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A fast PCR assay to identify Meloidogyne hapla, M. chitwoodi, and M. fallax, and to sensitively differentiate them from each other and from M. incognita in mixtures IRD
Zijlstra, C..
Des fragments préalablement amplifiés de rDNA-ITS de #Meloidogyne chitwoodi$, #M. fallax$, #M. hapla$ et #M. incognita$ ont été clonés et séquencés. L'alignement des séquences montre une variabilité faible dans les parties codantes et quelque variabilité dans la région ITS1. La plus importante variabilité est observée dans la région ITS2. Les séquences ont été utilisées pour établir les amorces "sens" H-18S, I-ITS et CF-ITS, lesquelles en combinaison avec l'amorce "anti-sens" HCFI28S ont été utilisées pour l'amplification spécifique de #M. hapla$, #M. incognita$, #M. chitwoodi$ et #M. fallax$, respectivement. Il en résulte un polymorphisme de taille des fragments distinguant les quatre espèces. Lorsque les quatre amorces sont utilisées pour une unique...
Tipo: Text Palavras-chave: NEMATODE PHYTOPARASITE; BIOLOGIE MOLECULAIRE; DIAGNOSTIC; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1997 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010012351
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A molecular diagnostic for endosulfan insecticide resistance in the coffee berry borer Hypothenemus hampei (Coleoptera : Scolytidae) IRD
Ffrench-Constant, R.H.; Steichen, J.C.; Brun, Luc-Olivier.
Tipo: Text Palavras-chave: INSECTE NUISIBLE; INSECTICIDE CHIMIQUE; RESISTANCE; GENE; TEST; BIOLOGIE MOLECULAIRE; DIAGNOSTIC; CAFEIER; ENDOSULFAN; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; RECOMMANDATION.
Ano: 1994 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:39830
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A polymerase chain reaction assay to determine infection of Aedes polynesiensis by Wuchereria bancrofti IRD
Nicolas, L.; Luquiaud, P.; Lardeux, Frédéric; Mercer, D.R..
The sensitivity of a previously described polymerase chain reaction (PCR) assay was improved to detect a single mosquito, infected by as few as 1-2 microfilariae of #Wuchereria bancrofti$, among 20-50 uninfected mosquitoes. Wild-caught #Aedes polynesiensis$ were used to compare assessment of infection by dissection of individuals with the PCR assay of pools of mosquitoes. The PCR assay was at least as sensitive as dissection for detection of mosquitoes infected with #W. bancrofti$. (Résumé d'auteur)
Tipo: Text Palavras-chave: FILARIOSE LYMPHATIQUE; VECTEUR; DEPISTAGE; TEST; AGENT PATHOGENE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010005228
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A rapid method for sequencing of rRNA gene(s) amplified by polymerase chain reaction using an automated DNA sequencer IRD
Dwivedi, P.P.; Patel, B.K.C.; Rees, G.N.; Ollivier, Bernard.
A method for DNA sequencing of ribosomal RNA (rRNA) genes, amplified by polymerase chain reaction (PCR), using internal primers, designed on the basis of conserved regions of rRNA genes for determining a near complete sequence (99%) of the gene using an automated DNA sequencer (Applied Biosystem Incorporation, USA) is described. The procedure is extremely rapid as cloning of the gene is not required for sequence determination. In addition time consuming steps such as ethanol precipitation and hazardous steps such as phenol/chloroform extractions are excluded from the protocol for the purification of extension products after Taq cycle sequencing using the ABI dye terminator chemistry. The method has been successfully used for sequencing of the 16S and 18S...
Tipo: Text Palavras-chave: BIOLOGIE MOLECULAIRE; GENE; ARN; METHODE D'ANALYSE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010009566
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An assessment of the timing of mother-to-child transmission of human immunodeficiency virus type 1 by means of polymerase chain reaction IRD
Simonon, A.; Lepage, P.; Karita, E.; Hitimana, D.G.; Dabis, F.; Msellati, Philippe; Van Goethem, C.; Nsengumuremyi, F.; Bazubagira, A.; Van de Perre, P..
