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| Paes,Geísa Pinheiro; Viana,José Marcelo Soriano; Silva,Fabyano Fonseca e; Mundim,Gabriel Borges. |
| Abstract The objectives of this study were to assess linkage disequilibrium (LD) and selection-induced changes in single nucleotide polymorphism (SNP) frequency, and to perform association mapping in popcorn chromosome regions containing quantitative trait loci (QTLs) for quality traits. Seven tropical and two temperate popcorn populations were genotyped for 96 SNPs chosen in chromosome regions containing QTLs for quality traits. The populations were phenotyped for expansion volume, 100-kernel weight, kernel sphericity, and kernel density. The LD statistics were the difference between the observed and expected haplotype frequencies (D), the proportion of D relative to the expected maximum value in the population, and the square of the correlation between... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Gametic phase disequilibrium; GWAS; Candidate gene. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572016000100097 |
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| Silva,Fabyano Fonseca e; Resende,Marcos Deon V. de; Rocha,Gilson Silvério; Duarte,Darlene Ana S.; Lopes,Paulo Sávio; Brustolini,Otávio J.B.; Thus,Sander; Viana,José Marcelo S.; Guimarães,Simone E.F.. |
| In the current post-genomic era, the genetic basis of pig growth can be understood by assessing SNP marker effects and genomic breeding values (GEBV) based on estimates of these growth curve parameters as phenotypes. Although various statistical methods, such as random regression (RR-BLUP) and Bayesian LASSO (BL), have been applied to genomic selection (GS), none of these has yet been used in a growth curve approach. In this work, we compared the accuracies of RR-BLUP and BL using empirical weight-age data from an outbred F2 (Brazilian Piau X commercial) population. The phenotypes were determined by parameter estimates using a nonlinear logistic regression model and the halothane gene was considered as a marker for evaluating the assumptions of the GS... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Bayesian LASSO; Nonlinear regression; SNP effects. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000400010 |
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| Reis,Evelyze Pinheiro dos; Paixão,Débora Martins; Brustolini,Otávio José Bernardes; Silva,Fabyano Fonseca e; Silva,Walmir; Araújo,Flávio Marcos Gomes de; Salim,Anna Christina de Matos; Oliveira,Guilherme; Guimarães,Simone Eliza Facioni. |
| Abstract This study used qRT-PCR to examine variation in the expression of 13 myogenes during muscle development in four prenatal periods (21, 40, 70 and 90 days post-insemination) in commercial (the three-way Duroc, Landrace and Large-White cross) and local Piau pig breeds that differ in muscle mass. There was no variation in the expression of the CHD8, EID2B, HIF1AN, IKBKB, RSPO3, SOX7 and SUFU genes at the various prenatal ages or between breeds. The MAP2K1 and RBM24 genes showed similar expression between commercial and Piau pigs but greater expression (p < 0.05) in at least one prenatal period. Pair-wise comparisons of prenatal periods in each breed showed that only the CSRP3, LEF1, MRAS and MYOG genes had higher expression (p < 0.05) in at... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Commercial line; Gene expression; Myogenesis; Pig; Piau breed. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572016000400589 |
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| Valente,Mágno Sávio Ferreira; Viana,José Marcelo Soriano; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Lopes,Maria Teresa Gomes. |
| Resumo O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência da seleção genômica em diferentes cenários de estrutura populacional em milho-pipoca, com estimação dos efeitos e uso de marcadores na própria população de referência e em populações não relacionadas, e determinar a influência do tamanho efetivo e das relações de parentesco na população de estimação sobre a acurácia da predição. Foram simuladas populações com diferentes desequilíbrios de ligação (LD) e variâncias aditivas, tendo-se considerado diferentes caracteres, densidades de marcadores, herdabilidades e gerações, no total de 144 cenários. Também foram simuladas populações estruturadas em progênies. A acurácia da predição dos valores genéticos aditivos foi obtida por meio da correlação entre os... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Zea mays; Acurácia da predição; Eficiência da seleção genômica; Predição de valor genético; Relação de parentesco; Tamanho efetivo. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2016001101857 |
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| Carneiro,Antonio Policarpo Souza; Muniz,Joel Augusto; Carneiro,Paulo Luiz Souza; Malhado,Carlos Henrique Mendes; Martins-Filho,Raimundo; Silva,Fabyano Fonseca e. |
