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A new species of bird’s nest fungi: characterisation of Cyathus subglobisporus sp. nov. based on morphological and molecular data Naturalis
Zhao, R.-L.; Desjardin, D.E.; Soytong, K.; Hyde, K.D..
Recent collections of bird’s nest fungi (i.e. Crucibulum, Cyathus, Mycocalia, Nidula, and Nidularia species) in northern Thailand resulted in the discovery of a new species of Cyathus, herein described as C. subglobisporus. This species is distinct by a combination of ivory-coloured fruiting bodies covered with shaggy hairs, plications on the inner surface of the peridium and subglobose basidiospores. Phylogenetic analyses based on ITS and LSU ribosomal DNA sequences using neighbour-joining, maximum likelihood and weighted maximum parsimony support Cyathus subglobisporus as a distinct species and sister to a clade containing C. annulatus, C. renweii and C. stercoreus in the Striatum group.
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Bird’s nest fungi; Gasteromycetes; New species; Phylogeny; RDNA.
Ano: 2008 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/532073
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Análise molecular do rDNA de Hemileia vastatrix. Repositório Alice
SANTANA, M. F.; ZAMBOLIM, E. M.; OLIVEIRA, L. O. de; CAIXETA, E. T.; ZAMBOLIM, L..
Os espaçadores transcritos internos (ITS1 e ITS2) e o gene 5,8S do rDNA nuclear de 15 populações de H. vastatrix foram amplificados por PCR com o objetivo de estudar a diversidade genética. Os fragmentos amplificados foram clonados, e dos clones resultantes, 4 a 7 foram seqüenciados. As 82 seqüências resultantes revelaram a existência de 68 haplótipos definidos por 63 substituições de base e cinco indels. Entre os 68 haplótipos, 64 foram exclusivos, isto é, cada um deles foi detectado em uma única lavoura, dois (1 e 2) foram compartilhados entre lavouras distintas e dois (19 e 29) foram exclusivos, mas detectados duas vezes na mesma lavoura. Os haplótipos geraram uma rede única mostrando que 65 deles são de origem mais recente e de distribuição restrita, e...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Hemileia vastatrix; Haplótipos; ITS (Internal transcribed spacer); RDNA; Diversidade genética.
Ano: 2007 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/906053
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Caracterização de bactérias endofíticas isoladas do milho cultivado no agroecossistema cerrado. Repositório Alice
COELHO, V. T. S.; QUINTÃO, P. L.; PAOLI, H. C.; MELO, M. A. V.; LAGE, G. A.; FONSECA, P. C.; BRESSAN, W.; GUIMARAES, C. T.; GOMES, E. A.; FIGUEIREDO, J. E. F..
2002
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: SDS-PAGE; RAPD-PCR; RDNA; Sequenciamento; Taxinomia.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/485688
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Characterization of the nuclear ribosomal DNA unit in Oxalis tuberosa (Oxalidacea) and related species Electron. J. Biotechnol.
Tosto,Daniela; Hopp,Esteban.
Oxalis tuberosa is an octoploid Andean tuber crop called "oca" that belongs to the worldwide distributed genus Oxalis. The genus is very heterogeneous and its systematics is still problematic. It has been proposed that O. tuberosa evolved by polyploidization of a still not defined ancestor that belongs to an alliance of species sharing the same basic chromosome number (x = 8). Nuclear rDNA units of O. tuberosa and a selected group of four related diploid species were characterised by RFLP using different restriction endonucleases and southern hybridization probes to produce a restriction map for EcoRI and BamHI. The major rDNA unit length in O. tuberosa was estimated at 10.7 kbp. As expected, restriction site variation was observed mainly in the intergenic...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Andean crops; Oca; Oxalis; RDNA; RFLPs.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582008000300002
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Chromatin differentiation between Vigna radiata (L.) R. Wilczek and V. unguiculata (L.) Walp. (Fabaceae). Repositório Alice
BORTOLETI, K. C. de A.; ISEPPON, A. M. B.; MELO, N. F. de; VIDAL, A. C. B..
2012
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: RDNA; CMA3/DAPI; Heterocromatina; Feijão caupi; Vigna unguiculata; Vigna radiata; Feijão.