Tipo: Text Palavras-chave: SIDA; TRANSMISSION; FEMME; GROSSESSE; FOETUS; NOUVEAU NE; NOURRISSON; ALLAITEMENT MATERNEL; DIAGNOSTIC; SEROLOGIE; VIRUS HIV-1; TRANSMISSION FOETOMATERNELLE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1994 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010007728
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Application of the polymerase chain reaction (PCR) for enhanced detection of Xanthomonas campestris pv. citri IRD
Hartung, J.S.; Daniel, Jean-François; Pruvost, O.P..
Tipo: Text Palavras-chave: PATHOLOGIE VEGETALE; DIAGNOSTIC; AGENT PATHOGENE; BACTERIE; HYBRIDATION; ADN; GENETIQUE MOLECULAIRE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; SONDE; PLASMIDE.
Ano: 1994 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:40442
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Caractérisation des clones de Trypanosoma cruzi dans des échantillons biologiques grâce à la "PCR" : quand et comment ? IRD
Brenière, Simone Frédérique; Veas, Francisco; Cuny, G.; Bosseno, Marie-France; Rivera, M.T.; Tibayrenc, Michel.
Tipo: Text Palavras-chave: GENETIQUE; CHIMIOTAXONOMIE; IDENTIFICATION; CLONE; ISOENZYME; VECTEUR; SANG; FECES; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; KINETOPLASTE.
Ano: 1990 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:31315
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Circulation and behaviour of two major clones of Trypanosoma cruzi in Bolivian cycles IRD
Brenière, Simone Frédérique; Bosseno, Marie-France; Noireau, François.
On the basis of isoenzyme studies and population genetic interpretation, we have previously designed a molecular identification tool of two major clones of #Trypanosoma cruzi$ based on both kDNA PCR amplification and southern hybridization using clone specific probes. These tools allow the direct identification of two genetic sub-groups of clones, genetically unrelated in biological samples. In the main vector of Chagas' disease in Bolivia (#Triatoma infestans$) we show that these two groups of clones are wide spread over large geographic distances and infect 92% of triatomes. We also observe high rates of mixed infections, ranging from 7.7% to 85.7% according to the localities. In a high endemic area, we show a significant difference of clone distribution...
Tipo: Text Palavras-chave: MALADIE DE CHAGAS; EPIDEMIOLOGIE; VECTEUR; TRANSMISSION; IDENTIFICATION; POLYMORPHISME GENETIQUE; CLONE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010007843
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Construction of a molecular linkage map in coffee IRD
Paillard, M.; Lashermes, Philippe; Pétiard, V..
Une carte de liaison génétique du caféier (#Coffea canephora$) totalisant 1402 cM a été établie sur la base d'une population de plantes haploïde-doublées. Des marqueurs RFLP comme des marqueurs utilisant la PCR (RAPD) ont permis la construction de 15 groupes de liaison. Des clones de DNA génomiques de caféier ainsi que des DNAc ont été utilisés. Au total, 47 RFLP et 100 RAPD sont positionnés sur la carte de liaison. Un niveau relativement faible de polymorphisme est observé. 81 % des marqueurs RAPD et 85 % des marqueurs RFLP présentent une ségrégation significativement non différente (P < 0.01) du ration 1:1. La disponibilité d'une carte de liaison moléculaire du caféier offre de nombreuses perspectives tant pour des études génétiques que pour...
Tipo: Text Palavras-chave: AMELIORATION DES PLANTES; RESSOURCES GENETIQUES; HAPLOIDE; ADN; METHODE D'ANALYSE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; RFLP.RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM; HAPLOIDE DOUBLE; CARTE GENETIQUE.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010006514
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Copy number differences in the 195 BP repeated satellite DNA from Trypanosoma cruzi and Trypanosoma rangeli : potential use for epidemiologic surveys IRD
Brenière, Simone Frédérique; Bosseno, Marie-France; Barnabé, Christian; Urdaneta-Morales, S.; Tibayrenc, Michel.
Tipo: Text Palavras-chave: MALADIE DE CHAGAS; AGENT PATHOGENE; GENETIQUE DE POPULATION; SPECIATION; VARIABILITE GENETIQUE; POLYMORPHISME ENZYMATIQUE; ADN SATELLITE; PAIRE DE BASE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1993 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:39862
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Different genetic characteristics of Plasmodium falciparum isolates collected during successive clinical Malaria episodes in senegalese children IRD
Contamin, H.; Fandeur, T.; Rogier, C.; Bonnefoy, S.; Konate, L.; Trape, Jean-François; Mercereau-Puijalon, O..
