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Milho; Caracterizacao molecular; PCR; Virus; Doenca; Zea mays; Rayadofino; Maize; Molecular; Characterization; Disease.
Ano: 2000 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/484399
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Caracterização molecular de uma amostra de touros da raça Nelore. Repositório Alice
REGITANO, L. C. de A.; TIZIOTO, P.C.; SIQUEIRA, F.; ROSA, A. do N.; SILVA, L. O. C. D.; JUNIOR, R. A. de A. T.; CERVINI, M.; VERONI, G. B.; IBELLI, A. M. G.; ALENCAR, M. M. de.
2009
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Molecular; Raça Nelore; Touros.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/573396
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Caracterização morfológica e molecular de híbridos interespecíficos de Arachis resistentes a pragas. Repositório Alice
PAULA, A. F.; SANTOS, J. N. Z.; VIGNA, B. B. Z.; FAVERO, A. P..
2014
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pre-melhoramento; Enneothrips flavens; Stegasta bosquella; Caracterização morfológica; Molecular; Hibridos; Arachis.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1001298
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Distâncias genéticas entre acessos de pinhão manso da coleção de trabalho da embrapa clima temperado a partir de dados moleculares e morfológicos. Repositório Alice
OLIVEIRA, R. J. P. de.; VILLELA, J. C. B.; VERÍSSIMO, M. A. A.; SILVA, S. D. dos A. e; EICHOLZ, E. D..
2011
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Distâncias genéticas; Molecular.
Ano: 2011 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/920633
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Estudo da atividade e caracterização bioquímica e molecular de estirpes de Bacillus thuringiensis tóxicas ao bicudo do algodoeiro (Anthonomus grandis Boheman, 1983). Infoteca-e
MARTINS, E. S.; PRAÇA, L. B.; DUMAS, V. F.; SONE, E. H.; WAGA, I. C.; GOMES, A. C. M. M.; FALCÃO, R.; MONNERAT, R. G..
2005
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Gossypium spp; Algodão; Bacillus thuringiensis; Bactéria; Anthonomus grandis Boheman; 1983; Bicudo; Caracterização; Bioquímica; Cotton plant; Bacteria; Biochemistry; Molecular; Characterization.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187038
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Hierarchical analysis of mtDNA variation and the use of mtDNA for isopod (Crustacea: Peracarida: Isopoda) systematics Naturalis
Wetzer, R..
Carefully collected molecular data and rigorous analyses are revolutionizing today’s phylogenetic studies. Although molecular data have been used to estimate various invertebrate phylogenies lor more than a decade, this study is the first survey of different regions of mitochondrial DNA in isopod crustaceans assessing sequence divergence and hence the usefulness of these regions to infer phylogeny at different hierarchical levels. 1 evaluate three loci from the mitochondrial genome (two ribosomal RNAs (12S, 16S) and one protein-coding (COI)) for their appropriateness in inferring isopod phylogeny at the suborder level and below. The patterns are similar for all three loci with the most speciose suborders of isopods also having the most divergent...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Mitochondrial DNA; Isopod; Crustacea; Molecular; 12S rRNA; 16S rRNA; COI.
Ano: 2001 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/534397
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Loimia ramzega sp nov., a new giant species of Terebellidae (Polychaeta) from French waters (Brittany, English Channel) ArchiMer
Lavesque, Nicolas; Bonifacio, Paulo; Londono-mesa, Mario H.; Le Garrec, Vincent; Grall, Jacques.
A new species of Terebellidae, Loimia ramzega sp. nov., has been identified from North Brittany beaches (English Channel). This new species is characterized by its gigantic size (max 650 mm, live), two pairs of lateral lappets on segments 1 and 3; first pair more ventral, second pair more developed and lateral but oblique, with wavy edge. Nine ventral pads from segment 2 (fused on segments 2 and 3), first three pads swollen, next ones subsequently decreasing in size. Three types of notochaetae, asymmetrically bilimbate, symmetrically bilimbate and capillary. Uncini pectinate with 6 teeth (some with 5 teeth) slightly decreasing in size, in one vertical row. Pygidium with about 14 long conical marginal papillae surrounding anus.
