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Study of Synthesis Pathways of the Essential Polyunsaturated Fatty Acid 20:5n-3 in the Diatom Chaetoceros Muelleri Using 13C-Isotope Labeling ArchiMer
Remize, Marine; Planchon, Frederic; Loh, Ai Ning; Le Grand, Fabienne; Bideau, Antoine; Le Goic, Nelly; Fleury, Elodie; Miner, Philippe; Corvaisier, Rudolph; Volety, Aswani; Soudant, Philippe.
The present study sought to characterize the synthesis pathways producing the essential polyunsaturated fatty acid (PUFA) 20:5n-3 (EPA). For this, the incorporation of 13C was experimentally monitored into 10 fatty acids (FA) during the growth of the diatom Chaetoceros muelleri for 24 h. Chaetoceros muelleri preferentially and quickly incorporated 13C into C18 PUFAs such as 18:2n-6 and 18:3n-6 as well as 16:0 and 16:1n-7, which were thus highly 13C-enriched. During the experiment, 20:5n-3 and 16:3n-4 were among the least-enriched fatty acids. The calculation of the enrichment percentage ratio of a fatty acid B over its suspected precursor A allowed us to suggest that the diatom produced 20:5n-3 (EPA) by a combination between the n-3 (via 18:4n-3) and n-6...
Tipo: Text Palavras-chave: Synthesis pathway; Diatom; 20:5n-3 (EPA); Chaetoceros muelleri; Acyl-editing mechanism; Compound-specific isotope analysis.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00630/74257/73887.pdf
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Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2012 ArchiMer
Pouvreau, Stephane; Bellec, Gwenael; Le Souchu, Pierrick; Queau, Isabelle; Talarmain, Eric; Alunno-bruscia, Marianne; Auby, Isabelle; Maurer, Daniele; Barbier, Claire; Tournaire, Marie-pierre; D'Amico, Florence; Rumebe, Myriam; Fleury, Elodie; Langlade, Aime; Bouget, Jean-francois; Collin, Karine; Fortune, Mireille; Hitier, Benoist; Bedier, Edouard; Robert, Stephane; Guilpain, Patrice; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Guesdon, Stephane; Lagarde, Franck; Le Gall, Patrik; Messiaen, Gregory; Roque D'Orbcastel, Emmanuelle; Gohin, Francis; Bryere, Philippe; Quemener, Loic; Repecaud, Michel; Bucas, Karenn; Barbot, Stephane; Guillemot, Anne; Nonnotte, Lidwine; Duros, Wenceslas; Bonnat, Armel; Tarot, Stephane; Mille, Dominique; Geay, Amelie; Bouquet, Anne-lise.
La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le Bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère...
Tipo: Text
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00135/24648/22681.pdf
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Réseau RESCO : observations conchylicoles. Résultats provisoires des mortalités en 2012 sur les sites morbihannais ArchiMer
Fleury, Elodie.
Tipo: Text
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00122/23338/21162.pdf
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Qualité du Milieu Marin Littoral. Synthèse Nationale de la Surveillance 2011. Edition 2012 ArchiMer
Belin, Catherine; Claisse, Didier; Daniel, Anne; Fleury, Elodie; Le Mao, Patrick; Marchand, Michel; Nedellec, Marie; Boisseaux, Anne; Soudant, Dominique.
Tipo: Text
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00149/25987/24080.pdf
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REPAMO 2015. Bulletins de la surveillance. Janvier à décembre 2015 ArchiMer
Osta Amigo, Axel; Robert, Stephane; Fleury, Elodie; Lupo, Coralie; Garcia, Celine; Geairon, Philippe.
Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2015 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.
Tipo: Text Palavras-chave: REPAMO; Surveillance zoosanitaire; Mollusques marins; Mortalités.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00480/59205/61897.pdf
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RESCO II : Réseau d'observations conchylicoles et surveillance planifiée des organismes pathogènes. Résultats préliminaires 2015 ArchiMer
Fleury, Elodie; Bellec, Gwenael.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00287/39811/38295.pdf
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Gill transcriptomic analysis in fast- and slow-growing individuals of Mytilus galloprovincialis ArchiMer
Prieto, Daniel; Markaide, Pablo; Urrutxurtu, Iñaki; Navarro, Enrique; Artigaud, Sebastien; Fleury, Elodie; Ibarrola, Irrintzi; Urrutia, Miren Bego.
The molecular basis underlying the mechanisms at the origin of growth variation in bivalves is still poorly understood, although several genes have been described as upregulated in fast-growing individuals. In the present study, we reared mussel spat of the species Mytilus galloprovincialis under diets below the pseudofaeces threshold (BP) and above the pseudofaeces threshold (AP). After 3 months, F and S mussels from each condition were selected to obtain 4 experimental groups: FBP, SBP, FAP and SAP. We hypothesized that the nurturing conditions during the growing period would modify the molecular basis of their growth rate differences. To decipher the molecular mechanisms underlying the growth variation, the gill transcriptomes for the four mussel groups...