Ano: 2012 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/919299
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Chromosomal characterization of the bonytongue Arapaima gigas (Osteoglossiformes: Arapaimidae) Neotropical Ichthyology
Marques,Debora Karla; Venere,Paulo Cesar; Galetti Junior,Pedro Manoel.
The mitotic chromosomes of the pirarucu Arapaima gigas inhabiting the middle Araguaia River and collected in the municipality of Araguaiana (MT, Brazil) were studied. The chromosomes were analyzed through Giemsa staining, C-banding, Ag-NOR staining and in situ hybridization using an 18S rRNA gene probe. The karyotype had 2n=56 comprising 14 biarmed and 14 uniarmed chromosome pairs in both sexes. No cytologically distinguishable sex chromosome was identified. A single NOR-bearing chromosome pair was detected by Ag-NOR staining and confirmed by 18S rDNA- FISH. Faint constitutive heterochromatin was C-banded in the centromeric region of some chromosomes.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Pirarucu; Karyotype; RDNA; Heterochromatin.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-62252006000200007
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Determinação da seqüência parcial de nucleotídeos do gene do RNA ribossômico 18S de caprinos (Capra hiscus). Repositório Alice
SOUZA, R. B.; ARRUDA, F. V. S.; PINHEIRO, R. R.; CUNHA, R. M. S. da.
2005
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Caprino; Genética animal; Melhoramento genético animal; RDNA; Viabilidade genética.
Ano: 2005 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/533424
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Diferenciação de biótipos de Bemísia tabaci utilizando PCR-RFLP e sequenciamento da região ITS1 rDNA. Infoteca-e
RABELLO, A. R.; QUEIROZ, P. R.; SIMÕES, K. C.; HIRAGI, C. O.; LIMA, L. H. C.; OLIVEIRA, M. R. V.; MEHTA, A..
2005
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Bemísia tabaci; Mosca branca; Biótipos; PCR-RFLP; ITS1; RDNA; Bemisia; Biotype.
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/handle/doc/187042
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Diversidade genética de Colletotrichum graminicola isolados da cultura do sorgo no ecossistema agrícola tropical revelada por SDS-PAGE, RAPD e análise da sequência do RDNA 18s e região intergênica 18s-28s Repositório Alice
PAOLI, H.C.; QUINTAO, P.L.; COELHO, V.T.S.; LAGE, G.A.; FONSECA, P.C.; FERREIRA, A.S.; CASELA, C.R.; GUIMARAES, C. T.; GOMES, E.A.; FIGUEIREDO, J. E. F..
2002
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RDNA; RAPD-PCR; ARDRA; Sequenciamento; SDS-PAGE.
Ano: 2002 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/485693
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Fungal endophytes of Panicum maximum and Pennisetum purpureum: isolation, identification, and determination of antifungal potential. Repositório Alice
MAIA, N. da C.; SOUZA, P. N. da C.; GODINHO, B. T. V.; MOREIRA, S. I.; ABREU, L. M. de; JANK, L.; CARDOSO, P. G..
This study aimed to isolate and identify endophytic fungi from the forage grass P. maximum and evaluate their ability to inhibit the growth of plant pathogenic fungi. One sample from P. purpureum grass was also included. Surface disinfected stem fragments were used for endophytic fungal isolation. One hundred and twenty-six endophytic fungi were isolated, of which 118 were from P. maximum and eight from P. purpureum. Morphological characteristics and internal transcribed spacer (ITS) and 18S (NS) sequence comparisons identified most isolated endophytic fungi as belonging to the phylum Ascomycota, with Sarocladium being the dominant genus. The isolates were subjected to in vitro antagonism tests against pathogenic fungi, and 31 endophytic fungi inhibited...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Antagonism; Molecular identification; RDNA; Grasses; Plant pathogens.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1110371
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Genomic organization of the rDNA cistron of the teleost fish Cyprinus carpio Biol. Res.
VERA,MARÍA INÉS; MOLINA,ALFREDO; PINTO,RODRIGO; REYES,MAURICIO; ÁLVAREZ,MARCO; KRAUSKOPF,ERWIN; QUEZADA,CLAUDIA; TORRES,JORGE; KRAUSKOPF,MANUEL.
