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水稻抗白葉枯病基因之密碼子使用偏性 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 鍾依涵; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li Wei; Yi-Han Chung; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]密碼子使用偏性分析對水稻白葉枯病抗病基因 (Xa) 之抗性分子機制之瞭解 相當重要,因此本研究自NCBI (National Center for Biotechnology Information) 公 共資料庫下載已完全定序的Xa 基因 (Xa1, xa5, xa13, Xa13, Xa21, Xa26 及Xa27) 及 其家族之17 個編碼區序列 (coding domain sequence, CDS) 進行密碼子使用偏性分 析。首先進行各Xa 基因之同義密碼子相對使用度 (relative synonymous codon usage, RSCU) 的集群分析和對應分析,可將Xa 基因之CDS 明顯區分成4 群。進而再分 別計算各群基因之同義密碼子相對使用頻率 (relative frequency of synonymous codon, RFSC) 以篩選出高頻密碼子,結果發現蛋白質序列具有多白胺酸重複 (leucine-rich repeat, LRR) 區域結構且CDS 長度大於1000 bp 的Xa1、Xa21 及Xa26, 其大多數胺基酸並無密碼子使用偏好性,僅少數胺基酸偏好以A 或U 結尾的同義 密碼子;而不具LRR 區域蛋白質結構且CDS 長度較短的xa5、xa13、Xa13 及Xa27, 則幾乎所有胺基酸都偏好以C 或G 結尾的同義密碼子。Xa1、Xa21、Xa26 及Xa27 的表現蛋白質皆含豐富之白胺酸 (leucine, Leu),但Xa1、Xa21 及Xa26 的Leu 並 無偏好任何密碼子,亦即其表現蛋白質的Leu 可選擇任意同義密碼子轉譯,而Xa27 的Leu 則高度偏好使用CUC。由此顯見,同樣對白葉枯病菌產生抗性的不同Xa...
Palavras-chave: Xa基因 同義密碼子相對使用度 同義密碼子相對使用頻率 集群分析 對應分析 Xa genes; Relative synonymous codon usage; Relative frequency of synonymous codon; Cluster analysis; Correspondence analysis [[classification]]6.
Ano: 2009
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