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A C1069G SNP of the MC4R gene and its association with economic traits in Korean native cattle (brown, brindle, and black) Electron. J. Biotechnol.
Lee,Youngsub; Park,Sairom; Kim,Hun; Lee,Seung Kyu; Kim,Jin Woo; Lee,Hak Kyo; Jeong,Dong Kee; Lee,Sung Jin.
Background: The melanocortin-4 receptor gene (MC4R) plays an important role in regulating food intake and body weight in mammals. In the present study, we identified the MC4R gene in native Korean brown, brindle, and black cattle by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), and investigated its association with economic traits. A total of 413 cattle from the three breeds were tested for backfat thickness, carcass weight, longissimus muscle area, and marbling score, and statistical data were analyzed using the SAS program. Results: The C allele had the highest frequency in brown and brindle cattle, and the G allele frequency was highest in black cattle. The C1069G SNP was significantly (p < 0.05) associated with only...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Economic trait; Marbling scores; MC4R gene; PCR-RFLP; SNP.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582013000500014
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Análise das frequências alélicas e genotípicas de polimorfismos nos genes da calpaína e da calpastatina em bovinos de corte. Repositório Alice
BLECHA, I. M. Z.; SIQUEIRA, F.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; FEIJO, G. L. D..
2013
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Maciez de carne; Melhoramento genético; PCR-RFLP; Testes de DNA.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1016970
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Authenticating the origin of different shrimp products on the Tunisian markets by PCR/RFLP method ArchiMer
Besbes, Nadia; Jerome, Marc; Berge, Jean-pascal; Sadok, Saloua.
This study describes a polymerase chain reaction using restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay based on the 16S rRNA mitochondrial gene to identify commercial food products of wide range of Penaeidae and Pandalidae shrimp species commercialised in the Tunisian market. Phylogenetic analyses on 16S rRNA mitochondrial gene were used to study the relationships among the considered species. Penaeidae shrimp species was easily differentiated and confirmed by direct sequencing, showing a genetic distance of 0.34 with respect to Pandalidae species. A rapid and reliable PCR method using restriction fragment length polymorphism (RFLP) with three restriction enzymes (HpyCH4III/ MboI / AluI) was optimized for unambiguous differentiation of shrimp...
Tipo: Text Palavras-chave: Shrimps; Species identification; 16S rRNA mtDNA; PCR-RFLP.
Ano: 2015 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00303/41445/40637.pdf
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Caracterização de cepas de Corynebacterium pseudotuberculosis ovis isoladas de ovinos e caprinos. Repositório Alice
MELO, P. R. de; CARALHO, C. E. G.; ALMEIDA, G. B. de; SOARES, C. O.; ROSINHA, G. M. S..
2013
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Linfadenite caseosa; Corynebacterium pseudotuberculosis; Virulência; Patogenicidade; PCR-RFLP.
Ano: 2013 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/980845
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Caracterização de cepas de Corynebacterium pseudotuberculosis ovis isoladas de ovinos e caprinos MV&Z
Melo, Patrícia Rodrigues de; Carvalho, Cleber Eduardo Galvão; Andrade, Gisele Braziliano de; Soares, Cleber Oliveira; Rosinha, Grácia Maria Soares.
Foi efetuada a caracterização bioquímica, genotípica e a análise de virulência e patogenicidade de amostras isoladas de C. pseudotuberculosis. Foram utilizadas cinco amostras: CBO (Corynebacterium Ovino) 2512, CBO 28033, CBC (Corynebacterium Caprinos) 70D, CBC 118, CBC NPC e as amostras controle 1002 (Linfovac) e 00512 (Fiocruz). Para a identificação bioquímica, foi utilizado o kit APIcoryne (Bio Merieux-França). A caracterização genotípica foi realizada com o teste de PCR-RFLP para o gene rpoB, tratado com as enzimas MseI e StuI. As amostras foram avaliadas quanto à virulência e patogenicidade, em camundongos BALB/c inoculados com 1x103, 1x104, 1x105 e 1x106 Unidades Formadoras de Colônias por mL (UFC/mL). A caracterização bioquímica confirmou que as...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Linfadenite caseosa; Virulência; Patogenicidade; PCR-RFLP; Corynebacterium pseudotuberculosis.