A narrow epidemiologic survey was conducted during a four-month period of intense malaria transmission in Dielmo, a holoendemic Senegalese village. Longitudinal clinical and parasitologic follow-up indicate that clinical malaria episodes always occurred after an abrupt increase in parasite densities. Polymerase chain reaction analysis of #Plasmodium falciparum$ parasites was carried out in blood samples collected longitudinally from 10 children who had experienced, several clinical episodes during this period. Our data show that the genetic diversity of the parasites circulating in this village is very large. The successive clinical episodes experienced by each child were caused by genetically distinct parasite populations that were recently inoculated and...
Tipo: Text Palavras-chave: PALUDISME; EPIDEMIOLOGIE; AGENT PATHOGENE; GENETIQUE DE POPULATION; POLYMORPHISME GENETIQUE; VARIABILITE GENETIQUE; EPIDEMIE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010007698
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Direct identification of Trypanosoma cruzi naturel clones in vectors and mammalian hosts by polymerase chain reaction amplification IRD
Brenière, Simone Frédérique; Bosseno, Marie-France; Revollo, S.; Rivera, M.T.; Carlier, Y.; Tibayrenc, Michel.
Tipo: Text Palavras-chave: MALADIE DE CHAGAS; DEPISTAGE; VECTEUR; HOTE; GENETIQUE; IDENTIFICATION; CLONE; ADN; ISOENZYME; SANG; FECES; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; KINETOPLASTE; MINICERCLE.
Ano: 1992 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:35468
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Ditylenchus africanus sp. n. from South Africa : a morphological and molecular characterization IRD
Wendt, K.R.; Swart, A.; Vrain, T.C.; Webster, J..
Une nouvelle espèce de #Ditylenchus$ parasite de l'arachide en Afrique du Sud est décrite en se fondant sur des caractères morphologiques et sur ceux provenant du polymorphisme des longueurs des fragments de restriction (RFLPs) de l'ADN ribosomal. La nouvelle espèce, #Ditylenchus africanus$ n. sp., diffère des deux espèces les plus proches, #D. destructor$ et #D. myceliophagus$, par la combinaison de caractères suivante : RFLPs provenant de sept enzymes de restriction situées sur l'espaceur interne transcrit de rADN, stylet de longueur moyenne et relativement peu robuste (en comparaison de celui de #D. destructor$, longueur de la bursa (exprimée en pourcentage de la longueur de la queue) et longueur des spicules. (Résumé d'auteur)
Tipo: Text Palavras-chave: NEMATODE PHYTOPARASITE; ARACHIDE; MORPHOLOGIE; TAXONOMIE; ANALYSE; ADN RIBOSOMIQUE; RFLP.RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISME; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1995 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:42731
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Etude des relations parasites-hôtes dans l'épidémiologie moléculaire des trypanosomoses bovines au Burkina Faso IRD
Reifenberg, Jean-Marc.
Les techniques de PCR et d'hybridation moléculaire ont été utilisées pour la détection et l'identification des trypanosomes chez leurs hôtes vertébrés et invertébrés, en conditions expérimentales et naturelles (Burkina Faso). Les protocoles préexistants de préparation des échantillons de glossines et d'hôtes mammifères destinés à l'analyse par PCR ont été simplifiés et évalués. Au laboratoire, la technique PCR s'est révélée comme un moyen efficace, en complément des techniques parasitologiques, pour étudier : les relations d'affinité parasites-vecteurs suggérées par certaines observations sur le terrain, l'émission parasitaire de #Glossina tachinoides$ expérimentalement infectée par #Trypanosoma congolense$ (type "savane"), pour mieux définir le rôle de...
Tipo: Text Palavras-chave: TRYPANOSOMIASE ANIMALE; EPIDEMIOLOGIE; RELATION HOTE PARASITE; DIAGNOSTIC; DEPISTAGE; HOTE VERTEBRE; BOVIN; VECTEUR; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010008172
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High correlation between Chagas' disease serology and PCR-based detection of Trypanosoma cruzi kinetoplast DNA in bolivian children living in an endemic area IRD
Wincker, P.; Bosseno, Marie-France; Britto, C.; Yaksic, N.; Cardoso, M.A.; Morel, C.M.; Brenière, Simone Frédérique.
