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Caracterização molecular e seleção de genes candidatos à resistência do clone 14 de Coffea canephora CONILON A Meloidogyne paranaensis. Repositório Alice
LIMA, E. A. de; CARNEIRO, F. de A.; RÊGO, E. C. S.; COSTA, T. S.; COTTA, M. G.; JORGE JÚNIOR, A.; MARRACCINI, P.; CARNEIRO, R. M. D. G.; ANDRADE, A. C..
Os nematoides das galhas estão entre os patógenos mais nocivos para a agricultura cafeeira no Brasil e C. canephora tem se mostrado fonte de resistência a esses patógenos. Com o objetivo de identificar genes candidatos a resistência a M. paranaensis, dois clones de Coffea canephora Conilon previamente identificados como resistente (clone 14) e suscetível (clone 22), inoculados ou não em diferentes tempos com M. paranaensis, tiveram seus RNAs extraídos a partir das raizes, sequenciados, mapeados em genoma de referência de C. canephora e avaliados quantitativamente (expressão in silico) por meio de RNAseq e Excel. Dessa forma, foi possível identificar os genes que mais se expressaram no clone resistente em relação ao clone suscetível, e a respectiva...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Gene candidato Meloidogyne; RNAseq; Candidates genes; Coffea canephora; Gene; Resistência; Coffea canephora; Meloidogyne.
Ano: 2015 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/handle/doc/1041130
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Etude des facteurs de transcription impliqués dans l’accumulation lipidique en condition de stress azoté chez la microalgue haptophyte Isochrysis affinis galbana ArchiMer
Thiriet-rupert, Stanislas.
In every organism, evolution and acclimation to environmental changes are orchestrated by numerous molecular players. Among them, transcription factors (TFs) play a crucial role by regulating gene expression. Therefore, identify TFs involved in the production of high value products is a significant step in a biotechnological context. The laboratory has at its disposal a mutant strain of the haptophyte microalga Tisochrysis lutea producing twice more storage lipids than the wild type strain when exposed to nitrogen deprivation. Given the key role of TFs in phenotype establishment, this PhD aim at identify the TFs involved in that of the mutant phenotype of T. lutea. A TFs identification and classification pipeline was elaborated and applied to T. lutea’s...
Tipo: Text Palavras-chave: Bioinformatique; Biologie moléculaire; Évolution; Facteur de transcription; Micro-algue; Réseau de gènes; RNA-seq; Bioinformatic; Evolution; Gene network; Molecular biology; Microalgae; RNAseq; Transcription factor.
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00371/48233/48368.pdf
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Expressão alelo específica em Coffea canephora associados à resistência a nematoides. Repositório Alice
VALERIANO, J. C.; LIMA, E. A. de; AQUINO, S. O. de; CARNEIRO, F. de A.; CARNEIRO, W. W. de J.; MATTOS, N. G.; CARNEIRO, R. M. D. G.; ANDRADE, A. C..
bitstream/item/206383/1/417-2764-1-PB.pdf
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: RNAseq; Coffea Canephora; Meloidogyne.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1116202
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Ocean warming combined with lower omega-3 nutritional availability impairs the cardio-respiratory function of a marine fish ArchiMer
Vagner, Marie; Pante, Eric; Viricel, Amelia; Lacoue-labarthe, Thomas; Zambonino-infante, Jose-luis; Quazuguel, Patrick; Dubillot, Emmanuel; Huet, Valerie; Le Delliou, Herve; Lefrançois, Christel; Imbert-auvray, Nathalie.
Highly unsaturated fatty acids of the omega-3 series (HUFA) are major constituents of cell membranes, yet poorly synthesised de novo by consumers. Their production, mainly supported by aquatic microalgae, has been decreasing with global change. Understanding the consequences of such reductions is essential for ectotherm consumers, since temperature tightly regulates the HUFA content in cell membranes, maintaining their functionality. Integrating individual, tissue and molecular approaches, we examined the consequences of the combined effects of temperature and HUFA depletion on the key cardio-respiratory functions of the golden grey mullet, an ectotherm grazer of high ecological importance. For four months, fish were exposed to two contrasting HUFA diets...
