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Two decades of oligotrophication: Evidence for a phytoplankton community shift in the coastal lagoon of Thau (Mediterranean Sea, France) ArchiMer
Derolez, Valerie; Soudant, Dominique; Malet, Nathalie; Chiantella, Claude; Richard, Marion; Abadie, Eric; Aliaume, Catherine; Bec, Beatrice.
Mediterranean costal lagoons have been exposed to anthropic eutrophication for decades. Thau lagoon is one of the largest among them and provides many ecosystem services including shellfish farming. Considerable efforts were made between the 1970s and the late 2000s to improve the wastewater treatment systems in the lagoon watershed. A decrease in nutrient inputs to Thau lagoon was subsequently observed, evidence for the start of a recovery process in Thau lagoon, following oligotrophication. This decrease has significant consequences for ecosystem communities, above all primary producers. In our study, we characterised and quantified long-term changes by analysing long monitoring time-series (1998-2016) of phytoplankton biomass, abundance and composition...
Tipo: Text Palavras-chave: Eutrophication; Oligotrophication; Nutrients; Recovery; Phytoplankton community shift; Mediterranean coastal lagoon.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00629/74063/73514.pdf
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Application de modèles dynamiques bayésiens aux séries temporelles de Dinophysis à Antifer (Normandie, France) ArchiMer
Soudant, Dominique.
Le Dinophysis est une microalgue toxique à l’origine d’epidémies diarrhéiques. En dépit de nombreuses études, l’écologie et la biologie de ce genre phytoplanctonique restent mal connues. Afin de déterminer les conditions d’apparition de Dinophysis cf. acuminata sur le site d’Antifer (Normandie, France), des prélèvements d’eau de mer ont été effectués quasi-journellement pendant les périodes estivales des années 1987 à 1993. Les séries temporelles résultantes concernent la concentration de la microalgue et les facteurs chimiques, physiques et météorologiques. L’analyse de ces données à l’aide d’outils sta- tistiques classiques (e.g. régression) s’est avérée difficile (e.g. instabilité temporelle des résultats). Une caractéristique commune de ces méthodes...
Tipo: Text Palavras-chave: Modélisation; Statistique; Dynamique; Séries temporelles; Bayésien; Dinophysis; Baie de Seine.
Ano: 1997 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00015/12576/9446.pdf
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Évaluation DCE décembre 2008, Éléments d’expertise - Élément de qualité : phytoplancton, Agence de l’eau : Adour-Garonne ArchiMer
Soudant, Dominique; Belin, Catherine.
La Directive Cadre sur l’Eau (DCE 2000/60/CE) du 23 octobre 2000 définit un cadre pour la gestion et la protection des eaux par grand bassin hydrographique au plan européen. Elle fixe un objectif de bon état écologique et chimique pour les eaux superficielles. La Directive s’appuie sur l’évaluation d’un certain nombre d’éléments de qualité pour définir l’état global d’une masse d’eau. La liste des éléments de qualité à prendre en compte varie selon la catégorie d’eau superficielle. Le phytoplancton figure parmi les éléments de qualité biologiques retenus pour la classification de l'état écologique des masses d’eaux littorales, c’est à dire les eaux côtières et de transition. Il est évalué à partir de trois composantes : biomasse, abondance et composition...
Tipo: Text
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12570/9469.pdf
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Mise en œuvre opérationnelle de l’outil FlowCAM / ZooPhytoImage dans le cadre de la surveillance REPHY. Action 9 - FlowCAM / ZooPhytoImage - Livrable 2. Rapport final, mars 2015. ArchiMer
Neaud-masson, Nadine; Lefebvre, Alain; Belin, Catherine; Soudant, Dominique.