Ano: 2014 URL: http://www.revistamvez-crmvsp.com.br/index.php/recmvz/article/view/23741
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Determinación de las frecuencias alélicas de tres lactoproteínas en bovinos Criollo Limonero y Carora de Venezuela Rev Salud Anim.
Morillo,Milangela; Acosta,Atzel; Uffo,Odalys.
La caracterización genética del ganado autóctono supone conocer la situación de las poblaciones para su conservación. Aunque en Venezuela se han realizado estudios de caracterización de ganado Carora y Criollo Limonero, estos han sido aislados y no se han efectuado con la intención de esclarecer si la estructura genética para los genes de las tres principales proteínas lácteas, en dichas razas bovinas venezolanas, Criollo Limonero y Carora, refleja su variabilidad genética. Por dicha razón se determinaron los genotipos para las tres principales proteínas lácteas: k-caseina, a-lactoalbúmina y b-lactoglobulina en rebaños controlados. Para la caracterización de dichas razas se calcularon las frecuencias alélicas, las heterocigosidades por locus para cada...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Bovino; Carora; Criollo Limonero; Proteínas lácteas; PCR-RFLP.
Ano: 2014 URL: http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0253-570X2014000300007
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Diferenciação de biótipos de Bemísia tabaci utilizando PCR-RFLP e sequenciamento da região ITS1 rDNA. Infoteca-e
RABELLO, A. R.; QUEIROZ, P. R.; SIMÕES, K. C.; HIRAGI, C. O.; LIMA, L. H. C.; OLIVEIRA, M. R. V.; MEHTA, A..
2005
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bemísia tabaci; Mosca branca; Biótipos; PCR-RFLP; ITS1; RDNA; Bemisia; Biotype.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187042
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Estabelecimento do padrão de inativação do cromossomo X em embriões bovinos produzidos in vitro. Repositório Alice
FERREIRA, A. R..
O cultivo in vitro de embriões afeta mecanismos epigenéticos envolvidos no controle da expressão de genes relacionados ao desenvolvimento embrionário e inativação do cromossomo X. Fêmeas de mamíferos têm dois cromos somos X, e machos somente um. Isto levou à criação de um mecanismo evolutivo de compensação de dose, chamado inativação do cromossomo X. Durante a embriogênese, um dos dois cromossomos X é aleatoriamente inativado em cada célula da massa celular interna, e preferencialmente o paterno no trofoblasto. O objetivo deste estudo foi estabelecer o padrão de inativação do cromossomo X, avaliando a expressão alelo específica do gene MAO-A (monoamina oxidase tipo A) em embriões bovinos produzidos in vitro nos estádios de quatro células, oito a dezesseis...
Tipo: Tese/dissertação (ALICE) Palavras-chave: PIV; Bos taurus; PCR-RFLP; Epigenética; Embrião.
Ano: 2009 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/887345
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Estandarización de técnicas de extracción de ADN en sementales porcinos para evaluar la frecuencia de los genes ESR y PLRL con PCR-RFLP Colegio de Postgraduados
Dolores Ramos Eva.
Con el objeto de estandarizar y perfeccionar una técnica de extracción y purificación de ADN a partir de sangre, semen y pelo de porcinos, se obtuvieron muestras de 35 sementales de línea materna Yorkshire y Landrace, en los cuales se valoró la frecuencia de los genes ESR y PRLR mediante PCR-RFLP. La extracción de ADN a partir de sangre y semen únicamente se estandarizaron. El pelo de sementales fue la mejor opción para obtener una alta cantidad y calidad de ADN. Se identificó la frecuencia de dos genes relacionados con prolificidad: Receptor de Prolactina (PRLR) y Receptor de Estrógeno (ESR); en su amplificación se utilizó PCR-RFLP´s y se identificaron los genotipos. En esta identificación se utilizó la enzima Alu I para PRLR y Pvu II para...
Tipo: Tesis Palavras-chave: ADN; Pelo; Sangre; Semen; Cerdos; PCR-RFLP; Hair; Blood and semen DNA; Boars.
Ano: 2007 URL: http://hdl.handle.net/10521/1202
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Estandarización de técnicas de extracción de ADN en sementales porcinos para evaluar la frecuencia de los genes ESR y PLRL con PCR-RFLP Colegio de Postgraduados
Dolores Ramos Eva.