| O objetivo deste trabalho foi avaliar o uso de teste de identidade de modelos não lineares, na comparação de curvas de crescimento de bovinos da raça Tabapuã, de cinco regiões de produção do Nordeste do Brasil. Foram analisados dados de peso de 3.695 machos e 4.236 fêmeas, originários das regiões Maranhão, Gado Algodão, Mata Agreste, Sertão e Itapetinga-Valadares. Após ajuste do modelo Brody, aplicou-se o teste da razão de verossimilhança, com aproximação de qui-quadrado, para avaliar a igualdade de parâmetros de curvas de crescimento entre as regiões. O modelo reduzido, com igualdade da taxa de maturidade, com 14 parâmetros, foi o mais adequado para descrever o crescimento dos animais. As curvas de crescimento dos machos apresentaram taxas de maturidade... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Modelo Brody; Nordeste brasileiro; Regiões de produção; Teste da razão de verossimilhança. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2014000100009 |
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| Mariguele,Keny Henrique; Resende,Marcos Deon Vilela de; Viana,José Marcelo Soriano; Silva,Fabyano Fonseca e; Silva,Paulo Sérgio Lima de; Knop,Filipe de Castro. |
| O objetivo deste trabalho foi comparar formas de análise de medidas repetidas para o melhoramento da produção de frutos de pinha (Annona squamosa). Vinte progênies de meias-irmãs foram avaliadas por três anos (2003, 2004 e 2005) em delineamento de blocos ao acaso, com cinco repetições, com cada parcela constituída de quatro plantas. A característica avaliada foi o número de frutos por indivíduo. Os modelos de simetria composta, de simetria composta com variâncias heterogêneas, autorregressivo com variâncias heterogêneas, e antedependência estruturada, foram analisados com o programa ASReml. A estimação dos componentes de variância e a predição dos valores genéticos foram feitas com o procedimento REML/BLUP. A comparação dos modelos foi realizada pelo teste... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Annona squamosa; Akaike; Matriz de variância e covariância; Medidas repetidas; REML/BLUP; Valores genéticos. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001200011 |
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| Santos,Patricia Mendes dos; Nascimento,Ana Carolina Campana; Nascimento,Moysés; Silva,Fabyano Fonseca e; Azevedo,Camila Ferreira; Mota,Rodrigo Reis; Guimarães,Simone Eliza Facioni; Lopes,Paulo Sávio. |
| Abstract: The objective of this work was to evaluate the use of regularized quantile regression (RQR) to predict the genetic merit of pigs for asymmetric carcass traits, compared with the Bayesian lasso (Blasso) method. The genetic data of the traits carcass yield, bacon thickness, and backfat thickness from a F2 population composed of 345 individuals, generated by crossing animals from the Piau breed with those of a commercial breed, were used. RQR was evaluated considering different quantiles (τ = 0.05 to 0.95). The RQR model used to estimate the genetic merit showed accuracies higher than or equal to those obtained by Blasso, for all studies traits. There was an increase of 6.7 and 20.0% in accuracy when the quantiles 0.15 and 0.45 were considered in... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Sus scrofa; Blasso; Shrinkage. |
| Ano: 2018 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2018000901011 |
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| Rossi,Robson Marcelo; Martins,Elias Nunes; Lopes,Paulo Sávio; Silva,Fabyano Fonseca e. |
| O objetivo deste trabalho foi apresentar modelagens alternativas, uni e bivariadas, para avaliação da conversão alimentar (CA) de suínos da raça Piau, com uso de inferência bayesiana. Os efeitos de sexo e genótipo sobre a CA dos animais foram avaliados por meio de procedimentos de simulação de Monte Carlo via cadeias de Markov (MCMC) e de integração aproximada aninhada de Laplace (INLA). O modelo univariado foi avaliado com diferentes distribuições para o erro - normal (gaussiana), t de Student, gama, log-normal e skew-normal -, enquanto, para o modelo bivariado, considerou-se o erro normal. A distribuição skew-normal foi o modelo mais parcimonioso para inferir sobre a resposta direta (univariada) da CA aos efeitos de sexo e genótipo, os quais não foram... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Análise multivariada; Desempenho nutricional; INLA; MCMC; Síndrome do estresse suíno.. |
| Ano: 2014 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2014001000754 |
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| Pinheiro,Valeria Rosado; Silva,Fabyano Fonseca e; Guimarães,Simone Eliza Facioni; Resende,Marcos Deon Vilela de; Lopes,Paulo Sávio; Cruz,Cosme Damião; Azevedo,Camila Ferreira. |
| O objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância "identical‑by‑descent" associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve efeito de QTL, ou nulo,... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Sus scrofa; Curvas de crescimento; Dados longitudinais; "identical‑by‑descent"; Locos de características quantitativas; Seleção assistida por marcadores. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000200009 |