Tipo: Text Palavras-chave: Terebellinae; Morphology; Molecular; Taxonomy; DNA COI 16S; North-east Atlantic; France.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00431/54224/55764.pdf
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Marine microbial biodiversity, bioinformatics and biotechnology (M2B3) data reporting and service standards ArchiMer
Ten Hoopen, Petra; Pesant, Stephane; Kottmann, Renzo; Kopf, Anna; Bicak, Mesude; Claus, Simon; Deneudt, Klaas; Borremans, Catherine; Thijsse, Peter; Dekeyzer, Stefanie; Schaap, Dick M. A.; Bowler, Chris; Gloeckner, Frank Oliver; Cochrane, Guy.
Contextual data collected concurrently with molecular samples are critical to the use of metagenomics in the fields of marine biodiversity, bioinformatics and biotechnology. We present here Marine Microbial Biodiversity, Bioinformatics and Biotechnology (M2B3) standards for "Reporting" and "Serving" data. The M2B3 Reporting Standard (1) describes minimal mandatory and recommended contextual information for a marine microbial sample obtained in the epipelagic zone, (2) includes meaningful information for researchers in the oceanographic, biodiversity and molecular disciplines, and (3) can easily be adopted by any marine laboratory with minimum sampling resources. The M2B3 Service Standard defines a software interface through which these data can be...
Tipo: Text Palavras-chave: Data standard; Marine; Molecular; Biodiversity; Microbial; Bioinformatics; Reporting; Interoperability.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00311/42266/41588.pdf
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Microbial diversity in different stages of the ethanol production process using traditional techniques and molecular biology. Repositório Alice
COSTA, O .Y. A.; SOUTO, B. de M.; TUPINAMBÁ, D. D.; BERGMANN, J. C.; BITENCOURT, A. C. A.; MOURA, C.; SCHROEDER, L. F.; FRANCO, O. L.; QUIRINO, B. F..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ethanol; Contaminants; Production; Molecular.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/961688
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Molecular analyses of protists in long-term observation programmes—current status and future perspectives ArchiMer
Stern, Rowena; Kraberg, Alexandra; Bresnan, Eileen; Kooistra, Wiebe H. C. F.; Lovejoy, Connie; Montresor, Marina; Moran, Xose Anxelu G.; Not, Fabrice; Salas, Rafael; Siano, Raffaele; Vaulot, Daniel; Amaral-zettler, Linda; Zingone, Adriana; Metfies, Katja.
Protists (microbial eukaryotes) are diverse, major components of marine ecosystems, and are fundamental to ecosystem services. In the last 10 years, molecular studies have highlighted substantial novel diversity in marine systems including sequences with no taxonomic context. At the same time, many known protists remain without a DNA identity. Since the majority of pelagic protists are too small to identify by light microscopy, most are neither comprehensively or regularly taken into account, particularly in Long-term Ecological Research Sites. This potentially undermines the quality of research and the accuracy of predictions about biological species shifts in a changing environment. The ICES Working Group for Phytoplankton and Microbial Ecology conducted...
Tipo: Text Palavras-chave: Protists; Long-term Ecological Research Station; Molecular; Time-series; Questionnaire; Literature survey.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00455/56708/58470.pdf
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Molecular and morphological evidence of Alvinellidae relationships (Terebelliformia, Polychaeta, Annelida) ArchiMer
Rousset, Vincent; Rouse, Greg; Feral, Jean-pierre; Desbruyeres, Daniel; Pleijel, Fredrik.
In this study we assessed the phylogenetic relationships of the hydrothermal vent polychaete group Alvinellidae, based on parsimony analyses of combined morphological and molecular data. Morphological data were obtained from newly examined specimens and literature information of 16 terminal taxa belonging to Alvinellidae, Ampharetidae, Pectinariidae, Terebellidae, Trichobranchidae, and the outgroups Oweniidae and Sabellidae. Molecular data were based on 28S rRNA from 13 of the 16 morphological terminals (10 previously published sequences plus three new ones). The combined analysis indicated the clades ((Alvinellidae, Trichobranchidae) Pectinariidae) and (Ampharetidae, Terebellidae). Alvinellidae, Ampharetidae and Terebellidae, as currently delineated, are...