Con el objeto de estandarizar y perfeccionar una técnica de extracción y purificación de ADN a partir de sangre, semen y pelo de porcinos, se obtuvieron muestras de 35 sementales de línea materna Yorkshire y Landrace, en los cuales se valoró la frecuencia de los genes ESR y PRLR mediante PCR-RFLP. La extracción de ADN a partir de sangre y semen únicamente se estandarizaron. El pelo de sementales fue la mejor opción para obtener una alta cantidad y calidad de ADN. Se identificó la frecuencia de dos genes relacionados con prolificidad: Receptor de Prolactina (PRLR) y Receptor de Estrógeno (ESR); en su amplificación se utilizó PCR-RFLP´s y se identificaron los genotipos. En esta identificación se utilizó la enzima Alu I para PRLR y Pvu II para...
Palavras-chave: ADN; Pelo; Sangre; Semen; Cerdos; PCR-RFLP hair; Blood and semen DNA; Boars; PCR-RFLP.
Ano: 2012 URL: http://hdl.handle.net/10521/888
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Estandarización de técnicas de extracción de ADN en sementales porcinos para evaluar la frecuencia de los genes ESR y PLRL con PCR-RFLP Colegio de Postgraduados
Dolores Ramos Eva.
Con el objeto de estandarizar y perfeccionar una técnica de extracción y purificación de ADN a partir de sangre, semen y pelo de porcinos, se obtuvieron muestras de 35 sementales de línea materna Yorkshire y Landrace, en los cuales se valoró la frecuencia de los genes ESR y PRLR mediante PCR-RFLP. La extracción de ADN a partir de sangre y semen únicamente se estandarizaron. El pelo de sementales fue la mejor opción para obtener una alta cantidad y calidad de ADN. Se identificó la frecuencia de dos genes relacionados con prolificidad: Receptor de Prolactina (PRLR) y Receptor de Estrógeno (ESR); en su amplificación se utilizó PCR-RFLP´s y se identificaron los genotipos. En esta identificación se utilizó la enzima Alu I para PRLR y Pvu II para...
Palavras-chave: ADN; Pelo; Sangre; Semen; Cerdos; PCR-RFLP hair; Blood and semen DNA; Boars; PCR-RFLP.
Ano: 2012 URL: http://hdl.handle.net/10521/911
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Expression profiles and polymorphism analysis of CDIPT gene on Qinchuan cattle Electron. J. Biotechnol.
Fu,Changzhen; Wang,Hong; Li,Yaokun; Wang,Jiali; Cheng,Gong; Wang,Hongbao; Yang,Wucai; Zan,Linsen.
Background CDIPT (CDP-diacylglycerol-inositol 3-phosphatidyltransferase, EC 2.7.8.11) was found on the cytoplasmic side of the Golgi apparatus and the endoplasmic reticulum. It was an integral membrane protein performing the last step in the de novo biosynthesis of phosphatidylinositol (PtdIns). In recent years, PtdIns has been considered to play an essential role in energy metabolism, fatty acid metabolic pathway and intracellular signal transduction in eukaryotic cells. Results In this study, the results of real-time polymerase chain reaction (PCR) showed that the expression of CDIPT gene was remarkably different in diverse tissues. We also detected the polymorphism of bovine CDIPT gene and analyzed its association with body measurement and meat quality...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Body measurement traits; Gene expression; Meat quality traits; PCR-RFLP; SNP.
Ano: 2014 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582014000400004
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Freqüência alélica do gene da aromatase em ovinos de corte. Repositório Alice
LOBO, A. M. B. O.; LOBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; OLIVEIRA, S. M. P. de; CUNHA, R. M. S. da..
