| Resumo: |
SSR molecular markers SSR are tandem arranged repeats of short DNA motifs (1-6 bp in length) distributed throughout the genome that frequently exhibit variation in the number of repeats at the locus of each rice variety. The SSR markers, therefore, are suitable for detecting polymorphisms between closely related genotypes of Thai local rice varieties from the National Rice Germplasm Bank. In this research, DNA fingerprinting was conducted using 8 Thai local rice varieties. i.e., Niaw Sanpahtawng (NSPT_GB), Khao Gaw Diaw (KGD_GB), Niaw Dam (ND_GB), Khao tah Haeng 17 (KTH17_GB), Jao’ Haw (JH_GB), Pin Gaew 56 (PG56_GB), Jek Chuey Gahb Khiaw (JCGK_GB), Sang Yod Pattalung (SYPL_GB), and 5 standard varieties, i.e., Khao Dawk Mali 105 (KDML105_GB, KDML105_C), Chai Nat 1 (CNT1_C), RD6 (RD6_GB, RD6_C), RD15_C, and Niaw Ubon 2 (NUBN2_C) which were used as control. Thirty two SSR markers, i.e., RM1, RM165, RM220, RM3627, RM157A, RM231, RM232, RM261, RM3, RM190, RM204, RM217, RM225, GT11, Glu23-23, RM248, RM149, B03, RM201, RM257, RM228, RM239, RM258, RM20B, RM21, RM202, RM206, RM209, RM224, RM17, RM20A and RM235 were used for DNA fingerprinting. DNA banding patterns of Thai local rice amplified with the 32 SSR markers showed different sizes of DNA fragments with 2-11 alleles. Using cluster analysis method, these 13 Thai rice varieties could be classified into 5 groups at the coefficient of similarity of 0.17.
เครื่องหมายโมเลกุลชนิด SSRs เป็นเครื่องหมายโมเลกุลที่มีดีเอ็นเอเรียงตัวแบบซ้ำๆ กันอย่าง ต่อเนื่อง มีจำนวนเบสในหนึ่งหน่วยซ้ำ 1-6 เบส และกระจายตัวอยู่ทั่วทั้งจีโนม โดยจำนวนซ้ำของดีเอ็นเอในข้าวแต่ละพันธุ์ มักจะมีไม่เท่ากัน ทำให้เกิดความผันแปร ดังนั้นจึงเป็นเครื่องหมายโมเลกุลที่เหมาะสม สำหรับการตรวจสอบความแตกต่างของรหัสพันธุกรรมของข้าวพื้นเมืองไทยแต่ละพันธุ์ที่เก็บอยู่ในธนาคารเชื้อพันธุ์ข้าวแห่งชาติ ซึ่งข้าวพื้นเมืองไทยดังกล่าวมีความใกล้ชิดทางพันธุกรรมสูง งานวิจัยนี้ได้จัดทำลายพิมพ์เอกลักษณ์ดีเอ็นเอของข้าวพื้นเมืองไทยที่เก็บอยู่ในธนาคารเชื้อพันธุ์ข้าวแห่งชาติ จำนวน 8 พันธุ์คือข้าวเหนียวสันป่าตอง (NSPT_GB) ขาวกอเดียว (KGD_GB) เหนียวดำ (ND_GB) ขาวตาแห้ง 17 (KTH17_GB) เจ้าฮ่อ (JH_GB) ปิ่นแก้ว 56 (PG56_GB) เจ๊กเชยกาบเขียว (JCGK_GB) สังข์หยดพัทลุง (SYPL_GB) และพันธุ์มาตรฐานเปรียบเทียบ จำนวน 5 พันธุ์ คือ ขาวดอกมะลิ 105 (KDML105_GB, KDML105_C) ชัยนาท 1 (CNT1_C) กข6 (RD6_GB, RD6_C) กข15 (RD15_C) และเหนียวอุบล 2 (NUBN2_C) โดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลชนิด SSRs จำนวน 32 เครื่องหมาย ได้แก่ RM1, RM165, RM220, RM3627, RM157A, RM231, RM232, RM261, RM3, RM190, RM204, RM217, RM225, GT11, Glu23-23, RM248, RM149, B03, RM201, RM257, RM228, RM239, RM258, RM20B, RM21, RM202, RM206, RM209, RM224, RM17, RM20A และ RM235 ได้ข้อมูลรูปแบบแถบดีเอ็นเอ (DNA banding pattern) ของข้าวพื้นเมืองไทยพันธุ์ดังกล่าวที่มีขนาดแตกต่างกัน จำนวน 2-11 อัลลีล และเมื่อวิเคราะห์ข้อมูลความใกล้ชิดหรือความห่างทางพันธุกรรมระหว่างข้าวไทย จำนวน 13 พันธุ์ ด้วยการใช้ cluster analysis สามารถจัดกลุ่มข้าวไทยดังกล่าว ได้ 5 กลุ่ม ที่ค่าสัมประสิทธิ์ความเหมือนระดับ 0.17
|
