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水稻抗白葉枯病基因同義密碼子使用偏性之影響因素探討 Taiwan Agricultural Research Institute
魏夢麗; 鍾依涵; 呂椿棠; 呂秀英; Meng-Li Wei; Yi-Han Chung; Chun-Tang Lu; Hsiu-Ying Lu.
[[abstract]]同樣對白葉枯病菌產生抗性的不同Xa 基因間,呈現出密碼子使用偏性的多樣性。因此,本研究進行Xa 基因同義密碼子使用偏性之影響因素探討,以進而暸解形成密碼子使用的演化機制。研究材料係取自NCBI (National Center for Biotechnology Information) 之GenBank 資料庫下載已完全定序的Xa 基因 (Xa1, xa5, xa13, Xa13, Xa21, Xa26 及Xa27) 及其家族之17 個編碼區序列 (coding domain sequence, CDS),透過計算這些Xa 基因的CDS 長度及各種同義密碼子使用偏性指標,如同義密碼子相對使用度 (relative synonymous codon usage, RSCU)、密碼子適應指標 (codon adaption index, CAI)、有效密碼子數 (effective number of codons,ENC)、同義密碼子第三位置出現G 或C 核苷酸之頻率 (GC3) 以及同義密碼子第一、二位置出現G 或C 核苷酸之平均頻率 (GC12),並分析其間之關係,以闡明同義密碼子使用偏性之主要影響因素。結果發現Xa 基因之CDS 長度及基因表達程度與同義密碼子使用偏性有極顯著關係,即Xa 基因長度較短者可有較高的基因表達程度、以及較高的同義密碼子使用偏性,如xa5、xa13、Xa13 及Xa27 基因。 Xa 基因序列之GC3 組成限制,也影響密碼子的使用。而GC3 突變偏性又受到GC12之影響,造成Xa 基因之同義密碼子使用偏性。
Palavras-chave: 同義密碼子使用偏性 基因表達程度 GC含量 突變偏性 分子演化 Synonymous codon usage bias; Gene expression level; GC3 content; Mutation bias; Molecular evo lution; Bacterial leaf blight; Xanthomonas oryzae [[classification]]6.
Ano: 2010
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