Resumo: Com o objetivo de verificar a presença de polimorfismo e a freqüência dos alelos para o gene da aromatase (Cyp19), uma amostra de 71 animais da raça Santa Inês, 13 animais da raça Somalis Brasileira, 9 animais da raça Poll Dorset e 18 animais mestiços ½ Dorper foram genotipados pela técnica de PCR-RFLP. Nesta amostra, não foram observados indivíduos AA e as freqüências para os genótipos AB e BB foram 0,64 e 0,36, respectivamente. Foi observado que todos os animais da raça Somalis Brasileira eram de genótipo BB. Espera-se que estudos futuros venham comprovar a diferença de desempenho entre indivíduos de genótipos diferentes e assim incluir este gene como marcador molecular para seleção de animais superiores. [Allelic Frequency from Aromatase Gene in...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Ovino; Raça Santa Inês; Somalis Brasileira; Poll Dorset; Dorper; Reprodução animal; Cyp19; Hormônio de crescimento; Polimorfismo; SNP; PCR-RFLP.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/534370
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Freqüência alélica do gene da aromatase em ovinos de corte. Repositório Alice
LÔBO, A. M. B. O.; LÔBO, R. N. B.; PAIVA, S. R.; OLIVEIRA, S. M. P. de; CUNHA, R. M. S. da.
bitstream/item/177888/1/SP-19688b-ID-31339.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Raça Santa Inês; Somalis Brasileira; Poll Dorset; Cyp19; Hormônio de crescimento; SNP; PCR-RFLP; Ovino; Polimorfismo; Reprodução Animal; Dorper.
Ano: 2008 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/191010
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Genes do eixo somatotrófico e características de crescimento numa população F2 de bovinos. Repositório Alice
SILVA, M.V.G.B. da; MARTINEZ, M.L.; MACHADO, M.A.; NASCIMENTO, C.S. do; CAMPOS, A.L.; GUIMARÃES, M.F.M.; AZEVEDO, A.L.S.; MOITA, A.K.F.; LUI, J.F..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a associação dos polimorfismos dos genes bGH, IGF-1 e PIT-1 com características de peso e ganho de peso numa população F2 de bovinos (Gir x Holandês), pela técnica de PCR-RFLP. As freqüências alélicas A e B, do gene PIT-1, e dos genótipos AA, AB e BB, nas populações parentais foram semelhantes entre si, mas diferentes das freqüências nas populações cruzadas F1 e F2, para esse gene. Quanto ao gene bGH, os animais da raça Holandesa apresentaram freqüência de 100% para o alelo E e os animais da raça Gir, 92% para o alelo F, resultando em alta freqüência de indivíduos heterozigotos nas populações F1 e F2. Quanto ao gene IGF-1, todos os animais da raça Holandesa eram heterozigotos (AB) e, nos animais Gir, a maioria dos...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Marcadores moleculares; PCR-RFLP; Molecular markers.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/118997
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Genetic polymorphism of the &#945;s1-casein locus in five populations of goats from Mexico Electron. J. Biotechnol.
Torres-Vázquez,José Antonio; Vázquez Flores,Felícitas; Montaldo,Hugo H; Ulloa-Arvizu,Raúl; Valencia Posadas,Mauricio; Gayosso Vázquez,Amanda; Alonso Morales,Rogelio Alejandro.
With the objective of estimating allele frequencies, and testing for population divergence for the CSN1S1 locus, genotypes of animals from five goat populations; Saanen (n = 97), Alpine (n = 81) Toggenburg (n = 92), local goats with external appearance similar to the Murciana-Granadina breed from Central Mexico (n = 26) and heterogeneous local animals denominated Mosaico Lagunero (n = 30), from Northern Mexico, were identified using PCR and Xmn1 PCR-RFLP methodology. For Saanen, Alpine and Toggenburg, the sum of E and F alleles had the largest frequencies (from 0.468 to 0.789), while for the groups local Murciana-Granadina and Mosaico Lagunero the sum of the most frequent allelic groups (A* and B*), were 0.385 and 0.533 respectively. Both local...
Tipo: Journal article Palavras-chave: CSN1S1; Gene frequencies; Genetic diversity; Goat milk; PCR-RFLP.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582008000300007
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Genetic Relationships of Common Bean (Phaseolus vulgaris L.) Race Chile with Wild Andean and Mesoamerican Germplasm Chilean J. Agric. Res.
Becerra V,Viviana; Paredes C,Mario; Debouck,Daniel.