The seasonal adaptation of the teleost Cyprinus carpio to the cyclical changes of its habitat demands physiological compensatory responses. The process involves profound nucleolar adjustments and remarkable changes in rRNA synthesis, which affects ribosomal biosynthesis. In this context, we have demonstrated that the synthesis of several proteins involved in ribosomal biogenesis as protein kinase CK2, ribosomal protein L41 and nucleolin, as well as U3 snoRNP, are differentially regulated in summer-acclimatized carp compared to the cold-season adapted fish. To understand the mechanisms involved in the seasonal regulation of rRNA gene transcription, we have been studying the carp rDNA cistron structure. Because the cis-elements that regulate the expression...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Ribosomal gene; RRNA; RDNA; Fish; Carp.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0716-97602003000200014
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Heterocromatina, localizacao de rons e fish em Rhammatocerus pratensis (Orthoptera - Gomphocerinae). Repositório Alice
LORETO, V.; SOUZA, M.J.; MELO, N. F. de.
2001
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Aspargo; DNAr; Hibridacao in situ; Citogenetica; Cromossomo; Asparagus officinalis; RDNA; In situ hybridization; Cytogenetics; Chromosome.
Ano: 2001 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/134503
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Identification and taxonomy of some entomopathogenic Paecilomyces spp. (Ascomycota) isolates using rDNA-ITS sequences. Repositório Alice
INGLIS, P. W.; TIGANO, M. S..
bitstream/item/178061/1/ID-27755-1.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Análise filogenética; RDNA; Taxonomia molecular; Paecilomyces.
Ano: 2006 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/187899
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Isolamento de fungos mineralizadores de P ligado a fitato da rizosfera de milho adubado de maneira convencional ou orgânica. Repositório Alice
SOUZA, E. S.; DEUS, F. G.; SILVA, V. L. dA; SILVA, P. G.; CARNEIRO, N. P.; GOMES, E. A.; OLIVEIRA, F. A. S. de; MARRIEL, I. E.; CARNEIRO, A. A..
2010
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Zea mays; Fungos; Fitato; Fósforo; RDNA.
Ano: 2010 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/865827
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Isolamento e caracterização parcial de sequências homólogas a genes ribossomais (rDNA) em Blastocladiella emersonii - DOI: 10.4025/actascibiolsci.v25i2.2037 Biological Sciences
Gasques, Luciano Seraphim; Universidade Paranaense; Fernandez, Maria Aparecida; UEM; Correa, Luiz Carlos; UEM.
A definição e a caracterização de regiões de origens de replicação nos eucariotos superiores são ainda controversas. A iniciação da replicação é sítio-específica em alguns sistemas e, em outros, parece estar contida em regiões extensas. Regiões rDNA são modelos atrativos para o estudo de origens de replicação pela sua organização in tandem, reduzindo a área de estudo para o espaço restrito que codifica uma unidade de transcrição. Neste trabalho nós isolamos e caracterizamos parcialmente um clone que contém uma sequência ribossomal do fungo aquático Blastocladiella emersonii, Be97M20. Southern blots mostraram diversos sítios para enzimas de restrição Eco RI, HindIII e SalI. Northern blot de RNA total hibridado contra uma sonda feita com Be97M20 confirmou a...
Palavras-chave: 2.01.00.00-0 Biologia Geral Blastocladiella emersonii; RDNA; Genes ribossomais 2.01.00.00-0 Biologia Geral.
Ano: 2003 URL: http://periodicos.uem.br/ojs/index.php/ActaSciBiolSci/article/view/2037
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Karyotypic stability in asparagus (Asparagus officinalis L.) cultivars revealed by rDNA in situ Hybridization. Repositório Alice
MELO, N. F. de; GUERRA, M..
Four asparagus cultivars were cytologically studied by conventional staining and in situ hybridization, in order to evaluate both the variability among cultivars and the distribution pattern of 18S-25S rRNA genes. lhe mitotic and meiotic analysis with conventional chromosome staining did not show heteromorphisms or differences between cultivars. In situ hybridization with 18S and 25S rONA probes showed 6 chromosomes with 18S-25S rONA sites in the 4 studied genotypes. lhe New Jersey, Waltam Washington and G4X 14 cultivars presented 4 chromosomes with larger subterminal sites and 2 with interstitial sites of smaller size. In the Oeco cultivar, heteromorphism was verified in the size of the rONA sites, which were larger and subterminal in 3 chromosomes, and...
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: Variabilidade; DNAr; Genetic; Genotypes; RDNA; Asparagus Officinalis; Aspargo; Cruzamento; Genética; Genótipo; Hibridação; Variedade; Hybridization; Variability; Varieties.