Tipo: Text Palavras-chave: Molecular; Alvinellidae; Polychaete; Phylogenetic.
Ano: 2003 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2003/publication-706.pdf
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Polymerase chain reaction and real-time PCR for diagnosing of Leishmania infantum chagasi in dogs. Repositório Alice
RAMOS, R. A. do N.; RAMOS, C. A. do N.; JUSI, M. M. G.; ARAUJO, F. R.; MACHADO, R. Z.; FAUSTINO, M. A. da G.; ALVES, L. C..
Objetivou-se neste trabalho verificar o desempenho da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) e da PCR em tempo real (qPCR) para diagnóstico da Leishmaniose Visceral Canina (LVC) utilizando diferentes amostras biológicas. Para tanto foram utilizados 35 cães provenientes de uma área endêmica para LVC, onde foram utilizados para o diagnóstico molecular, aspirado de medula óssea, fragmentos de linfonodo e baço. Neste estudo a qPCR foi capaz de detectar um maior número de animais positivos quando comparada com a PCR. Já entre as diferentes amostras biológicas utilizadas não foi observada diferença significativa na detecção de DNA de L. infantum chagasi por meio da PCR e qPCR. Mesmo assim, considerando a facilidade de obtenção, o linfonodo pode ser considerada...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Leishmaniasis; Diagnosis; Molecular; L. infantum chagasi.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/937643
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Polyphasic characterisation of three new Phyllosticta spp Naturalis
Su, Y.Y.; Cai, L..
Three new species of Phyllosticta, P. hostae on Hosta plantaginea (China), P. schimae on Schima superba (China), and P. ilicis-aquifolii on Ilex aquifolium (UK), are described and illustrated in this study. They are compared with morphologically similar and phylogenetically closely related species. A polyphasic approach using phylogeny, host association, disease symptoms, colony and morphological characteristics, is employed to justify the introduction of the new taxa. Phylogenetic relationships of the new species with other Phyllosticta species are revealed by DNA sequence analyses based on the nrDNA-internal transcribed spacer (ITS) regions and a combined multilocus alignment of the ITS, partial translation elongation factor 1-alpha (TEF1), actin (ACT),...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Molecular; Morphology; Phylogeny; Systematics; Taxonomy.
Ano: 2012 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/532336
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Quantification of Leishmania infantum DNA in the bone marrow, lymph node and spleen of dogs. Repositório Alice
RAMOS, R. A. N.; RAMOS, C. A. do N.; SÁ SANTOS, E. M. de; ARAUJO, F. R.; CARVALHO, G. A. de; FAUSTINO, A. da G.; ALVES, L. C..
2013
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Leishmania; Molecular; Diagnóstico; Carga parasitária; Cães.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/980190
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Study of the molecular profile in strains of Pasteurella multocida serotype A from lung lesions in swine. Repositório Alice
KLEIN, C. S.; REBELATTO, R.; OLIVEIRA FILHO, J. X. de; MORES, M. A. Z.; KICH, J. D.; MORES, N..
2014
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Pasteurela multocida; Molecular; Sorotipo A; Suinocultura; Sanidade.
Ano: 2014 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1014035
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The current status of the New World monkey phylogeny Anais da ABC (AABC)
SCHNEIDER,HORACIO.
Four DNA datasets were combined in tandem (6700 bp) and Maximum parsimony and Neighbor-Joining analyses were performed. The results suggest three groups emerging almost at the same time: Atelidae, Pitheciidae and Cebidae. The total analysis strongly supports the monophyly of the Cebidae family, grouping Aotus, Cebus and Saimiri with the small callitrichines. In the callitrichines, the data link Cebuela to Callithrix, place Callimico as a sister group of Callithrix/Cebuella, and show Saguinus to be the earliest offshoot of the callitrichines. In the family Pithecidae, Callicebus is the basal genus. Finally, combined molecular data showed congruent branching in the atelid clade, setting up Alouatta as the basal lineage and Brachyteles-Lagothrix as a sister...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: New World monkeys; Platyrrhine; Taxonomy; Molecular; Evolution.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0001-37652000000200005
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