Tipo: Text Palavras-chave: Omega-3 highly unsaturated fatty acids; Temperature; Cardiac performance; Swimming performance; Chelon auratus; RNAseq.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00476/58744/63565.pdf
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Rôle de la température dans l'interaction huître creuse / Ostreid Herpesvirus de type 1 : réponses transcriptomiques et métaboliques ArchiMer
Delisle, Lizenn.
Crassostrea gigas is the main species of oyster cultivated in the world. Since 2008, mass mortality events have been affecting oysters aged less than one year old in Europe and Oceania and have been associated with the emergence of the Ostreid herpes virus μVar (OsHV-1 μVar). In Europe, these events are seasonal and occur when the seawater temperature is between 16°C and 24°C. In this work, the effect of high temperatures (21°C, 26°C and 29°C) was evaluated on the susceptibility of oysters to OsHV- 1 but also on the virulence of virus.High temperatures (29°C) reduce the susceptibility of oysters to OsHV-1 without altering the infectivity of the virus and its virulence. High temperature could reduce viral infection and virus synthesis by reducing the...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître creuse; Transcriptomique; Interaction hôte/virus; Protéomique; Pacific oysters; Crassostrea gigas; OsHV-1; RNAseq; Temperature; Host/pathogen; Proteomic.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00499/61085/64545.pdf
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Trypanosomatid comparative genomics: contributions to the study of parasite biology and different parasitic diseases Genet. Mol. Biol.
Teixeira,Santuza M.; Paiva,Rita Márcia Cardoso de; Kangussu-Marcolino,Monica M.; DaRocha,Wanderson D..
In 2005, draft sequences of the genomes of Trypanosoma brucei, Trypanosoma cruzi and Leishmania major, also known as the Tri-Tryp genomes, were published. These protozoan parasites are the causative agents of three distinct insect-borne diseases, namely sleeping sickness, Chagas disease and leishmaniasis, all with a worldwide distribution. Despite the large estimated evolutionary distance among them, a conserved core of ~6,200 trypanosomatid genes was found among the Tri-Tryp genomes. Extensive analysis of these genomic sequences has greatly increased our understanding of the biology of these parasites and their host-parasite interactions. In this article, we review the recent advances in the comparative genomics of these three species. This analysis also...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Trypanosoma brucei; Trypanosoma cruzi; Leishmania major; Genome; RNAseq.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000100001
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Validação de retrotransposons ativos em café-efeitos de estresse abiótico e baixa cafeína na expressão gênica. Repositório Alice
GUIMARÃES, P. de S.; SCHENK, J. C. M.; GIACHETTO, P. F.; PADILHA, L.; SILVAROLLA, M. B.; MALUF, M. P..
RESUMO: A identificação de perfis de expressão gênica diferenciais e redes metabólicas é uma ferramenta valiosa para a caracterização genética de caracteres agronômicos. Neste estudo, utilizamos análises de expressão em larga-escala para identificar processos biológicos alterados em plantas com teores reduzidos de cafeína. A expressão diferencial de genes selecionados observada in silico foi então validada em experimentos in vivo. O primeiro passo foi o sequenciamento em larga-escala de RNA extraído de tecidos jovens e em desenvolvimento, de plantas sem cafeína e de plantas com concentrações normais do composto. As sequências obtidas foram agrupadas, a partir de análises in silico, para identificação de genes com expressão diferencial entre os tratamentos...
Tipo: Artigo em anais de congresso (ALICE) Palavras-chave: Seleção-assistida; Melhoramento molecular; Sequenciamento de RNA; Expressão gênica; Plantas sem cafeína; Assisted-selection; Sequenciamento de transcriptoma; RNAseq; Molecular breeding; Gene expression.
Ano: 2019 URL: http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1114189
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