This deliverable contains the work that was carried out in 2014 for the FlowCAM / ZooPhytoImage tool actually becomes a usable operational tool in the REPHY, and as such, can provide results supplying the assessments of WFD phytoplankton indicator. This deliverable is complementary to the deliverable 1, provided for the same action, entitled « Evolutive version of the operational tool for digitization and semi-automated analysis of phytoplankton images, using the FlowCAM device and the Zoo/PhytoImage software. New perspectives » This deliverable has five parts whose content is summarized below. 1. Work done for operational implementation in 2014 under the REPHY. These tasks affect either the scanning operations of the phytoplankton images by FlowCAM, or...
Tipo: Text Palavras-chave: FlowCAM; ZooPhytoImage; REPHY; Observation phytoplancton; Set d’apprentissage; Littoral français.; FlowCAM; ZooPhytoImage; REPHY; Phytoplankton observation; Training set; French coast..
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00361/47262/47227.pdf
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Évaluation DCE janvier 2010 - Élément de qualité : phytoplancton ArchiMer
Soudant, Dominique; Belin, Catherine.
Tipo: Text
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00030/14148/11400.pdf
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Temporal changes in the phytoplankton community along the French coast of the eastern English Channel and the southern Bight of the North Sea ArchiMer
Hernandez- Farinas, Tania; Soudant, Dominique; Barille, Laurent; Belin, Catherine; Lefebvre, Alain; Bacher, Cedric.
Long-term trends in the phytoplankton community along the French coast of the English Channel and southern Bight of the North Sea were studied and related to physico-chemical factors and large-climatic indices. Phytoplankton and hydrological data were acquired through three transects. Sampling took place between 1992 and 2011 as part of the French Phytoplankton Monitoring Network (REPHY) and the Regional Nutrients Monitoring Network (SRN). Trends in time-series were identified with dynamic linear models tailored to environmental monitoring data characteristics (e.g. irregular sampling frequency, missing data). Temporal and spatial patterns in the phytoplankton community were explained with a partial triadic analysis. Relationships between the phytoplankton...
Tipo: Text Palavras-chave: Climatic indicators; Dynamic linear model; Environmental drivers; Multivariate analysis; Phytoplankton.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00195/30619/32177.pdf
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Evaluation de la qualité des eaux littorales de la France métropolitaine pour l'élément de qualité Phytoplancton dans le cadre de la DCE. Etat des lieux des règles d’évaluation, et résultats pour la période 2007‐2012. Tome 1 ‐ Etat des lieux, méthodes et synthèse des résultats ArchiMer
Belin, Catherine; Lamoureux, Alice; Soudant, Dominique.
Ce rapport en deux tomes détaille les résultats de l’évaluation, avec les règles de la DCE (Directive Cadre sur l’Eau), de l’élément de qualité phytoplancton dans les masses d’eau de la France métropolitaine. Cette évaluation est réalisée à partir des données acquises sur la période 2007-2012. Le tome 1 contient également un état des lieux des grilles d’évaluation de l’indicateur phytoplancton qui sont applicables en 2014 pour les eaux littorales, et replace cette évaluation dans son contexte réglementaire, en rappelant les exigences de la DCE pour l’élément de qualité phytoplancton, et en donnant des informations sur l'historique et l’avancement des travaux d’inter-calibration et l’état des décisions au niveau européen. Il fait le point sur l’avancement...
Tipo: Text Palavras-chave: DCE; Phytoplancton; Évaluation qualité; Masses d’eau; Métriques d’évaluation; Grilles d’évaluation; Valeurs de référence; WFD; Phytoplankton; Quality assessment; Water bodies; Evaluation metrics; Evaluation grids; Reference values.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00394/50490/51227.pdf
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Bilan des différentes approches mises en œuvre lors de l’expertise sur les données bancarisées et propositions d’harmonisation ArchiMer
Guigues, Nathalie; Soudant, Dominique; Assoumani, Azziz; Ghestem, Jean-philippe.