Tipo: Text Palavras-chave: Fast-growing; Mussel; Gill; Transcriptome.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00503/61490/65293.pdf
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An Ecological Time Series of Pacific Oyster (C. gigas) Growth and Survival: data curation and analysis of 24 years of monitoring along the French coast ArchiMer
Normand, Julien; Dubroca, Laurent; Fleury, Elodie.
As global change becomes a major concern, the need to contextualize discrete observations to highlight long-term evolutions also becomes more relevant. In response to this challenge, Marine Historical Ecology (MHE) has recently emerged as a new discipline within the marine sciences, dedicated to studying the relationship between long-term evolution of marine ecosystems and temporal variations of external predictors such as meteorological parameters, or descriptors of human activities. In recent years, therefore, considerable effort has been devoted to study long-term time series on fisheries and environmental data. This approach has increased our knowledge about natural variability and functioning of marine environments and has helped us to characterize...
Tipo: Text
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00588/70003/67917.pdf
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Recent advances in EST sequencing in Crassostrea gigas: towards the sequencing of the Pacific oyster genome ArchiMer
Boudry, Pierre; Huvet, Arnaud; Lapegue, Sylvie; Sauvage, Christopher; Tanguy, A.; Moraga, D.; Goostrey, A.; Prunet, P.; Boulo, Viviane; Gueguen, Y.; Moal, Jeanne; Fleury, Elodie; Samain, Jean-francois; Mathieu, M.; Favrel, P..
Rationale for EST and genome sequencing of the Pacific oyster: • its membership of the Lophotrochozoa, an little studied branch of the Eukaryotes, • its worldwide aquacultural importance (4.2 million metric tons, worth 3.5 billion US dollars), • its high fecundity, with concomitantly high DNA polymorphism, • its use as a biosensor of coastal pollution. In 2004, an international community of biologists, the Oyster Genome Consortium (OGC) led by D. Hedgecock (University of Southern California) and uniting 70 participants from 10 countries, first presented the Pacific oyster Crassostrea gigas as a genome-sequencing candidate to Joint Genome Institute (JGI, USA) (Hedgecock et al., 2005). Besides this project (that remains to be accepted), several EST...
Tipo: Text Palavras-chave: Characteristics; Genome size; Genome; Crassostrea gigas; Oyster; Genetic.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3414.pdf
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L’huître creuse, sentinelle de l’état de santé des écosystèmes côtiers exploités du littoral français. Rapport annuel ECOSCOPA 2016 ArchiMer
Fleury, Elodie; Corporeau, Charlotte; Pouvreau, Stephane.
Occupant une place de premier ordre dans nos paysages côtiers, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. Véritable espèce ingénieur, l’huître creuse joue aussi un rôle essentiel sur le plan écologique dans les écosystèmes qui l’abritent. Pourtant, depuis plusieurs années, l’ostréiculture subie une baisse de production et les bancs naturels, garants de la diversité génétique, sont mis en danger. Ces phénomènes sont la conséquence directe de l’épizootie causée par OsHV-1 µVar frappant les naissains et des mortalités d’adultes associées à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ces épisodes de mortalités accrues ne sont pas nouveaux mais leur récurrence et leur...
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00433/54425/55774.pdf
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RESCO - REseau d'Observations Conchylicoles : Campagne 2012 ArchiMer
Fleury, Elodie; Bedier, Edouard.
Le réseau d’observations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En parallèle des suivis de...
Tipo: Text Palavras-chave: Crassostrea gigas; Huître creuse; Mortalité; Croissance; Température; Enregistrement haute fréquence; Herpes virus; Vibrio aesturianus; Agent pathogène.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00142/25346/23429.pdf
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Modeling reproductive traits of an invasive bivalve species under contrasting climate scenarios from 1960 to 2100 ArchiMer
Gourault, Melaine; Petton, Sebastien; Thomas, Yoann; Pecquerie, Laure; Marques, Goncalo M.; Cassou, Christophe; Fleury, Elodie; Paulet, Yves-marie; Pouvreau, Stephane.
Identifying the drivers that control the reproductive success of a population is vital to forecasting the consequences of climate change in terms of distribution shift and population dynamics. In the present study, we aimed to improve our understanding of the environmental conditions that allowed the colonization of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, in the Bay of Brest since its introduction in the 1960s. We also aimed to evaluate the potential consequences of future climate change on its reproductive success and further expansion. Three reproductive traits were defined to study the success of the reproduction: the spawning occurrence, synchronicity among individuals and individual fecundity. We simulated these traits by applying an individual-based...