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| Silva,Delvan Alves da; Silva,Fabyano Fonseca e; Ventura,Henrique Torres; Junqueira,Vinícius Silva; Silva,Alessandra Alves da; Mota,Rodrigo Reis; Lopes,Paulo Sávio. |
| Abstract: The objective of this work was to evaluate the criteria for the formation of contemporary groups (CGs) in the genetic evaluation of body weight at weaning in Nellore cattle. A total of 713,474 records from 3,066 herds located in Midwestern and Northern Brazil were used. Data were obtained from the genealogical registry of zebu breeds of the Brazilian association of zebu breeders. Data structures were defined based on the number of standard deviations (SDs) for outlier removal (±2.0, ±2.5, ±3.0, and ±3.5) and on the minimal number of animals per CG (3, 7, and 15). Genetic evaluation was performed with an animal model using Bayesian inference. Data structures with ±3.5 SDs and CG with at least 15 animals presented the highest additive genetic... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Heritability; Outliers; Zebu.. |
| Ano: 2017 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2017000800643 |
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| Macedo,Leandro Roberto de; Cecon,Paulo Roberto; Silva,Fabyano Fonseca e; Nascimento,Moysés; Puiatti,Guilherme Alves; Oliveira,Ana Carolina Ribeiro de; Puiatti,Mario. |
| Abstract: The objective of this work was to identify nonlinear regression models that best describe dry matter accumulation curves over time, in garlic (Allium sativum) accessions, using Bayesian and frequentist approaches. Multivariate cluster analyses were made to group similar accessions according to the estimates of the parameters with biological interpretation (β1 and β3). In order to verify if the obtained groups were equal, statistical tests were applied to assess the parameter equality of the representative curves of each group. Thirty garlic accessions were used, which are kept by the vegetable germplasm bank of Universidade Federal de Viçosa, Brazil. The logistic model was the one that fit best to data in both approaches. Parameter estimates of... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Allium sativum; Cluster analysis; Multivariate clustering curves; Nonlinear models. |
| Ano: 2017 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2017000800572 |
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| Pértile,Simone Fernanda Nedel; Silva,Fabyano Fonseca e; Salvian,Mayara; Mourão,Gerson Barreto. |
| Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método ssGBLUP quanto à seleção e à associação genômica ampla, com atribuição de pesos a marcadores genéticos e uso de informações de genótipos e fenótipos, com ou sem informações de pedigree, com diferentes coeficientes de herdabilidade. A população estudada foi obtida por simulação de dados com 8.150 animais, 5.850 dos quais eram genotipados. Utilizou-se o método ssGBLUP para a análise dos dados, com duas matrizes de relacionamento - com ou sem informações de pedigree -, e pesos para os marcadores genéticos obtidos em cada iteração. O aumento do coeficiente de herdabilidade melhorou os resultados de seleção e associação genômica. O melhor desempenho quanto à habilidade preditiva foi obtido... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Coeficiente de parentesco; Habilidade preditiva; Herdabilidade; Validação cruzada. |
| Ano: 2016 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2016001001729 |
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| Azevedo,Camila Ferreira; Resende,Marcos Deon Vilela de; Silva,Fabyano Fonseca e; Lopes,Paulo Sávio; Guimarães,Simone Eliza Facioni. |
| O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão via componentes independentes (ICR) na estimação de valores genéticos genômicos e dos efeitos de marcadores SNP para características de carcaça de uma população F2 de suínos (Piau x linhagem comercial). Os métodos foram avaliados por meio da concordância entre os valores genéticos preditos e os fenótipos corrigidos, observados por validação cruzada, e também foram comparados com outros métodos geralmente utilizados para os mesmos propósitos, tais como RR-BLUP, PCR e PLS. Os métodos ICR e PCR apresentam resultados similares, mas o método ICR apresenta maiores valores de acurácia. |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Sus scrofa; BLUP; Marcadores SNP; Regressão aleatória; Redução dimensional. |
| Ano: 2013 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000600007 |
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| Fiorini,Cibelle Vilela Andrade; Silva,Derly José Henriques da; Silva,Fabyano Fonseca e; Mizubuti,Eduardo Seiti Gomide; Alves,Daniel Pedrosa; Cardoso,Tiago de Sá. |