L’amélioration continue de la qualité des données de la surveillance a pour objectif de rendre plus fiables et mieux documentées les données produites dans le cadre de la surveillance des milieux aquatiques. Ces données sont bancarisées dans des bases de données nationales (ADES pour les eaux souterraines, QUADRIGE pour le milieu marin, Naïades pour les eaux de surface) ou propres à chaque Agence ou Office de l’eau. Maîtriser la qualité de la donnée, notamment au travers des métadonnées associées, permet à la fois de faciliter leur exploitation dans le cadre d’expertises et/ou des évaluations de l’état des masses d’eau, mais aussi de mieux les comparer dans l’espace et le temps.   Depuis 2011, différentes études ont été conduites dans le cadre des...
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00648/75981/76873.pdf
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Évaluation DCE décembre 2008, Éléments d’expertise - Élément de qualité : phytoplancton, Agence de l’eau : Artois-Picardie ArchiMer
Soudant, Dominique; Belin, Catherine.
La Directive Cadre sur l’Eau (DCE 2000/60/CE) du 23 octobre 2000 définit un cadre pour la gestion et la protection des eaux par grand bassin hydrographique au plan européen. Elle fixe un objectif de bon état écologique et chimique pour les eaux superficielles. La Directive s’appuie sur l’évaluation d’un certain nombre d’éléments de qualité pour définir l’état global d’une masse d’eau. La liste des éléments de qualité à prendre en compte varie selon la catégorie d’eau superficielle. Le phytoplancton figure parmi les éléments de qualité biologiques retenus pour la classification de l'état écologique des masses d’eaux littorales, c’est à dire les eaux côtières et de transition. Il est évalué à partir de trois composantes : biomasse, abondance et composition...
Tipo: Text
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00015/12585/9459.pdf
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Application de modèles dynamiques bayésiens à la prévision des efflorescences à Dinophysis à Antifer (Baie de Seine) ArchiMer
Soudant, Dominique.
L'objectif de ce travail était de mettre en place un outil mathématique permettant de prévoir les concentrations en Dinophysis cf. acuminata, micro-algue toxique. Nous avons décidé d'utiliser des méthodes dynamiques de prévision bayésienne : modèles polynomiaux du premier, second et troisième ordre, modèle polynomial du premier ordre avec intervention, et modèle de régression multilinéaire. Les modèles polynomiaux du premier, second et troisième ordre se sont avérés inadaptés. Le modèle de régression multilinéaire a été testé avec les variables concentrations en phosphate (PO4) et en nitrate (NO3). Ce modèle est insatisfaisant du fait de l'inconstance des relations entre la concentration en Dinophysis cf. acuminata et les régresseurs. Le modèle polynomial...
Tipo: Text Palavras-chave: Modèle dynamique bayésien; Prévision; Séries chronologiques; Dinophysis; Antifer.
Ano: 1993 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00430/54178/55519.pdf
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Restoration trends of the Thau lagoon’s water ecological status and phytoplankton communities in response to changes in anthropogenic nutrient inputs ArchiMer
Derolez, Valerie; Soudant, Dominique; Richard, Marion; Lagarde, Franck; Chiantella, Claude; Malet, Nathalie.
Thau lagoon (south of France) is one of the largest Mediterranean coastal lagoons (Fig. 1). It supports many ecosystem services such as shellfish farming, whose production reaches 10 000 tons a year. Since the 1960s, the increase of anthropogenic inputs, linked to the exponential growth of human population (Fig. 2), have resulted in contaminations of shellfish farming and the eutrophication of Thau lagoon, with significant ecological and socio-economic impacts (Mongruel et al. 2013). Since the 1970s and the late 2000s, the considerable efforts made to water depuration systems on the watershed have induced a significant decrease of nutrient inputs (Fig. 2), and have gradually led to a good environmental status of the lagoon according to the Water Framework...
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00406/51794/52394.pdf
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Explaining dinophysis cf. acuminata abundance in Antifer (Normandy, France) using dynamic linear regression ArchiMer
Soudant, Dominique; Beliaeff, Benoit; Thomas, G.