Tipo: Text Palavras-chave: DEB model; IPCC scenarios; Reproductive traits; Crassostrea gigas; Bay of Brest.
Ano: 2019 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00440/55188/56794.pdf
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Reproductive effort of Pacific oysters: A trait associated with susceptibility to summer mortality ArchiMer
Huvet, Arnaud; Normand, Julien; Fleury, Elodie; Quillien, Virgile; Fabioux, Caroline; Boudry, Pierre.
Summer mortality of the Pacific oyster Crassostrea gigas is the result of a complex interaction between oysters, their environment and their pathogens. The physiological status of an oyster, especially its reproductive status, is suspected to play a significant role in the outcome of this interaction. As genetic variability exists for susceptibility to summer mortality, resistant (R) and susceptible (S) oyster lines were produced using a divergent selection scheme. The present paper reports a histological study on gonad area, which is representative of reproductive effort, in randomly chosen five R and five S oyster lines. The R lines showed a significantly lower gonad area than the S lines (P<0.001). with an estimated mean difference of 12.5%, whereas,...
Tipo: Text Palavras-chave: Bivalve mollusc; Crassostrea gigas; Reproduction; Selected lines; Summer mortality.
Ano: 2010 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00006/11766/8502.pdf
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Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2014 ArchiMer
Pouvreau, Stephane; Petton, Sebastien; Queau, Isabelle; Haurie, Axel; Le Souchu, Pierrick; Alunno-bruscia, Marianne; Palvadeau, Hubert; Auby, Isabelle; Maurer, Daniele; D'Amico, Florence; Passoni, Sarah; Barbier, Claire; Tournaire, Marie-pierre; Rigouin, Loic; Rumebe, Myriam; Fleury, Elodie; Fouillaron, Pierre; Bouget, Jean-francois; Pepin, Jean-francois; Robert, Stephane; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Chabirand, Jean-michel; Le Moine, Olivier; Guesdon, Stephane; Lagarde, Franck; Mortreux, Serge; Le Gall, Patrik; Messiaen, Gregory; Roque D'Orbcastel, Emmanuelle; Quemener, Loic; Repecaud, Michel; Mille, Dominique; Geay, Amelie; Bouquet, Anne-lise.
La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître creuse; Naissain; Recrutement; Captage; Larves; Cycle de reproduction; Changement climatique; Pacific oyster; Spat; Recruitment; Spat collecting; Larvae; Reproductive cycle; Climate change.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00279/38990/37561.pdf
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Latitudinal drivers of oyster mortality: deciphering host, pathogen and environmental risk factors ArchiMer
Fleury, Elodie; Barbier, Pierrick; Petton, Bruno; Normand, Julien; Thomas, Yoann; Pouvreau, Stephane; Daigle, Gaétan; Pernet, Fabrice.
Diseases pose an ongoing threat to aquaculture, fisheries and conservation of marine species, and determination of risk factors of disease is crucial for management. Our objective was to decipher the effects of host, pathogen and environmental factors on disease-induced mortality of Pacific oysters (Crassostrea gigas) across a latitudinal gradient. We deployed young and adult oysters at 13 sites in France and we monitored survival, pathogens and environmental parameters. The young oysters came from either the wild collection or the hatchery while the adults were from the wild only. We then used Cox regression models to investigate the effect of latitude, site, environmental factors and origin on mortality risk and to extrapolate this mortality risk to the...
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00627/73915/73251.pdf
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RESCO - Réseau d'observations Conchylicoles : Campagne 2013 ArchiMer
Fleury, Elodie.
The French network RESCO was developed in 2009, following the widespread mortalities in French oysters stocks of Crassostrea gigas that killed a majority of young cultivated oysters in summer 2008. The main objective of this network was to develop a tool of estimation of the mortalities at national scale, through a standardized monitoring of sentinel oysters In 2013, similar batches of spat and 18 month old oysters from different origins were deployed in thirteen sites located all along the French coasts to measure the spatial and temporal evolution of the mortality and growth rates. At the same time, the program provides a high-frequency recording of environmental parameters and the detection of the main infectious agents associated to the oyster...
Tipo: Text Palavras-chave: Crassostrea gigas; Huître creuse; Mortalité; Croissance; Température; Enregistrement haute fréquence; Herpes virus; Vibrio aesturianus; Agent pathogène; Crassostrea gigas; Pacific oyster; Mortality; Growth; Temperature; High frequency data acquisition; Herpes virus; Vibrio aestuarianus; Infectious agent.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00197/30851/29212.pdf
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Observatoire national du cycle de vie de l’huître creuse en France. Rapport annuel ECOSCOPA 2017 ArchiMer
Pouvreau, Stephane; Fleury, Elodie; Petton, Sebastien; Corporeau, Charlotte; Lapegue, Sylvie.
Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. Véritable espèce ingénieur, l’huître creuse, installée en France depuis plus de 50 ans, joue aussi un rôle essentiel sur le plan écologique dans les écosystèmes qui l’abritent. Pourtant, depuis plusieurs années, cette filière subie une baisse de production et les bancs naturels, garants de la diversité génétique, sont mis en danger. Ces phénomènes sont la conséquence directe de l’épizootie causée par OsHV-1 (sous sa forme µVar) affectant les naissains et des mortalités d’adultes associées à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ces épisodes de...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître creuse; Physiologie; Génétique; Ecologie; Réseau National.
Ano: 2018 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00449/56030/57556.pdf
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Réseau national d'observation de la moule bleue Mytilus edulis, MYTILOBS, Campagne 2014-2 ArchiMer
Robert, Stephane; Bouget, Jean-francois; Fleury, Elodie; Chauvin, Jacky; Gagnery, Aline; Normand, Julien; Blin, Jean Louis; Cheve, Julien; Dagault, Francoise; Gerla, Daniel; Lejolivet, Aurore; Penot, Julia; Chabirand, Jean-michel; Genauzeau, Sylvie; Geairon, Philippe; Grizon, James; Le Moine, Olivier; Schmitt-gallotti, Anne; Seugnet, Jean-luc; Soletchnik, Patrick.
Le réseau national Mytilobs est implanté dans les principales régions mytilicoles du littoral atlantique : Normandie, Bretagne Nord, Bretagne Sud, Pays de Loire et Poitou-Charentes. Les sites d’Agon (Ouest Cotentin), du Vivier (baie du Mont Saint-Michel), de Pont Mahé (baie de Vilaine), de l’Aiguillon (pertuis Breton), d’Yves (pertuis d’Antioche) représentent l'élevage sur bouchot du Nord au Sud. Le site Filière (pertuis Breton) représente l’élevage sur corde, en pleine eau. La mise à l’eau des cheptels sur l’ensemble des sites du réseau, en septembre 2013, s’est faite à partir d’un même lot de moules calibrées (23,97 +/- 0,7mm), captées sur corde dans le pertuis Breton. Les prélèvements de la campagne 2014 (septembre 2013-décembre 2014) sont trimestriels....
Tipo: Text Palavras-chave: Mytilus edulis; Moule; Bouchot; Mortalité; Croissance; Température; Phytoplancton; Réseau; Biométrie; Environnement.
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00270/38086/36231.pdf
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Determination of risk factors for herpesvirus outbreak in oysters using a broad-scale spatial epidemiology framework ArchiMer
Pernet, Fabrice; Fuhrmann, Marine; Petton, Bruno; Mazurie, Joseph; Bouget, Jean-francois; Fleury, Elodie; Daigle, Gaetan; Gernez, Pierre.
Marine diseases have major impacts on ecosystems and economic consequences for aquaculture and fisheries. Understanding origin, spread and risk factors of disease is crucial for management, but data in the ocean are limited compared to the terrestrial environment. Here we investigated how the marine environment drives the spread of viral disease outbreak affecting The Pacific oyster worldwide by using a spatial epidemiology framework. We collected environmental and oyster health data at 46 sites spread over an area of 300 km2 along an inshore-offshore gradient during an epizootic event and conducted risk analysis. We found that disease broke out in the intertidal farming area and spread seaward. Mortalities and virus detection were observed in oysters...
Tipo: Text
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00450/56130/57670.pdf
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Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2013 ArchiMer
Pouvreau, Stephane; Petton, Sebastien; Queau, Isabelle; Bellec, Gwenael; Talarmain, Eric; Le Souchu, Pierrick; Alunno-bruscia, Marianne; Auby, Isabelle; Maurer, Daniele; D'Amico, Florence; Passoni, Sarah; Barbier, Claire; Tournaire, Marie-pierre; Rigouin, Loic; Rumebe, Myriam; Fleury, Elodie; Langlade, Aime; Bouget, Jean-francois; Collin, Karine; Fortune, Mireille; Palvadeau, Hubert; Bedier, Edouard; Robert, Stephane; Pepin, Jean-francois; Grizon, James; Seugnet, Jean-luc; Chabirand, Jean-michel; Le Moine, Olivier; Guesdon, Stephane; Lagarde, Franck; Mortreux, Serge; Le Gall, Patrik; Messiaen, Gregory; Roque D'Orbcastel, Emmanuelle; Quemener, Loic; Repecaud, Michel; Bucas, Karenn; Barbot, Stephane; Guillemot, Anne; Nonnotte, Lidwine; Duros, Wenceslas; Bonnat, Armel; Tarot, Stephane; Mille, Dominique; Geay, Amelie; Bouquet, Anne-lise.
La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012, 2013). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais...
Tipo: Text
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00200/31091/29499.pdf
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