Ano: 2001 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/134506
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Madanidinium loirii gen. et sp nov. (Dinophyceae), a new marine benthic dinoflagellate from Martinique Island, Eastern Caribbean ArchiMer
Chomerat, Nicolas; Bilien, Gwenael.
A new benthic phototrophic dinoflagellate is described from sediments of a tropical marine cove at Martinique Island and its micromorphology is studied by means of light and electron microscopy. The cell contains small golden-brown chloroplasts and the oval nucleus is posterior. It is laterally compressed, almost circular in shape when viewed laterally. It consists of a small epitheca tilted toward the right lateral side and a larger hypotheca. In the left view, the cingulum is more anterior and the epitheca is reduced. The cingulum is displaced and left-handed. This organism is peculiar in having no apical pore and its thecal plate arrangement is 2 ' 1a 7 '' 5c 3s 5 ''' 1 ''''. The plates are smooth with small groups of pores scattered on their surface....
Tipo: Text Palavras-chave: Caribbean; Benthic; Dinophyceae; SEM; Phylogeny; Morphology; Taxonomy; Martinique; RDNA.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30622/29458.pdf
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Molecular systematics of the cotton root rot pathogen, Phymatotrichopsis omnivora Naturalis
Marek, S.M.; Hansen, K.; Romanish, M.; Thorn, R.G..
Cotton root rot is an important soilborne disease of cotton and numerous dicot plants in the south-western United States and Mexico. The causal organism, Phymatotrichopsis omnivora (= Phymatotrichum omnivorum), is known only as an asexual, holoanamorphic (mitosporic) fungus, and produces conidia resembling those of Botrytis. Although the corticoid basidiomycetes Phanerochaete omnivora (Polyporales) and Sistotrema brinkmannii (Cantharellales; both Agaricomycetes) have been suggested as teleomorphs of Phymatotrichopsis omnivora, phylogenetic analyses of nuclear small- and large-subunit ribosomal DNA and subunit 2 of RNA polymerase II from multiple isolates indicate that it is neither a basidiomycete nor closely related to other species of Botrytis...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Ozonium; Pezizales; Phylogeny; Phymatotrichum root rot; Pulchromyces fimicola; RDNA; RPB2; Texas.
Ano: 2009 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/531880
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Origin and parental genome characterization of the allotetraploid Stylosanthes scabra Vogel (Papilionoideae, Leguminosae), an important legume pasture crop. Repositório Alice
MARQUES, A.; MORAES, L.; SANTOS, M. A. dos; COSTA, I.; COSTA, L.; NUNES, T.; MELO, N. F. de; SIMON, M. F.; LEITCH, A. R.; ALMEIDA, C.; GUSTAVO SOUZA, G..
bitstream/item/190429/1/mcy113.pdf
Tipo: Artigo em periódico indexado (ALICE) Palavras-chave: GISH; RDNA; SNP; INDEL; Middle Pleistocene; Stylosanthes Scabra; Stylosanthes Viscosa; Stylosanthes hamata; Allopolyploidy; Chloroplast genome.
Ano: 2018 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1103930
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Phylogenetic and morphological assessment of two new species of Amniculicola and their allies (Pleosporales) Naturalis
Zhang, Y.; Fournier, J.; Crous, P.W.; Pointing, S.B.; Hyde, K.D..
Two new species of Amniculicola, A. immersa sp. nov. and A. parva sp. nov. from submerged wood in a freshwater environment in Denmark and France are respectively described and illustrated. In addition, partial 28S rDNA sequence data is analysed to investigate their phylogenetic relationships with other pleosporalean taxa. All presently known Amniculicola species, A. immersa, A. lignicola and A. parva, form a robust clade together with the anamorphic species Anguillospora longissima, Spirosphaera cupreorufescens and Repetophragma ontariense. These six species, which are all from freshwater and mostly from Europe, constitute a well-supported group containing Pleospora rubicunda and Massariosphaeria typhicola. This putative monophyletic assemblage may...
Tipo: Article / Letter to the editor Palavras-chave: Anamorphs; Freshwater fungi; Phylogeny; Pseudoparaphyses; RDNA.
Ano: 2009 URL: http://www.repository.naturalis.nl/record/531919
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