Classical regression analysis can be used to model time series. However, the assumption that model parameters are constant over time is not necessarily adapted to the data. In phytoplankton ecology, the relevance of time-varying parameter values has been shown using a dynamic linear regression model (DLRM). DLRMs, belonging to the class of Bayesian dynamic models, assume the existence of a non-observable time series of model parameters, which are estimated on-line, i.e. after each observation. The aim of this paper was to show how DLRM results could be used to explain variation of a time series of phytoplankton abundance. We applied DLRM to daily concentrations of Dinophysis cf. acuminata, determined in Antifer harbour (French coast of the English...
Tipo: Text Palavras-chave: Phytoplankton; Dinophysis; Time series; Regression; Dynamic; Bayesian.
Ano: 1997 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00337/44784/44490.pdf
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Évaluation DCE décembre 2008 - Élément de qualité : phytoplancton ArchiMer
Soudant, Dominique; Belin, Catherine.
La Directive Cadre sur l’Eau (DCE 2000/60/CE) du 23 octobre 2000 définit un cadre pour la gestion et la protection des eaux par grand bassin hydrographique au plan européen. Elle fixe un objectif de bon état écologique et chimique pour les eaux superficielles. La Directive s’appuie sur l’évaluation d’un certain nombre d’éléments de qualité pour définir l’état global d’une masse d’eau. La liste des éléments de qualité à prendre en compte varie selon la catégorie d’eau superficielle. Le phytoplancton figure parmi les éléments de qualité biologiques retenus pour la classification de l'état écologique des masses d’eaux littorales, c’est à dire les eaux côtières et de transition. Il est évalué à partir de trois composantes : biomasse, abondance et composition...
Tipo: Text
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00015/12587/9462.pdf
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Suivi « hydrologie » et « phytoplancton » des masses d'eau du bassin hydrographique Adour-Garonne sur la période 2012-2017 ArchiMer
Auby, Isabelle; D'Amico, Florence; Meteigner, Claire; Rumebe, Myriam; Tournaire, Marie-pierre; Rigouin, Loic; Gouriou, Laure; Lissardy, Muriel; Sanchez, Florence; De Casamajor, Marie-noelle; Ganthy, Florian; Trut, Gilles; Trut, Florence; Caill-milly, Nathalie; Oger-jeanneret, Helene; Guesdon, Stephane; Derrien, Annick; Chabirand, Jean-michel; Genauzeau, Sylvie; Morin, Dimitri; Schmitt, Anne; Piraud, Aude; Geairon, Philippe; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Thomas, Gerard; Bechemin, Christian; Bruneau, Audrey; Soudant, Dominique; Brun, Melanie; Michel, Valérie; Dupin, Michel; Bariou, Jean; Landier, Pascal; Miguel, Véronique.
Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2012 et 2017 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du bassin Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en oeuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physicochimique (oxygène dissous pour les deux types de masses d’eau, azote inorganique dissous pour les masses d’eau côtières et les masses d’eau de transition peu turbides, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans l’annexe 1 de ce rapport. Sont également incluses dans ce...
Tipo: Text
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00463/57484/59622.pdf
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Incertitudes des méthodes d’évaluation « eaux littorales » : utilisation de modèles linéaires dynamiques pour l’évaluation des incertitudes des paramètres contaminants chimiques dans le biote ArchiMer
Soudant, Dominique; Bouchoucha, Marc; Gouriou, Laure; Menet-nedelec, Florence; Trut, Gilles.
L’incertitude associée à une mesure a pour origine d’une part la variabilité environnementale et d’autre part l’ensemble du processus d’acquisition depuis le prélèvement jusqu’à la saisie de la donnée dans une base. L’estimation de l’ensemble de cette variabilité est un exercice complexe à réaliser dans le cadre d’un plan d’expérience. En revanche, les longues séries temporelles de données présentent la caractéristique d’intégrer toutes les variabilités. L’analyse de ces séries en termes de signal et bruit doit permettre de quantifier l’amplitude des incertitudes. Toutefois, les séries temporelles d’observation présentent un ensemble de caractéristiques les rendant difficiles à analyser. Les modèles linaires dynamiques constituent une approche adaptée à...