| O objetivo deste trabalho foi estimar curvas de progresso de requeima, em genótipos de tomateiro, e identificar grupos de genótipos resistentes à doença. Foram avaliados 25 híbridos de tomateiro, originados de cruzamentos entre quatro variedades comerciais, um acesso do Banco de Germoplasma de Hortaliças (BGH), da Universidade Federal de Viçosa (UFV), e cinco linhagens F8 (Solanum lycopersicum x Solanum habrochaites), estas últimas selecionadas como fonte de resistência à requeima. As plantas foram inoculadas com uma mistura de esporângios de Phytophthora infestans e, em seguida, foram realizadas seis avaliações quanto à severidade de requeima, a intervalos de três dias. Ajustou-se o modelo exponencial aos dados de percentagem de severidade de requeima, e... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Phytophtora infestans; Solanum; Análise de grupo; Melhoramento genético; Resistência genética. |
| Ano: 2010 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2010001000007 |
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| Barroso,Laís Mayara Azevedo; Nascimento,Moysés; Nascimento,Ana Carolina Campana; Silva,Fabyano Fonseca e; Cruz,Cosme Damião; Bhering,Leonardo Lopes; Ferreira,Reinaldo de Paula. |
| O objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar uma metodologia de análise da adaptabilidade e da estabilidade fenotípica baseada em regressão quantílica (RQ). Para tanto, foram simulados valores fenotípicos com distribuição simétrica e com distribuição assimétrica à direita e à esquerda, com ou sem a presença de "outliers". A metodologia proposta foi aplicada a um conjunto de dados provenientes de um experimento com 92 genótipos de alfafa (Medicago sativa), avaliados em 20 ambientes, e comparada às metodologias de Eberhart & Russell e de regressão não paramétrica. A metodologia da RQ proporcionou resultados iguais ou superiores aos obtidos com as metodologias alternativas avaliadas. No entanto, a ocorrência de resultados discordantes entre as... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Medicago sativa; Distribuição assimétrica; Interação genótipo x ambiente; Melhoramento vegetal; Outliers; Regressão não paramétrica.. |
| Ano: 2015 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2015000400290 |
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| Nascimento,Moysés; Silva,Fabyano Fonseca e; Sáfadi,Thelma; Nascimento,Ana Carolina Campana; Ferreira,Reinaldo de Paula; Cruz,Cosme Damião. |
| O objetivo deste trabalho foi propor uma abordagem bayesiana do método de Eberhart & Russell para avaliar a adaptabilidade e da estabilidade fenotípica de genótipos de alfafa (Medicago sativa), bem como avaliar a eficiência da utilização de distribuições a priori informativas e pouco informativas. Foram utilizados dados de um experimento em blocos ao acaso, no qual se avaliou a produção de massa de matéria seca de 92 genótipos. A metodologia bayesiana proposta foi implementada no programa livre R por meio da função MCMCregress do pacote MCMCpack. Para representar as distribuições a priori pouco informativas, utilizaram-se distribuições de probabilidade com grande variância; e, para representar distribuições a priori informativas, adotou-se o... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Medicago sativa; Fator de Bayes; Priori informativa; Interação genótipo x ambiente; MCMC. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000100004 |
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| Cecon,Paulo Roberto; Silva,Fabyano Fonseca e; Ferreira,Adésio; Ferrão,Romário Gava; Carneiro,Antônio Policarpo Souza; Detmann,Edenio; Faria,Priscila Neves; Morais,Telma Suely da Silva. |
| O objetivo deste trabalho foi analisar a produção de 50 clones de café 'Conilon' (Coffea canephora), por meio da análise de medidas repetidas, para identificá-los e agrupá-los para a formação de variedades mais produtivas e, simultaneamente, modelar possíveis oscilações da produção ao longo do tempo. A influência de ciclos produtivos foi considerada, tendo-se modelado as correlações existentes entre anos subseqüentes, de forma eficiente, por meio da metodologia de análise de medidas repetidas, para avaliar produções dos materiais genéticos em cinco safras (1997 a 2001), o que possibilitou captar oscilações anuais na produção, ao longo do ciclo produtivo de C. canephora, relacionadas às maiores produções no terceiro e quarto anos. Além disso, a análise de... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Coffea canephora; Ciclo produtivo; Melhoramento genético. |
| Ano: 2008 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000900011 |
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| Nascimento,Moysés; Sáfadi,Thelma; Silva,Fabyano Fonseca e. |
| O objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados... |
| Tipo: Info:eu-repo/semantics/article |
Palavras-chave: Bioinformática; Método de Tocher; Método de Ward; Microarranjo; Modelo autorregressivo; Série temporal. |
| Ano: 2011 |
URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011001100010 |
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