Tipo: Text Palavras-chave: TRYPANOSOMIASE HUMAINE; MALADIE DE CHAGAS; EPIDEMIOLOGIE; DIAGNOSTIC; ADN; GENETIQUE; ETUDE COMPARATIVE; SEROLOGIE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1994 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010006712
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Identification of polymorphisms in reference barley genotypes based on the polymerase chain reaction IRD
Lashermes, Philippe; Blake, T.; Ceccarelli, S..
La technique de réplication #in vitro$ (PCR) peut être utilisée pour détecter du polymorphisme de l'ADN. Quatre génotypes de référence d'orge ont été évalués pour leur polymorphisme après amplification spécifique de séquence du génome nucléaire. La ségrégation de marqueurs impliquant une PCR a été observée à l'intérieur d'une descendance F5. L'intérêt des marqueurs utilisant la PCR comme marqueur génétique chez l'orge est discuté. (Résumé d'auteur)
Tipo: Text Palavras-chave: COLLECTION BOTANIQUE; GERMOPLASME; IDENTIFICATION; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; MARQUEUR GENETIQUE; CARACTERISATION GENETIQUE.
Ano: 1994 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:41164
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Identification of potato cyst nematodes using the polymerase chain reaction IRD
Shields, R.; Fleming, C.C.; Stratford, R..
On a utilisé la réaction d'amplification en chaîne par polymérase (PCR) pour amplifier une région entre l'ARNr 5S et la séquence de tête épissée de gènes d'ARN (5S-SL) de #Globodera rostochiensis$ et de #G. pallida$. On a pu distinguer les souches de #G. rostochiensis$, qui ont amplifié invariablement un seul fragment de 914 bp, des souches de #G. pallida$, qui ont amplifié des fragments de 914 bp et 853 bp, et aussi de la plupart des souches Pa1 de #G. pallida$, qui ont amplifié un seul fragment de 853 bp. L'identification des souches de #G. pallida$ et de #G. rostochiensis$ concordait bien lorsque l'on a utilisé soit la réaction PCR pour amplifier des fragments 5S-SL, soit des sondes d'ADN spécifiques aux nématodes à kystes de la pomme de terre, soit des...
Tipo: Text Palavras-chave: NEMATODE PHYTOPARASITE; POMME DE TERRE; IDENTIFICATION; SOUCHE; ADN; DIAGNOSE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1996 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010005272
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Identification of Rickettsiae from ticks collected in the Central African Republic using the polymerase chain reaction IRD
Tissot Dupont, H.; Cornet, Jean-Paul; Raoult, D..
Tipo: Text Palavras-chave: RICKETTSIOSE; IDENTIFICATION; BIOSYSTEMATIQUE; AGENT PATHOGENE; TAUX; VIRULENCE; EPIDEMIOLOGIE; PREVALENCE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; RFLP.RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM.
Ano: 1994 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:40049
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Identification of Trypanosoma brucei gambiense groupe I by a specific kinetoplast DNA probe IRD
Mathieu Daudé, Françoise; Bicart-See, Alain; Bosseno, Marie-France; Brenière, Simone Frédérique; Tibayrenc, Michel.
Tipo: Text Palavras-chave: MALADIE DU SOMMEIL; AGENT PATHOGENE; GENETIQUE DE POPULATION; ADN; VARIABILITE GENETIQUE; POLYMORPHISME ENZYMATIQUE; PHYLOGENIE; SPECIATION; HYBRIDATION INTRASPECIFIQUE; LOCUS DIAGNOSTIC; CLONE NATUREL; KINETOPLASTE; MINICERCLE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE; SONDE.
Ano: 1994 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:39841
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Infective and anti-infective properties of breastmilk from HIV-1 infected women IRD
Van de Perre, P.; Simonon, A.; Hitimana, D.G.; Dabis, F.; Msellati, Philippe; Mukamabano, B.; Butera, J.B.; Van Goethem, C.; Karita, E.; Lepage, P..
Tipo: Text Palavras-chave: SIDA; TRANSMISSION; FEMME; NOUVEAU NE; NOURRISSON; ALLAITEMENT MATERNEL; LAIT MATERNEL; ANTICORPS; VIRUS HIV-1; TRANSMISSION FOETOMATERNELLE; PCR.REACTION DE POLYMERISATION EN CHAINE.
Ano: 1993 URL: http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010007734
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