Tipo: Text Palavras-chave: Incertitude; Cadmium; Cuivre; CB153; Fluoranthène; Mercure; Plomb; Modèle linaire dynamique; Estuaire de Seine; Bassin d’Arcachon; Méditerranée; ROCCH..
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00660/77172/78551.pdf
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Évaluation DCE janvier 2010 - Éléments d’expertise - Élément de qualité : phytoplancton, Agence de l’eau : Artois-Picardie ArchiMer
Soudant, Dominique; Belin, Catherine.
Tipo: Text
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00030/14143/11394.pdf
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Evaluation DCE avril 2009 : élément de qualité température. Document général pour l'ensemble des masses d'eaux de la France métropolitaine - Convention 2009 - Action 4 ArchiMer
Daniel, Anne; Soudant, Dominique.
La température figure parmi les éléments de qualité physico-chimique retenus par la DCE pour la classification de l'état écologique des masses d'eaux littorales. Le présent document est une première évaluation réalsiées sur les masses d'eaux retenues au titre du contrôle de surveillance, à partir des données disponibles dans Quadrige² sur la période 2003-2008.
Tipo: Text Palavras-chave: DCE; Température; Indicateur; Réseaux surveillance.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00019/12993/9968.pdf
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Qualité du Milieu Marin Littoral. Synthèse Nationale de la Surveillance. Edition 2009 ArchiMer
Marchand, Michel; Amouroux, Isabelle; Bedier, Edouard; Belin, Catherine; Claisse, Didier; Durand, Gaetane; Soudant, Dominique.
Ce document constitue une synthèse nationale proposée en complément des bulletins de la surveillance publiés chaque année par les Laboratoires Environnement Ressources (LER) de l’Ifremer. Elle présente les principaux résultats obtenus jusqu’en 2008 par les différents réseaux de surveillance, réseau de contrôle microbiologique (REMI), réseau de surveillance phytoplancton et phycotoxines (REPHY), réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH) et réseau mollusques des ressources aquacoles (REMORA). Le réseau de contrôle microbiologique (REMI) permet d’évaluer les niveaux de contamination microbiologique dans les coquillages et de détecter les épisodes de contamination. Les données de surveillance permettent également d’estimer la qualité...
Tipo: Text
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12573/9443.pdf
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Evaluation DCE avril 2009 : élément de qualité oxygène. Document général pour l'ensemble des masses d'eaux de la France métropolitaine - Convention 2009 - Action 4 ArchiMer
Daniel, Anne; Soudant, Dominique.
Le bilan d'oxygène figure parmi les éléments de qualités physico-chimiques retenus par la DCE pour la classification de l'état écologique des masses d'eaux littorales. Le présent document est un premier essai d'évaluation réalisées sur les masses d'eaux retenues au titre du contrôle de surveillance, à partir des données disponibles dans Quadrige² sur la période 2003-2008.
Tipo: Text
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00019/12992/9967.pdf
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Valorisation des données issues du contrôle de surveillance du compartiment benthique suivi dans le cadre de la Directive Cadre sur l'Eau (2000/60/CE) : campagnes 2007 et 2010 – Élément de qualité biologique « invertébrés benthiques de substrats meubles » – Masses d'eau côtières - Façades Manche et Atlantique ArchiMer
Garcia, Aurelie; Brun, Melanie; Soudant, Dominique; Pothier, Anaelle; Gauthier, Emilie; Desroy, Nicolas.
This report deals with the ecological status assessment of the English Channel and the Atlantic coastal water bodies, with respect to the benthic invertebrate biological quality element and defined from samples collected in 2007 and 2010.
Tipo: Text Palavras-chave: Directive Cadre sur l'Eau; Benthos; Réseau de surveillance; Manche; Océan Atlantique; Zones côtières.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00273/38404/36729.pdf
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