The Chilean common bean (Phaseolus vulgaris L.) belongs to the cultivated race Chile and its origin is presumably Andean. The objective of this study was to identify the origin of a group of Chilean accessions based on their genetic relationship with wild material from the Mesoamerican and Andean common bean gene pool. To achieve this objective, universal primers of chloroplast DNA (cpDNA) and mitochondrial DNA (mtDNA) were used to detect polymorphism using Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP). Thirty-two genotypes were analyzed, including wild material from Mexico, Ecuador, Peru, Bolivia, and Argentina, as well as Chilean cultivated genotypes belonging to endemic Chilean accession types (Tórtola, Coscorrón, and...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Chilean common bean germplasm; Chloroplast DNA; Mitochondrial DNA; PCR-RFLP.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0718-58392011000100001
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Genetic variation among pathogens causing "Helminthosporium" diseases of rice, maize and wheat Trop. Plant Pathol.
WEIKERT-OLIVEIRA,RITA C. B.; RESENDE,M. APARECIDA DE; VALÉRIO,HENRIQUE M.; CALIGIORNE,RACHEL B.; PAIVA,EDILSON.
Twenty isolates of four fungal species, agents of "Helminthosporium" diseases in cereals, were collected from different regions: nine Bipolarisoryzae isolated from rice (Oryza sativa), seven B.sorokiniana from wheat (Triticum aestivum), two B. maydis, and two Exserohilumturcicum from maize (Zea mays). The strains were compared by PCR-RFLP and RAPD analysis. Size polymorphism among the isolates in the ITS region comprising the 5.8 S rDNA indicated genetic differences among the isolates, while a UPGMA phenogram constructed after the digestion of this region with restriction enzymes showed inter- and intra-specific polymorphism. The RAPD profiles indicated an expressive level of polymorphism among different species, compared with a low level of polymorphism...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bipolaris sorokiniana; Bipolaris oryzae; Bipolaris maydis; Exserohilum turcicum; PCR-RFLP; RAPD.
Ano: 2002 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-41582002000600015
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Identificación molecular de heces y análisis de hábitos alimenticios de carnívoros en la reserva de la biósfera "Sierra del Abra Tanchipa", San Luis Potosí, México. Colegio de Postgraduados
Benítez Alemán, Héctor Eduardo.
La identificación precisa de heces de carnívoros silvestres es importante para describir sus hábitos alimenticios, sobre todo en aquellas especies elusivas o en riesgo. Sin embargo Identificar las heces de especies de carnívoros simpátricos no es una tarea sencilla. Por ello, las técnicas moleculares, son herramientas que brindan mayor precisión en la identificación de heces. El análisis de hábitos alimenticios aporta información valiosa para entender la estructura poblacional de los depredadores y sus presas, así como su importancia ecológica para generar estrategias de manejo y conservación de carnívoros y sus presas. Los objetivos de este estudio fueron identificar las heces de carnívoros extrayendo ADN mitocondrial de estas y amplificando un fragmento...
Palavras-chave: ADN mitocrondrial; Citocromo b; PCR-RFLP; Hábitos alimenticios; Carnívoros; Mitochondrial DNA; Cytochrome b; Food habits; Carnivores; Ganadería; Maestría.
Ano: 2014 URL: http://hdl.handle.net/10521/2291
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Identification and characterisation of winter spawning ground in the English Channel and Southern North Sea ArchiMer
Lelievre, Stephanie.
A better knowledge and monitoring of principal commercial fish spawning grounds have become necessary in the North Sea. The efficiency of CUFES was proved by sampling pelagic fish eggs in winter in Eastern Channel and Southern North Sea. Fish egg taxonomic identification based on visual criteria cannot always be carried out effectively. In particular, cod (Gadus morhua), and whiting (Merlangius merlangus) or flounder (Platichthys flesus) and dab (Limanda limanda) have the same range of egg diameter and similar morphologies. Alternative identification methods using molecular techniques were developed to improve the accuracy of egg taxonomic identification. First, PCR-RFLP method, then, in order to accelerate egg identification, the use of a new laboratory...
Tipo: Text Palavras-chave: Oeufs de poissons; CUFES; VET; PCR-RFLP; Cyt b; 16S; ZooScan; Analyse d’images; Analyses géostatistiques; Interpolation; Modélisation d’habitat; GLM; RQ; Fish eggs; CUFES; VET; Image analysis; ZooScan; PCR-RFLP; Geostatistical analyses; Interpolated map; Habitat modelling; GLM; RQ.
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00043/15398/12757.pdf
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